BLCAP
| BLCAP | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | BLCAP | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 613110 MGI: 1858907 HomoloGene: 38217 GeneCards: BLCAP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 20: 37.49 – 37.53 Mb | Chr 2: 157.4 – 157.41 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Pridruženi protein kancera mokraćne bešike je protein koji je kod ljudi kodiran genom BLCAP.[5][6]
Funkcija
[uredi | uredi izvor]BLCAP je identificiran postupkom diferencijane ekspresije, biopsijamama tumora dobivenim iz neinvazivnog i invazivnog karcinoma tranzicijskih ćelija bešike. Iako pretrage baze podataka nisu otkrile homologiju nijednog ljudskog gena u fazi identifikacije, od tada su identificirani ortolozi miša, pacovaa i zebrice. Čini se da je protein reguliran nizvodno tokom napredovanja karcinoma mokraćne bešike.[6]
Protein poznat i kao BC10 protein dug je 87 aminokiselina, ali njegove biološke funkcije su uglavnom nepoznate. Međutim, uvriježeno je mišljenje da je uključen u suzbijanje tumora, smanjenjem rasta ćelijam, pokretanjem apoptoze.[7] Široko je eksprimirani protein, ali ekspresija je posebno visoka u mozgu i limfocitima B.[8] Alternativni promotori i alternativna prerada omogućavaju da protein postoji kao nekoliko različitih varijanti transkripta. Ovaj broj se dalje povećava jer je pre-iRNK ovog proteina podložna nekoliko prerada RNK.[9]
Struktura
[uredi | uredi izvor]Predviđa se da je struktura proteina globulasti protein sa dva transmembranska (TM) domena.[10]
Editiranje RNK
[uredi | uredi izvor]Ljudski gen BLCAP sastoji se od dva egzona koja su odvojena intronom. Egzon 1 ovog gena kodira 5′ sekvencu 5′ UTR, dok egzon 2 uključuje preostalu sekvencu 5′UTR, regiju kodiranja i 3′UTR. Kodirajuća sekvenca gena BLCAP je stoga bez introna.[9]
Tip
[uredi | uredi izvor]Editiranje RNK od A do I katalizira porodica enzima adenozin-deaminaza, koja djeluje na RNK (ADAR) koji specifično prepoznaju adenozine u dvolančanim regijama pre-iRNK i deaminiraju ih u inozin. Inozini su u ćelijskim translacijskim mehanizmima prepoznati kao gvanozini. Postoje tri člana ADAR porodice ADAR 1-3, s tim da su ADAR 1 i ADAR 2 jedini enzimski aktivni članovi. Smatra se da ADAR3 ima regulatornu ulogu u mozgu. ADAR1 i ADAR 2 su široko izraženi u tkivima, dok je ADAR 3 ograničen na mozak. Dvolančana područja RNK nastaju uparivanjem baza između ostataka u blizini područja mjesta uređivanja sa ostacima, obično u susjednom intronu, ali mogu biti i egzonska sekvenca. Regija koja se spaja s regijom za editiranje poznata je kao komplementarna sekvenca editiranja (ECS).[9]
Lokacija
[uredi | uredi izvor]Sva mjesta za editiraranje koncentrirana su zajedno između posljednjih 150 nukleotida introna 1 i početka egzona 2. Ukupno ima 17 identificiranih mjesta za uređivanje u pre-iRNK ovog proteina. Od toga se 11 nalazi unutar intronske sekvence (1-11), tri se nalaze u 5'UTR regiji (5a, 5b, 5c), dok se tri nalaze u kodirajućoj sekvenci (Y / C lokacija, Q / R lokacija, K / R sajtova). Neka od ovih mjesta za editovanje javljaju se u visoko konzerviranom amino terminalu proteina.[11]
Y / C etitirajhuće mjesto nalazi se na aminokiselini 2 konačnog proteina. Promjena kodona uvodi tirozin (UAU) u supstituciju (UGU) cisteinom.[12]
Q/R mjesto je drugo kodirajuće područje koje se nalazi u aminokiselini 5 konačnog proteina. Ovdje se glutaminski (Q) kodon, pretvara u argininski (R).[11]
Treće K / R mjesto za uređivanje unutar kodirajuće sekvence nalazi se na položaju aminokiselina 15 završnog proteina, gdje se lizin pretvara u arginin.[11]
Predviđa se da se ECS može naći u intronu sa formiranom dvolančanom strukturom koja sadrži svih 17 mjesta za editiranje. Vjerovatno je da se sva mjesta nalaze unutar područja dupleksa da se editiranje događa istovremeno u egzonskim i intronskim sekvencama. Postoji visok nivo konzerviranosati posljednjih 150 nukleotida intronske regije i početks egzona 2.[11]
Q / R mjesto je drugo kodirajuće područje koje se nalazi u aminokiselini 5 konačnog proteina. Ovdje je glutamin (Q_) kodon, pretvara se u arginin (R).[11]
Treće K / R mjesto za uređivanje unutar kodirajuće sekvence nalazi se na položaju aminokiselina 15 završnog proteina gdje se lizin pretvara u arginin.[11]
Predviđa se da se ECS može naći u intronu sa formiranom dvolančanom strukturom koja sadrži svih 17 mjesta za uređivanje. Vjerovatno je da se sve web stranice za uređivanje nalaze u dupleksnom području da se uređivanje događa istovremeno u egzoničnim i introničnim sekvencama. Postoji visok nivo očuvanja posljednjih 150 nukleotida intronske regije i početak egzona 2.[11]
Regulacija
[uredi | uredi izvor]BLCAP protein se eksprimira u širokom spektru tkiva, ne samo u onim povezanim sa nervnim sistemom. To ukazuje na to da editovanje može uključivati enzim ADAR 1.ref name = "pmid18430892"/> Međutim, pokazalo se da ADAR1 i ADAR2 sarađuju u editiranju BLCAP transkripta. Pre-iRNK ovog proteina editira se u mnogim tkivima (srce, mokraćni mjehur, limfociti, fibroblasti, epitelne stanice i mozak), ali učestalost varira u različitim tkivima. Postoji općenito smanjenje nivoa editiranja BLCAP u astrocitomu, raku nokraćne bešike i raaku debelog crijeva u poređenju sa relevantnim normalnim tkivima. HEK 293t ćelije transficirane bilo EGFP-ADAR1, EGFP-ADAR2 ili netransficiranim HEK293 ćelijama korištene su za određivanje koji ADAR enzim je uključen u editiranje na određenim mjestima u 5'UTR i kodnom području. Razina editiranja na mjestu Y / C iznosila je 16%, dok je u moždanim ćelijama u prosjeku iznosila 21%. Pokazalo se da ADAR1 ne editira ćelije u 5 'UTR, već ADAR2 editira ćelije 5b i 5, a Y / c obje i editira Q / R i K / R mjdesta na višim nivoima od ADAR1. Nizak nivo editiranja otkriven je i u netransficiranim vektorima. Ovi rezultati pokazuju da ADAR1 i ADAR2 mogu editirati sve lokacije, pri čemu je ADAR2 efikasniji na većini mjesta.[11]
Efekti
[uredi | uredi izvor]Editiranje na Q / R i K / R mjestima rezultira pozitivnim napunjenjem aminokiselina u konzervirani amino terminal proteina. Tri moguća sajta za editiranje u kodirajućoj sekvenci mogu rezultirati prevođenjem do osam različitih izoformi proteina.[11] Moguće promjene funkcije proteina uzrokovane ovim preziuređivanjem još uvijek su nepoznate.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166619 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000067787 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Gromova I, Gromov P, Celis JE (februar 1999). "Identification of true differentially expressed mRNAs in a pair of human bladder transitional cell carcinomas using an improved differential display procedure". Electrophoresis. 20 (2): 241–8. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19990201)20:2<241::AID-ELPS241>3.0.CO;2-A. PMID 10197429.
- ^ a b "Entrez Gene: BLCAP bladder cancer associated protein".
- ^ Misono H, Togawa H, Yamamoto T, Soda K (septembar 1976). "Occurrence of meso-alpha, epsilon-diaminopimelate dehydrogenase in Bacillus sphaericus". Biochemical and Biophysical Research Communications. 72 (1): 89–93. doi:10.1016/0006-291x(76)90964-5. PMID 10904.
- ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (april 2004). "A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101.6062S. doi:10.1073/pnas.0400782101. PMC 395923. PMID 15075390.
- ^ a b c Riedmann EM, Schopoff S, Hartner JC, Jantsch MF (juni 2008). "Specificity of ADAR-mediated RNA editing in newly identified targets". RNA. 14 (6): 1110–8. doi:10.1261/rna.923308. PMC 2390793. PMID 18430892.
- ^ Clutterbuck DR, Leroy A, O'Connell MA, Semple CA (juni 2005). "A bioinformatic screen for novel A-I RNA editing sites reveals recoding editing in BC10". Bioinformatics. 21 (11): 2590–5. doi:10.1093/bioinformatics/bti411. PMID 15797904.
- ^ a b c d e f g h i Galeano F, Leroy A, Rossetti C, Gromova I, Gautier P, Keegan LP, Massimi L, Di Rocco C, O'Connell MA, Gallo A (juli 2010). "Human BLCAP transcript: new editing events in normal and cancerous tissues". International Journal of Cancer. 127 (1): 127–37. doi:10.1002/ijc.25022. PMC 2958456. PMID 19908260.
- ^ Levanon EY, Hallegger M, Kinar Y, Shemesh R, Djinovic-Carugo K, Rechavi G, Jantsch MF, Eisenberg E (2005). "Evolutionarily conserved human targets of adenosine to inosine RNA editing". Nucleic Acids Research. 33 (4): 1162–8. Bibcode:2005q.bio.....2045L. doi:10.1093/nar/gki239. PMC 549564. PMID 15731336.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Yao J, Duan L, Fan M, Yuan J, Wu X (mart 2007). "Overexpression of BLCAP induces S phase arrest and apoptosis independent of p53 and NF-kappaB in human tongue carcinoma : BLCAP overexpression induces S phase arrest and apoptosis". Molecular and Cellular Biochemistry. 297 (1–2): 81–92. doi:10.1007/s11010-006-9332-2. PMID 17031575.
- Zuo Z, Zhao M, Liu J, Gao G, Wu X (2006). "Functional analysis of bladder cancer-related protein gene: a putative cervical cancer tumor suppressor gene in cervical carcinoma". Tumour Biology. 27 (4): 221–6. doi:10.1159/000093057. PMID 16675915.
- Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, Hayashi K, Suzuki Y, Yamamoto J, Wakamatsu A, Kimura K, Sakamoto K, Hatano N, Kawai Y, Ishii S, Saito K, Kojima S, Sugiyama T, Ono T, Okano K, Yoshikawa Y, Aotsuka S, Sasaki N, Hattori A, Okumura K, Nagai K, Sugano S, Isogai T (2007). "Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries". DNA Research. 12 (2): 117–26. doi:10.1093/dnares/12.2.117. PMID 16303743.
- Kiran A, Baranov PV (juli 2010). "DARNED: a DAtabase of RNa EDiting in humans". Bioinformatics. 26 (14): 1772–6. doi:10.1093/bioinformatics/btq285. PMID 20547637.
External links
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma BLCAP i stranica sa detaljima o genu BLCAP u UCSC Genome Browseru.