1. Build Settings > Preprocess Info.plist => Yes
2. Build Settings > Info.plist Preprocessor Prefix File => BuildNumber.h
3. Build Settings > Info.plist Preprosessor Definitions => DEBUG=1 (必要なら)

準備１が済んだら、続けて下記の設定を追加する Build PhaseにRun Scriptをビルドの前後に下記のように設定する。

• ビルド前 touch BuildNumber/BuildNumber-Info.plist

• ビルド後

  sh build_number.sh

最後に、Info.plistのBundle versions string, shortのところにはMARKETING_VERSION、 Bundle versionにはBUILD_NUMBERと入力する。

準備１でInfo.plistのプリプロセスが有効になる。
準備３で設定したMARKETING_VERSIONとBUILD_NUMBERはプリプロセスの過程で置換される。
置換する文字列はPreprocessor Prefix Fileとして指定したBuildNumber.hにマクロとして記入しておく。
BuildNumber.hをRun Scriptフェーズで生成する。

このようにすることで、Info.plistを変更すること無く、置換元のBuildNumber.hを書き換えることで、バージョンを書き換えることが可能になる。
BuildNumber.hは.gitignoreで無視しておけるので、BuildNumber.hを書き換えても差分は出ない。

ビルド前にtouch BuildNumber/BuildNumber-Info.plistとしているのは、Info.plistの更新日付を新しくしないと、 差分ビルドでInfo.plistが変更対象にならないので、クリーンビルドしないとバージョンの変更が反映されないため。

初回だけはBuildNumber.hのファイルを作っておかないと(touch BuildNumber.h)、ビルドできない。
Compile Soucesの前にRun Scriptで作るのでは遅くてダメだった。