Applications of Density Functional Theory To Biological and Bioinorganic Chemistry 1st Edition Dennis R. Salahub All Chapter Instant Download

Download the full version of the textbook now at textbookfull.
com
Applications of Density Functional Theory to

Biological and Bioinorganic Chemistry 1st
Edition Dennis R. Salahub
https://textbookfull.com/product/applications-of-
density-functional-theory-to-biological-and-
bioinorganic-chemistry-1st-edition-dennis-r-
salahub/
Explore and download more textbook at https://textbookfull.com

Recommended digital products (PDF, EPUB, MOBI) that
you can download immediately if you are interested.
Dielectrophoresis Theory Methodology and Biological

Applications 1st Edition Ronald R. Pethig
https://textbookfull.com/product/dielectrophoresis-theory-methodology-
and-biological-applications-1st-edition-ronald-r-pethig/
textbookfull.com
Chemistry of metalloproteins problems and solutions in

bioinorganic chemistry 1st Edition Joseph J. Stephanos
https://textbookfull.com/product/chemistry-of-metalloproteins-
problems-and-solutions-in-bioinorganic-chemistry-1st-edition-joseph-j-
stephanos/
textbookfull.com
Molybdenum and Tungsten Enzymes - Bioinorganic Chemistry

1st Edition Russ Hille
https://textbookfull.com/product/molybdenum-and-tungsten-enzymes-
bioinorganic-chemistry-1st-edition-russ-hille/
textbookfull.com
Developing Global Leaders: Insights from African Case

Studies Eva Jordans
https://textbookfull.com/product/developing-global-leaders-insights-
from-african-case-studies-eva-jordans/
textbookfull.com
Lonely Planet Vancouver Victoria 8th Edition Lonely Planet
https://textbookfull.com/product/lonely-planet-vancouver-victoria-8th-
edition-lonely-planet/
textbookfull.com
An Anthropology of Marxism Cedric J. Robinson
https://textbookfull.com/product/an-anthropology-of-marxism-cedric-j-
robinson/
textbookfull.com
Laboratory Techniques in Organic Chemistry 4th Edition

Jerry R. Mohrig
https://textbookfull.com/product/laboratory-techniques-in-organic-
chemistry-4th-edition-jerry-r-mohrig/
textbookfull.com
I, Me, Mine: Back to Kant, and Back Again 1st Edition

Beatrice Longuenesse
https://textbookfull.com/product/i-me-mine-back-to-kant-and-back-
again-1st-edition-beatrice-longuenesse/
textbookfull.com
Electing the Pope in early modern Italy, 1450-1700 First

Edition Miles Pattenden
https://textbookfull.com/product/electing-the-pope-in-early-modern-
italy-1450-1700-first-edition-miles-pattenden/
textbookfull.com
Developing Resilience A Cognitive Behavioural Approach 2th
Ed 2nd Edition Michael Neenan
https://textbookfull.com/product/developing-resilience-a-cognitive-
behavioural-approach-2th-ed-2nd-edition-michael-neenan/
textbookfull.com
150
Structure and Bonding
Series Editor:
D.M.P. Mingos, Oxford, United Kingdom
Editorial Board:
F.A. Armstrong, Oxford, United Kingdom

X. Duan, Beijing, China
L.H. Gade, Heidelberg, Germany
K.R. Poeppelmeier, Evanston, IL, USA
G. Parkin, NewYork, USA
M. Takano, Kyoto, Japan
For further volumes:

http://www.springer.com/series/430
Aims and Scope
The series Structure and Bonding publishes critical reviews on topics of research
concerned with chemical structure and bonding. The scope of the series spans the
entire Periodic Table and addresses structure and bonding issues associated with all
of the elements. It also focuses attention on new and developing areas of modern
structural and theoretical chemistry such as nanostructures, molecular electronics,
designed molecular solids, surfaces, metal clusters and supramolecular structures.
Physical and spectroscopic techniques used to determine, examine and model
structures fall within the purview of Structure and Bonding to the extent that the
focus is on the scientific results obtained and not on specialist information
concerning the techniques themselves. Issues associated with the development of
bonding models and generalizations that illuminate the reactivity pathways and
rates of chemical processes are also relevant.
The individual volumes in the series are thematic. The goal of each volume is to
give the reader, whether at a university or in industry, a comprehensive overview of
an area where new insights are emerging that are of interest to a larger scientific
audience. Thus each review within the volume critically surveys one aspect of that
topic and places it within the context of the volume as a whole. The most significant
developments of the last 5 to 10 years should be presented using selected examples
to illustrate the principles discussed. A description of the physical basis of the
experimental techniques that have been used to provide the primary data may also
be appropriate, if it has not been covered in detail elsewhere. The coverage need not
be exhaustive in data, but should rather be conceptual, concentrating on the new
principles being developed that will allow the reader, who is not a specialist in the
area covered, to understand the data presented. Discussion of possible future
research directions in the area is welcomed.
Review articles for the individual volumes are invited by the volume editors.
In references Structure and Bonding is abbreviated Struct Bond and is cited as

a journal.
Mihai V. Putz • D. Michael P. Mingos
Editors
Applications of Density
Functional Theory to
Biological and Bioinorganic
Chemistry
With contributions by
M. Causá • P.K. Chattaraj • A. Chakraborty • M. D’Amore •
A. Goursot • C. Garzillo • F. Gentile • E.S. Kryachko •
A. de la Lande • S. Pan • A.M. Putz • M.V. Putz •
R. Silaghi-Dumitrescu • D.R. Salahub • A. Savin •
R. Zhang • Y. Zhang
Editors
Mihai V. Putz D. Michael P. Mingos
Structural and Computational Inorganic Chemistry Laboratory
Physical-Chemistry Laboratory University of Oxford
West University of Timisoara Oxford
Timişoara United Kingdom
Romania
ISSN 0081-5993 ISSN 1616-8550 (electronic)

ISBN 978-3-642-32749-0 ISBN 978-3-642-32750-6 (eBook)
DOI 10.1007/978-3-642-32750-6
Springer Heidelberg New York Dordrecht London
Library of Congress Control Number: 2012955471
# Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2013

This work is subject to copyright. All rights are reserved by the Publisher, whether the whole or part
of the material is concerned, specifically the rights of translation, reprinting, reuse of illustrations,
recitation, broadcasting, reproduction on microfilms or in any other physical way, and transmission or
information storage and retrieval, electronic adaptation, computer software, or by similar or dissimilar
methodology now known or hereafter developed. Exempted from this legal reservation are brief excerpts
in connection with reviews or scholarly analysis or material supplied specifically for the purpose of being
entered and executed on a computer system, for exclusive use by the purchaser of the work. Duplication
of this publication or parts thereof is permitted only under the provisions of the Copyright Law of the
Publisher’s location, in its current version, and permission for use must always be obtained from
Springer. Permissions for use may be obtained through RightsLink at the Copyright Clearance Center.
Violations are liable to prosecution under the respective Copyright Law.
The use of general descriptive names, registered names, trademarks, service marks, etc. in this
publication does not imply, even in the absence of a specific statement, that such names are exempt
from the relevant protective laws and regulations and therefore free for general use.
While the advice and information in this book are believed to be true and accurate at the date of
publication, neither the authors nor the editors nor the publisher can accept any legal responsibility for
any errors or omissions that may be made. The publisher makes no warranty, express or implied, with
respect to the material contained herein.
Printed on acid-free paper
Springer is part of Springer Science+Business Media (www.springer.com)

Preface
In the early twentieth century following the elucidation of the structure of atoms it
became evident that atoms and molecules with even numbers of electrons were far
more numerous than those with odd numbers of electrons. In 1916, G. N. Lewis
provided the first comprehensive description of ionic and covalent bonds, when he
postulated that atoms tend to hold an even number of electrons in their outer shells
and a special stability was associated with eight valence electrons, which he
speculated were arranged symmetrically at the eight corners of a cube. In 1919, I.
Langmuir suggested that the structure of the periodic table could be rationalized
using an extension of Lewis’ postulates. In 1922, N. Bohr updated his model of the
atom by assuming that certain numbers of electrons (for example 2, 8, and 18)
corresponded to stable “closed shells.” In 1926, Schrödinger established a wave
mechanical description of the hydrogen atom which was subsequently extended to
polyelectron atoms. Pauli was the first to realize that the complicated numbers of
electrons in closed shells can be reduced to the simple rule of one per state, if the
electron states are defined using four quantum numbers. For this purpose he
introduced a new two-valued quantum number, identified by Goudsmit and
Uhlenbeck as electron spin. The resulting Pauli Exclusion Principle states that no
two electrons in a single atom can have the same four quantum numbers; if n, l, and
ml are the same, ms must be different such that the electrons have opposite spins.
The idea of shared electron pairs introduced by Lewis provided an effective
qualitative picture of covalent bonding and it still forms the basis of the universal
notation for chemical communication, but it was Heitler and London who in 1927
developed the first successful quantum mechanical expression for this bonding
model. Initially they provided a description of the bonding in molecular hydrogen,
but it was subsequently adapted to more complex molecules and its widespread
applications were articulated with great conviction by Linus Pauling. An alternative
molecular orbital description of chemical bonding originated from Burrau’s
description of the hydrogen molecule ion and this model was subsequently widely
developed by Mulliken and Lennard-Jones. The electrons occupy molecular
orbitals which are delocalized over the whole molecule and were filled according
to the Aufbau Principle and assigned quantum numbers according to the Pauli
v
vi Preface
Exclusion Principle. The orbitals are calculated in a self-consistent fashion in a

manner analogous to those developed previously for atomic orbitals and are based
on linear combination of the atomic orbitals of the individual atoms. The number of
molecular orbitals equals the number of atomic orbitals in the atoms being com-
bined to form the molecule. A molecular orbital describes the behavior of one
electron in the electric field generated by the nuclei and some average distribution
of the other electrons. This approximation proved to be more amenable to computer
programming than the valence bond model and was widely developed and used in
increasingly less approximate forms from 1960 to 1990.
In the early 1970s, a new electronic structure approach emerged from the physics
community and was described as density functional theory (DFT). The total energy
of a molecule was expressed as a functional of the total electron density. Hohenburg
and Kohn proved the unique relationship between electron density and energy and
Kohn and Sham put forward a practical variational DFT approach. Although
calculations in solid-state physics had been reported since the 1970s DFT was not
considered accurate enough for calculations in quantum chemistry until the 1990s,
when the approximations used in the theory were refined to more accurately
describe the exchange and correlation interactions. Computational costs for ab
initio DFT calculations are relatively low when compared to the valence bond
and molecular orbital methods. DFT thus began to approach the goals of computa-
tional thermochemistry to calculate the energetic properties of chemical processes
to an accuracy of 1 kcal mol 1. The widespread acceptance of these methodologies
by the chemical community led to Kohn and Pople sharing the Nobel Prize in
Chemistry in 1998.
When in 2004 Volumes 112 and 113 of Structure and Bonding were devoted to
the “Principles and Applications of Density Functional Theory in Inorganic Chem-
istry” the editors N. Kaltsoyanis and J.E. McGardy noted “It is difficult to overesti-
mate the impact that Density Functional Theory has had on computational quantum
chemistry over the last two decades. Indeed, this period has seen it grow from little
more than a theoretical curiosity to become a central tool in the computational
chemist’s armory.” In these volumes they described recent applications in inorganic
and biochemistry and addressed key issues in spectroscopy, mechanistic studies,
and magnetism.
As possibly the dominant discipline of the twenty-first century the biological
sciences have assimilated analytical, conceptual, and computational techniques
from the other natural sciences. The continuing need for interpreting the vast
amount of new data from in vivo and in vitro experiments using causal and
deterministic hypothesis requires a wide range of statistical and computational
tools and algorithms. As a consequence bioinformatics and mathematical, physical,
and chemical biology have flourished and been used to interpret complex natural
biological phenomena and pharmaceutical/toxicological effects of chemicals to
natural systems.
The universal implications of chemical interactions and more specifically the
structure and bonding characteristics of biomolecules suggest that DFT may also
play a crucial role in cerebro and in silico experiments. Establishing the molecular
Preface vii
basis of biological principles by means of quantum mechanical tools has become a

realistic possibility given the current accuracy of DFT methods. The present
volume opens with an authoritative review of the extensions of DFT (dispersion-
corrected functionals, Born–Oppenheimer dynamics, hybrid with molecular
mechanics, constrained, and interpretational) from chemical reactions to biochemi-
cal systems (containing over a hundred atoms, enzyme kinetics, etc.). The disper-
sion problem and the development of dispersion-corrected DFT, which may be used
accurately to describe weakly bonded biological systems, are further formalized by
specific density functional features in the second chapter. Computational models of
DFT are used in the next chapter to exemplify the theoretical counterparts of the
spectroscopic data to define the binding and activation energies of small molecules
with high bioinorganic implications such as water, congeners of molecular oxygen,
nitrogen oxides and oxyanions, sulfide, sulfur oxides and oxyanions, carbon diox-
ide, organic compounds, halogens, molecular hydrogen, and protons. The compu-
tational DFT approach as applied to the electronic localization functions and
maximum probability domain analyses for modeling metal–porphyrins. These
results suggest that the bonding is primarily ionic in porphyrins containing transi-
tion and non-transition metals. The last two chapters deal with the important
problem of modeling toxicity phenomena using reactivity principles derived from
DFT calculations. After introducing the connection between chemical structure
and biological information by connecting the chemical reactivity with biological
activity within the quantitative structure–activity relationship (QSAR) technique,
the possible anticancer activity of two new metal–borane clusters is explored. It is
further generalized by the last chapter which describes the full merging of the
QSAR with logistic enzyme kinetics. This leads to a description of the mechanisms
of chemical–biological interactions in chlorinated-PAHs by means of chemical
reactivity principles derived from conceptual DFT.
Overall the volume provides a coherent exposition of the application of DFT to
various biological and bioinorganic chemical systems. We hope that it will encour-
age the DFT community in further refining and extending the electronic models to
complex and correlated biological–chemical systems and interactions in the years
to come.
We thank the contributors to this volume for the consistent efforts they have
made in writing high-class scientific reviews and for providing the readers with a
broad perspective which has revealed the widespread uses of DFT in interpreting
biological and bioinorganic systems. MVP acknowledges the research and editing
facilities provided for the present volume by the Romanian Education and Research
Ministry within the project CNCS-UEFISCDI-TE-16/2010-2013. MVP and
DMPM sincerely thank the Springer team and in particular Marion Hertel, Ursula
Gramm, Elizabeth Hawkins, and Tanja Jaeger for professionally supervising the
production of the Structure and Bonding series in general and of this volume in
particular.
Timişoara, Romania Mihai V. Putz
Oxford, UK D. Michael P. Mingos
.
Contents
Recent Progress in Density Functional Methodology

for Biomolecular Modeling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Dennis R. Salahub, Aurélien de la Lande, Annick Goursot,
Rui Zhang, and Yue Zhang
Density Functional Theory and Molecular Interactions:
Dispersion Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Eugene S. Kryachko
Redox Activation of Small Molecules at Biological
Metal Centers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Radu Silaghi-Dumitrescu
The Bond Analysis Techniques (ELF and Maximum
Probability Domains) Application to a Family of Models
Relevant to Bio-Inorganic Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Mauro Causà, Maddalena D’Amore, Carmine Garzillo,
Francesco Gentile, and Andreas Savin
Biological Activity and Toxicity: A Conceptual
DFT Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Arindam Chakraborty, Sudip Pan, and Pratim K. Chattaraj
DFT Chemical Reactivity Driven by Biological Activity:
Applications for the Toxicological Fate of Chlorinated PAHs . . . . . . . . 181
Mihai V. Putz and Ana-Maria Putz
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
ix
.
Visit https://textbookfull.com
now to explore a rich
collection of eBooks, textbook
and enjoy exciting offers!
List of Contributors
Mauro Causà Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II, Napoli,

Italy
Arindam Chakraborty Department of Chemistry, Centre for Theoretical Studies,
Indian Institute of Technology, Kharagpur, India
Pratim K. Chattaraj Department of Chemistry, Centre for Theoretical Studies,
Indian Institute of Technology, Kharagpur, India
Maddalena D’Amore Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II,
Napoli, Italy
Aurélien de la Lande University of Calgary, Calgary, AB, Canada
Carmine Garzillo Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II,
Napoli, Italy
Francesco Gentile Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II,
Napoli, Italy
Annick Goursot University of Calgary, Calgary, AB, Canada
Eugene Serge Kryachko Bogolyubov Institute for Theoretical Physics of the
National Academy of Sciences of Ukraine, Kiev, Ukraine
Sudip Pan Department of Chemistry, Centre for Theoretical Studies, Indian
Institute of Technology, Kharagpur, India
Ana-Maria Putz Institute of Chemistry Timişoara of the Romanian Academy,
24 Mihai Viteazul Bld., Timişoara 300223, Romania
Mihai V. Putz Department of Biology-Chemistry, West University of Timişoara,
Timişoara, Romania
Dennis R. Salahub University of Calgary, Calgary, AB, Canada
xi
xii List of Contributors
Andreas Savin Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II,

Napoli, Italy
Radu Silaghi-Dumitrescu Department of Chemistry, Babes-Bolyai University
Romania, Cluj-Napoca, Romania
Rui Zhang University of Calgary, Calgary, AB, Canada
Yue Zhang University of Calgary, Calgary, AB, Canada
Struct Bond (2013) 150: 1–64
DOI: 10.1007/978-3-642-32750-6_1
# Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2013
Recent Progress in Density Functional

Methodology for Biomolecular Modeling
Dennis R. Salahub, Aurélien de la Lande, Annick Goursot,

Rui Zhang, and Yue Zhang
Abstract Density Functional Theory (DFT) has become the workhorse of

applied computational chemistry. DFT has grown in a number of different
directions depending on the applications concerned. In this chapter, we provide
a broad review of a number of DFT and DFT-based methods, having in mind the
accurate description of biological systems and processes. These range from pure
“cluster” DFT studies of the structure, properties, and reactions of biochemical
species (such as enzymatic catalysts) using either straight DFT or dispersion-
corrected functionals (DFT-D), to Born–Oppenheimer-DFT dynamics of systems
containing up to a hundred atoms or more (such as glycero-lipids), to hybrid
DFT/Molecular Mechanical Molecular Dynamics methods which include protein
and solvent environments (for enzymes or ion channels, for example), to
constrained-DFT (working within the Marcus framework for electron-transfer
reactions), to Interpretational-DFT (which provides the interpretational benefits
of the Kohn–Sham DFT methodology).
D.R. Salahub (*) • R. Zhang

Department of Chemistry, Institute for Biocomplexity and Informatics, University of Calgary,
2500 University Drive N.W, Calgary, AB, Canada T2N 1N4,
e-mail: dennis.salahub@ucalgary.ca; zhar@ucalgary.ca
A. de la Lande
Laboratoire de Chimie Physique, UMR 8000, CNRS. Université Paris Sud, Bâtiment 349. 15,
avenue Jean Perrin, 91405 Orsay, Cedex, France
e-mail: aurelien.de-la-lande@u-psud.fr
A. Goursot
ICGM, UMR 5253 CNRS, Ecole de Chimie de Montpellier, 34296 Montpellier, France
e-mail: annick.goursot@gmail.com
Y. Zhang
Key Laboratory for Macromolecular Science of Shaanxi Province, School of Chemistry &
Materials, Shaanxi Normal University, Xi’an, Shaanxi, China 710062,
e-mail: zhangyue_david@hotmail.com
2 D.R. Salahub et al.
Keywords Biomolecular modeling • Born–Oppenheimer molecular dynamics

• Constrained DFT • Density Functional Theory • Dispersion-corrected DFT
• Interpretational DFT • QM/MM methodology
Contents
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2 DFT and ADFT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.1 Methodology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
3 DFT-D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4 BODFT-MD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
4.2 Properties of Phosphatidyl Choline Lipids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
4.3 Activation of Triplet Dioxygen by Bio-inspired Cuprous Complexes . . . . . . . . . . . . . . . 26
5 DFT/MM-MD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
6 Constrained-DFT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
6.1 Methodological Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
6.2 cDFT and Population Analyses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3 Modeling Electron Transfer Reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.4 Other Applications of cDFT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
7 Interpretational-DFT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
8 Conclusions and Perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
1 Introduction
Density Functional Theory (DFT) has become the workhorse of applied computa-
tional chemistry because of its particularly appealing combination of accuracy,
speed, and interpretability. Nearly five decades have transpired since the seminal
papers of Hohenberg and Kohn [1] and Kohn and Sham [2] and nearly nine since
the first use of a density functional in atomic theory by Thomas [3] and by Fermi
[4]. Each decade has seen steady, inexorable, progress—more accurate functionals
have been developed, better and faster algorithms have been implemented, and new
analytical concepts have been devised (see e.g., [5] for a review covering the
1964–2004 period). The new methodologies and techniques have allowed systems
of ever growing complexity to be addressed, to the point where, now, DFT is
starting to have a real impact on biological questions.
In this review, we will focus on biology and try to capture the state of the art in
studies that approach aspects of biological systems and processes from various
points of view, all of them involving DFT. We will exclude from our scope the
semiempirical Tight-Binding DFT (DFTB) and also Time-Dependent DFT
(TDDFT). Although these methods have been used to study systems of biological
interest, we choose to discuss here methods and applications that involve “real”
ground-state DFT, including hybrid functionals, at the core.
Recent Progress in Density Functional Methodology for Biomolecular Modeling 3
We have chosen a methodological hierarchy that extends from “simple”

molecules and cluster models in which the usual tools of quantum chemistry,
(geometry optimization, transition state localization, reaction path following), are
applicable, to dynamical studies within the Born–Oppenheimer approximation, to
systems of greater extent and complexity in which part of the system is treated with
a molecular-mechanical force field (the so-called QM/MM approaches) and, finally,
to systems involving long-range charge transfer for which the newly developed
constrained DFT has considerable merit. Calculations at any level of the hierarchy
require an interpretational framework and a section of the chapter is devoted to
some of the concepts involved, most notably various population analyses and the
Electron Localization Function (ELF).
We have chosen this particular cross section of DFT-centric subjects because of
our own contributions to the methodologies and their applications but we will
attempt to put our own work in the context of other contributions by reviewing
some of the main contributions over the last few years. Our review will not be
exhaustive, and we apologize for the omission of any particular works that undoubt-
edly may be as pertinent as those we have chosen. Our goal is to paint as faithful a
picture as possible of the state of the art through inclusion of a representative
sampling rather than an exhaustive review. We do, however, aim to give a compre-
hensive account of the main issues involved in choosing a computational protocol
for the types of biological models we have treated, including the strengths and the
limitations of the various methodologies.
To the novice (or even expert) biomolecular modeler the choice of a problem
and of the appropriate methodology to address it can often be a daunting challenge.
In order to put the particular biological processes we have chosen for this review,
along with the six types of methodology we describe, within a common organiza-
tional framework we offer the following protocol (enzymatic catalysis has been
chosen as an exemplar but we think the protocol also applies to other problems (ion
channels, lipid conformations, peptide agglomeration, electron transfer, etc., with
some changes)).
1. Choose a relevant biological process and system. What are the biological/
biochemical/biophysical questions that are to be addressed? This choice will
of necessity involve only a small part of biological reality. We are in reduc-
tionist mode here; the question of integration into a systems framework will, for
the most part, be left to other publications.
2. Choose an appropriate active component of the biological system (in our
exemplar, an enzyme active site).
3. Consider a proposed mechanism and build a model, using crystallographic data
if available, from the active site outwards. Choose important protein residues,
substrates, intermediates and products, water molecules involved in the mech-
anism, etc., knowing that the validity of the results will depend critically on
these choices.
4. In the case of a “simple” cluster model, decide whether to fix any of the
peripheral atoms at their crystallographic positions.
5. Decide on the charge state(s) of acidic residues by calculating pKa’s. If more

than one charge state (protonated or unprotonated) seems possible, extend the
study to examine both possibilities.
6. Also in the case of a cluster model, decide whether to include the effects of the
surrounding protein and solvent through the use of a Polarizable Continuum
Model (PCM). Choose the value of the dielectric constant (often chosen to be
4.0).
7. Since in this review we are considering only DFT, decide on the variant of DFT
to use (mainly GGA or hybrid functionals, with dispersion corrections for
highest accuracy) along with the computational parameters (basis sets, auxil-
iary basis sets, integration grids, SCF and geometry convergence criteria, etc.).
Choose a software package (or write one. . .).
8. Design the study to check that the cluster model is large enough either through
cluster-convergence tests or, if that is not possible, through well-reasoned
choices of the residues to include, ideally calibrated against experimental data.
9. Decide whether the methodology is accurate enough to allow the use of
calculated energies for all steps of the mechanism or if the use of some
empirical data is preferred/necessary.
10. If a simple cluster model is thought or shown to be inadequate, extend the
model, most often by using hybrid QM/MM methods to incorporate the effects
of the surrounding protein and solvent.
11. Decide whether dynamical effects are of interest. If so, design a
Born–Oppenheimer Molecular Dynamics protocol using either a cluster or
QM/MM.
12. Decide whether entropic effects are likely to be important (for example if
charged species are released to the solvent) and, if so, decide on whether a
quantum chemical approach (calculating the partition function within a
harmonic-oscillator approximation) may be used or whether a molecular
dynamics-based approach (e.g., free-energy perturbation theory) should be
used to properly sample phase space.
13. For an MD approach with QM/MM design a protocol (preequilibration with a
classical force field, substrate docking, boundary conditions, number and
length of sampling “windows,” etc.).
14. In all of the above, one of the most delicate choices is that of a suitable reaction
coordinate.
15. For all approaches, analyze the results in terms of structural, energetic, and
dynamic aspects and using the tools of interpretational-DFT as appropriate.
Although we do not pretend that the above protocol is unique or complete in all
aspects, we will use it as a guide in the following sections, in the hope that it will be
helpful to novices as they gain experience in what is, in the end, a complex field of
computational chemistry/biology.
2 DFT and ADFT
2.1 Methodology
We take as a starting point the Kohn–Sham equations:

ð
1 rðrÞ 0
r2 þ vðrÞ þ dr þ v xc ðrÞ ’i ðrÞ ¼ ei ’i ðrÞ (1)
2 jr r 0 j
with the operators in parentheses being, respectively, the kinetic energy of the
noninteracting Kohn–Sham reference system, the external potential (nuclear-
electron attraction), the classical coulomb potential felt at the point r due to the
electronic charge distribution (including the self-interaction), and the exchange-
correlation potential. ’i is a Kohn–Sham orbital and ei is the corresponding
Kohn–Sham orbital energy. The exchange-correlation potential is the functional
derivative of the Kohn–Sham exchange-correlation energy with respect to a varia-
tion of the density:
dExc ½rðrÞ
vxc ðrÞ ¼ : (2)
drðrÞ
The Kohn–Sham equations are exact but, of course, for practical calculations
approximations have to be made and these will determine the accuracy, the speed,
and the interpretability of approximate KS-DFT methods.
The most important choice is that of the exchange-correlation functional. Here
there is a wide variety of options. Some standard choices are functionals of the
Generalized Gradient Approximation (GGA) (which we favor because of their
computational speed when used within the Auxiliary DFT approach and their
overall good level of accuracy—see below; PBE [6–8] is a common choice) and
the hybrid functionals that involve a component of Hartree–Fock exchange, the
B3LYP functional [9, 10] providing the prototypical example:
EB3LYP
xc ¼ EVWN
xc þ a0 ðEHF
x Ex
VWN
Þ þ ax ðEBecke
x EVWN
x Þ þ ac ðEVWN
c ELYP
c Þ;
(3)
where a0 ¼ 0.20, ax ¼ 0.72, and ac ¼ 0.81.

Other functionals have been specially parameterized for various applications,
notably by the Truhlar group [11]. GGA functionals of the OPTX type have had
considerable success in the area of bio-organic complexes [12–16].
Once the functional has been chosen, one needs to solve the Kohn–Sham
equations, typically using some sort of basis set, although numerical approaches
have seen some use [17]. Here we will focus on the use of Gaussian basis sets which
are used in a number of software packages (Gaussian [18], NWCHEM [19],
Q-Chem [20], etc.) and also in our own code deMon2k [21]. We further outline the
use of fitting functions [22] and the Auxiliary-DFT (ADFT) [23] methodology
because it provides a real computational advantage provided (for the moment)
that pure, nonhybrid, functionals are employed. Of course one has to address the
accuracy question, both as concerns the inherent errors of approximate functionals
and the numerical errors associated with the choice of basis sets, auxiliary basis
sets, numerical integration grids, etc. These issues will be addressed in the discussion
of the applications below, but first we complete the overview of the methodology
with a discussion of density fitting and the ADFT methodology.
The use of Gaussian functions in DFT was pioneered by Dunlap, Connolly, and
Sabin [22] who, in 1982, formulated the LCGTO-Xa method that incorporated a
variational fit of the coulomb terms. With the usual LCAO approximation, and
using a general form for the exchange-correlation energy rather than Xa (an early
density functional that uses a local density approximation for exchange,
incorporating a parameter a that, arguably, accounts for correlation to a certain
extent), one can write the total energy in terms of the density matrix:
X 1 XX
E¼ Pmn Hmn þ Pmn Pst hmn k sti þ Exc ½rðrÞ: (4)
m;n
2 m;n s;t
Here Pmn and Pts denote elements of the density matrix and Hmn an element of the
core Hamiltonian (kinetic energy and nuclear attraction). The basis functions that
are used to expand the molecular orbitals are indicated by m; n; s and t. The (up to)
four-center electron repulsion integral is represented by:
ðð
mðr0 Þnðr0 Þ
hmnksti ¼ sðrÞtðrÞdr0 dr: (5)
jr r0 j
The key development came from the realization that if one could fit the density
using an auxiliary basis set then in practice one index could be saved, turning the
problem from a basically N4 scaling, where N is the size of the orbital basis set, to
N2M where M is the size of the auxiliary basis set. Writing
X
~ðrÞ ¼
r xk kðrÞ (6)
k
along with the expansion of the density using the density matrix:
X
rðrÞ ¼ Pmn mðrÞnðrÞ (7)
m;n
and minimizing the following error

ðð
1 ~ðrÞ½rðr0 Þ r
½rðrÞ r ~ðr0 Þ
e2 ¼ drdr0 (8)
2 jr r0 j
leads to the following equation:
@e2 X X
¼ Pm;n hmnkki þ xl hlkki 08k: (9)
@xk m;n l
Solution of this equation is often called the Resolution of the Identity and is now
also common in wave function methods. A second auxiliary set was introduced for
the exchange-correlation potential; however, this used a least-squares procedure on
a numerical grid and it was not done variationally. This level of theory is identified
by the keyword BASIS in our deMon2k software since the density matrix is used
(within a min–max scheme).
Going one step further in terms of potential speed, Köster and coworkers [23]
studied the use of the auxiliary density throughout the variational process. The
corresponding auxiliary DFT (ADFT) energy expression is the following:
X X 1X
E¼ Pmn Hmn þ Pm;n hmnkkixk ~ðrÞ;
xk xl hkkli þ Exc ½r (10)
m;n m;n;k
2 k:l
where, in practice, as implemented in deMon2k, the orbital basis sets are contracted
Cartesian Gaussians while the auxiliary sets are primitive Hermite Gaussians. In
Eq. (10) the first term represents the core energy, the second the coulomb repulsion
energy of the electrons using the density matrix once and the fitted density once, the
third term complements the second in the variational fitting procedure and involves
only the fitted density and the final exchange-correlation term also involves only the
fitted density. The derivatives of this energy expression with respect to the density
matrix elements define the ADFT Kohn–Sham matrix elements:
@E X ~ðrÞ
@Exc ½r
Kmn ¼ ¼ Hmn þ hmnkki þ : (11)
@Pmn k
@P mn
After some algebra and using the variational property of the density fitting the
following equation is derived:
@E X
Kmn ¼ ¼ Hmn þ hmnkkiðxk þ zk Þ; (12)
@Pmn k
where zk are exchange-correlation fitting functions. The important thing about

Eq. (12) is that the Kohn–Sham matrix elements are independent of the density
matrix elements. As a result, only the fitted density (and, in the case of GGA
functionals, the corresponding density derivatives) have to be numerically calcu-
lated on a grid. These quantities scale linearly by construction and so the grid work
is reduced considerably. In addition, the use of shared auxiliary function exponents
between the two auxiliary sets dramatically decreases the number of expensive
exponential function evaluations, resulting in very favorable computing times.
2.2 Applications
2.2.1 Cluster Calculations for Histone Lysine Methyltransferase
We start the discussion of biomodeling using straight DFT with a brief overview of
some recent work from Per Siegbahn and coworkers using the recent review of
Siegbahn and Himo as the leading reference [24]. Siegbahn has been a champion
for (properly converged) cluster models for a number of years and his well-chosen
applications have shed considerable light on classes of enzymes for which reliable
cluster models can be formulated. With recent increases in computer power and
program efficiency, cluster models with upwards of 150 atoms are now feasible; for
some, but not all, types of reactions, these are able to capture the essence of the
relevant free-energy profiles.
Siegbahn’s recent work focuses on the B3LYP hybrid functional for which he
claims “In spite of numerous attempts, it has been difficult to improve the accuracy
beyond that of this functional.” Of course, that does not relieve us from the
responsibility of addressing the question of accuracy for a given reaction. Siegbahn
cites three sources of inaccuracy in DFT methods (1) the self-interaction error,
(2) the inherent limitations of a single-determinant approach, and (3) the lack of van
der Waals interactions in the usual functionals, including B3LYP. According to
Siegbahn, errors (1) and (2) (using a spin-unrestricted formalism) tend to cancel and
this can at least partially explain the relatively good performance of B3LYP. He
also discusses the effects of varying the amount of exact exchange in the hybrid
functionals, leading to the rule of thumb that if the results do not change very much
when the amount of exact exchange is decreased from 20 % to 15 % the methodology
seems to be reliable. While this seems less than an ideal procedure from an “ab
initio” perspective, such procedures are necessary at the present stage of advance-
ment in the search for more accurate and generally applicable functionals. The body
of work using B3LYP indicates that it can provide results of useful accuracy if it is
applied with due caution. We will discuss the third source of error in the next
section on DFT-D methodologies. We only indicate here that the empirical
corrections for dispersion-like interactions can now be readily incorporated and
that they lead in many cases to significant improvement. They should become the
default option.
Two further aspects of Siegbahn’s cluster approach are (1) a coordinate-locking
scheme and (2) the use of a polarizable continuum method (PCM) to model the
electrostatic effects of the surrounding medium (protein and solvent). The coordinate-
locking scheme fixes the coordinates of key atoms on the periphery, hence preventing
large artificial movements of the active site groups. For very small cluster models
this approach can lead to artifacts, but as the cluster grows it behaves better and
better (and ultimately becomes unnecessary). The PCM approach assumes that the
surroundings can be represented as a homogeneous polarizable medium with a
dielectric constant that has to be chosen (often e ¼ 4 gives good results but in
some studies e is varied to gauge the sensitivity of the results to this parameter).
Visit https://textbookfull.com
now to explore a rich
collection of eBooks, textbook
and enjoy exciting offers!
Fig. 1 Top: Reaction mechanism for the methylation of the Lysine side chain of histone by
S-adenosylmethionine using HKMT as the catalyst. Middle: The three cluster models used. Stars
indicate fixed atoms in the coordinate-locking scheme. Bottom: Potential energy profiles
(kcal/mol). Results for various values of the dielectric constant are shown in different colors.
Reproduced with permission from [24]
Clearly, the more protein residues and waters of solvation that are included in the
cluster model explicitly, the less critical will it be to resort to this somewhat doubtful
PCM approximation.
We turn now to histone lysine methyltransferase (HKMT) which catalyzes the
methylation of the N-terminal histone tail of chromatin using the S-adenosyl-
methionine (SAM) cofactor as the methylating agent (see Fig. 1).
Models of increasing size were used; Model I (46 atoms) contained only
truncated models of SAM and the substrate; Model II (72 atoms) also contained
two important tyrosine residues that form hydrogen bonds with the amino group of
the substrate and Model III (132 atoms, Middle part of Fig. 1) contains additional
groups that form a ring around the substrate and interact with the transferred methyl
group. The total overall charge on the models is +1. Considering only this particular
reaction one has a “quantum-chemistry friendly” situation, where all of the reaction
steps (reactants, transition state, and products) take place in a reasonably similar
environment (provided by the interacting residues of Model III, for example) and a
single positive charge is transferred from the cofactor to the substrate. Geometries
of the critical points were calculated at the B3LYP/6-31G(d,p) level with single-
point calculations of the energies using a larger 6-311 + G(2d,2p) basis. Solvation
effects were calculated as single points at the same level as the geometry
optimizations using a range of dielectric constants (2, 4, 8, 16, 80). As expected
the larger models showed little dependence on the value of e chosen (essentially
identical values for the entire range of e for the activation energy from the reactant
side and roughly a range of 4 kcal mol1 for the overall exothermicity of the
reaction) (see the bottom part of Fig. 1).
It was found that the transition-state geometries for the three models were
very similar which is of practical importance, allowing the TS search to be
performed for small models and then only having to refine the structures for the
larger models. Moreover, the calculated energy differences are not very differ-
ent in the different models. In fact all of the barriers are close to the experi-
mental barrier of 20.9 kcal mol1. The solvation effects saturate quickly; 132
atoms in this case seem to be well converged, a fortunate circumstance for this
reaction and a good number of other reactions, because such cluster sizes are
well within the range of current possibility. It was emphasized that geometry
optimization is crucial; taking raw crystallographic geometries usually leads to
wrong energy profiles.
Some final comments on the entropy (free energy) are in order. Because of the
coordinate-locking scheme, there are a number of small imaginary frequencies
(<30i cm1) which, although they do not affect the energetics significantly, do
render the calculation of the harmonic frequencies and their associated entropy
contributions inaccurate. So the reported energies correspond to enthalpies and not
free energies. For the present HKMT case, Siegbahn refers to work by Hu and
Zhang [25] to show that the entropy effects are quite small. Hu and Zhang used a
QM/MM methodology (B3LYP with single-point MP2) with free-energy perturba-
tion theory (see below) for the MM contributions to the entropy and harmonic
frequencies for the QM part (now possible because there are no frozen atoms). The
QM part contained 66 atoms, SAM and the lysine side chain only. The free energy
barriers are found to be only about 1.1 kcal mol1 lower than the potential energy
barriers, confirming the validity of neglecting entropy for this particular reaction,
which is well contained within the QM part of the system. We will see below that
this is not a general result. For some reactions, such as those involving DNA or
RNA polymerase, entropy effects can be very large; they definitely cannot be
neglected.
For other examples of the valid use of the finite cluster model, we refer the reader
to [26–31].
2.2.2 Cluster Calculations for RNA Polymerase
In the central dogma of biology (“DNA to RNA to proteins”) the first step
transcribes the genetic code from DNA to messenger RNA. This task is accom-
plished by a marvelous nano-molecular machine, the RNA Polymerase (RNAP)
enzyme, which, once initiated, processes a DNA template strand, adding successive
matching nucleoside triphosphates to a growing chain of m-RNA. RNAP is a
complex multidomain protein containing about 3,500 residues and 28,000
nonhydrogen atoms [32]. One of the great triumphs of modern protein crystallog-
raphy is surely the elucidation of many aspects of the mechanism for transcription
for which Roger Kornberg was awarded the 2006 Nobel Prize in Chemistry. In
principle, the work of Kornberg and the others who have accomplished this
magnificent task is simple—isolate and crystallize proteins that are ligated by
various intermediates along the multistate reaction path and derive their structures
by X-ray analysis. In this way we get “flash-frozen” snapshots of the reaction
mechanism. This has been so successful that a movie of the process has been
made [33] which may be viewed at http://www.lmb.uni-muenchen.de/cramer/pr-
materials. We show some snapshots from the movie in Fig. 2.
This is clearly a more complex reaction than that of HKMT just described. Of the
seven steps shown in the movie all but one involve conformational changes of the
enzyme that are more in the domain of Molecular Mechanics than in that of
quantum chemistry (we are studying these conformational steps, but they are not
the topic of the present chapter). The sole exception is step 4, catalytic
incorporation, which actually involves a multistep mechanism of chemical
reactions. This is where theory and computation have to step in to help elucidate
the mechanism. The first steps of the process involve the construction of cluster
models for the calculation of relevant portions of the potential energy surface
corresponding to proposed reaction steps. Several key choices have to be made
for which reactions to consider.
The basic enzymatic function of RNAP is the transfer of the nucleotidyl motif
from the rNTP substrates to the hydroxyl at the 30 -end of the nascent RNA
transcript. The nucleotidyl transfer reaction can be simplified as
RNAP
RNAi þ rNTP ! RNAiþ1 þ HPPi : (13)
The catalytic center of RNAP includes the binding site for the 30 -end of RNA
and the insertion site for the incoming rNTP. In the nucleotidyl transfer reaction, the
30 -OH group in the sugar ring of the RNA primer reacts with the a-phosphorous
atom of a ribonucleoside triphosphate by nucleophilic attack, then the Pa–Oab bond
is broken and pyrophosphate (PPi) is released. Thus, a nucleotidyl addition to the
RNA primer is achieved. Structural and biochemical data have shown that the
active centers of all polymerases share certain common features: a pair of metal
ions (normally divalent magnesium ions Mg2+) and three universally conserved
carboxylates. The two-metal-ion mechanism for the nucleotidyl transfer reaction
Fig. 2 Snapshots from the NAC (Nucleotide Addition Complex) movie have been depicted that
correspond to different functional states of the EC. Reproduced with permission from [33]
was proposed by Steiz [34]. A schematic diagram of the ternary elongation complex
for yeast RNA polymerase is shown in Fig. 3.
We have considered several different detailed reaction mechanisms for the
nucleotide addition [36]. In all of them, the 30 OH group has to be deprotonated,
either by passing its proton to another residue of the enzyme or to a solvent water
base base
O sugar OH O sugar OH
deprotonation protonation
3'
O O H OH
RNA primer O2 rNTP
H P O
O
O O- P O
O
ASP485 Mg2+A O- P
O O-
O O-
Mg2+B
O
GLY484 O
ASP483 O
RNAP active site ASP481

PHE482
Fig. 3 The two-metal-ion mechanism and two-proton transfer model for the nucleotidyl reaction
of yeast RNA polymerase II [34, 35]. The ternary elongation complex consists of three parts: the
growing RNA transcript (blue), the incoming rNTP (red), yeast RNA polymerase active center
(black) that is mainly composed of two divalent magnesium ions, Mg2+ A and B, and three
conserved amino acid residues, aspartates. The two protons are directly or indirectly transferred at
two sites proposed according to deuterium isotope effect experiments. One site is the primer RNA
30 terminus (left square), where the RNA primer 30 OH must be deprotonated by the incoming
rNTP, a nearby residue or a mediated water molecule before nucleophilic attack. The other is the
a- and b-phosphate bridging oxygen atom (right square), where the pyrophosphate should be
protonated by a nearby residue or a mediated water molecule before it leaves. The three aspartate
residues ASP481, 483, 485 connected by PHE482 and GLY484 conjugate with two magnesium
ions to form the active center of yeast RNA polymerase
molecule or directly to the departing pyrophosphate. One of these mechanisms is

illustrated in Fig. 4.
Initial molecular dynamics simulations were performed in order to derive a plausi-
ble starting structure for subsequent optimization with DFT. The QM model includes a
simplified RNA primer (a sugar ring with 20 and 30 OH groups), an incoming nucleotide
GTP substrate, two divalent metal cations, Mg2+A and B, a solvent water molecule,
and three universally conserved Aspartate residues (Asp481, Asp483, Asp485) where
Asp481 and Asp483 are connected by PHE482, Asp483 and Asp485 are connected by
Gly484. The three conserved aspartate residues form a lotus-like complex so that they
are quite robust during geometry optimizations. Our previous work showed that the
simplified aspartate residues (formic acid HCOO or acetic acid CH3COO) changed
a lot during geometry optimizations [37].
We found that the barrier height of direct proton transfer from the 30 OH of the
RNA primer to the O2a of rNTP is higher than that for proton transfer from the 30 OH
of RNA primer to water. Thus, the latter model will be discussed in the following.
Random documents with unrelated
content Scribd suggests to you:
d'avoir vu l'écriture. Quatre paires d'yeux, braqués sur lui, avec une
curiosité indiscrète, attendaient qu'il la lût, s'accrochant à l'espoir de
cette distraction, qui les sortit de leur ennui accoutumé. Il posa la
lettre à côté de son assiette et se força à ne pas l'ouvrir, prétendant
avec indifférence qu'il savait de quoi il s'agissait. Mais ses frères,
vexés, n'en crurent rien, et continuèrent de l'épier: en sorte qu'il fut
à la torture, jusqu'à la fin du repas. Alors seulement il fut libre de
s'enfermer dans sa chambre. Son cœur battait si fort qu'il faillit
déchirer la lettre en l'ouvrant. Il tremblait de ce qu'il allait lire; mais,
dès qu'il eut parcouru les premiers mots, une joie l'envahit.
C'était quelques lignes très affectueuses. Minna lui écrivait en
cachette. Elle l'appelait: «Cher Christlein», elle lui disait qu'elle avait
bien pleuré, qu'elle avait regardé l'étoile, chaque soir, qu'elle avait
été à Francfort, qui était une ville grandiose, où il y avait des
magasins admirables, mais qu'elle ne faisait attention à rien, parce
qu'elle ne pensait qu'à lui. Elle lui rappelait qu'il avait juré de lui
rester fidèle, et de ne voir personne en son absence, afin de penser
uniquement à elle. Elle voulait qu'il travaillât pendant tout le temps
qu'elle ne serait pas là, afin qu'il devint célèbre, et qu'elle le fût
aussi. Elle finissait en lui demandant s'il se souvenait du petit salon,
où ils s'étaient dit adieu, le matin du départ; et elle le priait d'y
retourner un matin; elle assurait qu'elle y serait encore, en pensée,
et qu'elle lui dirait encore adieu, de la même façon. Elle signait:
«Éternellement à toi! Éternellement!...»; et elle avait ajouté un post-
scriptum, pour lui recommander d'acheter un chapeau canotier, au
lieu de son vilain feutre:—«tous les messieurs distingués en portent
ici: un canotier de grosse paille, avec un large ruban bleu».
Christophe lut quatre fois la lettre, avant d'arriver à la comprendre
tout à fait. Il était étourdi, il n'avait même plus la force d'être
heureux; il se sentit brusquement si las qu'il se coucha, relisant et
baisant la lettre à tout instant. Il la mit sous son oreiller, et sa main
s'assurait sans cesse qu'elle était là. Un bien-être ineffable se
répandait en lui. Il dormit d'un trait jusqu'au lendemain.
Sa vie devint plus supportable. La pensée fidèle de Minna flottait
autour de lui. Il entreprit de lui répondre; mais il n'avait pas le droit
de lui écrire librement, il devait cacher ce qu'il sentait; c'était pénible
et difficile. Il s'évertua à voiler maladroitement son amour sous des
formules de politesse cérémonieuse, dont il se servait toujours d'une
façon ridicule.
Sa lettre partie, il attendit la réponse de Minna, il ne vécut plus que
dans cette attente. Pour prendre patience, il essaya de se promener,
de lire. Mais il ne pensait qu'à Minna, il se répétait son nom avec une
obstination de maniaque; il avait pour ce nom un amour si idolâtre
qu'il gardait dans sa poche un volume de Lessing, parce que le nom
de Minna s'y trouvait; et, chaque jour, il faisait un long détour, au
sortir du théâtre, pour passer devant une boutique de mercière, dont
l'enseigne portait les cinq lettres adorées.
Il se reprocha de se distraire, quand elle lui avait recommandé avec
insistance de travailler, pour la rendre illustre. La naïve vanité de
cette demande le touchait, comme une marque de confiance. Il
résolut, pour y répondre, d'écrire une œuvre qui lui serait non
seulement dédiée, mais vraiment consacrée. Aussi bien n'aurait-il pu
rien faire d'autre, en ce moment. À peine en eut-il conçu le dessein
que les idées musicales affluèrent. Telle une masse d'eau, accumulée
dans un réservoir depuis des mois, et qui s'écroulerait d'un coup,
brisant ses digues. Il ne sortit plus de sa chambre, pendant huit
jours. Louisa déposait son dîner à la porte: car il ne la laissait même
pas entrer.
Il écrivit un quintette pour clarinette et instruments à cordes. La
première partie était un poème d'espoir et de désir juvéniles; la
dernière, un badinage d'amour, où faisait irruption l'humour un peu
sauvage de Christophe. Mais l'œuvre entière avait été écrite pour le
second morceau: le larghetto, où Christophe avait peint une petite
âme ardente et ingénue, était, ou devait être le portrait de Minna.
Nul ne l'y eût reconnue, et elle moins que personne; mais l'important
était qu'il l'y reconnût parfaitement; il éprouvait un frémissement de
plaisir à l'illusion de sentir qu'il s'était emparé de l'être de la bien-
aimée. Nul travail ne lui fut plus facile et heureux: c'était une
détente à l'excès de l'amour, que l'absence amassait en lui; et en
même temps, le souci de l'œuvre d'art, l'effort nécessaire pour
dominer et concentrer la passion dans une forme belle et claire, lui
donnait une santé d'esprit, un équilibre de toutes ses facultés, qui lui
causait une volupté physique. Souveraine jouissance connue de tout
artiste: pendant le temps qu'il crée, il échappe à l'esclavage du désir
et de la douleur; il en devient le maître; et tout ce qui le faisait jouir,
et tout ce qui le faisait souffrir, lui semble le libre jeu de sa volonté.
Instants trop courts: car il retrouve ensuite, plus lourdes, les chaînes
de la réalité.
Tant que Christophe fut occupé de ce travail, il eut à peine le temps
de songer à l'absence de Minna: il vivait avec elle. Minna n'était plus
en Minna, elle était toute en lui. Mais quand il eut fini, il se retrouva
seul, plus seul qu'avant, plus las; il se rappela qu'il y avait deux
semaines qu'il avait écrit à Minna, et qu'elle ne lui avait pas répondu.
Il lui écrivit de nouveau; et, cette fois, il ne put se résoudre à
observer tout à fait la contrainte qu'il s'était imposée dans la
première lettre. Il reprochait à Minna, sur un ton de plaisanterie,—
car il n'y croyait pas,—de l'avoir oublié. Il la taquinait sur sa paresse
et lui faisait d'affectueuses agaceries. Il parlait de son travail avec
beaucoup de mystère, pour piquer sa curiosité, et parce qu'il voulait
lui en faire une surprise, au retour. Il décrivait minutieusement le
chapeau qu'il avait acheté; et il racontait que, pour obéir aux ordres
de la petite despote,—car il avait pris à la lettre toutes ses
prétentions,—il ne sortait plus de chez lui, et se disait malade, afin
de refuser toutes les invitations. Il n'ajoutait pas qu'il était même en
froid avec le grand-duc, parce que, dans l'excès de son zèle, il s'était
dispensé de se rendre à une soirée du château, où il était convié.
Toute la lettre était d'un joyeux abandon, et pleine de ces petits
secrets, chers aux amoureux: il s'imaginait que Minna seule en avait
la clef, et il se croyait fort habile, parce qu'il avait eu soin de
remplacer partout le mot d'amour par celui d'amitié.
Après avoir écrit, il éprouva un soulagement momentané: d'abord,
parce que la lettre lui avait donné l'illusion d'un entretien avec
l'absente; et parce qu'il ne doutait pas que Minna n'y répondît
aussitôt. Il fut donc très patient pendant les trois jours qu'il avait
accordés à la poste pour porter sa lettre à Minna et lui rapporter la
réponse. Mais, quand le quatrième jour fut passé, il recommença à
ne plus pouvoir vivre. Il n'avait plus d'énergie, ni d'intérêt aux
choses, que pendant l'heure qui précédait l'arrivée de chaque poste.
Alors il trépidait d'impatience. Il devenait superstitieux et cherchait
dans les moindres signes—le pétillement du foyer, un mot dit au
hasard—l'assurance que la lettre arrivait. Une fois l'heure passée, il
retombait dans sa prostration. Plus de travail, plus de promenades:
le seul but de l'existence était d'attendre le prochain courrier; et
toute son énergie était dépensée à trouver la force d'attendre
jusque-là. Mais quand le soir venait et qu'il n'y avait plus d'espérance
pour la journée, alors c'était l'accablement: il lui semblait qu'il ne
réussirait jamais à vivre jusqu'au lendemain; et il restait des heures,
assis devant sa table, sans parler, sans penser, n'ayant même pas la
force de se coucher, jusqu'à ce qu'un reste de volonté lui fît gagner
son lit; et il dormait d'un lourd sommeil, plein de rêves stupides, qui
lui faisaient croire que la nuit ne finirait jamais.
Cette attente continuelle devenait à la longue une véritable maladie.
Christophe en arrivait à soupçonner son père, ses frères, le facteur
même, d'avoir reçu la lettre et de la lui cacher. Il était rongé
d'inquiétudes. De la fidélité de Minna, il ne doutait pas un instant. Si
donc elle ne lui écrivait pas, c'est qu'elle était malade, mourante,
morte peut-être. Il sauta sur sa plume et écrivit une troisième lettre,
quelques lignes déchirantes, où il ne pensait pas plus, cette fois, à
surveiller ses sentiments que son orthographe. L'heure de la poste
pressait; il avait fait des ratures, brouillé la page en la tournant, sali
l'enveloppe en la fermant: n'importe! Il n'aurait pu attendre au
courrier suivant. Il courut jeter la lettre à la poste, et attendit dans
une angoisse mortelle. La seconde nuit, il eut la vision nette de
Minna, malade, qui l'appelait; il se leva, fut sur le point de partir à
pied, d'aller la rejoindre. Mais où? Où la retrouver?
Le quatrième matin, arriva la lettre de Minna,—une demi-page,—
froide et pincée. Minna disait qu'elle ne comprenait pas ce qui avait
pu lui inspirer ces stupides appréhensions, qu'elle allait bien, qu'elle
n'avait pas le temps d'écrire, qu'elle le priait de s'exalter moins à
l'avenir et d'interrompre sa correspondance.
Christophe fut atterré. Il ne mit pas en doute la sincérité de Minna. Il
s'accusa lui-même, il pensa que Minna était justement irritée des
lettres imprudentes et absurdes qu'il avait écrites. Il se traita
d'imbécile, et se frappa la tête avec ses poings. Mais il avait beau
faire: il était bien forcé de sentir que Minna ne l'aimait pas autant
qu'il l'aimait.
Les jours qui suivirent furent si mornes qu'ils ne peuvent se raconter.
Le néant ne se décrit point. Privé du seul bien qui le rattachât à
l'existence: ses lettres à Minna, Christophe ne vécut plus que d'une
façon machinale; et le seul acte de sa vie auquel il s'intéressât, était
lorsque, le soir, au moment de se coucher, il rayait, comme un
écolier, sur son calendrier, une des interminables journées qui le
séparaient du retour de Minna.
La date du retour était passée. Depuis une semaine déjà, elle aurait
dû être là. À la prostration de Christophe avait succédé une agitation
fébrile. Minna lui avait promis, en partant, de l'avertir du jour et de
l'heure de l'arrivée. Il attendait, de moment en moment, pour aller
au-devant d'elle; et il se perdait en conjectures pour expliquer ce
retard.
Un soir, un voisin de la maison, un ami de grand-père, le tapissier
Fischer, était venu fumer sa pipe et bavarder avec Melchior, comme il
faisait souvent, après dîner. Christophe, qui se rongeait, allait
remonter dans sa chambre, après avoir en vain guetté le passage du
facteur, quand un mot le fit tressaillir. Fischer disait que le lendemain
matin, de bonne heure, il irait chez les de Kerich, pour poser des
rideaux. Christophe, saisi, demanda:
—Elles sont donc revenues?
—Farceur! tu le sais aussi bien que moi, dit le vieux Fischer,
goguenard. Il y a beau temps! Elles sont rentrées avant-hier.
Christophe n'entendit rien de plus; il quitta la chambre et se prépara
à sortir. Sa mère, qui depuis quelque temps le surveillait à la
dérobée, le suivit dans le couloir et lui demanda timidement où il
allait. Il ne répondit pas et sortit. Il souffrait.
Il courut chez mesdames de Kerich. Il était neuf heures du soir. Elles
étaient au salon toutes deux, et ne parurent pas surprises de le voir.
Elles lui dirent bonsoir avec tranquillité. Minna, occupée à écrire, lui
tendit la main par-dessus la table, et continua sa lettre, en lui
demandant de ses nouvelles, d'un air distrait. Elle s'excusait
d'ailleurs de son impolitesse et feignait d'écouter ce qu'il disait; mais
elle l'interrompit' pour demander un renseignement à sa mère. Il
avait préparé des paroles touchantes sur ce qu'il avait souffert
pendant leur absence: il put à peine en balbutier quelques mots;
personne ne les releva, et il n'eut pas le courage de continuer: cela
sonnait faux.
Quand Minna eut terminé la lettre, elle prit un ouvrage, et,
s'asseyant à quelques pas de lui, se mit à lui raconter le voyage
qu'elle avait fait. Elle parlait des semaines agréables qu'elle avait
passées, des promenades à cheval, de la vie de château, de la
société intéressante; elle s'animait peu à peu et faisait des allusions
à des événements ou à des gens, que Christophe ne connaissait pas,
et dont le souvenir les faisait rire, sa mère et elle. Christophe se
sentait un étranger au milieu de ce récit; il ne savait quelle
contenance faire, et riait d'un air gêné. Il ne quittait pas des yeux le
visage de Minna, implorant l'aumône d'un regard. Mais quand elle le
regardait,—ce qu'elle faisait rarement, s'adressant plus souvent à sa
mère qu'à lui,—ses yeux, comme sa voix, étaient aimables et
indifférents. Se surveillait-elle à cause de sa mère? Il eût voulu lui
parler, seul à seule; mais madame de Kerich ne les quitta pas un
moment. Il essaya de mettre la conversation sur un sujet qui lui fût
personnel; il parla de ses travaux, de ses projets; il avait conscience
que Minna lui échappait; et il tâchait de l'intéresser à lui. En effet,
elle sembla l'écouter avec beaucoup d'attention; elle coupait son
récit par des interjections variées, qui ne tombaient pas toujours très
à propos, mais dont le ton semblait plein d'intérêt. Mais au moment
où il se remettait à espérer, grisé par un de ses charmants sourires,
il vit Minna mettre sa petite main devant sa bouche, et bâiller. Il
s'interrompit net. Elle s'en aperçut, et s'excusa aimablement,
prétextant sa fatigue. Il se leva, pensant qu'on le retiendrait encore;
mais on ne lui dit rien. Il prolongeait ses saluts, il attendait une
invitation à revenir le lendemain: il n'en fut pas question. Il fallut
partir. Minna ne le reconduisit pas. Elle lui tendit la main,—une main
indifférente, qui s'abandonnait froidement dans sa main; et il prit
congé d'elle au milieu du salon.
Il rentra chez lui, l'effroi au cœur. De la Minna d'il y avait deux mois,
de sa chère Minna, il ne restait plus rien. Que s'était-il passé?
Qu'était-elle devenue? Pour un pauvre garçon, qui n'avait jamais
encore éprouvé les changements incessants, la disparition totale, et
le renouvellement absolu des âmes vivantes, dont la plupart ne sont
pas des âmes, mais des collections d'âmes, qui se succèdent, et
s'éteignent constamment, la simple vérité était trop cruelle pour qu'il
pût se résoudre à y croire. Il en repoussait l'idée avec épouvante, et
tâchait de se persuader qu'il avait mal su voir, que Minna était
toujours la même. Il décida de retourner chez elle, le lendemain
matin, de lui parler à tout prix.
Il ne dormit pas. Il compta, dans la nuit, toutes les sonneries de
l'horloge. Dès la première heure, il alla roder autour de la maison
des de Kerich; il entra aussitôt qu'il put. Ce ne fut pas Minna qu'il vit,
ce fut madame de Kerich. Active et matinale, elle s'occupait à
arroser avec une carafe les pots de fleurs sous la véranda. Elle eut
une exclamation moqueuse, en apercevant Christophe:
—Ah! fit-elle, c'est vous!... Vous venez à propos, j'ai justement à
vous parler. Attendez, attendez...
Elle rentra un moment, pour déposer la carafe et s'essuyer les
mains, et revint, avec un petit sourire, en voyant la mine déconfite
de Christophe, qui sentait l'approche du malheur.
—Allons au jardin, reprit-elle, nous serons plus tranquilles.
Dans le jardin, tout rempli de son amour, il suivit madame de Kerich.
Elle ne se pressait pas de parler, s'amusant du trouble de l'enfant.
—Asseyons-nous là, dit-elle enfin.
Ils étaient sur le banc, où Minna lui avait tendu ses lèvres, la veille
du départ.
—Je pense que vous savez de quoi il s'agit, dit madame de Kerich,
qui prit un air grave, pour achever de le confondre. Je n'aurais
jamais cru cela, Christophe. Je vous estimais un garçon sérieux.
J'avais confiance en vous. Je n'aurais jamais pensé que vous en
abuseriez, pour essayer de tourner la tête à ma fille. Elle était sous
votre garde. Vous deviez la respecter, me respecter, vous respecter
vous-même.
Il y avait une légère ironie dans le ton:—madame de Kerich
n'attachait pas la moindre importance à cet amour d'enfants;—mais
Christophe ne le sentit pas; et ces reproches, qu'il prit au tragique,
comme il prenait toute chose, lui allèrent au cœur:
—Mais, madame... mais, madame... (balbutia-t-il, les larmes aux
yeux.) Je n'ai jamais abusé de votre confiance... Ne le croyez pas, je
vous en prie... Je ne suis pas un malhonnête homme, je vous jure!...
J'aime mademoiselle Minna, je l'aime de toute mon âme, mais je
veux l'épouser.
Madame de Kerich sourit.
—Non, mon pauvre garçon, (dit-elle, avec cette bienveillance, si
dédaigneuse au fond, qu'il allait enfin comprendre,) non, ce n'est pas
possible, c'est un enfantillage.
—Pourquoi? Pourquoi? demandait-il.
Il lui saisissait les mains, ne croyant pas qu'elle parlât sérieusement,
rassuré presque par sa voix plus douce. Elle continuait de sourire, et
disait:
—Parce que.
Il insistait. Avec des ménagements ironiques,—(elle ne le prenait pas
tout a fait au sérieux,)—elle lui dit qu'il n'avait pas de fortune, que
Minna avait d'autres goûts. Il protestait que cela ne faisait rien, qu'il
serait riche, célèbre, qu'il aurait les honneurs, l'argent, tout ce que
voudrait Minna. Madame de Kerich se montrait sceptique; elle était
amusée de cette confiance en soi, et se contentait de secouer la tête
pour dire non. Il s'obstinait toujours.
—Non, Christophe, dit-elle d'un ton décidé, non, ce n'est pas la
peine de discuter, c'est impossible. Il ne s'agit pas seulement
d'argent. Tant de choses!... La situation...
Elle n'eut pas besoin d'achever. Ce fut une aiguille qui le perça
jusqu'aux moelles. Ses yeux s'ouvrirent. Il vit l'ironie du sourire
amical, il vit la froideur du regard bienveillant, il comprit
brusquement tout ce qui le séparait de cette femme, qu'il aimait d'un
amour filial, qui semblait le traiter d'une façon maternelle; il sentit ce
qu'il y avait de protecteur et de dédaigneux dans son affection. Il se
leva, tout pâle. Madame de Kerich continuait à lui parler de sa voix
caressante: mais c'était fini; il n'entendait plus la musique des
paroles, il percevait sous chaque mot la sécheresse de cette âme
élégante. Il ne put répondre un mot. Il partit. Tout tournait autour
de lui.
Rentré dans sa chambre, il se jeta sur son lit, et il eut une
convulsion de colère et d'orgueil révolté, comme quand il était petit.
Il mordait son oreiller, il enfonçait son mouchoir dans sa bouche,
pour qu'on ne l'entendît pas crier. Il haïssait madame de Kerich. Il
haïssait Minna. Il les méprisait avec fureur. Il lui semblait qu'il avait
été souffleté, il tremblait de honte et de rage. Il lui fallait répondre,
agir sur-le-champ. Il mourrait, s'il ne se vengeait.
Il se releva, et écrivit une lettre d'une violence imbécile:
«Madame,
«Je ne sais pas si, comme vous le dites, vous vous êtes trompée
sur moi. Mais ce que je sais, c'est que je me suis trompé
cruellement sur vous. J'avais cru que vous étiez mes amies.
Vous le disiez, vous faisiez semblant de l'être, et je vous aimais
plus que ma vie. Je vois maintenant que tout cela est un
mensonge, et que votre affection pour moi n'était qu'une
duperie: vous vous serviez de moi, je vous amusais, je vous
distrayais, je vous faisais de la musique,—j'étais votre
domestique. Votre domestique, je ne le suis pas! Je ne suis celui
de personne!
«Vous m'avez fait durement sentir que je n'avais pas le droit
d'aimer votre fille. Rien au monde ne peut empêcher mon cœur
d'aimer ce qu'il aime; et si je ne suis pas de votre rang, je suis
aussi noble que vous. C'est le cœur qui ennoblit l'homme: si je
ne suis pas comte, j'ai peut-être plus d'honneur en moi que bien
des comtes. Valet ou comte, du moment qu'il m'insulte, je le
méprise. Je méprise comme la boue tout ce qui se prétend
noble, s'il n'a pas la noblesse de l'âme.
«Adieu! Vous m'avez méconnu. Vous m'avez trompé. Je vous
déteste.
«Celui qui aime, en dépit de vous, et qui aimera jusqu'à sa mort
mademoiselle Minna, parce qu'elle est à lui, et que rien ne peut
la lui reprendre.»
À peine eut-il jeté sa lettre à la boîte qu'il eut la terreur de ce qu'il

avait fait. Il essaya de n'y plus penser; mais certaines phrases lui
revenaient à la mémoire; et il avait une sueur froide, en songeant
que madame de Kerich lisait ces énormités. Au premier moment, il
était soutenu par son désespoir même; mais, dès le lendemain, il
comprit que sa lettre n'aurait d'autre résultat que de le séparer tout
à fait de Minna: et cela lui parut le pire des malheurs. Il espérait
encore que madame de Kerich, qui connaissait ses emportements,
ne prendrait pas celui-ci au sérieux, qu'elle se contenterait d'une
sévère remontrance, et,—qui sait?—qu'elle serait peut-être touchée
par la sincérité de sa passion. Il n'attendait qu'un mot pour se jeter
à ses pieds. Il l'attendit cinq jours. Puis vint une lettre. Elle disait:
«Cher Monsieur,
«Puisque, à votre avis, il y a eu un malentendu entre nous, le
plus sage est sans doute de ne point le prolonger. Je me
reprocherais de vous imposer davantage des relations,
devenues pénibles pour vous. Vous trouverez donc naturel que
nous les interrompions. J'espère que vous ne manquerez pas,
dans la suite, d'autres amis, qui sauront vous apprécier, comme
vous désirez l'être. Je ne doute point de votre avenir, et suivrai
de loin, avec sympathie, vos progrès dans la carrière musicale.
Salutations.
«Josepha von Kerich»
Les plus amers reproches eussent été moins cruels. Christophe se vit
perdu. On peut répondre à qui vous accuse injustement. Mais que
faire contre le néant de cette indifférence polie? Il s'affola. Il pensa
qu'il ne verrait plus Minna, qu'il ne la verrait plus jamais; et il ne put
le supporter. Il sentit le peu que pèse tout l'orgueil du monde, au
prix d'un peu d'amour. Il oublia toute dignité, il devint lâche, il écrivit
de nouvelles lettres, où il suppliait qu'on lui pardonnât. Elles
n'étaient pas moins stupides que celle où il s'emportait. On ne lui
répondit rien.—Et tout fut dit.
Il faillit mourir. Il pensa à se tuer. Il pensa à tuer. Il se figura du
moins qu'il le pensait. Il eut des désirs incendiaires. On ne se doute
pas du paroxysme d'amour et de haine qui dévorent certains cœurs
d'enfants. Ce fut la crise la plus terrible de son enfance. Elle mit fin à
son enfance. Elle trempa sa volonté. Mais elle fut bien près de la
briser pour toujours.
Il ne pouvait plus vivre. Accoudé sur sa fenêtre, pendant des heures,
et regardant le pavé de la cour, il songeait, comme quand il était
petit, qu'il y avait un moyen d'échapper à la torture de la vie. Le
remède était là, sous ses yeux, immédiat .. Immédiat? Qui le
savait?... Peut-être après des heures—des siècles—de souffrances
atroces!... Mais si profond était son désespoir d'enfant qu'il se
laissait glisser au vertige de ces pensées.
Louisa voyait qu'il souffrait. Elle ne pouvait se douter exactement de
ce qui se passait en lui; mais son instinct l'avertissait du danger. Elle
tâchait de se rapprocher de son fils, de connaître ses peines, afin de
le consoler. Mais la pauvre femme avait perdu l'habitude de causer
intimement avec Christophe; depuis bien des années, il renfermait
ses pensées en lui; et elle était trop absorbée par les soucis
matériels de la vie, pour avoir le temps de chercher à le deviner.
Maintenant qu'elle eût voulu lui venir en aide, elle ne savait que
faire. Elle rôdait autour de lui, comme une âme en peine; elle eût
souhaité de trouver les mots qui lui eussent fait du bien; et elle
n'osait parler, de crainte de l'irriter. Et malgré ses précautions, elle
l'irritait par tous ses gestes, par sa présence même; car elle n'était
pas très adroite, et il n'était pas très indulgent. Cependant il l'aimait,
ils s'aimaient. Mais il suffit de si peu pour séparer des êtres qui se
chérissent! Un parler trop fort, des gestes maladroits, un tic
inoffensif dans les yeux ou le nez, une façon de manger, de marcher
et de rire, une gêne physique qu'on ne peut analyser... On se dit que
ce n'est rien; et pourtant, c'est un monde. C'est assez, bien souvent,
pour qu'une mère et un fils, deux frères, deux amis, qui sont tout
près l'un de l'autre, restent éternellement étrangers l'un à l'autre.
Christophe ne trouvait donc pas auprès de sa mère un appui dans la
crise qu'il traversait. Et d'ailleurs, de quel prix est l'affection des
autres pour l'égoïsme de la passion, préoccupée d'elle seule?
Une nuit que les siens dormaient, et qu'assis dans sa chambre, sans
penser, sans bouger, il s'enlizait dans ses dangereuses idées, un bruit
de pas fit résonner la petite rue silencieuse, et un coup frappé à la
porte l'arracha à son engourdissement. On entendait un murmure de
voix indistinctes. Il se rappela que son père n'était pas rentré le soir,
et il pensa avec colère qu'on le ramenait encore ivre, comme l'autre
semaine, où on l'avait trouvé couché en travers de la rue. Car
Melchior n'observait plus aucune retenue; il se livrait à son vice, sans
que sa santé athlétique parût souffrir d'excès et d'imprudences, qui
eussent tué un autre homme. Il mangeait comme quatre, buvait à
tomber ivre-mort, passait des nuits dehors sous la pluie glacée, se
faisait assommer dans des rixes, et se retrouvait sur ses pieds, le
lendemain, avec sa bruyante gaieté, voulant que tout le monde fût
gai autour de lui.
Louisa, déjà levée, allait précipitamment ouvrir. Christophe, qui
n'avait pas bougé, se boucha les oreilles, pour ne pas entendre la
voix avinée de Melchior et les réflexions goguenardes des voisins...
Soudain, une angoisse inexplicable le saisit: il eut peur de ce qui
allait venir... Et aussitôt, un cri déchirant lui fit relever la tête. Il
bondit à la porte...
Au milieu d'un groupe d'hommes, qui parlaient à voix basse, dans le
corridor obscur, éclairé par la lueur tremblante d'une lanterne, sur
une civière était couché, comme autrefois grand-père, un corps
ruisselant d'eau, immobile. Louisa sanglotait à son cou. On avait
trouvé Melchior noyé dans le ru du moulin.
Christophe poussa un cri. Tout le reste du monde disparut, ses
autres peines furent balayées. Il se jeta sur le corps de son père, à
côté de Louisa, et ils pleurèrent ensemble.
Assis auprès du lit, veillant le dernier sommeil de Melchior, dont le
visage avait pris maintenant une expression sévère et solennelle, il
sentait la sombre tranquillité du mort entrer en lui. Sa passion
enfantine s'était dissipée, comme un accès de fièvre; le souffle
glacial de la tombe avait tout emporté. Minna, son orgueil, son
amour, hélas! quelle misère! Que tout était peu de chose auprès de
cette réalité, la seule réalité: la mort! Était-ce la peine de tant
souffrir, désirer, s'agiter, pour en arriver là!...
Il regardait son père endormi, et il était pénétré d'une pitié infinie. Il
se rappelait ses moindres actes de bonté et de tendresse. Car, avec
toutes ses tares, Melchior n'était pas méchant, il y avait beaucoup de
bon en lui. Il aimait les siens. Il était honnête. Il avait un peu de la
probité intransigeante des Krafft, qui, dans les questions de moralité
et d'honneur, ne souffrait pas de discussion et n'eût jamais admis
ces petites saletés morales, que tant de gens de la société ne
regardent pas tout à fait comme des fautes. Il était brave et, en
toute occasion dangereuse, s'exposait avec une sorte de jouissance.
S'il était dépensier pour lui-même, il l'était aussi pour les autres: il
ne pouvait supporter qu'on fût triste; et il faisait volontiers largesse
de ce qui lui appartenait,—et de ce qui ne lui appartenait pas,—aux
pauvres diables qu'il rencontrait sur son chemin. Toutes ses qualités
apparaissaient maintenant à Christophe: il les exagérait. Il lui
semblait qu'il avait méconnu son père. Il se reprochait de ne l'avoir
pas assez aimé. Il le voyait vaincu par la vie: il croyait entendre cette
malheureuse âme, entraînée à la dérive, trop faible pour lutter, et
gémissant de sa vie inutilement perdue. Il entendait cette
lamentable prière, dont l'accent l'avait déchiré naguère:
—Christophe! ne me méprise pas!
Et il était bouleversé de remords. Il se jetait sur le lit et baisait le
visage du mort, en pleurant. Il répétait, comme autrefois:
—Mon cher papa, je ne te méprise pas, je t'aime! Pardonne-moi!
Mais la plainte ne s'apaisait pas, et reprenait, angoissée:
—Ne me méprisez pas! Ne me méprisez pas!...
Et brusquement, Christophe se vit couché lui-même à la place du
mort; il entendait les terribles paroles sortir de sa propre bouche, il
sentait sur son cœur peser le désespoir d'une inutile vie,
irrémédiablement perdue. Et il pensait avec épouvante: «Toutes les
souffrances, toutes les misères du monde, plutôt que d'en arriver là!
»... Combien il en avait été près! N'avait-il pas failli céder à la
tentation de briser sa vie, pour échapper lâchement à sa peine?
Comme si toutes les peines, toutes les trahisons n'étaient pas des
chagrins d'enfant auprès de la torture et du crime suprêmes de se
trahir soi-même, de renier sa foi, de se mépriser dans la mort!
Il vit que la vie était une bataille sans trêve et sans merci, où qui
veut être un homme digne du nom d'homme doit lutter
constamment contre des armées d'ennemis invisibles: les forces
meurtrières de la nature, les désirs troubles, les obscures pensées,
qui poussent traîtreusement à s'avilir et à s'anéantir. Il vit qu'il avait
été sur le point de tomber dans le piège. Il vit que le bonheur et
l'amour étaient une duperie d'un moment, pour amener le cœur à
désarmer et à abdiquer. Et le petit puritain de quinze ans entendit la
voix de son Dieu:
—Va, va, sans jamais te reposer.
—Mais où irai-je, Seigneur? Quoique je fasse, où que j'aille, la fin
n'est-elle pas toujours la même, le terme n'est-il point là?
—Allez mourir, vous qui devez mourir! Allez souffrir, vous qui devez
souffrir! On ne vit pas pour être heureux. On vit pour accomplir ma
Loi. Souffre. Meurs. Mais sois ce que tu dois être:—un Homme.
L'ADOLESCENT
PREMIÈRE PARTIE
LA MAISON EULER
La maison était plongée dans le silence. Depuis la mort du père, tout

semblait mort. Maintenant que s'était tue la voix bruyante de
Melchior, on n'entendait plus, du matin au soir, que le murmure
lassant du fleuve.
Christophe s'était rejeté dans un travail obstiné. Il mettait une rage
muette à se punir d'avoir voulu être heureux. Aux condoléances et
aux mots affectueux il ne répondait rien, raidi dans son orgueil. Il
s'acharnait à ses tâches quotidiennes, et donnait ses leçons avec
une attention glacée. Ses élèves qui connaissaient son malheur
étaient choquées de son insensibilité. Mais ceux qui, plus âgés,
avaient quelque expérience de la douleur, savaient ce que cette
froideur apparente pouvait, chez un enfant, dissimuler de
souffrance; et ils avaient pitié. Il ne leur savait point gré de leur
sympathie. La musique même ne lui apportait aucun soulagement. Il
en faisait sans plaisir, comme un devoir. On eût dit qu'il trouvât une
joie cruelle à ne plus avoir de joie à rien, ou à se le persuader, à se
priver de toutes les raisons de vivre, et à vivre pourtant.
Ses deux frères, effrayés par le silence de la maison en deuil,
s'étaient empressés de la fuir. Rodolphe était entré dans la maison
de commerce de son oncle Théodore, et il logeait chez lui. Quant à
Ernst, après avoir essayé de deux ou trois métiers, il s'était engagé
sur un des bateaux du Rhin, qui font le service entre Mayence et
Cologne; et il ne reparaissait que quand il avait besoin d'argent.
Christophe restait donc seul avec sa mère dans la maison trop
grande; et l'exiguïté des ressources, le paiement de certaines dettes
qui s'étaient découvertes après la mort du père, les avaient décidés,
quelque peine qu'ils en eussent, à chercher un autre logement plus
humble et moins coûteux.
Ils trouvèrent un petit étage,—deux ou trois chambres au second
étage d'une maison de la rue du Marché. Le quartier était bruyant,
au centre de la ville, loin du fleuve, loin des arbres et de tous les
lieux familiers. Mais il fallait consulter la raison, et non le sentiment;
Christophe avait là une belle occasion de satisfaire à son besoin
chagrin de mortification. D'ailleurs, le propriétaire de la maison, le
vieux greffier Euler, était un ami de grand-père, il connaissait la
famille: c'était assez pour décider Louisa, perdue dans sa maison
vide, et irrésistiblement attirée vers ceux qui gardaient le souvenir
des êtres qu'elle avait aimés.
Ils se préparèrent au départ. Ils savourèrent longuement l'amère
mélancolie des derniers jours passés au foyer triste et cher que l'on
quitte pour jamais. Ils osaient à peine échanger leur douleur; ils en
avaient honte ou peur. Chacun pensait qu'il ne devait pas montrer sa
faiblesse à l'autre. À table, tous deux seuls dans une lugubre pièce
aux volets demi-clos, ils n'osaient pas élever la voix, ils se hâtaient
de manger et évitaient de se regarder, par crainte de ne pouvoir
cacher leur trouble. Ils se séparaient aussitôt après. Christophe
retournait à ses affaires; mais, dès qu'il avait un instant de liberté, il
revenait, il s'introduisait en cachette chez lui, il montait sur la pointe
des pieds dans sa chambre ou au grenier. Alors il fermait la porte, il
s'asseyait dans un coin, sur une vieille malle, ou sur le rebord de la
fenêtre, et il restait sans penser, se remplissant du bourdonnement
indéfinissable de la vieille maison qui tressaillait au moindre pas. Son
cœur tremblait comme elle. Il épiait anxieusement les souffles du
dedans et du dehors, les craquements du plancher, les bruits
imperceptibles et familiers: il les reconnaissait tous. Il perdait
conscience, sa pensée était envahie par les images du passé; il ne
sortait de son engourdissement qu'au son de l'horloge de Saint-
Martin, qui lui rappelait qu'il était temps de repartir.
À l'étage au-dessous, le pas de Louisa allait et venait doucement.
Pendant des heures, on ne l'entendait plus; elle ne faisait aucun
bruit. Christophe tendait l'oreille. Il descendait, un peu inquiet,
comme on le reste longtemps, après un grand malheur. Il
entr'ouvrait la porte: Louisa lui tournait le dos; elle était assise
devant un placard, au milieu d'un fouillis de choses: des chiffons, de
vieux effets, des objets dépareillés, des souvenirs qu'elle avait sortis,
sous prétexte de les ranger. Mais la force lui manquait: chacun lui
rappelait quelque chose; elle le tournait et le retournait; et elle se
mettait à rêver; l'objet s'échappait de ses mains; elle restait, des
heures, les bras pendants, affaissée sur sa chaise et perdue dans
une torpeur douloureuse.
La pauvre Louisa vivait maintenant la meilleure partie de ses jours
dans le passé,—ce triste passé, qui avait été pour elle bien avare de
joie; mais elle était si habituée à souffrir qu'elle conservait la
gratitude des moindres bienfaits rendus, et que les pâles lueurs qui
brillaient de loin en loin dans sa vie suffisaient à l'illuminer. Tout le
mal que lui avait fait Melchior était oublié, elle ne se souvenait que
du bien. L'histoire de son mariage avait été le grand roman de sa
vie. Si Melchior y avait été entraîné par un caprice, dont il s'était vite
repenti, c'était de tout son cœur qu'elle s'était donnée; elle s'était
crue aimée, comme elle aimait; et elle en avait gardé à Melchior une
reconnaissance attendrie. Ce qu'il était devenu, par la suite, elle ne
cherchait pas à le comprendre. Incapable de voir la réalité comme
elle est, elle savait seulement la supporter comme elle est, en
humble et brave femme, qui n'a pas besoin de comprendre la vie,
pour vivre. Ce qu'elle ne s'expliquait pas, elle s'en remettait à Dieu
de l'expliquer. Par une piété singulière, elle prêtait à Dieu la
responsabilité des injustices qu'elle avait pu souffrir de Melchior et
des autres, n'attribuant à ceux-ci que le bien qu'elle en avait reçu.
Aussi cette existence de misère ne lui avait laissé aucun souvenir
amer. Elle se sentait seulement usée,—chétive créature,—par ces
années de privations et de fatigues; et maintenant que Melchior
n'était plus là, maintenant que deux de ses fils s'étaient envolés du
foyer, et que le troisième semblait pouvoir se passer d'elle, elle avait
perdu tout courage pour agir; elle était lasse, somnolente, sa volonté
était engourdie. Elle traversait une de ces crises de neurasthénie, qui
frappent souvent, au déclin de la vie, les personnes laborieuses,
quand un coup imprévu leur enlève toute raison de travailler. Elle
n'avait plus le courage de finir le bas qu'elle tricotait, de ranger le
tiroir où elle cherchait, de se lever pour fermer la fenêtre: elle restait
assise, la pensée vide, sans force,—que pour se souvenir. Elle avait
conscience de sa déchéance, et elle en rougissait; elle s'efforçait de
la cacher à son fils; et Christophe, absorbé par l'égoïsme de sa
propre peine, n'avait rien remarqué. Sans doute, il avait des
impatiences secrètes contre les lenteurs de sa mère, maintenant, à
parler, à faire les moindres choses; mais, si différentes que fussent
ces façons de son activité accoutumée, il ne s'en était pas
préoccupé.
Il en fut frappé, pour la première fois, un jour qu'il la surprit, au
milieu de ses chiffons répandus sur le parquet, entassés à ses pieds,
remplissant ses mains et couvrant ses genoux. Elle avait le cou
tendu, la tête penchée en avant, le visage rigide. En l'entendant
entrer, elle eut un tressaillement; une rougeur monta à ses joues
blanches; d'un mouvement instinctif, elle s'efforça de cacher les
objets qu'elle tenait, et elle balbutia, avec un sourire gêné:
—Tu vois, je rangeais...
Il eut la sensation poignante de cette pauvre âme échouée parmi les
reliques de son passé, et il fut saisi de compassion. Pourtant il prit
un ton un peu brusque et grondeur, afin de l'arracher à son apathie:
—Allons, maman, allons, il ne faut pas rester ainsi, au milieu de
cette poussière, dans cette chambre fermée! Cela fait du mal. Il faut
se secouer, il faut en finir avec ces rangements.
—Oui, dit-elle docilement.
Elle essaya de se lever, pour remettre les objets dans le tiroir. Mais
elle se rassit aussitôt, laissant retomber avec découragement ce
qu'elle avait pris.
—Je ne peux pas, je ne peux pas, gémit-elle, je n'en viendrai jamais
à bout!
Il fut effrayé. Il se pencha sur elle, il lui caressa le front avec ses
mains.
—Voyons, maman, qu'est-ce que tu as? dit-il. Veux-tu que je t'aide?
Est-ce que tu es malade?
Elle ne répondait pas. Elle avait une sorte de sanglot intérieur. Il lui
prit les mains, il se mit à genoux devant elle, pour mieux la voir dans
la demi-ombre de la chambre.
—Maman! dit-il, inquiet.
Louisa, le front appuyé sur son épaule, s'abandonna à une crise de
larmes.
—Mon petit, répétait-elle, en se serrant contre lui, mon petit!... Tu
ne me quitteras pas? Promets-moi, tu ne me quitteras pas?
Il avait le cœur déchiré de pitié:
—Mais non, maman, je ne te quitterai pas. Qu'est-ce que c'est que
cette idée?
—Je suis si malheureuse! Ils m'ont tous quitté, tous...
Elle montrait les objets qui l'entouraient, et l'on ne savait si elle
parlait d'eux, ou de ses fils et de ses morts.
—Tu resteras avec moi? Tu ne me quitteras pas?... Qu'est-ce que je
deviendrais, si tu t'en allais aussi?
—Je ne m'en irai pas. Nous resterons ensemble. Ne pleure plus. Je
te le promets.
Elle continuait à pleurer, sans pouvoir s'arrêter. Il lui essuya les yeux
avec son mouchoir.
—Qu'as-tu, chère maman? Tu souffres?
—Je ne sais pas, je ne sais pas ce que j'ai.
Elle faisait effort pour se calmer et sourire.
—J'ai beau me raisonner: pour un rien, je me remets à pleurer...
Tiens, tu vois, je recommence... Pardonne-moi. Je suis bête. Je suis
vieille. Je n'ai plus de force. Je n'ai plus de goût à rien. Je ne suis
plus bonne à rien. Je voudrais être enterrée avec tout cela...
Il la pressait contre son cœur, comme un enfant.
—Ne te tourmente pas, repose-toi, ne pense plus...
Elle s'apaisait peu à peu.
—C'est absurde, j'ai honte... Mais, qu'est-ce que j'ai? Qu'est-ce que
j'ai?
Cette vieille travailleuse ne parvenait pas à comprendre pourquoi sa
force s'était tout à coup rompue; et elle en était humiliée. Il feignit
de ne pas s'en apercevoir.
—Un peu de fatigue, maman, dit-il, tâchant de prendre un ton
indifférent. Cela ne sera rien, tu verras...
Mais il était inquiet aussi. Depuis l'enfance, il était habitué à la voir
vaillante, résignée, silencieusement résistante à toutes les épreuves.
Et cet abattement lui faisait peur.
Il l'aida à ranger les affaires éparses sur le plancher. De temps en
temps, elle s'attardait à un objet; mais il le lui prenait des mains
doucement, et elle le laissait faire.
À partir de ce jour, il s'obligea à rester davantage avec elle. Dès qu'il
avait fini sa tâche, au lieu de s'enfermer chez lui, il venait la
rejoindre. Il sentait combien elle était seule, et qu'elle n'était pas
assez forte pour l'être: il y avait danger à la laisser.
Il s'asseyait à côté d'elle, le soir, près de la fenêtre ouverte qui
donnait sur la route. La campagne s'éteignait peu à peu. Les gens
rentraient à leur foyer. Les petites lumières s'allumaient dans les
maisons, au loin. Ils avaient vu cela mille fois. Mais bientôt, ils ne le
verraient plus. Ils échangeaient des mots entrecoupés. Ils se
faisaient mutuellement remarquer les moindres incidents connus,
prévus, de la soirée, avec un intérêt toujours renouvelé. Ils se
taisaient longuement. Louisa rappelait, sans raison apparente, un
souvenir, une histoire décousue, qui lui passait par la tête. Sa langue
se déliait un peu, maintenant qu'elle sentait auprès d'elle un cœur
aimant. Elle faisait effort pour parler. Cela lui était difficile: car elle
avait pris l'habitude de rester à l'écart des siens; elle regardait ses
fils et son mari comme trop intelligents, pour causer avec elle; elle
n'osait pas se mêler à leur conversation. La pieuse sollicitude de
Christophe lui était chose nouvelle et infiniment douce, mais qui
l'intimidait. Elle cherchait ses mots, elle avait peine à s'exprimer; ses
phrases restaient inachevées, obscures. Parfois, elle avait honte de
ce qu'elle disait; elle regardait son fils, et s'arrêtait au milieu d'une
histoire. Mais il lui serrait la main: elle se sentait rassurée. Il était
pénétré d'amour et de pitié pour cette âme enfantine et maternelle,
où il s'était blotti, quand il était enfant, et qui cherchait en lui
maintenant un appui. Et il prenait un plaisir mélancolique à ces
petits bavardages sans intérêt pour tout autre que pour lui, à ces
souvenirs insignifiants d'une vie toujours médiocre et sans joie, mais
qui semblaient à Louisa d'un prix infini. Il cherchait quelquefois à
l'interrompre; il craignait que ces souvenirs ne l'attristassent encore,
il l'engageait à se coucher. Elle comprenait son intention, et elle lui
disait, avec des yeux reconnaissants:
—Non, je t'assure, cela me fait du bien; restons encore un peu.
Ils restaient jusqu'à ce que la nuit fût avancée, et le quartier
endormi. Alors, ils se disaient bonsoir, elle, un peu soulagée de s'être
déchargée d'une partie de ses peines, lui, le cœur un peu gros de ce
fardeau nouveau.
Le jour du départ arrivait. La veille, ils restèrent plus longtemps que
d'habitude dans la chambre sans lumière. Ils ne se parlaient pas. De
temps en temps, Louisa gémissait: «Ah! mon Dieu!» Christophe
tâchait d'occuper son attention des mille petits détails du
déménagement du lendemain. Elle ne voulait pas se coucher. Il l'y
obligea affectueusement. Mais lui-même, remonté dans sa chambre,
ne se coucha pas avant longtemps. Penché à la fenêtre, il s'efforçait
de percer l'obscurité, de voir une dernière fois les ténèbres
mouvantes du fleuve, au pied de la maison. Il entendait le vent dans
les grands arbres du jardin de Minna. Le ciel était noir. Nul passant
dans la rue. Une pluie froide commençait à tomber. Les girouettes
grinçaient. Dans une maison voisine, un enfant pleurait. La nuit
pesait sur la terre, d'une tristesse écrasante. Les heures monotones,
les demies et les quarts au timbre fêlé, s'égouttaient dans le silence
morne, que ponctuait le bruit de la pluie sur les toits.
Comme Christophe se décidait enfin à se coucher, le cœur transi, il
entendit la fenêtre au-dessous qui se fermait. Et, dans son lit, il
pensa qu'il est cruel pour les pauvres gens de s'attacher au passé:
car ils n'ont pas le droit d'avoir, comme les riches, un passé; ils n'ont
pas de maison, pas un coin sur la terre où ils puissent abriter leurs
souvenirs: leurs joies, leurs peines, tous leurs jours sont dispersés
au vent.
Le lendemain, ils transportèrent, sous la pluie battante, leur pauvre
mobilier dans le nouveau logis. Fischer, le vieux tapissier, leur avait
prêté une charrette et son petit cheval; et il vint leur donner un coup
de main. Mais ils ne purent emporter tous les meubles; car
l'appartement où ils allaient était beaucoup plus étroit que l'ancien.
Christophe dut décider sa mère à laisser les plus vieux et les plus
inutiles. Ce ne fut pas sans peine; les moindres avaient du prix pour
elle: une table boiteuse, une chaise brisée, elle ne voulait rien
sacrifier. Il fallut que Fischer, fort de l'autorité que lui donnait sa
vieille amitié avec grand-père, joignît sa voix grondeuse à celle de
Christophe, et même que, bonhomme, et comprenant sa peine, il
promît de lui conserver en dépôt quelques-uns de ces précieux
débris pour le jour où elle pourrait les reprendre. Alors elle consentit
à s'en séparer, avec déchirement.
Les deux frères avaient été prévenus du déménagement; mais Ernst
était venu dire, la veille, qu'il ne pourrait être là; et Rodolphe ne
parut qu'un moment, vers midi; il regarda charger les meubles,
donna quelques conseils, et repartit d'un air affairé.
Le cortège se mit en marche par les rues boueuses. Christophe
tenait la bride du cheval qui glissait sur les pavés gluants. Louisa,
marchant à côté de son fils, tâchait de l'abriter de la pluie. Ce fut
ensuite la lugubre installation dans l'appartement humide, rendu
plus sombre encore par les reflets blafards du ciel bas. Ils n'eussent
pas résisté au découragement qui les oppressait, sans les attentions
de leurs hôtes. Mais, la voiture étant partie et leurs meubles
entassés pêle-mêle dans la chambre, comme la nuit tombait,
Christophe et Louisa, harassés, affalés l'un sur une caisse, l'autre sur
un sac, entendirent une petite toux sèche dans l'escalier: on frappa
à leur porte. Le vieux Euler entra. Il s'excusa cérémonieusement de
déranger ses chers hôtes; il ajouta que, pour fêter le premier soir de
cette heureuse arrivée, il espérait qu'ils voudraient bien souper en
famille avec eux. Louisa, enfoncée dans sa tristesse, voulait refuser.
Christophe n'était pas très tenté non plus par cette réunion familiale;
mais le vieux insista, et Christophe, songeant qu'il était mieux pour
sa mère de ne point passer cette première soirée dans la nouvelle
maison, seule avec ses pensées, la força à accepter.
Ils descendirent à l'étage au-dessous, où ils trouvèrent toute la
famille réunie: le vieux, sa fille, son gendre Vogel, et ses petits-
enfants, un garçon et une fille, un peu moins âgés que Christophe.
Tous s'empressèrent autour d'eux, leur souhaitant la bienvenue,
s'informant s'ils étaient fatigués, s'ils étaient contents de leurs
chambres, s'ils n'avaient besoin de rien, leur posant dix questions,
auxquelles Christophe ahuri ne comprenait rien; car ils parlaient tous
à la fois. La soupe était déjà servie: ils se mirent à table. Mais le
bruit continua. Amalia, la fille de Euler, avait entrepris aussitôt de
mettre Louisa au courant de toutes les particularités locales, de la
topographie du quartier, des habitudes et des avantages de la
maison, de l'heure où passait le laitier, de l'heure où elle se levait,
des divers fournisseurs et des prix qu'elle payait. Elle ne la lâchait
point, qu'elle n'eût tout expliqué. Louisa, assoupie, s'efforçait de
témoigner de l'intérêt à ces renseignements; mais les remarques
qu'elle se hasardait à faire témoignaient qu'elle n'avait rien compris,
et provoquaient, avec les exclamations indignées d'Amalia, un
redoublement d'informations. Le vieux greffier Euler expliquait à
Christophe les difficultés de la carrière musicale. L'autre voisine de
Christophe, Rosa, la fille d'Amalia, parlait sans s'arrêter, depuis le
commencement du repas, avec une telle volubilité qu'elle n'avait pas
le temps de respirer: elle perdait haleine au milieu d'une phrase;
mais elle reprenait aussitôt. Vogel, morne, se plaignait de ce qu'il
mangeait. Et c'étaient à ce sujet des discussions passionnées.
Amalia, Euler, la petite, interrompaient leurs discours, pour prendre
part au débat; et il s'élevait des controverses sans fin sur la question
de savoir s'il y avait trop de sel dans le ragoût, ou pas assez: ils se
prenaient à témoin les uns les autres; et pas un avis n'était
semblable à l'autre. Chacun méprisait le goût de son voisin, et
croyait le sien seul raisonnable et sain. On aurait pu discuter là-
dessus jusqu'au Jugement Dernier.
Mais, à la fin, tous s'entendirent pour gémir en commun sur la
méchanceté des temps. Ils s'apitoyèrent affectueusement sur les
chagrins de Louisa et de Christophe, dont ils louèrent, en termes qui
le touchèrent, la conduite courageuse. Ils se complurent à rappeler
non seulement les malheurs de leurs hôtes, mais les leurs, et ceux
de leurs amis et de tous ceux qu'ils connaissaient; et ils tombèrent
d'accord que les bons étaient toujours malheureux, et qu'il n'y avait
de joie que pour les égoïstes et les malhonnêtes gens. Ils conclurent
que la vie était triste, qu'elle ne servait à rien, et qu'il vaudrait
beaucoup mieux être mort, si ce n'était la volonté de Dieu, sans
doute, qu'on vécût pour souffrir. Comme ces idées se rapprochaient
du pessimisme actuel de Christophe, il en conçut plus d'estime pour
ses hôtes, et ferma les yeux sur leurs petits travers.
Quand il remonta avec sa mère dans la chambre en désordre, ils se
sentaient tristes et las, mais un peu moins seuls; et tandis que
Christophe, les yeux ouverts dans la nuit, ne pouvant dormir à cause
de sa fatigue et du bruit du quartier, écoutait les lourdes voitures qui
ébranlaient les murs, et les souffles de la famille endormie à l'étage
au-dessous, il tâchait de se persuader qu'il serait, sinon heureux,
moins malheureux ici, au milieu de ces braves gens,—à vrai dire, un
peu ennuyeux,—qui souffraient des mêmes maux que lui, qui
semblaient le comprendre, et qu'il croyait comprendre.
Mais s'étant à la fin assoupi, il fut désagréablement réveillé dès
l'aube par les voix de ses voisins qui commençaient à discuter, et par
le grincement de la pompe qu'une main rageuse faisait marcher,
pour procéder ensuite au lavage à grande eau de la cour et de
l'escalier.
Justus Euler était un petit vieillard voûté, aux yeux inquiets et
moroses, une figure rouge, plissée, bossuée, la mâchoire édentée, et
une barbe mal soignée, qu'il ne cessait de tourmenter avec ses
mains. Très brave homme, un peu prudhomme, profondément
moral, il s'entendait assez bien avec grand-père. On prétendait qu'il
lui ressemblait. Et, en vérité, il était de la même génération et élevé
dans les mêmes principes; mais il lui manquait la forte vie physique
de Jean-Michel: c'est-à-dire que, tout en pensant comme lui sur une
quantité de points, au fond il ne lui ressemblait guère; car ce qui fait
les hommes, c'est le tempérament, bien plus que les idées; et
quelles que soient les divisions, factices ou réelles, que l'intelligence
a mises entre eux, la grande division de l'humanité est celle des
gens bien portants et de ceux qui ne le sont point. Le vieux Euler
n'était pas des premiers. Il parlait de morale, comme grand père;
mais sa morale n'était pas la même que celle de grand-père; elle
n'avait pas son estomac, ses poumons, et sa face joviale. Tout chez
lui et les siens était bâti sur un plan plus parcimonieux et plus
étriqué. Quarante ans fonctionnaire, maintenant retraité, il souffrait
de cette tristesse de l'inaction, si lourde chez les vieillards qui ne se
sont pas ménagé pour leurs dernières années la ressource d'une vie
intérieure. Toutes ses habitudes naturelles ou acquises, toutes celles
de son métier lui avaient donné quelque chose de méticuleux et de
chagrin, qui se retrouvait à quelque degré chez chacun de ses
enfants.
Son gendre, Vogel, employé à la chancellerie du palais, avait une
cinquantaine d'années. Grand, fort, tout à fait chauve, des lunettes
d'or collées aux tempes, et d'assez bonne mine, il se croyait malade,
et sans doute l'était, bien qu'il n'eût évidemment pas tous les maux
qu'il se prêtait, mais l'esprit aigri par la niaiserie de son métier, et le
corps un peu ruiné par sa vie sédentaire. Très laborieux d'ailleurs,
non sans mérite, ayant même une certaine culture, il était victime de
l'absurde vie moderne, et comme beaucoup d'employés enchaînés à
leurs bureaux, succombait au démon de l'hypocondrie. Un de ces
malheureux, que Goethe appelait «ein trauriger ungriechischer
Hypochondrist»—«un hypocondre morose et pas du tout grec»,—
qu'il plaignait, mais qu'il avait bien soin de fuir.
Amalia n'usait ni de l'un ni de l'autre système. Robuste, bruyante et
active, elle ne s'apitoyait pas sur les jérémiades de son mari; elle le
secouait rudement. Mais à vivre toujours ensemble, nulle force ne
résiste; et quand, dans un ménage, l'un des deux est
neurasthénique, il y a de grandes chances pour que, quelques
années après, ils le soient tous les deux. Amalia avait beau crier
contre Vogel: l'instant d'après, elle gémissait plus fort que lui; et,
sautant sans transition des rebuffades aux lamentations, elle ne lui
faisait aucun bien; elle décuplait au contraire son mal, en donnant à
des niaiseries un retentissement assourdissant. Elle finissait non
seulement par achever d'accabler le malheureux Vogel, épouvanté
des proportions que prenaient ses plaintes répercutées par cet écho,
mais par s'accabler elle-même. À son tour, elle prenait l'habitude de
gémir sans raison sur sa solide santé, et sur celle de son père, et de
sa fille, et de son fils. Ce devenait une manie: à force de le dire, elle
se le persuadait. Le moindre rhume était pris au tragique; tout était
un sujet d'inquiétudes. Quand on allait bien, elle se tourmentait
encore, en pensant à la maladie prochaine. Ainsi la vie se passait
dans des transes perpétuelles. Au reste, on ne s'en portait pas plus
mal; et il semblait que cet état de plaintes constantes servît à
entretenir la santé générale. Chacun mangeait, dormait, travaillait,
comme à l'ordinaire; et la vie du ménage n'en était pas ralentie.
L'activité d'Amalia ne se satisfaisait point de s'exercer du matin au
soir, du haut en bas de la maison: il fallait que chacun s'évertuât
autour d'elle: et c'était un branle-bas de meubles, un lavage de
carreaux, un frottement de parquets, un bruit de voix, de pas, une
trépidation, un mouvement perpétuels.
Les deux enfants, écrasés par cette bruyante autorité, qui ne laissait
personne libre, semblaient trouver naturel de s'y soumettre. Le
garçon, Leonhard, avait une jolie figure insignifiante, et des
manières compassées. La jeune fille. Rosa, une blondine, avec
d'assez beaux yeux, bleus, doux et affectueux, eût été agréable, par
la fraîcheur de son teint délicat et son air de bonté, sans un nez un
peu fort et gauchement planté, qui alourdissait la figure et lui
donnait un caractère niais. Elle rappelait cette jeune fille de Holbein,
qui est au musée de Bâle,—la fille du bourgmestre Meier,—assise, les
yeux baissés, les mains sur ses genoux, ses cheveux pâles dénoués
sur ses épaules, l'air gêné de son nez disgracieux. Mais Rosa ne s'en
inquiétait guère, et cela ne troublait point son caquet inlassable. On
entendait sans cesse sa voix aiguë qui racontait des histoires,—
toujours essoufflée, comme si elle n'avait jamais le temps de tout
dire, toujours excitée et pleine d'entrain, en dépit des gronderies
qu'elle essuyait de sa mère, de son père, du grand-père, exaspérés,
moins parce qu'elle parlait toujours, que parce qu'elle les empêchait
de parler. Car ces excellentes gens, bons, loyaux, dévoués,—la
crème des honnêtes gens,—avaient presque toutes les vertus; mais
il leur en manquait une qui fait le charme de la vie: la vertu du
silence.
Christophe était en veine de patience. Ses chagrins avaient assagi
son humeur intolérante et emportée. L'expérience qu'il avait faite de
l'indifférence cruelle des âmes élégantes, le portait â sentir
davantage le prix de braves gens sans grâce et diablement
ennuyeux, mais qui avaient de la vie une conception austère; parce
qu'ils vivaient sans joie, ils lui semblaient vivre sans faiblesse. Ayant
décidé qu'ils étaient excellents et qu'ils devaient lui plaire, il
s'efforçait, en Allemand qu'il était, de se persuader qu'ils lui
plaisaient en effet. Mais il n'y réussissait point: il manquait de ce
complaisant idéalisme germanique, qui ne veut pas voir et ne voit
pas ce qu'il lui serait désagréable de remarquer, par crainte de
troubler la tranquillité commode de ses jugements et l'agrément de
sa vie. Au contraire, il ne sentait jamais si bien les défauts des gens
que quand il les aimait, car il eût voulu les aimer entièrement, sans
aucune restriction: c'était une sorte de loyauté inconsciente, un
besoin irrésistible de vérité, qui le rendait plus clairvoyant et plus
exigeant à l'égard de ce qui lui était le plus cher. Aussi ne tarda-t-il
pas à ressentir une sourde irritation des travers de ses hôtes. Ceux-
ci ne cherchaient point à les déguiser. Ils étalaient tout ce qu'ils
avaient d'insupportable; et le meilleur restait en eux caché. C'était ce
que se disait Christophe, qui, s'accusant d'injustice, entreprit de
passer outre à ses premières impressions et de découvrir les
excellentes qualités qu'ils dissimulaient avec tant de soin.
Il essaya de lier conversation avec le vieux Justus Euler, qui ne
demandait pas mieux. Il éprouvait pour lui une secrète sympathie,
en souvenir de grand-père qui l'aimait et le vantait. Mais le bon
Jean-Michel avait, plus que Christophe, l'heureuse faculté de se faire
illusion sur ses amis; et Christophe s'en aperçut. En vain chercha-t-il
à connaître les souvenirs de Euler sur grand-père. Il ne réussit à tirer
de lui qu'une image décolorée, passablement caricaturesque de
Jean-Michel, et des bribes d'entretiens sans aucun intérêt.
Invariablement, les récits de Euler commençaient par:
—Comme je le disais à ton pauvre grand-père...
Il n'avait rien entendu, que ce qu'il avait dit lui-même.
Peut-être que Jean-Michel n'écoutait pas autrement. La plupart des
amitiés ne sont guère que des associations de complaisance
mutuelle, pour parler de soi avec un autre. Mais du moins Jean-
Michel, si naïvement qu'il s'abandonnât à sa joie de discourir, avait
une sympathie toujours prête à se dépenser à tort et à travers. Il
s'intéressait à tout; il regrettait de n'avoir plus quinze ans, pour voir
les merveilleuses inventions des générations nouvelles, et pour se
mêler à leurs pensées. Il avait cette qualité, la plus précieuse de la
vie: une fraîcheur de curiosité, que les années n'altéraient point, et
qui renaissait avec chaque matin. Il n'avait pas assez de talent pour
utiliser ce don; mais combien de gens de talent auraient pu le lui
envier! La plupart des hommes meurent à vingt ou trente ans: passé
ce terme, ils ne sont plus que leur propre reflet; le reste de leur vie
s'écoule à se singer eux-mêmes, à répéter d'une façon de jour en
jour plus mécanique et plus grimaçante ce qu'ils ont dit, fait, pensé,
aimé, au temps où ils étaient.
Il y avait si longtemps que le vieux Euler avait été, et il avait été si
peu que ce qui restait de lui était bien pauvre. En dehors de son
ancien métier et de sa vie de famille, il ne savait rien, et ne voulait
rien savoir. Il avait sur toutes choses des idées toutes faites qui
dataient de son adolescence. Il prétendait se connaître aux arts;
mais il s'en tenait à certains noms consacrés, au sujet desquels il ne
manquait pas de réciter des formules emphatiques: tout le reste
était nul et non avenu. Quand on lui parlait d'artistes modernes, il
n'écoutait point, et parlait d'autre chose. Il se disait passionné de
musique, et demandait à Christophe de jouer. Mais dès que
Christophe, qui y fut pris une ou deux fois, commençait à jouer, le
vieux commençait à causer, tout haut, avec sa fille, comme si la
musique redoublait son intérêt pour tout ce qui n'était pas la
musique. Christophe exaspéré se levait au milieu du morceau:
personne ne le remarquait. Il n'y avait que quelques vieux airs,—
trois ou quatre,—les uns très beaux, les autres très laids, mais tous
également consacrés, qui avaient le privilège d'obtenir un silence
relatif et une approbation absolue. Dès les premières notes, le vieux
tombait en extase, et les larmes lui venaient aux yeux, moins pour le
plaisir qu'il y goûtait que pour celui qu'il y avait jadis goûté.
Christophe finit par prendre ces airs en horreur, bien que certains
d'entre eux, comme l'Adélaïde de Beethoven, lui fussent chers: le
vieux en fredonnait les premières mesures, et déclarait que «cela,
c'était de la musique», la comparant avec mépris à «toute cette
sacrée musique moderne, qui n'a pas de mélodie».—Il est vrai qu'il
n'en connaissait rien.
Son gendre, plus instruit, se tenait au courant du mouvement
artistique; mais c'était encore pis: car il apportait dans ses
jugements un esprit de dénigrement perpétuel. Il ne manquait ni de
goût, ni d'intelligence; mais il ne pouvait prendre son parti d'admirer
ce qui était moderne. Il eût tout aussi bien dénigré Mozart et

Applications of Density Functional Theory To Biological and Bioinorganic Chemistry 1st Edition Dennis R. Salahub All Chapter Instant Download

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Applications of Density Functional Theory To Biological and Bioinorganic Chemistry 1st Edition Dennis R. Salahub All Chapter Instant Download

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Applications of Density Functional Theory To Biological and Bioinorganic Chemistry 1st Edition Dennis R. Salahub All Chapter Instant Download

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Download the full version of the textbook now at textbookfull.

Applications of Density Functional Theory to

Explore and download more textbook at https://textbookfull.com

Dielectrophoresis Theory Methodology and Biological

Chemistry of metalloproteins problems and solutions in

Molybdenum and Tungsten Enzymes - Bioinorganic Chemistry

Developing Global Leaders: Insights from African Case

An Anthropology of Marxism Cedric J. Robinson

Laboratory Techniques in Organic Chemistry 4th Edition

I, Me, Mine: Back to Kant, and Back Again 1st Edition

Electing the Pope in early modern Italy, 1450-1700 First

D.M.P. Mingos, Oxford, United Kingdom

F.A. Armstrong, Oxford, United Kingdom

For further volumes:

In references Structure and Bonding is abbreviated Struct Bond and is cited as

ISSN 0081-5993 ISSN 1616-8550 (electronic)

# Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2013

Printed on acid-free paper

Springer is part of Springer Science+Business Media (www.springer.com)

Exclusion Principle. The orbitals are calculated in a self-consistent fashion in a

basis of biological principles by means of quantum mechanical tools has become a

Recent Progress in Density Functional Methodology

Mauro Causà Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II, Napoli,

Andreas Savin Dipartimento di Chimica, Università di Napoli Federico II,

Recent Progress in Density Functional

Dennis R. Salahub, Aurélien de la Lande, Annick Goursot,

Abstract Density Functional Theory (DFT) has become the workhorse of

D.R. Salahub (*) • R. Zhang

Keywords Biomolecular modeling • Born–Oppenheimer molecular dynamics

We have chosen a methodological hierarchy that extends from “simple”

5. Decide on the charge state(s) of acidic residues by calculating pKa’s. If more

2 DFT and ADFT

We take as a starting point the Kohn–Sham equations:

where a0 ¼ 0.20, ax ¼ 0.72, and ac ¼ 0.81.

and minimizing the following error

leads to the following equation:

where zk are exchange-correlation fitting functions. The important thing about

2.2.1 Cluster Calculations for Histone Lysine Methyltransferase

2.2.2 Cluster Calculations for RNA Polymerase

RNAP active site ASP481

molecule or directly to the departing pyrophosphate. One of these mechanisms is

À peine eut-il jeté sa lettre à la boîte qu'il eut la terreur de ce qu'il

La maison était plongée dans le silence. Depuis la mort du père, tout

You might also like