I am working on toxicolog of zebra fish and Gambusia sb. now. I live in Edirne TÜRKİYE. I work Trakya University department of biology.
OBJECTIVE: To obtain an high-level position in Limno-Toxicology with a focus on environmental/ heavy metals and pest bioaccumulation and elimination in aquatik animals . Primary areas of interest include heavy metal toxicity to aquatic Organisms. Especially pest and cadmium and copper in my work focused on metal accumulation. I am also interesting in computer calculation of metrics on limnology. Supervisors: Timur Kırgız Phone: +905426218622 Address: Trakya University Science Faculty Department of Biology Hidrobiology 22030 Edirne TÜRKİYE
LD50 (LC50 ya da EC50) Hesaplamasında Alternatif Yollar
Utku Güner1, Mutlu 1 Çolakoğulları2
Trak... more LD50 (LC50 ya da EC50) Hesaplamasında Alternatif Yollar
Utku Güner1, Mutlu 1 Çolakoğulları2 Trakya Üniversitesi Fen Fak. Biyoloji Bölümü, Edirne, ugıner@trakya.edu.tr, 2 Trakya Üniversitesi Fen Fak. Fizik Bölümü, Edirne,
Amaç: Lethal dozun belirlenmesi ekolojik sorunların önlenmesin toksik etkilerin değerlendirilmesi ve de analiz yeteneği de önemli bir rol oynar. Yaygın olarak toksikolojik çalışmalarda kullanılan doz-yanıt ilişkisinin bir tipi olan LD50 (LC50 yada EC50), ölüm ve organizmanın yanıtı ya hep ya hiç yanıttır. Bu tip verilerin değerlendirilmesinde faklı yollar vardır. SPSS, Fotran dilinde yazılmıış DOS yazılımları, R ve MatLap gibi farklı yazılımlar LC50-ED50 değerlendirilmesinde kullanabilir. Bu çalışmada "Trimmed Spearman-Karber yöntemi" olarak adlandırın, probit ve logit modellere dayanan bir açık kodun Türkçe güncellemesi ve deneysel veri seti ile test edilmesi gerçekleştirilmiştir. Gereçler ve Yöntemler: Lethal doz hesaplama en yaygın yazılımlar 1970 yılarda Fotran dilinde yazılmış bir yazılım kodudur. Söz konusu lethal doz hesaplama programın kaynak kodları EPA sitesinde alınarak türkçeleştirildi, kodlar tekrar derlenerek Windows 7 ile uyumlu hale getirildi. Derlenen kodlar ile örnek veriler test edilerek güncellenen kodların doğruluğu denendr. Program ayrıca programın kullanacak için yardımcı bilgiler taşıyan belgeler eklendi. Deneysel veri seti elde edilmesi için yaklaşık 200 yetişkin Gambusia affinis Gülapoğlu Gölet’inden (Edirne) şehir toplandı. Deneylerde kullanılan balık yetişkin 25 - 35 mm boyunda her iki cinsinten, ve yaklaşık 1 gr ağırlığındandı. Toplanan balıklar deneyden önce akvaryumlara (50x50x100 cm, 100 l) transfer edildi, 7 gün boyunca 25 oC ve 12:12 ışık periyodunda ortama alıştırıldı. Toksik madde olarak 1000 ppm Arsenik ve Kadmium çözeltilerinin seri sulandırılmasıyla Lethal konsantrasyon deneyi(LC50) için gerekli olan çözeltiler elde edildi. Deneyler 50 ml falkon tüp içinde her tüpte 5 balık olacak şekilde düzenlendi. Deneyde aktif karbondan geçmiş şehir suyu kullanıldı. Seri sulandırma ile 1000 ppm Cd ve Ar ve karışım çözeltileri ICP standart çözeltilerinden(1000 ppm) seri sulandırma ile elde edildi. Çalışmada 50 ml’lik 20 ppm, 10 ppm,1 ppm, 0.1 ppm ve 0.01 ppm konsantrasyonlar 24 saat süre ile 5’li balık gruplarına verilmiştir. 24 saatlik süre sonunda ölümler kayıt edilmiş ve LC50 hesaplamaları için kullanılmıştır. Sonuç: Deneyler boyunca kontrol gruplarında ölüm gözlenmedi. 24 saatlik süre ile farklı metal(Cd ve Ar için 20, 10, 1, 0.1 ve 0.001 ppm) maruz bırakılan Gambusia affinis LC50 değeri Cd için 0.07 ppm Ar için LC50 değeri 0.01 ve her iki elementin karışımı için LC50 değeri 0.04 ppm olarak hesaplanmıştır. Anahtar Kelimeler:Lethal doz, Gambusia affinis , fotran, LC50, EC50
Farklı pH (5,5 Ve 7,2) Değerlerinde Gambusia affinis (Baird & Girard, 1853) Alüminyum LC50 Değer... more Farklı pH (5,5 Ve 7,2) Değerlerinde Gambusia affinis (Baird & Girard, 1853) Alüminyum LC50 Değerleri
Utku Güner*
* Trakya Universitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü 22030, Edirne
Bu çalışmanın amacı, sivrisinek balığının Gambusia affinis (Baird & Girard, 1853)’in farklı pH değerlerindeki (pH 5,5 ve 7,2) alüminyum LC50 değerlerini belirlemektir. Alüminyumun(AlCl3 6H2O) LC50 değerleri, farklı pH değerlerinde, statik deney koşullarında, kısa süreli (24 saat) olarak belirlenmiştir. G. afiinis, 24 saat boyunca farklı iki pH (5,5 ve7,4) değeri için 9 farklı subletal (1,00, 4,98, 9,90, 19,61, 47,62, 69,77, 90,91, 200,00, 259,26 g/L) alüminyum dozuna maruz bırakılmıştır. Deneyler 23,0 oC’de, normal gece gündüz periyodunda, Ion Exchange Cartridge’dan geçen 50 S total sertlikteki suda, 1 litrelik kaplarda yapılmıştır. Elde edilen mortalite sonuçları Trimmed Spearman–Karber Program (1.5 version) kullanılarak değerlendirilmiş ve LC50 değerleri hesaplanmıştır. G. affinis için 24 saatlik LC50 değeri pH 7.4 için 50.77 g/L, pH 5.5 için 16.33 g/L olarak belirlenmiştir. Alüminyumun lethal doz 50 değerinin düşük pH değerlerinde önemli ölçüde azaldığı belirlenmiştir.
Balıklarda Comet Assay
Utku GÜNER* Fulya Dilek GÖKALP MURANLI
*Trakya Üniversitesi Fen Fak... more Balıklarda Comet Assay
Utku GÜNER* Fulya Dilek GÖKALP MURANLI
*Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, 22030, Edirne, Türkiye
uguner @trakya.edu.tr
ÖZET:
Comet assay, DNA parçalarının elektrik akımı doğrultusunda hücreden çıkarak ilerlemesi (kuyruk oluşturması) ilkesine dayanır. Çevre kirliliği veya genotoksik ajanlara maruz kalan organizmaların hücrelerinde bulunan genetik materyal bu maruziyetten etkilenebilir ve DNA kırıkları meydana gelebilir. Meydana gelen DNA kırıkları bu metod kullanılarak gözlenebilmektedir.
Comet assay, genotoksik ve karsinojenik maddelerin genetik materyal üzerindeki etkisini ortaya çıkarmaktadır. Ksenobiyotiklerin canlılar üzerine etkileri konusunda hızlı, doğru ve etkin bilgi sağlamak için kullanılan metotlardan biridir. Çevre kirliliğinin canlılar üzerindeki etkilerinin değerlendirmesi ve belirli maddelerin farklı doz ve sürelerde uygulanmasına dayanan çalışmalarda Comet assay kullanılmaktadır.
Özellikle ekotoksikolojik çalışmalarda, uygulama ve analiz kolaylığı nedeniyle test materyali olarak balıklar tercih edilmektedir. Test edilmek istenen maddenin kontrollü ortamlarda verilebilmesi ve diğer deney hayvanlarına göre daha kolay ve fazla sayıda temin edilebilmesi, balıkların test materyali olarak kullanımını arttırmaktadır. Comet assay çok sayıda organizma, doku ve hücre tipinde uygulanmaktadır. Balıkların farklı dokuları(solungaç, karaciğer ve sperm gibi) comet assay çalışmalarında kullanılmaktadır. Bunun yanında, balık kanı, hücre sayısının fazla olması, çekirdekli eritrositlere sahip olması nedeniyle özellikle tercih edilmektedir.
Bu derlemenin amacı balıklarda, comet assay uygulama yöntemi ve comet assay sonuçlarının nasıl değerlendirildiği göstermektir.
Anahtar Kelimeler: Comet assay, Balık, Comet assay sonuçları
Comet Assay in Fish
ABSTRACT :
Comet assay based on the principle of DNA fragments that leave the cell in the direction of electric current. Genetic material in cells of organisms which are exposed to environmental pollution or genotoxic agents may be affected with this exposure and DNA fragments may be occur. DNA fragments can be observed using this method.
Comet assay is used to assess genotoxic and carcinogenic effect of substances on genetic material. Comet assay is one of a test method which is used to get quick, accurate and effective information of xenobiotics on living organisms. This method is used both to evaluate environmental pollution on living organisms and in vitro and in vivo studies with a certain test substance with different concentration and exposure periods.
In ecotoxicological studies, particularly fish is used as a test material due to ease of application and analysis. Exposure of test substance in controlled conditions, ease of providing in lots of numbers, increased use of fishes in scientific studies.
Different fish tissues (gill, liver and sperm etc.) are used in Comet assay studies. Moreover, fish blood is particularly preferred due to great number of cell number and nucleated eryhtrocytes.
The aim of this review is to evaluate Comet assay application and analyze of comet assay results on fish tissue.
Key words: Comet assay, fish, Comet assay results
Uploads
Books by Utku Güner
Papers by Utku Güner
Utku Güner1, Mutlu 1 Çolakoğulları2
Trakya Üniversitesi Fen Fak. Biyoloji Bölümü, Edirne, ugıner@trakya.edu.tr, 2 Trakya Üniversitesi Fen Fak. Fizik Bölümü, Edirne,
Amaç: Lethal dozun belirlenmesi ekolojik sorunların önlenmesin toksik etkilerin değerlendirilmesi ve de analiz yeteneği de önemli bir rol oynar. Yaygın olarak toksikolojik çalışmalarda kullanılan doz-yanıt ilişkisinin bir tipi olan LD50 (LC50 yada EC50), ölüm ve organizmanın yanıtı ya hep ya hiç yanıttır. Bu tip verilerin değerlendirilmesinde faklı yollar vardır. SPSS, Fotran dilinde yazılmıış DOS yazılımları, R ve MatLap gibi farklı yazılımlar LC50-ED50 değerlendirilmesinde kullanabilir. Bu çalışmada "Trimmed Spearman-Karber yöntemi" olarak adlandırın, probit ve logit modellere dayanan bir açık kodun Türkçe güncellemesi ve deneysel veri seti ile test edilmesi gerçekleştirilmiştir.
Gereçler ve Yöntemler: Lethal doz hesaplama en yaygın yazılımlar 1970 yılarda Fotran dilinde yazılmış bir yazılım kodudur. Söz konusu lethal doz hesaplama programın kaynak kodları EPA sitesinde alınarak türkçeleştirildi, kodlar tekrar derlenerek Windows 7 ile uyumlu hale getirildi. Derlenen kodlar ile örnek veriler test edilerek güncellenen kodların doğruluğu denendr. Program ayrıca programın kullanacak için yardımcı bilgiler taşıyan belgeler eklendi. Deneysel veri seti elde edilmesi için yaklaşık 200 yetişkin Gambusia affinis Gülapoğlu Gölet’inden (Edirne) şehir toplandı. Deneylerde kullanılan balık yetişkin 25 - 35 mm boyunda her iki cinsinten, ve yaklaşık 1 gr ağırlığındandı. Toplanan balıklar deneyden önce akvaryumlara (50x50x100 cm, 100 l) transfer edildi, 7 gün boyunca 25 oC ve 12:12 ışık periyodunda ortama alıştırıldı. Toksik madde olarak 1000 ppm Arsenik ve Kadmium çözeltilerinin seri sulandırılmasıyla Lethal konsantrasyon deneyi(LC50) için gerekli olan çözeltiler elde edildi. Deneyler 50 ml falkon tüp içinde her tüpte 5 balık olacak şekilde düzenlendi. Deneyde aktif karbondan geçmiş şehir suyu kullanıldı. Seri sulandırma ile 1000 ppm Cd ve Ar ve karışım çözeltileri ICP standart çözeltilerinden(1000 ppm) seri sulandırma ile elde edildi. Çalışmada 50 ml’lik 20 ppm, 10 ppm,1 ppm, 0.1 ppm ve 0.01 ppm konsantrasyonlar 24 saat süre ile 5’li balık gruplarına verilmiştir. 24 saatlik süre sonunda ölümler kayıt edilmiş ve LC50 hesaplamaları için kullanılmıştır.
Sonuç: Deneyler boyunca kontrol gruplarında ölüm gözlenmedi. 24 saatlik süre ile farklı metal(Cd ve Ar için 20, 10, 1, 0.1 ve 0.001 ppm) maruz bırakılan Gambusia affinis LC50 değeri Cd için 0.07 ppm Ar için LC50 değeri 0.01 ve her iki elementin karışımı için LC50 değeri 0.04 ppm olarak hesaplanmıştır.
Anahtar Kelimeler:Lethal doz, Gambusia affinis , fotran, LC50, EC50
Utku Güner*
* Trakya Universitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü 22030, Edirne
Bu çalışmanın amacı, sivrisinek balığının Gambusia affinis (Baird & Girard, 1853)’in farklı pH değerlerindeki (pH 5,5 ve 7,2) alüminyum LC50 değerlerini belirlemektir. Alüminyumun(AlCl3 6H2O) LC50 değerleri, farklı pH değerlerinde, statik deney koşullarında, kısa süreli (24 saat) olarak belirlenmiştir. G. afiinis, 24 saat boyunca farklı iki pH (5,5 ve7,4) değeri için 9 farklı subletal (1,00, 4,98, 9,90, 19,61, 47,62, 69,77, 90,91, 200,00, 259,26 g/L) alüminyum dozuna maruz bırakılmıştır. Deneyler 23,0 oC’de, normal gece gündüz periyodunda, Ion Exchange Cartridge’dan geçen 50 S total sertlikteki suda, 1 litrelik kaplarda yapılmıştır. Elde edilen mortalite sonuçları Trimmed Spearman–Karber Program (1.5 version) kullanılarak değerlendirilmiş ve LC50 değerleri hesaplanmıştır. G. affinis için 24 saatlik LC50 değeri pH 7.4 için 50.77 g/L, pH 5.5 için 16.33 g/L olarak belirlenmiştir. Alüminyumun lethal doz 50 değerinin düşük pH değerlerinde önemli ölçüde azaldığı belirlenmiştir.
Anahtar kelimeler: Alüminyum, Gambusia affinis (Baird & Girard, 1853) Lethal Dose 50, pH
Utku GÜNER* Fulya Dilek GÖKALP MURANLI
*Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, 22030, Edirne, Türkiye
uguner @trakya.edu.tr
ÖZET:
Comet assay, DNA parçalarının elektrik akımı doğrultusunda hücreden çıkarak ilerlemesi (kuyruk oluşturması) ilkesine dayanır. Çevre kirliliği veya genotoksik ajanlara maruz kalan organizmaların hücrelerinde bulunan genetik materyal bu maruziyetten etkilenebilir ve DNA kırıkları meydana gelebilir. Meydana gelen DNA kırıkları bu metod kullanılarak gözlenebilmektedir.
Comet assay, genotoksik ve karsinojenik maddelerin genetik materyal üzerindeki etkisini ortaya çıkarmaktadır. Ksenobiyotiklerin canlılar üzerine etkileri konusunda hızlı, doğru ve etkin bilgi sağlamak için kullanılan metotlardan biridir. Çevre kirliliğinin canlılar üzerindeki etkilerinin değerlendirmesi ve belirli maddelerin farklı doz ve sürelerde uygulanmasına dayanan çalışmalarda Comet assay kullanılmaktadır.
Özellikle ekotoksikolojik çalışmalarda, uygulama ve analiz kolaylığı nedeniyle test materyali olarak balıklar tercih edilmektedir. Test edilmek istenen maddenin kontrollü ortamlarda verilebilmesi ve diğer deney hayvanlarına göre daha kolay ve fazla sayıda temin edilebilmesi, balıkların test materyali olarak kullanımını arttırmaktadır. Comet assay çok sayıda organizma, doku ve hücre tipinde uygulanmaktadır. Balıkların farklı dokuları(solungaç, karaciğer ve sperm gibi) comet assay çalışmalarında kullanılmaktadır. Bunun yanında, balık kanı, hücre sayısının fazla olması, çekirdekli eritrositlere sahip olması nedeniyle özellikle tercih edilmektedir.
Bu derlemenin amacı balıklarda, comet assay uygulama yöntemi ve comet assay sonuçlarının nasıl değerlendirildiği göstermektir.
Anahtar Kelimeler: Comet assay, Balık, Comet assay sonuçları
Comet Assay in Fish
ABSTRACT :
Comet assay based on the principle of DNA fragments that leave the cell in the direction of electric current. Genetic material in cells of organisms which are exposed to environmental pollution or genotoxic agents may be affected with this exposure and DNA fragments may be occur. DNA fragments can be observed using this method.
Comet assay is used to assess genotoxic and carcinogenic effect of substances on genetic material. Comet assay is one of a test method which is used to get quick, accurate and effective information of xenobiotics on living organisms. This method is used both to evaluate environmental pollution on living organisms and in vitro and in vivo studies with a certain test substance with different concentration and exposure periods.
In ecotoxicological studies, particularly fish is used as a test material due to ease of application and analysis. Exposure of test substance in controlled conditions, ease of providing in lots of numbers, increased use of fishes in scientific studies.
Different fish tissues (gill, liver and sperm etc.) are used in Comet assay studies. Moreover, fish blood is particularly preferred due to great number of cell number and nucleated eryhtrocytes.
The aim of this review is to evaluate Comet assay application and analyze of comet assay results on fish tissue.
Key words: Comet assay, fish, Comet assay results