PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No.

3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

PENGUJIAN AKTIVITAS ANTIBAKTERI DAN IDENTIFIKASI

SECARA MOLEKULER MENGGUNAKAN GEN 16S RRNA
BAKTERI SIMBION ENDOFIT YANG DIISOLASI DARI ALGA
MERAH (Galaxaura rugosa)

Muhammad Zulkifli Hamzah 1), Herny E. I. Simbala1), Adithya Yudistira1)

1)
Program Studi Farmasi FMIPA UNSRAT Manado, 95115

ABSTRACT

Endophytic bacteria are defined as bacteria that colonize healthy plant tissue without causing
significant damage to the host. Several studies have shown that certain endophytic bacteria can
produce chemical compounds that have health effects, especially antibacterial-producing compounds.
The aim of this study was to obtain endophytic bacteria from red algae Galaxaura rugosa, to test the
antibacterial activity of isolated endophytic bacterial against pathogenic bacteria Escherichia coli
and Staphylococcus aureus, and to identify the species of endophytic bacteria that have the highest
antibacterial activity based on molecular analysis using encoding gene of 16S rRNA. Bacterial
isolation was performed by dilution method. Three isolates were inoculated based on morphological
differences. Testing of antibacterial activity was tested by agar diffusion method. Endophytic
bacterial isolate that have the highest antibacterial activity is K2 isolate which categorized as
intermediate against Staphylococcus aureus and categorized as strong against Escherichia coli. The
result of molecular idenfitication shows that K2 isolate has 99% similarity with Bacillus
thuringiensis, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, and Bacillus mycoides. After multiple sequence
alignment and phylogenetic analysis, K2 isolate can be identified as Bacillus mycoides.

Keywords: Endophytic Bacteria, Galaxaura rugosa, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, 16S
rRNA Gene.

ABSTRAK

Bakteri endofit didefinisikan sebagai bakteri yang menjajah jaringan tanaman yang sehat
tanpa menimbulkan luka yang nyata pada inang. Beberapa studi menunjukkan bahwa bakteri endofit
tertentu dapat memproduksi senyawa kimia yang memiliki efek bagi kesehatan, terutama senyawa
penghasil antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh bakteri endofit dari alga merah
Galaxaura rugosa, menguji aktivitas antibakteri dari isolat bakteri endofit tersebut terhadap bakteri
patogen Escherichia coli dan Staphylococcus aureus serta mengetahui spesies bakteri endofit yang
memiliki aktivitas antibakteri terbesar berdasarkan analisis secara molekuler dengan menggunakan
gen penyandi 16S rRNA. Isolasi bakteri dilakukan dengan metode pengenceran. Tiga (3) isolat
diinokulasi berdasarkan perbedaan morfologi. Pengujian aktivitas antibakteri diuji dengan metode
difusi agar. Isolat bakteri endofit yang memiliki daya antibakteri terbesar yaitu isolat K2 yang
dikategorikan sedang terhadap Staphylococcus aureus dan kuat terhadap Escherichia coli. Hasil
identifikasi molekuler menunjukkan bahwa isolat K2 memiliki kesamaan 99% dengan Bacillus
thuringiensis, Bacillus anthracis, Bacillus cereus, dan Bacillus mycoides. Setelah dilakukan multiple
sequence alignment dan phylogenetic analysis, isolat K2 dapat diidentifikasi sebagai Bacillus
mycoides.

Kata kunci: Bakteri endofit, Galaxaura rugosa, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Aktivitas
antibakteri, Gen 16S rRNA

294
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

PENDAHULUAN Pentingnya peran alga dan bakteri

Makroalga di perairan Indonesia yang berasosiasi dalam menghasilkan
mencapai 782 spesies yakni sekitar 8,6% metabolit sekunder memungkinkan untuk
dari total biota di laut (Anggadireja et al. mendapatkan senyawa alternatif sebagai
2009; Dahuri, 1998). Rumput laut dari antibakteri.
kelas alga merah (Rhodophyceae) adalah Berdasarkan hal-hal yang
yang terbanyak yang tumbuh di perairan dipaparkan di atas, maka dilakukan
laut Indonesia yaitu sekitar 452 jenis penelitian isolasi dan identifikasi secara
(Winarno, 1996). Makroalga memiliki molekuler bakteri yang berasosiasi dengan
potensi diantaranya mampu memproduksi alga merah Galaxaura rugosa dan menguji
sekunder berupa senyawa bioaktif yang potensi antibakteri dari isolat bakteri hasil
beragam dengan aktivitas yang sangat luas isolasi tersebut.
sebagai antibakteri (Zainuddin dan Malina,
2009). Potensi yang dimiliki oleh rumput METODE PENELITIAN
laut memungkinkan untuk dimanfaatkan Alat
dalam berbagai bidang, terutama di bidang Masker, sarung tangan, snorkel,
nutrasetika dan pengembangan senyawa fins, cooling box, zipper bag, saringan air,
obat (Rahaweman, 2016). alat-alat gelas, rak tabung reaksi, pipet
Mikroba yang melekat pada bagian tetes, timbangan analitik (ADAM),
tubuh tanaman disebut sebagai mikroba lumpang dan alu, magnetic stirrer (Nesco
endofit. Mikroba ini meliputi bakteri dan Lab), jarum ose, pinset, rotary shaker
jamur, hidup pada akar, batang maupun incubator (Infors HT), bunsen, lemari
daun dari suatu tanaman. Mampu pendingin, cetakan sumur diameter 7 mm,
melindungi inangnya dengan laminar air flow (Biotek), termometer,
menghasilkan senyawa metabolit sekunder autoklaf (ALP), mikropipet (Ecopipette),
yang merupakan senyawa bioaktif yang L-Glass, mistar berskala, kertas label,
dapat membunuh bakteri patogen plastik wrap, aluminium foil, jangka
(Prihatiningtyas, 2006). Senyawa yang sorong, bacteri coloni counter (Health),
dihasilkan oleh mikroba ini mirip dengan seperangkat alat PCR (Biometra T-
inangnya dan diduga sebagai hasil Personal) dan elektroforesis (Biometra T-
koevolusi atau transfer genetik dari inang Personal), alat fotografi.
(Tan dan Zou, 2001).
Identifikasi berdasarkan sekuens Bahan
gen 16S rRNA adalah akurat, yang dapat Alga merah Galaxaura rugosa.,
mengidentifikasi sampai tingkat spesies, bakteri uji Escherichia coli (ATCC 25922)
dan dapat secara rutin digunakan untuk dan Staphylococcus aureus (ATCC
identifikasi mikrobakteri serta dapat 25923), aquades, etanol 70%, etanol 95%,
mengarah pada analisis non kultur bakteri NaCl 0.9%, Natrium Hipoklorit (NaOCl)
patogen (Jill, 2004). Gen 16S rRNA dapat 5,25%, media Nutrient Agar, media
digunakan sebagai penanda molekuler Nutrient Broth, antibiotik amoksisilin 0,1
karena bersifat ubikuitus dengan fungsi mg/mL, kristal violet, lugol, larutan
yang identik pada seluruh organisme safranin, kit isolasi DNA bakteri
(Stackebrandt dan Goebel, 1995). (Geneaid), primer set (untuk bakteri),
Master Mix untuk amplifikasi DNA

295
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

(Bioline), ddH2O, gel agarosa, TBE buffer karakteristik morfologinya pada media NA
0.5x, dan etidium bromida. baru dalam cawan petri dan diisolasi
selama 24 jam. Isolat yang telah murni
Pengambilan dan Penyiapan Sampel kemudian dipindahkan dan disimpan pada
Sampel alga Galaxaura rugosa media NA.
diambil dari perairan pantai Malalayang
menggunakan alat bantu (masker, snorkel, Pengujian Aktivitas Antibakteri
dan fins). Sampel difoto kemudian Bakteri simbion endofit disiapkan
diambil, selanjutnya dimasukkan ke dalam dengan cara satu ose isolat bakteri endofit
zipper bag dan disimpan dalam cooling diinokulasikan ke dalam 5 mL media cair
box berisi es batu untuk dibawa ke NB dan diinkubasi selama 24 jam dalam
Laboratorium Mikrobiologi Program Studi rotary shaker dengan suhu 27-29ºC.
Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Masing-masing koloni bakteri simbion
Pengetahuan Alam Universitas Sam endofit dalam media cair NB kemudian
Ratulangi. Sampel diidentifikasi (secara dipindahkan ke dalam tabung sentrifuge
morfologi) kemudian dibersihkan dengan dan disentrifugasi dengan kecepatan 3000
air mengalir untuk menghilangkan kotoran rpm selama 30 menit. Supernatan yang
yang menempel dan dilakukan sterilisasi terbentuk kemudian diambil. Pengujian
permukaan untuk menghilangkan pengotor aktivitas antibakteri dilakukan dengan
maupun mikroorganisme epifit lain yang menggunakan metode difusi sumuran,
dapat mengkontaminasi. yaitu lapisan dasar dibuat dengan
menuangkan masing-masing 10 mL NA
Isolasi dan Purifikasi Bakteri Endofit dari media dasar ke dalam 6 cawan petri,
Penanaman bakteri endofit yang lalu dibiarkan sampai memadat. Setelah
bersimbiosis dengan alga dilakukan memadat, pada permukaan lapisan dasar
dengaan metode sebaran menurut Madigan diletakkan 5 pencadang baja yang diatur
(2012). Satu (1) g sampel alga yang telah sedemikian rupa jaraknya agar daerah
disterilisasi permukaannya dihancurkan pengamatan tidak saling bertumpuh.
dengan cara digerus dngan lumpang dan Kemudian suspensi bakteri dicampurkan
alu sampai halus. Selanjutnya, 1 g sampel ke dalam media pembenihan NA. Setelah
yang telah halus tersebut dimasukkan ke itu, dituangkan 20 mL ke dalam tiap cawan
dalam 9 mL akuades sehingga diperoleh petri yang diletakkan pencadang sebagai
pengenceran sampel sebesar 10-1. lapisan kedua, lalu dibiarkan sampai
Pengenceran bertingkat selanjutnya memadat. Selanjutnya setelah memadat,
dilakukan untuk seri 10 , 10 , dan 10-4.
-2 -3
pencadang diangkat secara aseptik dari
Dari masing-masing seri kemudian diambil cawan petri, sehingga akhirnya
100 µL dan disebarkan ke dalam cawan terbentuklah sumur-sumur yang digunakan
petri steril yang berisi media NA dan dalam uji antibakteri. Kemudian kultur
diinkubasi dalam inkubator (27-29ºC) isolat bakteri endofit diinokulasi pada
selama 2 x 24 jam. Koloni bakteri endofit sumur dan diinkubasi selama 24 jam.
yang tumbuh diamati bentuk, warna, Pengamatan dilakukan terhadap zona
elevasi, tepian dan ukurannya. Koloni- bening yang terbentuk disekitar sumur dan
koloni bakteri (3 koloni) dipisahkan diukur menggunakan jangka sorong
dengan jarum ose berdasarkan perbedaan dengan ketelitian 0,05 mm (Ortez, 2005).

296
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

Identifikasi Bakteri Endofit Secara Pengolahan Data Sekuens DNA

Molekuler Kromatogram DNA hasil
sekuensing disunting menggunakan
Isolasi DNA Genomik perangkat lunak Geneious. Bagian awal
Isolasi DNA Genomik dari kultur dan akhir kromatogram DNA dihapus kira-
bakteri akan dilakukan dengan metode kira 30 bp dan untuk pembacaan
Genomic DNA Mini Kit (Geneaid). nukleotida yang kurang baik diperbaiki
berdasarkan tingkat keakuratan yang
Amplifikasi gen 16S rRNA dengan
terbaca. Hasil sekuensing DNA kemudian
Teknik PCR
dianalisis menggunakan program BLAST
Amplifikasi dilakukan dengan
melalui media online NCBI untuk mencari
menggunakan mesin PCR combi block
kesamaan urutan nukleotida gen 16S
(whatman biometra Germany). Primer
rRNA dalam menentukan spesies isolat
yang digunakan untuk proses PCR yaitu
bakteri endofit dari alga Galaxaura rugosa
pasangan primer universal bact BKXF (
yang memiliki daya antibakteri terbesar.
forward) dan uni BKXR (reverse).
Cetakan yang digunakan untuk amplifikasi HASIL DAN PEMBAHASAN
gen 16S rRNA yaitu DNA genomik
bakteri yang telah diisolasi. Amplifikasi Isolasi Bakteri Endofit
dengan teknik PCR dilakukan dengan Sampel alga yang diperoleh
variasi komposisi reagen dan kondisi dilakukan sterilisasi permukaan dengan
reaksi PCR yang telah dimodifikasi. tujuan agar bakteri yang diperoleh nanti
bebas dari kontaminasi yang tertempel
Elektroforesis dan Visualisasi pada permukaan sampel sehingga bakteri
DNA yang telah diamplifikasi kemudian endofit yang ada di dalam sel Galaxaura
diseparasi dengan elektroforesis gel rugosa didapatkan. Kemudian ditimbang
agarosa 1%. Gel direndam dalam lalu digerus sampai halus yang kemudian
campuran larutan TBE buffer dan etidium dilakukan pengenceran bertingkat sampai
bromida. Visualisasi dilakukan dengan 10-7, setiap pengenceran diinokulasikan
sinar UV pada UV-transiluminator. Hasil sebanyak 100 µL pada media NA.
deteksi didokumentasikan. Hasil isolasi dari sampel
Galaxaura rugosa memperlihatkan
Sekuensing gen 16S rRNA banyaknya koloni bakteri yang tumbuh
Sekuensing dilakukan untuk dan 3 koloni diantaranya yang diinokulasi
menentukan urutan nukleotida pada ke media NA yang baru berdasarkan
fragmen DNA yang terdeteksi dari hasil perbedaan karakteristik morfologi. Tiga
visualisasi DNA yang teramplifikasi dalam (3) koloni yang terpilih kemudian
proses PCR menggunakan mesin dimurnikan dengan menggunakan media
autosequencing. Proses sekuensing yang sama.`
dilakukan dengan mengirim sampel ke
First Base Pte. Malaysia. Pengamatan Morfologi
Pengamatan morfologi dilakukan
dengan memperhatikan perbedaan
morfologi dari ketiga isolat bakteri

297
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

simbion endofit seperti ukuran, bentuk, beda yaitu putih susu, kuning, dan putih
elevasi, tepian, dan warna koloni. bening.
Berdasarkan Tabel 1 diketahui Dikatakan bakteri endofit jika
bahwa bakteri endofit Galaxaura rugosa warna pada permukaan koloni yaitu putih
memiliki ukuran dan tepian yang sama kekuningan, atau putih kental seperti susu.
yaitu ukuran yang kecil dan tepian yang Selain itu bakteri endofit dicirikan dengan
utuh. Sedangkan bentuk koloni Circular bentuk sel individu yang batang, serta
dan Irregular, Elevasi juga ada yang bentuk koloni yang bulat, oval atau tidak
timbul dan rata. Dan warna juga berbeda- beraturan (Pelczar, 1986).

Tabel 1. Pengamatan Morfologi Koloni Isolat Koloni Bakteri Endofit Dari

Galaxaura rugosa
Ciri Morfologi/Makroskopik Koloni Bakteri Endofit
Galaxaura rugosa

No. Kode Ukuran Bentuk Elevasi Tepian Warna

Isolat
1 K1 Kecil Circular Timbul Utuh Putih
Susu
2 K2 Kecil Irregular Timbul Utuh Kuning
3 K3 Kecil Circular Rata Utuh Putih
Bening
Pewarnaan Gram Bakteri Gram negatif memiliki
Pewarnaan Gram isolat bakteri komponen dinding sel yang sebagian besar
endofit K1, K2, dan K3 dilakukan untuk tersusun lapisan lipid, sehingga pada saat
mengidentifikasi bakteri yang diperoleh pewarnaan kurang dapat mempertahankan
agar dapat diklasifikasikan sebagai bakteri zat warna utama terutama pada saat dicuci
Gram positif atau Gram negatif. dengan alkohol (lipid rusak pada saat
Hasil pewarnaan Gram dari 3 isolat dicuci dengan alkohol) akibatnya
bakteri endofit pada Tabel 2 memiliki kelompok bakteri ini terlihat berwarna
bentuk yang berbeda yaitu Kokus dan merah pada hasil pewarnaan Gram.
Basil, dan terdapat 1 isolat Gram-negatif
yaitu pada isolat dengan kode K1 dan 2 Tabel 2 Pengamatan Mikroskopik Sel
isolat Gram-positif yaitu K2 dan K3. Isolat Bakteri Endofit dari Galaxaura
Bakteri Gram positif mampu rugosa.
memepertahankan zat warna utama dalam No. Kode Bentuk Gram
pewarnaan Gram, yaitu Gentian Violet. Isolat sel
Sehingga nampak warna ungu saat 1 K1 Kokus -
pengamatan dikarenakan dinding sel 2 K2 Basil +
kelompok bakteri ini tersusun oleh 3 K3 Basil +
sebagian besar peptidoglikan yang mampu Uji Daya Antibakteri Bakteri Endofit
mengikat zat warna dan tidak rusak saat dari Galaxaura rugosa
dicuci dengan alkohol.

298
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

Hasil uji aktivitas antibakteri isolat endofit K1, K2, dan K3 yang dapat
bakteri endofit Galaxaura rugosa melalui menghambat pertumbuhan bakteri uji
pengamatan 1 x 24 jam masa inkubasi Staphylococcus aureus dan Escherichia
dengan tujuan pada waktu 24 jam bakteri coli belum diketahui dengan baik,, namun
sudah masuk fase log dan sudah diduga terlibat dalam penghambatan
menghasilkan metabolit sekunder dengan 3 sintesis dinding sel bakteri.
kali pengulangan untuk masing-masing
bakteri uji, kepekaan bakteri terhadap Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit
antibiotik dapat diamati berdasarkan Galaxaura rugosa
terbentuknya zona hambat (daerah bening Identifikasi molekuler dilakukan
di sekitar pencadang). pada isolat bakteri endofit Galaxaura
rugosa yang memiliki daya antibakteri
Kontrol - terbesar pada pertumbuhan bakteri
Kontrol + Staphylococcus aureus dan Escherichia
K3 coli yaitu isolat bakteri endofit K2.
Dalam proses identifikasi
K2
molekuler bakteri, ada 3 proses utama
K1
yang paling dasar yaitu ekstraksi DNA,
0 10 20 30 40 amplifikasi dengan PCR dan
Rata-rata diameter zona hambat (mm) elektroforesis.
Tahap pertama dalam ekstraksi
Escherichia coli Staphylococcus aureus
DNA adalah proses perusakan atau
Gambar 1. Diagram Perbandingan Rata- penghancuran membran dan dinding sel
rata Diameter Zona Hambat Hasil yang dilakukan menggunakan buffer GP1.
Pengujian Aktivitas Antibakteri Pemecahan sel merupakan tahapan awal
Berdasarkan penggolongan zona dari ekstraksi DNA yang bertujuan untuk
hambat oleh Davis dan Stoud (1971), mengeluarkan isi sel. Suhu pemanasan
maka rata-rata diameter zona hambat hasil yaitu 60ºC selama 15 menit dengan tujuan
pengujian aktivitas antibakteri yang untuk meningkatkan permeabilitas dinding
dihasilkan isolat bakteri endofit dari alga sel yang berakibatkan pada masuknya
Galaxaura rugosa terhadap cairan dan materi lain di sekitar sel dan
Staphylococcus aureus yaitu: K1 (8,275 keluarnya materi-materi dari dalam sel.
mm) dalam kategori sedang, K2 (9,8 mm) Buffer-buffer yang digunakan pada tahap
dalam kategori sedang, dan K3 (1,833 ini yaitu buffer GP2 yang bertujuan untuk
mm) dalam kategori lemah. Sedangkan menetralkan, buffer GP3 untuk mengikat
rata-rata diameter zona hambat yang DNA. Kemudian pencucian pada proses
dihasilkan isolate bakteri dari alga ekstraksi menggunakan buffer W1 untuk
Galaxaura rugosa terhadap Escherichia mencuci protein, buffer Wash Buffer untuk
coli yaitu: K1 (9,367 mm) dalam kategori mencuci buffer-buffer sebelumnya dan
sedang, K2 (11,75 mm) dalam kategori garam-garam yang masih menempel pada
kuat, dan K3 (3,058) dalam kategori DNA, dan elution buffer untuk melepaskan
lemah. DNA dari membran serta untuk
Mekanisme kerja antibakteri dari penyimpanan. Setelah itu didapati hasil
senyawa yang dihasilkan isolat bakteri dari ekstraksi yaitu, DNA murni.

299
PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

Hasil ekstrasi kemudian sekuen 16S rRNA dianalisis secara

diamplifikasi dengan teknik PCR lengkap di First Base Malaysia. Hasil
(Polymerase Chain Reaction), sekuensing yang diperoleh dari Malaysia
pemanjangan nukleotida dilakukan oleh dibuka dan disunting dengan
DNA polimerase berdasarkan cetakan menggunakan perangkat lunak Geneious,
DNA yang diperoleh dari proses ekstraksi kemudian dianalisis pada Gen Bank
DNA (Bardacki, 1994). Komponen- menggunakan BLAST-N (Basic Local
komponen yang diperlukan pada proses Aligment Search Tool-Nucleotida).
PCR ada lima yaitu Taq DNA polimerase, Analisis tersebut dilakukan dengan tujuan
MgCl2, dNTPs, primer BKXF & BKXR membandingkan hasil yang diperoleh
(Kolondam, in press), dan DNA template. dengan hasil sekuen DNA dari seluruh
Keberhasilan suatu proses PCR sangat dunia dari hasil yang didepositkan pada
tergantung dari primer yang digunakan, database Gen Bank sekuen publik. Analisis
karena primer merupakan menentukan BLAST-N dilakukan secara online pada
awal dan akhir daerah yang hendak disalin website NCBI
atau diperbanyak (Becker et al., 1996). (http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
PCR yang telah dilakukan, akan Hasil analisis BLAST-N dari isolat
dilihat hasilnya pada elektroforesis. Dari bakteri endofit K2 menunjukkan kemiripan
hasil elektroforesis ini maka akan DNA sekuens dengan Bacillus anthracis,
diketahui maksimal atau tidak proses Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus, dan
amplifikasi tersebut. Dilihat dari hasil Bacillus mycoides dengan maximum
elektroforesis, tampak adanya perpindahan identity sebesar 99%. Oleh karena itu
DNA dari kutub negatif ke kutub positif. dilakukan penyetaraan (alignment)
Dan hasil elektroforesis dari isolat K2 kembali menggunakan tools situs ExPASy
tersebut diketahui terdapat pita yang Bioinformatics Resource Portal
teseparasi dan sejajar dengan marker (https://www.expasy.org/tools/#translate)
sekitar 1.200 bp (Lampiran 11). Hal ini dengan cara menerjemahkan (translate)
mengindikasikan bahwa fragmen gen yang FATSA sekuens DNA dari Bacillus
terimplikasi dengan ukuran ± 1.200 bp, anthracis, Bacillus cereus, Bacillus
sehingga dapat disimpulkan proses mycoides, Bacillus thuringiensis dan isolat
amplifikasi isolat K2 berhasil dilakukan. K2 menjadi sekuens protein, lalu
dilakukan proses alignment analysis dan
phylogenetic analysis supaya bisa
diketahui secara jelas jenis spesies Bacillus
dari isolat bakteri endofit K2. Setelah
dilakukan kedua analisis terebut, didapati
hasil identifikasi isolat bakteri endofit K2
yaitu Bacillus mycoides

KESIMPULAN
1. Tiga isolat bakteri endofit yang
Gambar 2. Hasil Elektroforesis diisolasi dari Galaxaura rugosa
Kemudian produk PCR DNA isolat mampu menghambat pertumbuhan
K2 dideterminasi dengan menggunakan Staphylococcus aureus dengan

300
 PHARMACONJurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 3 AGUSTUS 2018 ISSN 2302 - 2493

kategori rendah-sedang dan Ortez, J. H. 2005. Disk Diffusion Testing

Escherichia coli dengan kategori in Manual of Antimicrobial
rendah-kuat. Susceptibility Testing. American
2. Isolat bakteri yang memiliki indeks Society For Microbiology, USA.
penghambatan tertinggi setelah Pelczar, M. J. dan Chan, E. S. C. 1984.
diidentifikasi secara molekuler Dasar-Dasar Mikrobiologi Edisi I.
menggunakan gen 16S rRNA, UI-Press, Jakarta.
alignment analysis, dan phylogenetic Prihatiningtyas, W. 2006. Mikroba
analysis memiliki kesamaan dengan Endofit, Sumber Penghasil
Bacillus mycoides. Antibiotik yang Potensial. Fakultas
Farmasi UGM, Yogyakarta.
SARAN Rahaweman, A.C. 2016. Aktivitas
Sebaiknya dilakukan karakterisasi Antibakteri dan Isolasi Fraksi Aktif
senyawa antibakteri dari isolat bakteri Kapang Endofit Makroalga
yang diisolasi sehingga dapat Chlorophyta dan Phaeophyta
diprediksikan mekanisme penghambatan [Tesis]. Program Studi Teknologi
dari senyawa antibakteri yang dihasilkan Hasil Perairan, Sekolah
bakteri endofit tersebut terhadap Pascasarjana, Institut Pertanian
Staphylococcus aureus dan Escherichia Bogor, Bogor.
coli. Stackebrandt, E. dan Goebel, B. 1995. A
place for DNA-DNA reassociation
DAFTAR PUSTAKA
and 16S rRNA sequence analysis in
Anggadireja, J.T., Zatnika A., Purwoto H.,
the present species definition in
Istini. 2009. Rumput Laut. Penebar
bacteriology. International Journal
Swadaya, Jakarta.
of Systematic Bacteriology. 44:
Becker, J. M., Caldwell, G. A., Zuchgo, E.
846-849.
A. 1996. Biotechnology A
Tan, R. X. dan Zou, W. X. 2001.
Laboratory Course. Academic
Endophytes: A Rich Source of
Press, San Diego.
Functional Metabolites. Natural
Dahuri, R. 1998. Coastal zone
Product Reports. 18: 448-459.
management in Indonesia: issues
Winarno, F. G. 1996. Teknologi
and approaches. Journal of Coastal
Pengolahan Rumput Laut. Pustaka
Development. 1(2):97-112.
Sinar Harapan, Jakarta.
Jill, E. C. 2004. Impact of 16S rRNA Gene
Zainuddin dan Malina. 2009. Skrining
Sequence Analysis for
rumput laut asal Sulawesi Selatan
Identification of Bacteria on
sebagai antibiotik melawan bakteri
Clinical Microbiology and
patogen pada ikan [Laporan
Infectious Disease. Clinical
Penelitian].
Microbiology Reviews. 17(4) 840-
862.
Madigan, J., David, A. S., David, P. C.
2012. Biology of Microorganimsm
13th Edition. Benjamin Cummings,
USA.

301