Saint-Aubin-sur-Quillebeuf liegt etwa 35 Kilometer ostsüdöstlich von Le Havre. Die hier schon von den Gezeiten des Ärmelkanals beeinflusste Seine begrenzt die Gemeinde im Nordosten. Umgeben wird Saint-Aubin-sur-Quillebeuf von den Nachbargemeinden Quillebeuf-sur-Seine im Nordwesten und Norden, Port-Jérôme-sur-Seine im Nordosten, Petiville im Osten, Trouville-la-Haule im Südosten, Sainte-Opportune-la-Mare im Süden sowie Marais-Vernier im Westen. Am gegenüberliegenden Seineufer befindet sich die Erdölraffinerie von Port-Jerôme-sur-Seine. Durch das Gemeindegebiet von Saint-Aubin-sur-Quillebeuf führt die Autoroute A131.
Blick von Saint-Aubin-sur-Quillebeuf auf die Erdölraffinerie in Port-Jerôme-sur-Seine
