Elia Zenis erste internationale Meisterschaften waren die Jugendweltmeisterschaften 2020 in Lenzerheide, wo er 16. im Sprint und Achter mit der Staffel wurde. Im Dezember 2021 gab er sein Debüt im IBU-Junior-Cup und erreichte gleich bei seinem ersten Rennen, dem Einzel von Martell, das Podest. Auch mit der Mixedstaffel ging es unter die besten Drei, man musste sich nur der deutschen Mannschaft geschlagen geben. An den Juniorenweltmeisterschaften 2022 nahm der Italiener ebenfalls teil, während er in den Individualbewerben nicht besonders überzeugen konnte, gewann er mit Iacopo Leonesio, David Zingerle und Michele Molinari hinter Frankreich die Silbermedaille. Zu Beginn des Folgewinters war Zeni in Martell wieder im Juniorcup unterwegs, erreichte in Sprint und Massenstart das Podest und war im Supersprint sogar siegreich. Daraufhin startete er bis in den Januar im IBU-Cup, wo es viermal unter die besten 20 sowie auf der Pokljuka sogar auf Platz 5 im Sprint ging. Der schnelle Aufstieg führte im zweiten Trimester dazu, dass Zeni bei seinem Heimweltcup in Antholz seinen Einstand auf der höchsten Rennebene gab und auf Anhieb das Verfolgungsrennen erreichte sowie mit Patrick Braunhofer, Tommaso Giacomel und Didier Bionaz als Schlussläufer der Herrenstaffel den fünften Rang ins Ziel brachte. Damit bekam der Italiener bei den Weltmeisterschaften 2023 in Oberhof mehrere Einsätze, wurde im Verfolger 48. sowie mit Giacomel, Bionaz und Lukas Hofer Staffelsiebter. Seinen ersten Weltcuppunkt gewann Elia Zeni am Wochenende von Östersund als 40. des Einzelwettkampfes.
Steigern konnte sich Zeni in der Saison 2023/24, in der er den 48. Rang des Endklassements belegte. Im Saisonverlauf gelang es ihm mehrfach, sein persönliches Bestergebnis zu unterbieten; unter anderem mit Rang 26 im Verfolgungsrennen von Ruhpolding, später mit Platz 24 im Sprint von Canmore. Erfolg hatte er auch mit der Herrenstaffel, die viermal unter die besten fünf lief. Dabei gelang es den Italienern in Ruhpolding und Oberhof (jeweils in der Besetzung Zeni – Bionaz – Hofer – Giacomel) zudem, den dritten Platz zu erreichen.