Xiao2489-CSDN博客

原创 Gaussian个人学习 #1 （结构优化、结合能计算、结合能分解、静电势）

通过移动单体的位置（ctrl+鼠标中键、ctrl+鼠标左键）到可能合适的位置后（可能位置可以通过出静电势图大致判断），进行优化，然后再进行单点能计算，对于包含弱相互作用的体系，或体系中弱相互作用不可忽略，需要采取BSSE校正（优化和计算单点能时都要）。可以将失败的log文件导入gaussianview，勾选read intermediate geometries(optimizations)，可以在右键中看能量，力的波动情况，并观看结构随优化的变化。如果是在超算中跑，也会在.out文件中显示最终的结果。

2024-09-30 09:08:15 981

原创 Gromacs个人学习 #4 （原子接触数，IGM分析，范德华表面计算，MMFF94电荷）

用gview6载入此文件，然后在一个客体原子上点右键，选择Select Fragment of Atom xxx，此时与这个原子有键连关系的所有原子都会被选中成为黄色，然后选主菜单中的Tools-Atom Selection，在新窗口中会看到原子的编号范围，是127-153，把这行字符复制下来，之后就可以直接粘贴到Multiwfn窗口中了（对有的体系，选中的区域的原子序号是不连续的，gview会给出比如1-5,8,20-30这样的字符串，这种字符串也同样可以直接粘贴到Multiwfn里定义片段）。

2024-09-30 09:04:33 969

原创 Gromacs个人学习 #3 （位置限制，IGMH分析，二面角分析，aNCl分析，原子距离分析）

把cluster.xyz和cluster.pdb放到相同目录下，然后启动Multiwfn，输入cluster.xyz的路径，程序载入cluster.xyz里的坐标时也会把cluster.pdb里的元素信息载入。可以使用模拟后的.gro文件，用Multiwfn打开，选择20-11，然后选择片段，比如将分子和离子分成不同的片段，输入片段数和不同片段的原子序号，再选择网格形成的方法，在NPT过程中出现水分子团聚，盒子内出现很多真空，分子分布不均匀的现象，是因为模拟时长不够，增长模拟时长，即可解决。

2024-06-25 17:02:03 1371

原创 Gromacs个人学习 #2 （resp/resp2电荷，GAFFtop文件，抗衡离子，预测电荷）

而用Multiwfn导入chg文件中的电荷需要以mol2文件，转化mol2文件形成GAFF力场文件时会atom会依次产生1，2，3的序号，在预处理过程中会产生warning，可以添加-maxwarn不理会，也可以手动调itp中[atoms]中的atom，删去atom中的序号即可识别成功。用gaussian先优化分子结构，再进行单点计算生成.gesp文件或chk文件，如果是.chk文件，需要进行格式转化，转成.fchk或，在哪个系统里计算的（win或linux）就在哪个系统里转化。

2024-05-28 10:25:06 1416

原创 Gromacs个人学习 #1

力场的混用：不同力场面对的体系不同，有时需要利用多个力场才能完整提供被考察的体系中所有的参数。体系的势能一般写成成键项和非键项之和，前者描述分子内临近原子间的相互作用，后者描述分子间以及分子内非临近原子间的相互作用。文件管理器打开到指定路径，复制路径，在文件管理器的框内输入cmd，然后enter，就会自动跳转到cmd。成键项：大部分用于分子体系的成键项包含键伸缩项、键角弯曲项、二面角扭曲项、improper项。GROMOS（烷烃、蛋白、核酸、蛋白、糖、有机小分子）OPLS（蛋白、糖、有机小分子）

2024-05-13 20:35:39 917

原创 Vasp学习经验 #4（差分电荷密度、吸附能计算）

针对异质结，进行整体电荷密度计算后，将文件复制两个（如果异质结为两部分），修改每个部分的POSCAR（仅有一部分的结构），并相应修改POTCAR，再次提交进行计算，然后将三个电荷密度相减即可得到差分电荷密度。Eb=E(M@Cu)-E(M)-E(Cu)大分子通过逐渐移动，通过计算的吸附能寻找最可能的吸附位置。通过将吸附客体分子按照可能的位置放在吸附剂的结构文件中，分别计算total的，吸附剂的，吸附分子的能量，相减得到吸附能。其中，三者在进行计算时的INCAR参数、晶胞参数、晶格参数应当相同。

2023-10-09 16:04:33 3159 1

原创 Vasp学习经验 #3（电荷密度、态密度、哈密顿布居数）

态度都计算要求先进行结构优化，再进行一次自洽计算，再继续一次非自洽计算，将计算完电荷密度的文件用于进行非自洽计算即可。（单独计算所需文件：静态自洽的CONTCAR，INCAR,KPOINTS,POTCAR,CHGCAR,提交脚本，WAVECAR(可加可不加，有的话会减少计算时间)）分原子态密度通过选择需要分析的某个原子画图，可以分析不同原子之间的轨道杂化，以及根据不同结构分析体系的缺陷（对于半导体，N型缺陷和P型缺陷）态密度分析，总态密度可以分析材料的导电性（金属、导体、半导体），价带导带禁带宽度。

2023-08-15 09:38:15 3236

原创 Vasp学习经验 #2（结构优化、频率计算）

计算开始后可以用squeue查看当前队列，计算开始后，目录内会出现多个文件，其中 slurm开头的是计算所有的输出结果汇总文件，计算中可以使用tail -f 文件名进行实时结果的查看。其中，-N 后的数字为使用的节点个数，-n后的为使用的总核数，可以根据实际计算情况在计算前进行修改，北京超算云中心一个节点共有64个核，本脚本使用了两个节点共128个核。采用分步进行优化，INCAR中ISIF=3，ISYM=0，计算应力张量，取消对称性，进行充分弛豫，不仅弛豫离子位置，同时弛豫晶胞的体积和形状。

2023-08-09 14:30:43 6252

原创 Vasp学习经验 #1 （MS建模）

基本所有参数都在INCAR中进行设置，m@cufc的计算中，初步优化采用的k点密度为1 1 1，不考虑磁性，EDIFF=1E-4，EDIFFG=-0.08，NELM=80，ISMEAR=0，SIGMA=0.1。如果显示不能读取赝势文件，那么也可以手动生成赝势文件，首先下载赝势库，根据POSCAR中的元素种类和顺序选取相应的赝势文件，然后用输出重定向命令，如：cat POSCAR1 POSCAR2 > POSCAR，即可合成，注意赝势的顺序务必要与POSCAR文件中的元素顺序一致。N总核数，n节点核数。

2023-07-17 17:29:47 1487 1

qq_44795616的博客