Clases de Bioqumica.

Dr. Jos Batista.

Unidad I: Determinar las caractersticas fsicas, qumicas y biolgicas de los aminocidos,
protenas, enzimas, carbohidratos, lpidos nucletidos y vitaminas presentes en el organismo.
Tema 1: Aminocidos, Protenas y Enzimas.
Aminocidos: Definicin. Caractersticas generales. Clasificacin.
Protenas: Pptidos, Polipeptidos. Clasificacin, solubilidad, funciones biolgicas.
Estructuras de las protenas.
Enzimas: Caractersticas generales. Conceptos enzimologicos. Coenzimas. Clasificacin
de las enzimas y coenzimas. Cintica enzimtica. Inhibicin enzimtica. Regulacin enzimtica.
La Bioqumica es la ciencia que estudia la qumica de la vida. El extraordinario
auge experimentado por esta ciencia en los ltimos aos ha contribuido mucho a la profundizacin del
conocimiento de los procesos vita1es, a su vez ha impulsado el desarrollo de numerosas ciencias afines,
especialmente las biomdicas
y contribuido a la introduccin de numerosos adelantos tecnolgicos en la prctica
medica como: nuevos medicamentos, vacunas y tcnicas diagnsticas, entre otros.
Aminocidos:
Los aminocidos constituyen las unidades estructurales de las protenas. stas
son las macromolculas con mayor grado de variabilidad estructural, que desempean
las funciones ms diversas; muchas son enzimas, otras intervienen en el transporte de
diferentes sustancias y constituyen los receptores de diversos ligandos; algunas forman los anticuerpos,
varias son hormonas. Estos biopolmero cumplen, adems, muchas otras funciones dismiles.
La diversidad estructural y funcional viene dada por la variabilidad en la composicin y
disposicin de sus monmeros constituyentes o precursores: los aminocidos.
Son 20 los aminocidos que conforman las unidades estructurales de los pptidos y las
protenas; ellos poseen algunas regularidades estructurales que son comunes a la inmensa mayora,
pero presentan otras que diferencian a un aminocido de otro.
Concepto y caractersticas generales
Los aminocidos pueden existir libres en los tejidos animales y vegetales; pero en
su mayora se encuentran formando parte de los pptidos y de las protenas. Estos
compuestos constituyen cidos orgnicos en los cuales, al menos un hidrgeno, ha
sido sustituido por un grupo amino. De acuerdo con el C al cual se une dicho grupo
amino, estos aminocidos se clasifican como a, b, y, 6, E, etc.

CH,

CH

CH,

HN2
C COOH

NH2
CH,
CH,

COOH

CH2
a leucina

H
B alanina
NH2
CH,
CH,

C H , COOH

cido y amino butirico

Los aminocidos cumplen diversas funciones:

1. Son precursores de las protenas.
2. Forman parte de vitaminas, ejemplo la P alanina forma parte del cido pantotnico,
vitamina del complejo B.
3. Constituyen, por descarhoxilacin, las aminas bigenas; compuestos que cumplen
funciones importantes y que a su vez pueden formar parte de otras biomolculas;
ejemplo la etalnolamina que se forma por descarboxilacion de la serine y forma
parte de algunos Ipidos, la serotonina -producto de descarboxilacin de un
derivado del triptfano- que es un poderoso vasoconstrictor.
4. Son precursores en la sntesis de algunas hormonas; ejemplo la tiroxina, hormona
secretada por la glndula tiroides. que se forma a partir del aminocido tirosina; la
adrenalina y noradrenalina se forman tambin a partir de la tirosina.
5. Constituyen neurotrasmisores muchos de ellos, como la glicina, la histidina y el
glutmico.
6. Son aminocidos, algunos antibiticos; un ejemplo es el cloramfenicol.
7. Algunos son inetabolitos intermediarios de importantes vas metablicas, ejemplo:
la ornitina y la citrulina en el ciclo de la urea.
A pesar de las numerosas y variadas funciones que desempean los aminocidos,
la ms importante de todas es,sin duda alguna, constituir los precursores de los pptidos
y las protenas.
Los aminocidos que se encuentran formando las protenas son todos alfa
aminocidos, con la excepcin de la prolina y su derivado, la hidroxiprolina. La
estructura general de los alfa aminocidos es la siguiente:
COO-

HN3-

C
H
R
donde R representa un residuo que diferencia a un aminocido de otro, que presenta
naturaleza qumica variada. R puede ser una cadena aliftica, puede presentar anillos heterociclos o
tener distintos grupos qumicos como OH, SH, NH,, COOH
aromticos,
y CONH,. El grupo carboxilo suele representarse disociado (con carga negativa) y el
amino sin disociar (con carga positiva), ya que esta forma es la que predomina a pH
fisiolgico.
Clasificacin de los aminocidos
Es posible clasificar los aminocidos sobre la base de distintos criterios, de acuerdo con el objetivo
que se persiga. En el acpite anterior realizamos una clasificacin
para el estudio de sus estructuras particulares; el criterio que se seleccion fueron las
caractersticas estructurales de sus cadenas laterales. Por el inters que tiene en la
comprensin de la estructura y propiedades de pptidos y protenas, seleccionaremos
otros 2 criterios para su clasificacin:
1.El nmero de grupos carboxilos y aminos (u otra agrupacin h5ica) presentes en el
aminocido, de lo cual derivar el carcter cido-bsico de sus disoluciones. Sobre
este criterio, los aminocidos se clasificarn en neutros (monoaminomonocarboxlicos), cidos(mono aminodicarboxlicos) y basicos (diaminomonocarboxilicos)
(tabla 6.2). Se puede apreciar de manera fcil que los aminocidos
cidos son 2 (glutmico y asprtico); bsicos son 3 (lisina, arginina e histidina); el
resto son aminocidos neutros.
tabla 6.2. Clasificacin de los aminocidos segn nmero de grupos carboxilos y aminos en la
molcula

Propiedades fsicas de los aminocidos

Los aminocidos son sustancias cristalinas, por lo general, solubles en agua y en

soluciones cidas o bsicas diluidas, e insolubles o muy poco solubles en ,alcohol y
totalmente insolubles en ter. Sin embargo, alguno de ellos se comporta de forma
contraria, como la cisteina, que es poco soluble en agua y la prolina, la cual es soluble
en alcohol y ter. Los aminocidos poseen un elevado punto de fusin que casi siempre sobrepasa los
200 "C y en algunos casos los 300 "C. Es frecuente que con valores
por encima de estas temperaturas los aminocidos se descompongan, por lo que no
resulta til su separacin por destilacin fraccionada.
Resumen
Los aminocidos son cidos orgnicos en los que un H ha sido reemplazado
por un grupo amino. Los aminocidos cumplen funciones variadas, pero la ms
importante es constituir las unidades estructurales de los pptidos y las protenas.
Los aminocidos que forman las protenas son todos alfa aminocidos, excepto la
prolina y L hidroxiprolina.
Los aminocidos que forman las protenas pertenecen a la serie L. La cadena
lateral en R diferencia un aminocido de otro y puede estar constituida por cadenas alifticas que
contengan grupos qumicos diversos o por anillos aromticos.
Los aminocidos pueden clasificarse segn diferentes criterios. De acuerdo
con el nmero de grupos carboxilos y aminos se clasifican en neutros, cidos y
bsicos; de acuerdo con la polaridad de su grupo R se clasifican en apolares y
polares estos ltimos a su vez pueden ser polares inicos o polares poco inicos.
Entre los grupos presentes en los radicales R se pueden establecer diferentes
interacciones como: uniones salinas, uniones hidrofbicas, puentes de hidrgeno,
puentes disulfuro y apilamiento, que desempean una funcin muy importante en
la determinacin de la estructura espacial de las protenas.
Los aminocidos presentan propiedades elctricas debido a la presencia de
grupos disociables; la disociacin de estos grupos depende del valor de su pK y del
pH del medio en que se encuentren disueltos, por ello los aminocidos pueden
existir en diversas especies inicas y presentar carga neta distinta. De acuerdo con
su carga elctrica sern atrados por el nodo o el ctodo si son sometidos a la
accin de un campo elctrico y se desplazarn en uno u otro sentido.
Los aminocidos se unen por medio del enlace peptdico para originar los
pptidos y las protenas. El enlace peptdico es un enlace de tipo amida sustituida, y
se forma cuando reacciona el gmpo carbodo de un aminocido con el aminico de
otro y se elimina una molcula de agua. Este enlace posee carcter parcial de doble
enlace y limita el giro de los elementos constituyentes que se encuentran todos en un
mismo plano y en disposicin trans.

Protenas:
Pptidos y protenas
Los pptidos y las protenas son polmeros (del griego polimuchos, meros parte) de aminocidos
unidos por enlace peptdico (captulo 6).
Cada aminocido que forma parte de una cadena peptdica se le denomina residuo, pues ha perdido un
tomo de hidrgeno de su grupo amino y una porcin hidroxilo de su grupo carboxilo, o uno de los 2 si
ocupan 6 extremos de la cadena.
Se denominan oligopeptidos cuando contienen de 2 a 7 residuos de aminocidos;
polipptidos cuando su peso molecular es menor que 5 000, y protenas cuando su
Peso molecular es mayor que 5 000.
En el caso de los oligopeptidos se puede especificar el nmero exacto de residuos de aminocidos
que contiene, anteponiendo el prefijo: di-, tri-, tetra-, penta-, hexa-, o
hepta, a la palabra pptido. dipptido contiene 2 residuos de aminocidos,el tri pptido 3 y as
sucesivamente.
Como el enlace peptdico se establece entre el grupo a-carboxilo de un aminocido
Y el grupo a-amino del siguiente,los residuos de los extremos tendrn: uno, el grupo
amino no Comprometido en el enlace, y el otro, el carboxilo. Por convenio, el residuo
amino acdico que tiene el grupo amino libre (N-terminal) suele escribirse a la izquierda el que posee
el grupo carboxilo libre (C-terminal), a la derecha.

Los pptidos estn constituidos por un eje covalente, donde se alternan de forma
montona el carbono a y el enlace peptdico, por lo que quedan proyectadas por fuera de este eje
covalente las cadenas laterales de los residuos amino acdicos. Algunos
ejemplos de pptidos se muestran a continuacin:
Arg-Pro - Pro - Gli - Fen - Ser - Pro - Fen - Arg
Bradiquinina

La conformacin de los polipptidos queda estabilizada por interacciones dbiles. Su actividad

slo est favorecida cuando adquieren con formaciones especficas.

Funciones biolgicas

Importancia biomdica
Numerosos oligopptidos sirven como neurotransmisores en los centros nerviosos del encfalo; otros
son hormonas liberadoras, que mediante ellas el hipotlamo
gobierna la funcin de la hipfisis; otros son hormonas producidas en el tracto
gastrointestinal, adems otros oligopptidos operan en los mecanismos involucrados
en las vas sensoriales del dolor, presin, calor o en la induccin del sueno. Por ejemplo, la sustancia P:
distribuida en el cerebro, la mdulaespina1y el sistema nervioso perifrico, parece ser
el neurotransmisor usado por las neuronas sensoriales eferentes de la mdula dorsal
involucrado en los mecanismos del dolor, presin y calor.
La sustancia P est presente en el tracto gastrointestinal,en clulas especializadas
endocrinas, y en los plexos nerviosos produciendo vasodilatacin y estimulacin de
la motilidad. En la enfermedad de Corea de Huntington, que se caracteriza por movimientos
involuntarios breves y deterioro progresivo de las funciones neurales superiores, ste es uno de los
neuropptidos cuya concentracin est disminuida.
Muchos pptidos pueden utilizarse con &es teraputicos por ser antibiticos o
agentes antitumorales.
Entre los antibiticos se encuentran la valinomicina y la gramicidina A. La
bleomicina es un pptido que se encuentra entre los agentes antitumorales.
Protenas:
Las protenas son grandes polmeros, cuyo peso molecular abarca el rango entre 5
mil y millones, que adoptan variadas estructuras en el espacio que posibilitan sus
funciones.
Clasificacin de las protenas
Debido a la diversidad estructural y funcional de las protenas y a las propiedades
fisico-qumicas que presentan, existen diversos criterios para clasificarlas.

Forma: Pueden clasificarse en globulares y fibrosas. Las globulares son protenas cuya
estructura tridimensional es esferoidal. La razn de sus ejes axiales es menor que 10 y
generalmente no exceden de 3 a 4. Son protenas globulares la mioglobina,la hemo-globina, las
protenas plasmticas, las enzimas y las historias.
Las fibrosas son protenas cuya estructura tridimensional es alargada, se conoce
que la razn entre sus ejes axiales es mayor que 10.
Solubilidad: Pueden clasificarse en insolubles, solubles y poco solubles. Las insolubles presentan una
estructura muy "empaquetada", que le permite formar los diferentes tipos
de fibras, aqu se encuentran todas las protenas fibrosas; tambin incluye las protenas
globulares,que forman parte de las membranas celulares en las cuales su grado de
insolubilidad se corresponde con la profundidad de inmersin en la bicapa Lipdica.
Esto es consecuencia de la cantidad de cadenas laterales de residuos de aminocidos
apolares que se proyectan desde su superficie,e interaccionan con la porcin apolar de
los Lpidos mediante el establecimiento de uniones hidro fbicas.
Las solubles presentan una estructura espacial globular, donde se proyectan
emergiendo de su superficie las cadenas laterales de residuos de aminocidos polares,
que establecen interacciones no covalentes con las molculas de agua (polar, que
permiten mantenerse en solucin, aqu se encuentran casi todas las protenas globulares.
Las pocos solubles o solubles en soluciones de sales neutras, como el cloruro de
sodio; las globulinas son un ejemplo de estas protenas.
Composicin Qumica:
Pueden clasificarse simples y conjugadas. Las simples estn formadas slo por en
aminocidos. Las conjugadas tienen unido a las protenas un grupo prosttico, que no
es proteico; stas se subclasifican sobre la base de ese grupo (tabla 12.2).

Funcin: Se pueden agrupar en 8 tipos de funciones generales (tabla 12.3).

Estructura Primaria:
La estructura primaria de las protenas se define como el orden o la secuencia de
SUS L-a-aminocidos unidos mediante enlaces peptdicos (Fig. 12.2).
Este nivel estructural, codificado genticamente, se conoce cuando se sabe el
nmero, la estructura o identidad y el orden de todos sus residuos de aminocidos,
constituye la estructura bsica de las protenas. Al analizarlo en detalle se distinguen
un componente estructural comn para todas las protenas y otro especfico para cada
una de ellas.
Estructural Comn: Es el eje covalente montono y homogneo donde se alternan el carbono a y el
grupo peptdico. Entre 2 carbonos a e pueden distinguir3 tipos de enlaces covalentes,
el quese establece entre el carbono a y el carbonocarbonilo, el enlace peptdico y el
que se establece entre el N-amdico y el carbono a.
Estructural Especifica: En todas las especies, las protenas se forman a partir del mismo conjunto
integrado por unos 20 L-a-aminocidos. Estos aminocidos son diferentes debido a la
estructura de sus cadenas laterales, la cual les confieren propiedades fisico-qumicas
especficas. La identidad, la cantidad (tabla 12.4) y el orden de los residuos de
aminocidos que las constituyen es lo que determina la estructura primaria y la
individualidad de las protenas.
En esta secuencia de aminocidos lo que va a determinar su estructura tridimensional
y por ende su funcin
.
Resumen
Las protenas diferentes que posee el hombre estn involucradas en casi todas
las funciones que se Llevan a cabo en el organismo. Veinte L-a-aminoacidos diferentes estn presentes
en los pptidos y protenas, en cantidades variables y en un
orden especfico, aportando informacin secuencial. La polimerizacin de los
aminocidos mediante enlace peptdico determina la estructnra primaria, donde
el eje covalente homogneo se establece entre 2 carbonos a mediante 3 enlaces
covalentes. Las cadenas laterales de los residuos de los aminocidos quedan por
fuera del eje covalente.
La organizacin tridimensional de la protena queda determinada por los
niveles secundario, terciario y cuaternario. El nivel secundario tiene 2 formas
principales, la a-hlice y la hoja plegada B, estabilizadas por puentes de hidrgeno
que se establecen entre los elementos del grupo peptdico. La a-hlice presenta giro
derecho; 3,6 residuos de aminocidos por espira, y los puentes de hidrgeno unen

las espiras entre s. En la conformacin B Las cadenas polipeptidicas se disponen en

forma paralela o antiparalela, los puentes de hidrgeno son intercatenarios.
La estructura terciaria se debe al plegamiento o "empaquetamiento" de la o
las estructuras secundarias y super secundarias,generalmente en forma de dominios. Se encuentra
estabilizadas por interaciones no covalentes: Uniones inicas o
salinas,puente de hidrgeno,Uniones hidrofbicas y fuerzas de Van der Waals, que
se producen por la interacion de las cadenas laterales de los residuos aminoacdicos,
ayudan a esta estabilizacin los puentes disulfuro.En muchas protenas globulares
existe un nivel transicional antes del terciario, denominado superenrollamiento
secundario.
El nivel cuaternario est integrado por 2 o ms cadenas polipeptidicas idntica o diferentes en
estructura, generalmente en nmero par,unidas por interacciones
no covalentes.
Si la estructura espacial de las protenas depende de su secuencia de aminocidos
existir una relacin composicin-secuencia-conformacin,que determinar la
informacin conformacional y esta el reconocimiento molecular.
La desnaturalizacin se produce por exposicin de las protenas ante agentes fsicos o qumicos que
provocan la roptura de las interacciones dbiles, incluso los
puentes covalentes disulfuro, se pierde la organizacin tridimensional y como consecuencia la funcin.
La prdida del nivel primario no es por desnaturalizacin,
sino por hidrlisis.
Las protenas alostricas poseen sitios por donde se une especficamente el
ligando. La unin produce una transconformacin en la protena, hacia la forma
de mayor o menor afinidad por determinada molcula, que incluye de una forma
determinante en su funcin.
Las protenas pueden clasificarse segn su forma, solubilidad, composicin qumica o funcin.
La importancia de las protenas es relevante, pues no existe una funcin que el
ser humano sea capaz de realizar donde no estn presentes.

Enzimas:
Las protenas especializadas en la funcin cataltica reciben el nombre de enzimas y las sustancias
donde actan se denominan sustratos.
Lo que distingue a las enzimas de las dems protenas es precisamente que, una vez producido el
reconocimiento molecular del sustrato, se realiza la transformacin de la sustancia reconocida, como
consecuencia de diferentes interacciones entre la protena enzimtica y su sustrato, este experimenta un
reordena-miento de sus elementos constituyentes debido a la roptura y formacin de algunos enlaces
qumicos. La sustancia que resulta de la accin de la enzima sobre el sustrato recibe el nombre de
producto.

Mecanismo de Accin:
Todas las reacciones enzimticas se realizan al menos en 2 etapas, una primera en la cual se produce la
unin fsica entre la enzima (E) y el sustrato (S), que da origen al
complejo enzima-sustrato (ES) y se forma de manera reversible, o sea, puede descomponerse
nuevamente dando origen al sustrato y a la enzima libre.
Una vez formado el complejo enzima-sustrato ste puede realizar la transformacin del sustrato, dando
origen al producto (P) y a la enzima libre que est en condiciones de volver a iniciar el proceso.

1. Las propiedades fsicas de las enzimticas, como su solubilidad y estabilidad al calor,

cambian frecuentemente con la formacin del complejo, enzima-sustrato.
2.Las caractersticas espectoscropicas de muchas enzimas sustratos cambian con la formacin del
complejo ES, de la misma forma que el espectro de absorcin de la hemoglobina cambia al unirse con
el oxigeno. Otras tcnicas espectroscpicas
como la resonancia magntica nuclear y la resonancia magntica electrnica son
tambin muy informativas acerca de Ias interacciones ES.
3 Los complejos ES algunas veces han podido ser aislados en forma pura. Para una enzima que cataliza
la reaccin:
a veces es posible aislar un complejo EA. si la enzima tiene afinidad suficiente por
A y se incuba con ausencia de U.
4. La formacin del complejo ES muestra un elevado grado de especificidad,por ejemplo la D-serinano
es sustrato de la triptfauo sintetasa, que utiliza L-serina; el ismero D ni siquiera se une a la enzima;
esto supone que el lugar de unin del
sustrato tiene uua forma muy definida.
5. Algunos complejos ES se han visualizados directamente microscopia electrnica y por
difraccin de rayos X. Los complejos cidos nucleicos y sus enzimas polimerasas se observan
de manera fcil en microfotografas electrnicas.

Clasificacin:
Se toma como fundamento la especificidad de accin, con lo cual se establecen 6
grupos principales, teniendo en cuenta la reaccin global que ellas catalizan; estos
grupos o clases principales se dividen en subclases y subclases,segn otras caractersticas del tipo de
reaccin como son los grupos involucrados, los cofactores necesarios, etctera.
Los grupos principales y su definicin son:
1. Oxidorreductasas. Son aquellas enzimas que catalizan las reacciones de oxidorreduccin, o sea, la
transferencia de electrones o sus equivalentes entre un donante y

un aceptor.
2. Transferasas. Catalizan la transferencia de un grnpo qumico entre un donante y un
aceptor; se excluyen aqullas que transfieren electrones o sus equivalentes, pues
pertenecen a la clase anterior, y aqullas en que el aceptor del grupo es el agua, pues
pertenecen a la clase siguiente.
3. Hidrolasas. Catalizan la ruptura de enlaces qumicos con la participacin de las
molculas del agua.
4. Liasas. Catalizan reacciones en las cuales se produce la adicin o sustraccin de
grupos qumicos a dobles enlaces.
5. Isomerasas. Catalizan la interconversin de 2 ismeros.
6. Ligasas. Catalizan la unin covalente de 2 sustratos mediante la energa de hidrlisis
de nuclesidos trifosfatados, generalmente el ATP.
Resumen:
Las reacciones qumicas que ocurren en los seres vivos son catalizadas por
protenas especficas denominadas enzimas, stas se caracterizan por presentar un
elevado poder catiltico y una gran especificidad.
Aun cuando cada enzima tiene su forma particular de actuar, en todas ellas se
puede distinguir un mecanismo general de accin en 2 etapas: la primera es la
union de la enzima con el sustrato y la segunda la transformacin de ste. Este
mecanismo supone la existencia de un complejo enzima-sustrato cuya formacin
ha sido comprobada por numerosos medios.
En todas las enzimas existen 2 sitios importantes que son el de reconocimiento
y el cataltico, que juntos constituyen el centro activo de la enzima. La estructura
del centro activo est determinada por el eje covalente de la cadena polipeptdica
que le da la forma, los grupos de ambientacin, los grupos de unin y los grupos
cataliticos. En la unin enzima-sustrato intervienen diferentes tipos de interacciones
como las hidrofobicas, salinas, puentes de hidrgeno y fuerzas de Van der Waals; el
ambiente apolar del centro activo facilita el establecimiento de estas interacciones.
Las caractersticas estructurales y funcionales del centro activo son las que
confieren la especificidad y eficiencia catalitica a las enzimas. La especificidad de
sustrato consiste en la propiedad que tienen las enzimas de actuar sobre un nmero
muy reducido de sustratos, generalmente uno, en tanto la especificidad de accin
determina que la enzima cataliza slo una de las posibles transformaciones del
sustrato.
Muchos agentes fsicos y qumicos pueden alterar la estructura del centro activo. Y con ello el

funcionamiento de la enzima, los agentes desnautaralizantes de

protenas, las elevadas temperaturas, los cambios de pH y sustancias qumica son algunos de estos
agentes.
La unin enzima-sustrato puede producirse por 2 mecanismos fundamentales
de acuerdo con el tipo de enzima, bien por el tipo llave-cerradura o por ajuste inducido.
La tripsina y la quimotripsina son enzimas cuyos mecanismos de accin ilustran de manera
adecuada el funcionamiento de las enzimas.
La especificidad de las enzimas sirve de base a su clasificacin.
A partir de la especificidad de accin se distinguen 6 grupos de enzimas:
oxidorreductasas ,transferasas, hidrolasas, liasas, isomerasas y ligasas.