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RSS订阅原创 lammps从NVT或者NPT切换到NVE时温度持续上升
来源于势能本身的特征，应用于twin graphene这种内部有局域双层的结构时，势能可能存在短距离急剧的变化，导致原子振动模拟中，如果补偿太大，会有反常的持续加速的结果，表现就是温度持续上升，除非有温度控制的系综，解决方法就是使用很小的步长来准确描述势能急剧变化情况下原子的运动，经测试0.1fs步长，温度才有可能稳定，还和温度有关。或者使用更好的势能模型，或者加入LJ势能，避免势能不合理的地方。针对这个问题，修改了很多计算参数。
2024-03-16 12:44:47
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原创 cmake安装LAMMPS增加MOLECULE等package
可是经过使用，发现默认的安装方式里只有最基础的包，甚至没有MOLECULE包。2.在lammps的路径下新建一个文件夹，如build_new。修改其中第四行的内容，根据自己的需求补充想要安装的包。3. 在路径中重新配置当前lmp的路径。则开始cmake正常配置，接着编译。
2024-02-08 16:47:58
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原创 GULP不同版本导出ShengBTE用力常数文件，存在一些问题
2. 但是，GULP-6版本中导出的2阶力常数文件正确，3阶力常数文件存在错误，表现在三阶力常数文件中对超胞内相邻胞的位置x和y存在颠倒，反倒GULP-5版本中的是正确的。3. 可以自己通过thirdorder.py来计算，这时候，gulp输出中力的单位为eV, 对正交晶格，需要有一个转换系数，-1*输出力（eV）/相应方向的晶格模量。1. GULP-5版本，导出的2阶力常数文件，存在原子扩胞后超胞内原子排序和phononpy等的不一致，从而导致热导率计算问题，这个在GULP-6版本中已经纠正；
2024-01-06 10:17:21
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原创 shengBTE计算热导率数值不对的可能原因
如使用cp2k计算力常数，通常使用QE等平面波软件，对于超胞体系，随着扩胞，在较大的截断半径下，所需计算量非常大，使用CP2K中的QS模块也能进行第一性原理计算，具有相对较高的计算效率，但是CP2K不同于平面波的QE等，计算中仅有gamma点计算，需要采用实空间较大超胞，如果使用和QE等相同的超胞，则会导致原子受力精度不高，一般在~0.0003Rh/bohr^2量级的误差，也会对某些体系，特别是二维体系的热导率有很大的影响。2.shengBTE的control文件中晶格参数单位默认nm，有转换系数的参数；
2023-04-11 15:23:31
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原创 GULP采用经典势能模型输出shengBTE计算用力常数文件
但是注意，gulp这里存在一个bug，输出的2阶力常数文件中超胞中原子次序与phonopy以及shengBTE用不一致：shengBTE中FORCE_CONSTANT中原子次序为：ucatom*uz*uy*ux；但是gulp中为ucatom*ux*uy*uz，对于各向同性系统，则计算没有区别，但是对于各向异性系统，会产生计算错误，需要转换2阶力常数的中的原子次序。
2023-04-11 14:16:31
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原创 声子计算出现虚频
声子色散结构不仅影响材料的晶格热导率，而且通常在文献中多用于检测一种晶格结构是否稳定的重要标准。可是，在针对某一种晶格计算声子时，通常会出现一些虚频，这里总结一些计算中的经验：声子色散的计算主要有两种方式，一种是采用DFPT的微扰方法，以平面波基组的第一性程序QE为代表可以实现计算，本质是在倒空间计算出力常数，然后通过傅里叶变化，得到实空间的2阶力常数IFC，然后求解动力学方程。另一种方式是采用扩胞或超胞的计算方法，可以通过phonopy，结合一个力计算的程序如第一性原理计算程序或者分子静力学软件GUL
2022-04-13 11:34:42
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原创 FORCE_CONSTANTS中3阶力常数大小与原子间距的分析脚本
shengBTE所需的3阶力常数文件格式为FORCE_CONSTANTS_3RD, 想要得知所有力常数数值与原子间距的变化关系，或者输出更小截断半径下新的FORCE_CONSTANTS_3RD以验证热导率随阶段半径的变化，需要分析FORCE_CONSTANTS_3RD内数据，这里提供一个PYTHON脚本，能够读取FORCE_CONSTANTS_3RD文件，并绘制力常数强度和原子间距的散点图，以及输出新的阶段半径下的力常数文件，供大家参考，注意python的缩进。#####################
2022-04-06 09:45:58
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原创 第一性原理计算QE开启自旋轨道耦合计算
对于比较重的元素，相对论效应明显，需要在计算中开启自旋轨道耦合计算在QE的SCF计算中要开启相应元素的自旋轨道耦合：1.使用相应的赝势，在官网提供的赝势中选择，比如对In原子，赝势中带有rel的即为考虑了fully-relativisitic 效应的赝势。2.在pw.x计算的输入文件中的&SYSTEM模块添加：noncolin=.true.lspinorb=.true....
2022-03-23 15:30:33
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原创 AlmaBTE使用和FORCE_CONSTANT原子排列转换
AlmaBTE可看作是材料热导率计算程序shengBTE的升级版本，不仅包含了shengBTE的全部公共能，而且能够实现超晶格、合金等复合结构热导率的计算。AlmaBTE的主页介绍链接如下：Home - almaBTE - First-principles thermal transport simulationAlmaBTE的计算速度相较于shengBTE要快很多，对于单晶材料的计算，同样需要输入：1. FORCE_CONSTANTS即2阶力常数IFC文件，格式同phononpy2.
2022-03-22 10:05:59
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原创 热输运物性的理论计算方法
在固体物理中，除了大家广泛关注的电子结构和光电性质等物理性质外，晶格中热流输运和调控也是至关重要的一个方面，这不仅影响微纳器件的散热问题，同时在热电等领域的应用中，较低的材料热导率是影响热电转换效率的重要因素。这里简单汇总目前能够开展热输运计算的程序平台、原理和使用方法：1.shengBTE基于第一性原理的声子玻尔兹曼输运方程法，本质是基于玻尔兹曼输运方程，这个方程其实是空间热流守恒的微分方程，其中微分点处的热流会聚等于该处声子散射等造成的热流消减。求解这个方程，需要知道声子散射等的寿命，基于三声子
2022-03-14 11:48:58
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原创 phonopy制作shengBTE的FORCE_CONSTANTS_2ND
通过phonopy制作shengBTE的2阶力常数文件，如果shengBTE运行时出现：“wrong number of force constants for the specified scell”这是因为phonopy输出的FORCE_CONSTANTS中考虑了对称性，不是完整的FORCE_CONSTANT，即里面应该有 超胞原子数*超胞原子数 组2阶力常数文件，可以打开生成的FORCE_CONSTANT文件，看第一行出现的两个数字是否是超胞内的总原子数。如果不是，为了生成完整的FORCE
2021-11-29 16:14:32
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原创 Linux SSH登陆配置
一、服务器端：1.查看ssh服务是否安装以及开启：sudo ps -e | grep ssh如果返回结果中有********* sshd则说明ssh服务器端服务已安装，如只有ssh，则只客户端，需要安装sudo apt-get install openssh-server2.配置服务器端ssh开启服务：sudo /etc/init.d/ssh start重启服务：sudo /etc/init.d/ssh restart关闭服务：sudo/etc/init.d/ssh...
2021-08-28 19:16:34
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原创 GULP(General Utility Lattice Program)并行版的安装
GULP(General Utility Lattice Program)基于经典的势能模型，能够以此计算材料的一系列物性，包括晶格优化，原子位置优化，二阶弹性系数，经典势能模型参数拟合，声子计算，缺陷计算等。计算准确程度依赖于势能模型和参数的准确程度，其结果可以作为分子动力学计算的补充。GULP的官网地址：http://gulp.curtin.edu.au/gulp/虽然经典势能模型的计算量一般并不大，但是时间越快当然越好。这里主要介绍并行版本的安装：安装可参考其包内的README，即进入解压
2021-08-20 11:25:54
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原创 使用GULP(General Utility Lattice Program)计算声子结构和晶格动力学下热导率
GULP(General Utility Lattice Program)基于经典的势能模型，能够以此计算材料的一系列物性，包括晶格优化，原子位置优化，经典势能模型参数拟合，声子计算，缺陷计算等。这里主要介绍
2021-06-13 11:55:53
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原创 经典分子动力学势能模型拟合程序atomicrex介绍
经典分子动力学计算的准确程度依赖于所采用的原子间作用的势能模型，常用的势能拟合函数和分子静力学性质计算的程序是GULP，但是势能拟合过程的可控性和自由度不高，这里介绍一个势能模型的程序atomicrex,可以自定义势能函数，可以优化晶格，拟合势能，计算能量和力以及弹性系数等，但缺乏声子谱等计算，相关网页介绍：https://atomicrex.org/...
2021-04-13 17:18:44
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原创 机器学习势能的拟合和热输运性质的计算
经典分子动力学的准确程度依赖于其所采用的势能模型的准确程度，虽然第一性分子动力学的结果较为准确，但目前还是较难应用于大体系的计算。因此，从经典分子动力学出发，通过机器学习建立更加准确的势能模型，不仅提高了势能模型的准确程度，而且能够发挥经典分动的优势而应用于大体系的计算，是从计算准确度和计算效率出发看目前较为可行的一种方案。机器学习势能最简单的实现方式是通过人工神经网络，基于第一性原理程序制作的数据集，实现模型参数的优化，可行方式有：1：通过tensorflow自己创建神经网络较为简单，但是困难之处
2021-04-09 11:02:24
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原创 CP2K计算脚本
这里给出一个CP2K计算脚本：主要功能是建立一个计算文件夹，在其下实现QS下GPW方法的晶格优化，脚本中可选择结构优化，或者MD，以及对角化或者OT方法，示例材料是六角结构单层InP3的计算，可是CP2K并不能得到和平面波方法一致的晶格结构，所以仅供脚本参考：#!/bin/bash#1文件夹名称，并创建此文件夹，同时文件夹名也用于后期计算文本文件输入和输出等标识file_pre="cp2k_InP3"file_comp="ubuntu"file_date="210312"workdir=
2021-03-12 21:05:06
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原创 使用GULP(General Utility Lattice Program)拟合经典势能模型的方法
GULP(General Utility Lattice Program)链接地址：http://gulp.curtin.edu.au/gulp/这是一个采用经典势能模型的计算平台，可以在经典势场模型的基础上计算很多物性，包括结构优化，声子计算，热输运，缺陷以及分子动力学等相关计算。在这些物性计算的基础上，就可以进一步开展经典势能模型的参数拟合，因为经典分子动力学计算的准确程度完全取决于原子间作用模型的准确性和参数的合理性。因此GULP中提供了势能模型参数的拟合，这里以sw势能模型为例，简单
2020-10-28 11:05:57
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原创 AMD Ryzen Threadripper 2990WX和intel 9980XE 用于第一性原理计算对比
目前除去工作站服务器多路CPU，个人桌面CPU性能也不断提高，特别是年初AMD发布了第二代线程撕裂者CPU，同时intel也是在原来7980XE的基础上发布了升级后主频更高的i9 9980XE，目前从各种测评和核数线程等来看，AMD的线程撕裂者2990WX拥有32核64线程，网上各种测评都暗示其性能在intel之上。 但是，除了程序多开等应用，具体到数值并行计算，特...
2019-05-14 14:28:30
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原创 ubuntu更换gfortran，gcc等编译器的版本
如果ubuntu安装的版本较低，则用gfortran或gcc后加-v选项可查看已有的版本。比如ubuntu16.04 版本，查看后为版本5，这时想要安装gcc-7等版本，直接利用：sudo apt-get install gcc-7如果提示未找到，说明系统使用的源内无，需要更换源，可以添加几个源，如国内的镜像源，可用高版本如18的镜像源源在/etc/apt目录下的source.li...
2018-10-19 12:13:29
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原创 Bader analysis
QE计算后对电荷密度进行Bader 电荷分析，有两种途径一种是使用CRITIC2软件，链接https://github.com/aoterodelaroza/critic2 为开源程序，可以进行量子计算后bader电荷的分析，也可当做linux中的计算器用，可以开方以及求正弦等运算。CRITIC2的编译安装比较简单，最好用GNU的编译器，ifort支持不好，gfortran和gcc，g...
2018-10-19 12:07:22
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原创 第一性原理计算软件FLEUR: The Jülich FLAPW code family
第一性原理计算软件FLEUR: The Jülich FLAPW code family链接为：http://www.flapw.de/pm/index.phpQE和Abinit都是采用平面波加赝势的计算方法，此外，FLEUR - "freely available" - FLAPW code WIEN2k - modest fee - full potential LAPW都是使...
2018-09-17 23:39:50
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原创 quantum espressor使用的结构建模
使用qe等第一性原理计算软件，第一步就是对材料进行建模，然后找到计算时的收敛参数。1.材料结构建模1.1首先寻找晶体结构的数据库，对于无机材料，免费供参考的数据库有NIMS的数据库(需要注册，注册后可查询)，网页链接：http://crystdb.nims.go.jp/index_en.html在其中下载晶体单胞的cif文件；1.2 使用软件vesta，此软件是免费的三维晶体结...
2018-09-17 23:33:32
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原创 openmpi运行时出现error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file:
使用openmpi，通过intel编译器编译，使用mpirun时出现这个问题：error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file:出现这个问题说明intel的库文件路径没有配置好，所以考虑在~/.bashrc文件中添加：export LD_LIBRARY_PATH="/opt/i...
2018-09-01 11:30:44
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原创 Quantum Espresso安装
QE和Abinit都是目前免费开源的第一性原理计算软件，都是采用赝势和平面波的方法，其中QE的相应模块也常称为Pwscf，现在QE能够实现的功能也越来越多，所以相比Abinit，QE官网提供了大部分常用的赝势，使用比较方便。本文主要介绍QE的安装以及可能遇到的各种问题。 硬件平台并未使用计算工作站，而是个人电脑，采用了Intel最新的i9 7980XE 芯片，内部有1...
2018-07-20 12:13:12
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