JythonプログラムはあらゆるJavaのクラスをシームレスにインポートできる。例えば、JavaのGUIライブラリであるSwing、AWT、SWTなどを使って書くことができる。また、逆にPythonでJavaプログラムから使うクラスを実装することも可能である。JythonはJavaバイトコードにコンパイルされて作動するが、これは動的にも静的にも可能である。 一部の標準モジュールを除いては、JythonのプログラムはPythonモジュールの代わりにJavaのクラスを使っている。Jythonはほぼ全てのPython標準のライブラリを含んでいるが、C言語で実装された一部ライブラリは除外されている。