OISTが設立からたった8年でここまでの成功を納めた理由は、なんといってもその豊富な資金力にある。予算の大部分は、沖縄科学技術大学院大学学園法によって定められた補助金によるものだ。 この潤沢な資金を武器に、OISTは創設時から世界トップレベルの研究機関を目指してきた。 在籍する研究者は74人。うち、外国人は44名。出身国は15カ国以上にのぼる。 また、理事には、素粒子の一つである「クォーク」に関する研究で1990年にノーベル物理学賞を受賞したジェローム・フリードマン博士や、細胞の表面についた「イオンチャネル」と呼ばれるタンパク質の機能に関する研究で1991年にノーベル生理学・医学賞を受賞したエルヴィン・ネーアー博士などが名を連ねている。 OISTではこうした世界的に著名な研究者や最先端分野の研究者の招聘(しょうへい)、大学への設備投資を進めてきた。この補助金は研究費としても利用されている。