DFT计算杂谈-CSDN博客

原创论文精读：Dirac半金属反常能斯特效应设计

为了在费米能级上获得增强的ANC值，需要AHC曲线是一个奇函数，在狭窄的能量区间内，两个相反的峰位于费米能级的上方和下方。在这项工作中，从理论上证明了一对Dirac节点在Zeeman场下表现出奇数分布，双峰异常霍尔电导率曲线，其化学势和补偿载流子特征，导致与具有两个Weyl节点的简单Weyl半金属相比，ANC增强。在单峰Weyl模型中，ANC曲线在费米能级为零处接近零，而在双峰Dirac模型中，ANC曲线恰好在费米能级处显示出最大值，几乎是Weyl模型最大值的300%。

2024-09-03 22:59:00 888

原创论文精读：JACS —— Sb2Si2Te6与Sc2Si2Te6热电性能

在简并导带最小值处(Σ/ Σ ' /Σ″)，Sc dxy、dyz、dxz和dx 2 - y 2(但没有dz 2)轨道的贡献是相等的，还有一些Si pz的贡献，形成了杂化轨道状态。与Sb2Si2Te6相比，Sc2Si2Te6表现出更高的能带简并度(n型和p型分别为6和2，而Sb2Si2Te6中的两种载流子类型分别为1)和载流子有效质量，不同的颜色表示载波群速度的大小。对应于Sc2Si2Te6中Σ(绿色)，Σ'(红色)和Σ''(蓝色)k点的实空间方向(即6倍简并导带谷的位置)，沿着层(a)和垂直于层(b)。

2024-08-31 14:12:06 754

原创 Doped code 介绍

再现性、制表、自动化兼容性/健全性检查、应变/位移分析、浅层缺陷/特征值分析、高通量兼容性、Wyckoff 分析…doped是一款Python软件，用于缺陷超单元计算的生成、前/后处理和分析，以高效、可重复、用户友好、功能强大且完全可定制的方式实施缺陷模拟工作流程。缺陷分析:自动解析计算输出，以计算缺陷形成能量、有限尺寸修正(FNV & eFNV)、对称性、简并度、跃迁能级等。绘图:生成缺陷形成能量、化学势极限、缺陷/载流子浓度、费米能级、电荷校正等出版物质量的图表。教程页面提供了演示代码功能和用法，

2024-08-31 14:10:24 431

原创 ThermoParser 介绍

ThermoParser是一个工具包，用于简化专业材料科学代码产生的数据分析，以热电学为中心，但也适用于任何与电子和/或声子传输有关的内容。ThermoParser是一个Python库，它包含数据检索、操作和绘图的函数，只需几行代码就可以轻松地使用它，生成各种高质量的绘图。ThermoParser还包含一套命令行工具，可以在一个命令中检索特定数据、保存派生属性和绘制图形。

2024-08-31 14:07:34 191

原创 vaspup2.0介绍

(光学/高频介电常数)相对于n带宽，使用furthüller等人的方法计算(LOPTICS = True)收敛测试。(离子对静态介电常数的贡献)关于ENCUT和k点密度，用密度泛函微扰理论(DFPT)计算收敛测试。最初的vaspup是由Alex Ganose开发，用于基态能量收敛测试和POTCAR生成。实时软件库:https://github.com/kavanase/vaspup2.0。基态能量相对于ENCUT和k点密度的收敛测试。原子力相对于ENCUT和k点密度的收敛测试。

2024-08-31 14:05:03 252

原创 BoltzTraP2稳定安装教程

BoltzTraP2是形成原始和广泛使用的BoltzTraP代码的基础的电子波段平滑傅立叶插值算法的现代实现。然而，许多其他的特征是可用的，包括基于重建带的费米曲面的三维图。建议使用conda建立一个新的安装环境，以此来稳定安装和使用BoltzTraP2。但是实际上因为安装环境的错综复杂，以及软件依赖较多，会出现各种各样的问题。BoltzTraP2官方安装安装教程较为简单，通过pip可以一键安装，激活btp2环境后，通过pip安装boltztrap2的依赖包。然后可再通过pip安装boltztrap2。

2024-07-16 09:53:10 399

原创 VASP-DFPT计算报错SETUP_DEG_CLUSTERS: NB_TOT exceeds NMAX_DEG

笔者以往写过一则SETUP_DEG_CLUSTERS: NB_TOT exceeds NMAX_DEG报错提示的解决办法，即弃用密度泛函微扰，改用有限位移方法。使用密度泛函微扰方法计算材料力常数时，由于使用超胞结构和高精度的设置等等，计算时会产生诸多报错，其中。修改第一处NMAX_DEG的赋值，默认数值为48，我这里修改为480。这次分享一则通过修改和重新编译vasp的方法，来解决这一问题。在已经编译好的vasp安装目录中，找到src文件夹下的。文件相关，不会影响vasp的正常使用。

2024-06-04 10:23:12 405

原创 VASP_AIMD+VASPKIT计算含温力学性质

材料的力学性质一直是DFT计算的重要方向，笔者在以往已有针对于静态结构的力学性质诸如弹性常数的相关计算，同时可通过VASPKIT借助相关方程导出力学性能。手动生成VASPKIT计算所需要的设置文件INPUT.in，内容如下，参数详细说明附在后面，可根据需要自行更改。本文依据VASPKIT的EXAMPLE，简单介绍使用AIMD方法和VASPKIT软件计算含温力学性能。在计算AIMD时首先进行扩胞，这里使用2×2×2的超胞结构进行下一步计算。准备好VASP的输入文件后可运行VASPKIT来生成计算文件。

2024-05-09 11:15:59 735 1

原创 ARPACK-ng安装教程

使用Autotools，只要输入工程中的目标文件、依赖文件、文件目录等信息，就可以自动生成Makefile，从而极大地简化了大型或复杂结构程序的编译过程。arpack-ng是目前方便获得的arpack的替代版本。主页地址为https://github.com/opencollab/arpack-ng。ARPACK 是一个用于解决大型稀疏或稠密特征值问题的软件包。cmake的安装（python）更多使用方法请参考说明文档。安装arpack-ng。

2024-03-23 00:49:53 680

原创 thirdorder高版本anaconda3的安装教程

笔者前段时间拿到一台新的服务器，与以往一样通过安装Anaconda来构建python环境，在安装thirdorder的时候遇到了相关的报错，最终确定是python版本的问题。的文章中提及了与之相关的软件thirdorder的安装教程，后续收到很多朋友询问说thirdorder安装总出现各种各样的问题。安装好thirdorder所需要的环节依赖比如spglib和scipy等等,依靠pip进行安装。在安装thirdorder时先设置一个新的python环境,并设置python=3.7。

2024-03-22 16:09:58 504

原创 WannierTools安装教程

它可以通过计算Wilson loop来帮助对给定材料的拓扑相进行分类，通过角分辨光电发射(ARPES)和红外光谱技术，可以得到表面态光谱扫描隧道显微镜(STM)实验。直至产生libarpack_SUN4.a文件，该文件会因为不同机器不同环境而不同名称，只要确定好，然后在编译wanniertools的时候指定好就行了。修改为刚刚已经生成的文件路径，这里使用的是Makefile.intel-mpi，重命名为makefile。在ARmake.inc中修改编译路径，这里以实际安装路径为准。然后执行make编译。

2024-03-19 00:30:53 732

原创一个脚本两步计算材料Raman谱（附数据处理和绘图脚本）

在以往推送中已经介绍了相当多的计算材料Raman的方法，使用的软件主要为Phonopy-Spectroscopy，相关软件还有vasp，phonopy，phono3py等。如果吹毛求疵，可以在计算频率或声子时便通过高精度结构优化和使用实验值的晶格常数等方法将所得对应的频率和实验值矫正。将第一步计算结果中的POSCAR复制为POSCAR.phon，将OUTCAR复制为OUTCAR.phon。计算过程中脚本会读取OUTCAR.phon中的频率信息针对不同频率的声子所对应的原子振动模式对结构施加微扰。

2024-03-02 22:30:06 1037

原创使用VASPKIT生成非整数倍扩胞结构

在计算某些任务时需要根据原胞进行非对称或者根号倍扩胞，使用vaspkit可以构建一个扩胞倍数矩阵，这样可以获得特定方向非整数倍的扩胞结构。注意400的命令会让你连续输入三行，每行都需要三个数值（可以是0和负数），随后会生成一个TRANSMAT和SUPERCELL.vasp 文件。这样VASPKIT会自动读取TRANSMAT.in中存在的矩阵，并生成对应的超胞结构。可根据具体需要计算并修改扩胞关系矩阵并使用vaspkit进行扩胞生成所需要的结构。SUPERCELL.vasp为所生成的超胞文件。

2024-02-05 22:33:14 1214

原创 DFT计算杂谈调查问卷

为更好了解公众号受众对于DFT计算的了解情况以及目标需求，目的以更好更准确并实用地推送给公众号受众所需要的文章，所以本次推送发布调查问卷并收集填写者相关信息。调查问卷调查内容仅与公众号运营和DFT计算相关，所收集信息仅用作公众号受众标签统计和推送内容分析，本公众号承诺信息不会泄露给第三方。甲辰龙年即将到来，DFT计算杂谈公众号特制作纪念红包封面（第一版初期设置为2000份），在公众号推送本文末可点击领取。祝愿大家在新的一年里，事业顺利，家庭和睦，万事如意！识别图片(如果通过审核)或点击下方链接。

2024-01-23 22:19:59 379

原创 DFT新手入门：VASPKIT生成模版INCAR

KPOINTS的设置需要根据精度确定，一般通过vaspkit的102功能生成，该功能会自动读取POSCAR晶格常数并生成KPOINTS。新手学习VASP计算时一般需要自行准备好VASP所需要的四个输入文件:INCAR POSCAR KPOINTS POTCAR。其中POSCAR为计算任务的模型文件，POTCAR为与POSCAR中元素所对应的赝势，可根据要求选取。此时生成的INCAR的内容（每一参数所代表含义可参考参数结尾的注释内容）而vaspkit的101功能可直接生成特定的INCAR模版，

2024-01-15 16:38:38 1418

原创 AMSET快速安装教程

扩展了现有的极性和非极性电子-声子耦合、离子化杂质和基于各向同性能带结构的压电散射机制的公式以支持高度各向异性的材料。安装可以使用pip安装，但可能在安装依赖boltztrap2时卡住，需要单独安装cmake和numpy。但实际情况下因为amset所具有复杂的依赖环境，建议使用conda新建一个环境，然后再进行安装。首先安装anaconda3并配置好环境变量，新建环境amset，然后激活amset环境。amset的安装相对来说非常简单，可通过pip快速安装。建议使用conda安装。

2023-12-21 23:49:59 698

原创 oneAPI2024编译VASP报错icc Command not found

在编译安装vasp之前需要安装C++编译器和Intel数学库(MKL)等等，在以往旧版本的Intel编译器中集成了ICC（Intel C++ Compiler）并可一直作为默认的编译器去编译vasp，但在最新版的Intel编译器oneapi中已经将ICC移除，可使用的编译器为为Intel® oneAPI DPC++/C++ Compiler ，使用命令变更为icx。如果在makefile里将icc更改为icx后，可能还会提示找不到icpc，可在makefile里将icpc更改为icpx，即可继续编译安装，

2023-12-11 15:42:54 1908 3

原创 DFT新手教程：VASP中ISIF取值设置

考虑固定晶轴优化的情况下（重新编译vasp的源文件constr_cell_relax.F，并设置OPTCELL，参考：http://blog.wangruixing.cn/2019/05/05/constr），需要确保ISIF的设置是可优化所需要的晶胞的。其中使用较多，也尤为常用的也是ISIF=2的取值，只优化结构中原子位置，不考虑体积变化，适用与二维结构、已明确计算材料的晶格常数和加压或加应变的情况下的结构的计算。各个参数均可在vaspwiki查到可设置的参数以及该参数所具有的设置的含义。

2023-12-04 19:30:27 2358

原创 VMD扩展molUP安装与高斯接口使用

复制“install.txt”文件中的文本并粘贴到环境变量文件：.vmdrc文件(macOS和Linux)或vmd.rc文件(Windows)。将下面一行添加到的.bashrc (Linux)或者.bash_profile (macOS)文件。molUP是一个VMD扩展，提供了一个简单的方式来加载和保存高斯文件，并分析相关的结果。展示快速有用的表示法，例如蛋白质、不同的离子层和固定的原子；根据计算中采用的方法和功能类型，提供完整的参考书目列表；加载高斯输入(.com)和输出文件(.log)上的VMD；

2023-11-28 15:53:49 523

原创 phonopy快速安装教程

Phonopy 是一个由 python编译实现的的晶体声子分析程序，是一款基于第一性原理进行声子计算的免费软件。它的主要功能有：计算声子色散谱；计算声子态密度，包括分立态密度；晶体热力学性质，包括自由能，热容量，熵。首先安装anaconda3并配置好环境变量，进入base环境（或单独设置一个名为phonopy的环境，可参考。phonopy的安装相对来说非常简单，可通过pip快速安装的phonopy。可手动配置phonopy依赖包，phonopy的依赖库为。均可在https://pypi.org/中下载到。

2023-11-25 12:26:19 1572

原创 phono3py快速安装教程

相较于同样可通过pip快速安装的phonopy，笔者经常收到对于phono3py安装失败的求助，所在这里分享一种比较稳定的快速安装phono3py的方法。phono3py是类似于Phonopy的另一款基于第一性原理计算获得材料声学性质并可后处理的功能强大的软件，在以往推送内容中也有介绍基于phono3py。如果下载了phono3py的安装包可直接进入安装包然后执行（不同版本phono3py所需要对应的phonopy版本也不相同，需要适配）第一步：使用conda构建新的执行环境（可选项）

2023-11-08 16:35:48 593

原创 AMSET计算极化声子频率

同时，通过amset可以处理密度泛函微扰计算（DFPT）的计算结果，得到极化声子频率。在计算之前应保证计算的结构得到了充分弛豫，能量和受力达到最小化。部分情况下比如考虑范德华力等，IBRION=8不再适用，调整为6页也可。前面已有文章介绍过amset这个软件，包括形变势。使用VASP计算时，INCAR应保证有以下设置。以NaCl为例（非物理学原胞）计算得到的声子谱图如下。的计算和绘制功能中能带结构。在计算的文件夹中执行命令。

2023-08-21 19:40:53 298

原创 DFT计算入门新手坑：能带不连续

这里我们介绍一下计算能带路径的写法，如上图，此KPOINTS为line-mode模式，在第一个高对称点GAMMA（0 0 0）后接上了另一个高对称点X（0.5 0 0.5），然后中间空一行，这就是能带路径中Γ-X的路径的k点，而在此之后，留一行空白，再以高对称点X开头，后接另一个高对称点U（0.625 0.25 0.625），则是在前面Γ-X之后再接一段X-U的能带，因为前一段的末尾是X点，后一段的开头也是X点，那么能带则一定会连续在一起。采用vaspkit产生能带路径时，则会直接产生不连续的路径。

2023-08-21 19:10:12 1414

原创 vaspkit自动绘图设置教程

vaspkit自1.2.5版本后即更新了自动绘图功能，绘图的范围包括布里渊区示意图、能带图、态密度图、3d能带等等，均可在vasp计算完成后处理时自动绘制能带，在最新版本更新了可将能带和态密度绘制在一张图片上的功能。在每次绘图后，在文件夹中会存有一个名为PLOT.In 的文件，如对图片绘制有要求，可以自行更改PLOT.In文件然后重新执行命令，vaspkit会按该文件里的设置重新绘图。部分都是画图的设置，部分设置为vaspkit pro的设置内容，即便修改，对普通版vaspkit也不会生效。

2023-08-14 00:30:01 1550

原创 VASP+AMSET计算形变势

将amset产生的3个施加形变的和没有施加形变的都执行计算，命名的文件夹分别为 und 1 2 3，计算中INCAR，KPOINTS和POTCAR保持一致。VASP计算完成后，执行命令获取形变势的数据，这需要将未变形和变形计算的路径作为输入。最后，形变势的数据会写入到deformation.h5文件中，可通过-o 命令自定义文件名（当然还是h5格式的文件）终端窗口会提示，读取未形变和形变1 2 3文件夹中的数据，并计算不同应变下的能带能量的变化。终端显示，施加应力为0.5%，识别对称性后施加3个形变。

2023-08-07 01:16:06 822

原创 VASP+AMSET plot 绘制能带图

可看到其可根据已有计算基础和输入文件，自定义绘制包括能带结构（根据已有计算vasprun.xml，可包括能态密度）、电运输性质（包括Seebeck系数、电导率、迁移率，在指定掺杂浓度即固定的载流子浓度的基础上不同温度下的曲线图）、更为详细的载流子迁移率和不同的散射机制。--no-zero-to-efermi ，不再以费米能级为0点，可直接获得能带尤其是导带底价带顶的能量位置（对于形变势计算比较有用）；--plot-dos 可在绘制能带的同时绘制相应的能态密度；绘制得到的example里Si的能带结构。

2023-07-28 00:44:17 666

原创 AMSET计算不同散射机制下载流子迁移率

可在高通量计算工作流程中使用，以精确筛选载流子迁移率、寿命和热电功率。该文件夹中存在GaAs.py脚本，可直接python执行完成计算和绘图过程，内容如下，使用时请注意vasprun.xml文件路径。以example中GaAs文件夹中的vasprun.xml文件中的信息，可提取出提交计算的INCAR设置内容。中间会有进度条显示，计算使用的资源适中，占用内存约为10-20GB，推荐使用服务器或者性能尚可的节点计算。最后，如果您有DFT计算相关经验，愿意写相关的教程，也可以联系作者投稿。

2023-07-28 00:37:21 688

原创 phonopy声子群速数据绘图

生成文件包括phonon_velocity.dat 和 pband_gv.dat。将gv列数据依据导出数据空白位置隔断，并复制为单独一列，这里只复制了前三段数据（声学支数据）绘图得到如下，彩色部分为三条声学支声子群速。打开phonon_velocity.dat文件，并直接选中绘图，结果如下。依据单层BN结构，计算得到无虚频声子谱图如下，扩包倍数为4×4×1。打开 pband_gv.dat 文件后，将omega列设置为x，曲线为每条声子谱线声速，横坐标与声子谱波什路径横坐标一致。引喻失义妄自菲薄。

2023-07-21 02:52:58 749

原创 vaspkit处理声子群速Read omega报错

该问题可通过在处理声子群速的phonopy文件（常规命名为band.conf，使用vaspkit生成的文件为KPATH.phonopy）加入以下参数可解决，加入后重新计算声子色散，再使用vaspkit处理则不会报错。，其实使用到了vaspkit 的Sort Phonon Band Structure for Phononpy 功能（一般菜单数字为789）。很多读者在计算过程中遇到vaspkit在Read omega报错的情况，截图如下。引喻失义妄自菲薄。

2023-07-21 02:30:46 333

原创 ATAT输入文件lat.in快速生成（基于vasp输入文件）

将vaspkit生成的原胞文件PRIMCELL.vasp复制为POSCAR，然后通过vaspkit 的414功能将POSCAR转化为ATAT的输入文件lat.in。首先，准备原始单一元素（共格的多元素合并为一种）晶胞，并通过vaspkit获得其最原始晶胞。参考读者意见，意在提供一些特殊结构模型转化为ATAT输入文件的方式。例如这里准备了一个面心立方的结构，组分单一，面心和顶角元素相同，这里设置为Si。本篇推送基于往期准随机模型构建教程推送。通过vaspkit 602功能获得其原胞。引喻失义妄自菲薄。

2023-07-21 01:38:35 528 1

原创 vasp输入文件快捷转化为QE输入文件（pwscf.in）

vasp软件的输入文件包括INCAR，KPOINTS，POSCAR和POTCAR，其中INCAR为计算的设置文件，POSCAR为计算模型的结构信息，KPOINTS为网格密度设置，POTCAR为赝势信息。&SYSTEM: 系统参数部分，指定了模拟系统的参数，如晶格参数（ibrav）、原子数量（nat）、原子类型（ntyp）、能量截断（ecutwfc和ecutrho）、占据数（occupations）、自洽迭代收敛阈值（conv_thr）等。借助于vaspkit的416功能。引喻失义妄自菲薄。

2023-07-16 23:06:41 426

原创 vasp+phonopy-QHA计算材料热膨胀系数与格林奈森常数等脚本

首先将可计算得到无虚频的vasp输入文件放置在文件夹中，包括POSCAR、INCAR、KPOINTS和POTCAR，以及phonopy处理需要的设置文件，我这里使用vaspkit 305功能产生的KPATH.phonopy文件当作设置文件（请根据你的使用习惯更改脚本）。计算主要流程为:以声子计算无虚频的结构文件为基础，更改其缩放系数，在不同体积下计算其原子间受力、声子结构和热性质。以提取出的e-V的数据为基础，使用phonopy-qha计算包括热膨胀系数、热容和格林艾森参数等在内的热学性质。

2023-07-02 22:13:01 1735

原创 Thirdorder生成三阶力常数时临近取值经验

比如笔者使用一个2原子的晶胞（空间群Fm-3m）进行扩胞，扩胞倍数为2×2×2（此扩包倍数较小，无法计算得到有效和精确的结构，仅为案例需要），当临近数值大于5时所产生的位移POSCAR就会达到上限88个，并提示warning: supercell too small to find n-th neighbours，无法找到所设置的近邻。后续即使增大临近数值，也不会增加三阶力常数计算的任务数量，即该扩胞倍数下最大临近数值为5。引喻失义妄自菲薄。

2023-06-21 00:28:35 569

原创 ATAT-mcsqs生成准随机结构(SQS)

将vaspkit生成的原胞文件PRIMCELL.vasp复制为POSCAR，然后通过vaspkit 的414功能将POSCAR转化为ATAT的输入文件lat.in。先使用ATAT获得in文件的对称性信息，-2=x需要根据结构实际情况修改，过小会导致ATAT出现段错误。首先，准备原始单一元素（共格的多元素合并为一种）晶胞，并通过vaspkit获得其最原始晶胞。例如这里准备了一个面心立方的结构，组分单一，面心和顶角元素相同，这里设置为Si。再根据超胞的总原子数获得结构信息，-n=后面的数值与超胞数量相同。

2023-06-21 00:23:12 4113 4

空空如也

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