Vokalharmoni er en type fjernassimilasjon, ved at vokalene i stavelser som følger på hverandre i et ord må ha visse felles trekk, for eksempel at begge må være fremre eller begge må være bakre. På tyrkisk har man for eksempel flertallsformen ev-ler, 'hus', men kol-lar, 'armer'. Her ser vi at i vokalharmoni er det vokalen i roten av ordet som påvirker vokalene i affiksene.
Vokalharmoni forekommer særlig i tyrkiske og visse finsk-ugriske språk. I norrønt og noen gammelsvenske målfører reguleres endevokalen i/e og u/o etter vokalharmoniske prinsipper, for eksempel norrøn dativ lande, men guði.