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    Acidos Nucleicos

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    Borja Martín Núñez
    El documento describe la estructura y propiedades de los ácidos nucleicos. Los nucleótidos son los bloques de construcción de los ácidos nucleicos y constan de una base nitrogenada, una pentosa y uno o más grupos fosfato. El DNA adopta una doble hélice formada por dos cadenas complementarias antiparalelas unidas por puentes de hidrógeno entre pares de bases. El RNA suele ser de una sola cadena y adoptar estructuras secundarias y terciarias complejas. Los ácidos nucleicos tienen propiedades como la desnatural

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    Acidos Nucleicos

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    El documento describe la estructura y propiedades de los ácidos nucleicos. Los nucleótidos son los bloques de construcción de los ácidos nucleicos y constan de una base nitrogenada, una pentosa y uno o más grupos fosfato. El DNA adopta una doble hélice formada por dos cadenas complementarias antiparalelas unidas por puentes de hidrógeno entre pares de bases. El RNA suele ser de una sola cadena y adoptar estructuras secundarias y terciarias complejas. Los ácidos nucleicos tienen propiedades como la desnatural

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    El documento describe la estructura y propiedades de los ácidos nucleicos. Los nucleótidos son los bloques de construcción de los ácidos nucleicos y constan de una base nitrogenada, una pentosa y uno o más grupos fosfato. El DNA adopta una doble hélice formada por dos cadenas complementarias antiparalelas unidas por puentes de hidrógeno entre pares de bases. El RNA suele ser de una sola cadena y adoptar estructuras secundarias y terciarias complejas. Los ácidos nucleicos tienen propiedades como la desnatural

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    TEMA5

    cidos Nucleicos
    1. NUCLEOTIDOS
    1.1. Como precursores de los cidos nucleicos
    1.2. Nucleotidos no nucleicos: Otras funciones

    2. ESTRUCTURA DE LOS CIDOS NUCLEICOS


    2.1 Estructura del DNA
    2.2 Estructura del RNA
    2.3 Propiedades de los cidos nucleicos

    ESTRUCTURA
    de los NUCLEOTIDOS

    Base
    prica o
    pirimidnica

    Fosfato
    Pentosa

    Bases nitrogenadas

    Pirimidina

    Purina

    Bases Nitrogenadas
    PURINAS

    Purina

    Adenina (A)

    Guanina (G)

    PIRIMIDINAS

    Pirimidina

    Citosina (C)

    Uracilo (U)
    (RNA)

    Timina (T)
    (DNA)

    Propiedades de las Bases


    Nitrogenadas
    1.
    2.
    3.
    4.
    5.
    6.

    Carcter levemente bsico


    Molculas aromticas planas
    Espectro de absorcin con mximo a 260 nm
    Hidrofbicas, escasa solubilidad en agua
    Presentan formas tautomricas (excepto A)
    Capacidad de formacin de puentes de hidrgeno
    Tautomera ceto-enlica

    OH

    Lactama

    N
    Lactima

    Lactima doble

    Puentes de hidrgeno entre bases

    Bases modificadas
    Bases poco abundantes presentes en el DNA

    Bases relativamente abundantes en el tRNA

    Pentosas

    En solucin, los azcares estn en la


    forma ciclada (furanosa, o ).

    RNA

    RIBOSA (-D-Ribofuranosa)

    Los anillos de ribofuranosa pueden existir en


    cuatro conformaciones distintas

    DNA

    DESOXIRRIBOSA (-2-desoxi-D-ribofuranosa)

    Nucleosidos
    BASE NITROGENADA + AZUCAR

    = NUCLEOSIDO

    Enlace N-glicosdico
    Se forma entre:
    C 1 del azcar y
    N 9 de la purina o
    N 1 de la pirimidina

    1. Incremento marcado en solubilidad con respecto a la de


    la base debido a la pentosa.
    2. Absorcin a 260 nm como las bases aisladas.

    Nucleotidos
    +

    GRUPOS FOSFATO

    NUCLEOSIDO

    NUCLEOTIDO

    Pueden ser
    NUCLEOSIDOS
    monofosfato
    difosfato
    trifosfato

    Estructuras y nomenclatura
    Adenosina 5- monofosfato,
    de NUCLEOTIDOS

    AMP
    Desoxiadenosina 5-difosfato,
    Adenosina 5-trifosfato,

    dADP
    ATP

    Propiedades de los Nucleotidos


    1. Carcter cido debido al/los grupo/s fosfato/s.
    Casi siempre asociados al contrain Mg2+
    2. Solubilidad incrementada respecto al nucleosido.
    3. Mximo de absorbancia UV a 260 nm
    4. Misma reactividad que bases y nuclesidos.

    Polinucleotidos

    Extremo 5

    Base

    Pentosa
    Base

    Enlace
    FOSFODISTER

    Pentosa

    DIRECCIONALIDAD de la
    Cadena 5
    3

    pApUpCpG

    o pAUCG

    Extremo 3

    cidos nucleicos son polmeros de nucleotidos

    Esqueleto repetitivo (azcar + fosfato)


    Informacin en la secuencia de bases

    DNA
    Bases del DNA:
    A, G, C y T
    Bases del RNA:
    A, G, C y U

    cido
    desoxirribonucleico

    RNA
    cido ribonucleico

    OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


    Adenosina-5-trifosfato

    ATP

    1- Actan como

    TRANSPORTADORES DE
    ENERGA QUMICA

    2- Forman parte de muchos


    COFACTORES ENZIMTICOS

    Coenzima A

    (CoA-SH)

    Transportador
    de grupos
    Portador de grupos
    acilo: acilo:
    CH3-(CH2)n-CO-S-CoA

    Coenzimas que participan en reacciones de xido-reduccin:


    SH2 + NAD+

    S + NADH + H+

    Pi = NADPH

    SH2 + FAD

    S + FADH2

    OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


    3- Algunos son MOLCULAS REGULADORAS
    AMP cclico

    GMP cclico

    Participan en mecanismos de sealizacin celular (segundos mensajeros de


    la accin hormonal, seales extracelulares) y como moduladores alostricos

    OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


    4- Participan en diversas reacciones del metabolismo

    UDP-glucosa

    Activacin de metabolitos

    CDP-colina

    El DNA constituye el
    material gentico
    celular (Avery,
    MacLeod y McCarty,
    1944)

    Estructura de los
    cidos nucleicos
    En los DNA celulares el contenido en
    A = T y C = G (Reglas de Chargaff, 1948 )

    Estructura del DNA


    Doble hlice
    Dos cadenas polinucleotdicas
    antiparalelas
    y complementarias
    Esqueleto azcar-fosfato en el exterior
    Bases apiladas en el interior
    perpendiculares al eje

    Estudios de difraccin
    de Rayos X del DNA
    (Franklin y Wilkins, 1952)

    Apareamiento de bases:

    CADENAS COMPLEMENTARIAS

    Adenina

    Timina

    A-T, dos enlaces


    de hidrgeno

    Guanina

    Citosina

    C-G, tres enlaces


    de hidrgeno

    Apareamientos de Watson y Crick

    Apilamiento de bases
    Purinas y pirimidinas en el interior

    Interacciones que estabilizan la doble hlice

    Enlaces de hidrgeno entre pares de bases complementarios

    Efecto hidrfobico, apilamiento de bases en el centro de la hlice


    Fuerzas de Van der Waals, empaquetamiento de los anillos de las bases
    Fuerzas electrostticas, apantallamiento de las cargas negativas de los fosfatos con:
    Cationes divalentes (Mg2+)
    Protenas bsicas ricas en Lys y Arg
    Poliaminas

    Surcos mayor y menor


    Lado orientado hacia el
    surco mayor

    Lado orientado hacia el


    surco mayor

    Surco
    mayor
    Lado orientado hacia el
    surco menor (AT)

    Lado orientado hacia el


    surco menor (GC)

    Surco
    menor

    Reconocimiento especfico de
    secuencia:
    Estructura tridimensional de la TBP
    (protena de unin a la caja TATA, factor
    general de transcripcin) unida al DNA

    El DNA presenta una FLEXIBILIDAD limitada


    La variacin estructural del DNA refleja:
    Conformaciones en la desoxirribosa
    (C2y C3 exo o endo)
    Rotacin en los enlaces del esqueleto
    azcar-fosfato
    Enlace N-glicosdico con la base
    (corformaciones sin y anti)

    sin-adenosina

    anti-adenosina

    anti-citidina

    El DNA puede adoptar varias


    formas tridimensionales
    Forma B

    Forma A

    Forma Z

    DNA B (o de Watson y Crick), en


    condiciones fisiolgicas (humedad elevada)

    DNA A, parcialmente deshidratado.


    Semejante en dplex de RNA o DNA/RNA

    DNA Z, hlice a izquierdas. Puede


    aparecer en zonas con replicaciones GC

    Algunas secuencias de DNA adoptan


    estructuras no habituales

    Palndromo

    Secuencias
    AUTOCOMPLEMENTARIAS

    Repeticin especular

    Tallo y bucle

    Cruciforme

    Apareamiento de bases no de tipo W&C

    DNA Triplex (3 hebras)

    DNA Tetraplex (4 hebras)

    Estructura del RNA


    Molcula de una sola cadena polinucleotdica
    ms pequeas que DNA
    Composicin qumica: ribosa
    bases pirimidnicas: C y U

    Se pliegan sobre s mismas formando


    estructuras compactas
    Diversas actividades (ej.: cataltica)
    Varios tipos de RNA

    Tipos de RNA
    SNTESIS DE PROTENAS:
    mRNA
    rRNA
    tRNA
    srpRNA

    CATALTICOS
    snRNA
    snoRNA
    RNasa P
    scaRNA
    piRNA

    REGULADORES
    asRNA
    miRNA
    siRNA
    lncNA
    piRNA

    Estructura secundaria del RNA


    Hebra
    simple

    Protuberancia

    Bucle
    interno

    Tallo y bucle

    Ovillo aleatorio

    Apilamiento helicoidal
    dextrgiro

    Doble hlice
    en horquilla
    (dextrgira
    en la forma A)

    Horquilla en regin
    autocomplementaria

    Apilamiento dextrgiro de
    un RNA de cadena sencilla

    Estructura tridimensional compleja


    del RNA

    Apareamientos
    no convencionales
    entre las bases
    Bases modificadas

    a) Secuencia nucletidos que


    muestra pares de bases W-C
    y estructuras tallo-bucle

    b) Estructura tridimensional destacando una


    interaccin de largo alcance entre tres bases

    Propiedades de los cidos nucleicos


    El DNA es una molcula extraordinariamente larga

    Tamao del genoma:


    pb, par de base
    kb, kilo pb (103 pb)
    Mb, mega pb (106 pb)

    Eucariotas: n DNA lineales ds (double- stranded)


    Procariotas: 1 DNA circular ds
    Virus: DNA o RNA, ss/ds, lineal/circular

    El DNA y el RNA de doble hlice pueden


    desnaturalizarse (fusin) y renaturalizarse (hibridacin)
    Producido por cambios:
    Temperatura (T> 80 C)
    pH extremos
    Desnaturalizacin

    Hibridacin

    HIBRIDACIN

    Separacin
    de hebras

    Asociacin de las hebras


    por apareamiento de bases

    Desnaturalizado
    (ovillo aleatorio)

    Los DNAs desnaturalizados de dos


    especies pueden formar dplex hbridos

    El DNA puede desnaturalizarse


    y renaturalizarse
    Cambios en :
    Viscosidad de la solucin
    Absorcin UV (260 nm)

    Efecto HIPERCRMICO, aumento en la


    absorcin de luz UV asociado a la fusin del DNA

    La temperatura de fusin (Tm) aumenta


    linealmente con el contenido en G + C

    Interacciones DNA-protena

    Interaccin inespecfica: nucleosoma

    Interaccin especfica: Complejo DNA con


    endonucleasa de restriccin

    Superenrollamiento del DNA circular


    Enrollamiento
    Superenrollamiento

    Relajado

    El superenrollamiento negativo del DNA


    circular tiene dos consecuencias:
    - Compacta el DNA
    - Facilita la separacin de las dos hebras

    TOPOISMEROS

    DNA plasmdicos relajados y superenrollados

    Superenrollado

    El DNA eucaritico est asociado a protenas especficas

    Unidades repetidas cada 200 pb

    NUCLEOSOMA:
    octmero de HISTONAS (protenas bsicas)
    DNA enrollado en superhlice levgira

    Cinco tipos de histonas:


    - 2 x (H2A, H2B, H3, H4) forman el ncleo del octmero
    - H1, interacciona con el DNA (conector , delimita el nucleosoma
    Modificaciones covalentes en las histonas regulan el funcionamiento
    del DNA (acetilacin, metilacin, fosforilacin)

    Empaquetamiento
    del DNA en un
    cromosoma

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