Os cursos de Pós-Graduação da Udesc são oferecidos em nível de Mestrado e Doutorado e têm como objetivo a formação de recursos humanos altamente qualificados, com vistas ao ensino, pesquisa e ao desenvolvimento científico e tecnológico. A universidade oferece atualmente 50 cursos de Mestrado e Doutorado.
A finalidade dos programas e cursos é ampliar a formação profissional contribuindo para a produção científica, artística e tecnológica capacitando os alunos para solucionar questões relevantes para a sociedade. Por meio dos seus cursos de Mestrado e de Doutorado, a Udesc visa garantir: