攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG の続編 「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年。メンバーも増え、少数精鋭ではなくなった新生公安9課。素子の失踪や9課の変化と共に旧9課のメンバーもそれぞれ少しずつ変わっていっていた。そんな中、シアク共和国残党によるテロ計画が判明。義体化し隊長となったトグサ率いる9課は捜査を開始。ところが当のテロリスト達が次々と謎の自殺を遂げる。ある現場に向かった9課の目の前で一人のテロリストが「傀儡廻が来る!」と謎の言葉を残して自殺する。一方単独でテロ事件の捜査を行っていたバトーは素子と再会する。素子はバトーに「Solid State には近づくな・・・。」と謎の警告をする。捜査が進むにつれバトーは素子が「傀儡廻」ではと疑い出すが・・・。 (wikipediaより)