Hasta finales del siglo XIX, estaba aceptado universalmente que los

procesos de la vida eran el resultado directo de una fuerza vital y que ocurrían
exclusivamente en las células. En el verano de 1896, esta doctrina llamada
vitalismo, parte de las ideas de la generación espontánea, fue desacreditada por
el experimento que dio origen al nacimiento de la Bioquímica. M Hahn, un
científico alemán, trataba de separar proteínas de las levaduras moliéndolas en
un mortero con arena muy fina y tierra de diatomeas, que no es sino las frústula
o envoltura de las diatomeas unos protoctistas muy bonitos. El extracto de
levadura se filtraba en un paño muy fino, pero desafortunadamente para Hahn,
era muy difícil de preservar. Hans Buchner, colega de Hahn le recordó que la
fruta se conserva agregándole azúcares, haciendo una mermelada; le sugirió
agregar sacarosa al extracto de levaduras. El experimento lo realizó Eduard,
hermano de Hans y que visitaba el laboratorio para experimentar precisamente
con los extractos de levadura. Cuando agregó la sacarosa al extracto, observó
que de la solución emergían burbujas. Eduard concluyó que la fermentación, el
proceso descrito por Louis Pasteur como la vida sin aire, estaba ocurriendo.
Actualmente esta observación tal vez no seria particularmente importante para
nosotros, pero Buchner había demostrado que los procesos de la vida (la
fermentación en este caso), podían ocurrir fuera de las células vivas. El fantasma
poseído de la máquina viviente se había exorcizado.

La hipótesis de Buchner consistió en que la fermentación resulta de la

actividad de una enzima, que él llamó zimasa. Actualmente llamamos a este
proceso que realmente se lleva a cabo por 10 enzimas, glucólisis del griego
glycos: dulce + lysis: ruptura. Por estas observaciones, Buchner recibió el
premio Nobel de Química en 1907.

Eduard Buchner

Los sistemas vivientes están formados por una enorme variedad de

reacciones bioquímicas, la inmensa mayoría de las cuales se llevan a cabo por
entidades proteicas con actividad catalítica conocidas como enzimas. La
enzimología, en estudio de las enzimas.

Virtualmente todas las reacciones en los seres vivos se llevan a cabo por
enzimas, que son las proteínas que catalizan a las reacciones químicas,
incrementando la velocidad a las cuales estas reacciones de manera natural
ocurren, en el proceso las enzimas no resultan modificadas, es decir, el estado
inicial de la enzima es igual al final. A pesar de la inmensa variedad de reacciones
que son energéticamente posibles en los seres vivos, las enzimas conducen a
los reactivos, a menudo denominados substratos, en las vías metabólicas de los
seres vivos.

Reacción modelo.

Michaelis y Menten propusieron un modelo simple para explicar la mayoría de

las reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo la enzima se combina
reversiblemente con su substrato para formar el complejo enzima-sustrato (ES) que
subsecuentemente se rompe para formar el producto, hecho que regenera a la enzima. El
modelo para una molécula de sustrato se muestra a continuación:

k1 k 2 (1)
ES ES EP
k 1
en donde: S es el substrato
E es la enzima
ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten
k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reacción.

La ecuación de Michaelis y Menten describe como varía la velocidad de

reacción con la concentración de sustrato:
 Vmax S
v0 
Km  S (2)

en donde: v0 es la velocidad inicial de la reacción

Vmax es la velocidad máxima
k1  k 2
Km es la constante de Michaelis y Menten= k1
S es la concentración de sustrato

1. Concentraciones relativas de E y S: la concentración de substrato S, es

mucho mayor que la de E, de tal manera que la cantidad de substrato
unido a la enzima en cualquier momento es muy pequeña.

2. Se asume el estado estacionario: ES no cambia con el tiempo, esto

quiere decir que la velocidad de formación de ES es igual a aquella para
su desintegración. En general, un intermediario en una serie de
reacciones está en estado estacionario cuando su velocidad de síntesis
es igual a su velocidad de degradación.

3. Velocidad inicial: para el análisis de reacciones enzimáticas, sólo se

utiliza la velocidad inicial de la reacción, que es la velocidad ejercida por
la enzima, inmediatamente después de que se ha puesto en contacto con
el substrato y hasta antes de que se haya consumido el 10 % de la
concentración inicial del mismo. La razón de lo anterior es que en ese
momento, la concentración del producto de la reacción que se ha
acumulado, en muy pequeña y, por tanto, la reacción en el sentido
inverso, es decir, la transformación del producto en el substrato original,
puede ser ignorada.

Características de Km: la constante de Michaelis-Menten es

característica de una enzima y particular para un substrato. Refleja la afinidad de
la enzima por ese substrato. Km es numéricamente igual a la concentración de
substrato a la cual la velocidad de reacción es la mitad de la Vmax (Km= Vmax/2).
Este parámetro, Km no varía con la concentración de enzima.
 Significado de una Km pequeña: un valor numérico pequeño de Km
refleja una alta afinidad de la enzima por su substrato porque a una baja
concentración del mismo, la enzima a desarrollado ya la mitad de la velocidad
máxima.

Significado de una Km grande: el valor numérico grande de Km refleja

una baja afinidad de la enzima por su substrato porque a una concentración
elevada del mismo, la enzima desarrolla la mitad de la velocidad máxima.

Relación de la velocidad con la concentración de enzima: la velocidad

de la reacción es directamente proporcional a la concentración de la enzima a
cualquier concentración de substrato. Por ejemplo, si la concentración de enzima
es disminuida a la mitad, la velocidad inicial de la reacción (v0) es reducida
también a la mitad de la original.

Orden de la reacción: cuando S es mas pequeña que la Km, la

velocidad de la reacción es aproximadamente igual a la concentración de
substrato.

100

50

0
Substrato
Km
Figura: Localización de la constante de Michaelis (Km)

La velocidad de reacción se dice en estas condiciones es de primer

orden con respecto al substrato. Cuando S es mas grande que la Km, la
velocidad es constante e igual a la Vmax. La velocidad de la reacción es
independiente de la concentración de substrato y se dice que es de orden cero
con respecto a la concentración de substrato.
 El mecanismo de acción de una enzima se puede entender desde dos

perspectivas. La primera trata a la catálisis desde el punto de vista de los cambios en

energía que ocurren durante la reacción; las enzimas proveen una vía alterna,

energéticamente favorable que es diferente de la reacción no catalizada. La segunda

describe cómo el sitio activo facilita químicamente la catálisis de la enzima.

Cambios de energía que ocurren durante la reacción.

Virtualmente todas las reacciones químicas tienen una barrera energética que
separa a los reactivos, reactantes o substratos de los productos. Esta barrera se
denomina energía libre de activación que es la diferencia en energía que existe entre
los reactivos y los productos. El lugar donde la energía libre de activación es máxima,
se denomina estado de transición. En la siguiente figura se ejemplifica la
transformación del reactivo A en el producto B a través del estado de transición T*:

A  T*  B

Figura: Representación del cambio en la energía libre de una reacción

catalizada enzimáticamente (línea continua) y la misma no catalizada
(línea punteada).
Energía libre de activación.

Este máximo de energía representa el estado de transición en el cual se forma el

intermediario rico en energía durante la conversión de los reactivos en los productos.
Debido a la gran energía de activación que separa a los reactivos de los productos, a
menudo la misma reacción es más lenta si no es catalizada, que si la cataliza una
enzima.

Velocidad de reacción.

Las moléculas que reaccionarán en un evento químico, deben contener suficiente

energía para sobrepasar la energía de activación del estado de transición en su camino
para transformase en los productos. En ausencia de la enzima, solo una pequeña porción
de la población de estas moléculas posee la energía suficiente para realizar la transición
hacia los productos. La velocidad de la reacción estará determinada por el número de
moléculas que se encuentren en ese estado energético particular. En general, al
disminuir la energía de activación, la mayoría de las moléculas tienen energía suficiente
para pasar sobre el estado de transición y por tanto aumenten la velocidad de la
reacción.

Vía de reacción alterna.

Una enzima permite que una reacción se lleve a cabo rápidamente bajo las
condiciones que reinan en la célula. Lo anterior se realiza al disminuir la energía de
activación. La enzima no modifica la energía contenida en los reactivos o producto; de
la misma forma, no altera el equilibrio de la reacción.

Química del sitio activo.

El sitio activo de las enzimas no es un receptáculo pasivo para la unión del

substrato, por el contrario es una maquinaria molecular muy compleja que emplea una
amplia diversidad de mecanismos químicos que facilitan la interconversión de los
substratos y los productos. Dentro de los factores que están relacionados con la
eficiencia catalítica de las enzimas están los siguientes:
Estabilización del estado de transición.

El sitio activo de la enzima a menudo actúa como un molde molecular flexible

en donde el substrato se une de forma geométricamente adecuada para transformarse en
el estado de transición de la molécula. Al estabilizar al substrato en el estado de
transición, la enzima aumenta de manera considerable la concentración de este
intermediario reactivo que puede ser transformado en el producto(s) y, por tanto,
acelerar la reacción.

Otros factores.

El sitio activo posee grupos catalíticos que incrementan la probabilidad de que

se forme el estado de transición. En algunas enzimas, estos grupos pueden participar en
una catálisis tipo ácido-base en la cual algunos residuos de aminoácidos proveen o
aceptan protones. En otras enzimas, la catálisis involucra la formación temporal de un
complejo covalente enzima-substrato

Las moléculas de enzimas contienen hendiduras o cavidades

denominadas sitio activo. El sitio activo está formado por las cadenas laterales
de residuos específicos, lo que ocasiona que tenga un arreglo tridimensional
particular, diferente al resto de la proteína. Este sitio es afín por la estructura
tridimensional del sustrato:

enzima + sustrato

sitio activo vacío sitio activo ocupado

Figura: representación de la formación del complejo enzima-sustrato.

El sitio activo la enzima (E) une al substrato (S) formando un complejo

enzima-substrato (ES). En el complejo ES, E transforma a S en él o los
productos, formando el complejo enzima-producto (EP), finalmente la enzima
libera del sitio activo a P, regenerándose.

E + S  ES  E + P

La mayoría de las reacciones catalizadas por enzimas son muy eficientes

y transcurren desde 106 hasta 1014 veces más rápido que la misma reacción no
catalizada. Típicamente, cada molécula de enzima es capaz de transformar cada
segundo de 100 a 1000 moléculas de substrato en producto. El número de estas
moléculas transformadas a producto por molécula de enzima en cada segundo,
se conoce como el número de recambio.

Enzima Velocidad en Velocidad de Rendimiento

ausencia de reacción
enzima catalizada
Anhidrasa carbónica 1.3 X 10 –1 1.0 X 106 7.7 X 106
Corismato mutasa 2.6 X 10 –5 50 1.9 X 106
Triosafosfato 4.3 X 10 –6 4300 1.0 X 109
isomerasa 3.0 X 10 –9 578 1.9X 1011
Carboxipeptidasa A 1.0 X 10 –11 60 6.0 X 1012
AMP nucleosidasa 1.7 X 10 -13 95 5.6 X 1014
Nucleasa estafilococal

Tabla: Eficiencia de las reacciones catalizadas por algunas enzimas.

Las enzimas son muy específicas por el substrato de la reacción que

catalizan. Interactúan con una o muy pocas moléculas y catalizan únicamente un
tipo de reacción, por lo que las moléculas con las que interactúan deben ser muy
parecidas, tanto en composición, como en estructura tridimensional. Por
ejemplo, en la siguiente figura, en el panel A, se muestra la reacción catalizada
por la enzima triosafosfato isomerasa (enzima que cataliza el paso 5 de la
glucólisis), en el panel B se muestran inhibidores de la catálisis:

A
Glu 165 Glu 165 H Glu 165
H H H
H OH H
OH O
O
O OH O
O
H His 95 P His 95 OH H His 95
P P

DHAP Enediol GAP

B
O
H3C H3C
H O O O O O
O H
O
H P
P

2-fosfoglicolato Metil glioxal fosfato Metil glioxal

(PGA)

Figura: A.- Reacción catalizada por la triosafosfato isomerasa; B.-

Inhibidores de su catálisis.
Nótese el parecido con la estructura de los sustratos y del intermediario

Algunas enzimas se asocian con moléculas de carácter no proteíco que

son necesarias para el funcionamiento de la enzima, estas moléculas se
denominan cofactores. Comúnmente, los factores encontrados en las enzimas
incluyen iones metálicos como el Zn2+ o el Fe2+, también pueden ser moléculas
orgánicas que se denomina coenzimas como el NAD+, FAD, la conezima A y la
C, generalmente las coenzimas son derivados de las vitaminas. A la enzima en
ausencia de su cofactor (cuando lo tiene), se le denomina apoenzima, en
presencia de su cofactor (cuando lo tiene), se le denomina holoenzima. La
apoenzima generalmente carece de actividad biológica. La diferencia entre un
cofactor y un grupo prostético, como el grupo hemo, es que este último está
unido de manera covalente a la enzima, mientras que el cofactor puede ser
removido de la misma con relativa facilidad.
 Coenzima Reacción Fuente vitamínica Enfermedad
Humana
por deficiencia
Biocitina Carboxilación Biotina *
Coenzima A Transferencia de acilos Pantotenato *
Coenzimas de Cobalamima Alquilación Cobalamina (B12) anemia perniciosa
Coenzimas de flavina Oxidación-reducción Riboflavina (B2) *
Acido lipóico Transferencia de acilos - *
Coenzimas de nicotinamida Oxidación-reducción Nicotinamida (niacina) Pelagra
Fosfato de piridoxal Transferencia de grupo amino Piridoxina (B6) *
Tetrahidrofolato Transferencia de un grupo de 1 Carbono Acido fólico anemia megaloblástica
Tiemina pirofosfato Transferencia de aldehído Tiamina (B1) beriberi

Tabla: Relación entre algunas coenzimas y las vitaminas a partir de las

cuales se producen. Enfermedades generadas por la deficiencia
* no tiene un nombre específico, su aparición es muy rara.

La actividad enzimática puede ser regulada, esto quiere decir que

dependiendo de los requerimientos metabólicos, las enzimas son activadas o
inhibidas, para acelerar o disminuir la velocidad con la que catalizan la reacción,
respondiendo así a las diferentes necesidades de sus productos en la célula. La
regulación más común es modificando la concentración de su(s) substrato(s).

En los eucariontes, muchas enzimas se localizan en organelos

específicos en la célula. Esta compartamentalización ayuda a aislar los

substratos de la reacción o productos de la misma, de tal forma que no hay

competencia de reacciones, de esta manera se provee un medio favorable para

la reacción, de tal forma que es posible localizar diferentes partes del

metabolismo en diferentes organelos, haciendo a la célula una entidad

organizada en donde simultáneamente funcionan miles de enzimas.

 Las enzimas pueden ser aisladas de las células u organismos, para estudiar sus
propiedades in vitro es decir, en un tubo de ensayo. Las diferentes enzimas muestran
diferentes respuestas a los cambios en la concentración de substrato, temperatura y pH.

Velocidad máxima: la velocidad de una reacción (v) es el número de

moléculas de substrato convertidas en producto por unidad de tiempo y
usualmente se expresa en µmoles de producto formadas por minuto. La
velocidad de una reacción catalizada por una enzima, aumenta conforme se
incrementa la concentración de substrato hasta que se llega a una velocidad
máxima (Vmax), a partir de la cual la velocidad de la reacción, es independiente
de la cantidad de substrato. El que la velocidad no pueda seguirse
incrementando, refleja la saturación del sitio activo con el substrato.

Vmax

0 Substrato

Figura: representación de una cinética típicamente michaeliana.

Vmax = velocidad de saturación o máxima.
 Incremento de la velocidad con la temperatura: En general, la
velocidad de la reacción se incrementa con la temperatura hasta que un punto
máximo es alcanzado. Este incremento se debe a que aumenta el número de
moléculas ricas en energía que pueden pasar la barrera energética de estado de
transición, para formar a los productos.

Decremento de la velocidad con la temperatura: la elevación excesiva de la

temperatura del medio que contiene a las enzimas, resulta en un decremento de la
velocidad como resultado de la desnaturalización, es decir, la pérdida de la estructura
tridimensional de las enzimas.

zona de reactivación
máximo de actividad

Zona de

inactivación

0 Temperatura

Figura: dependencia de la actividad enzimática con la temperatura

Incremento de la velocidad con la temperatura: En general, la

velocidad de la reacción se incrementa con la temperatura hasta que un punto
máximo es alcanzado. Este incremento se debe a que aumenta el número de
moléculas ricas en energía que pueden pasar la barrera energética de estado de
transición, para formar a los productos.
 Decremento de la velocidad con la temperatura: la elevación excesiva de la
temperatura del medio que contiene a las enzimas, resulta en un decremento de la
velocidad como resultado de la desnaturalización, es decir, la pérdida de la estructura
tridimensional de las enzimas.

zona de reactivación
máximo de actividad

Zona de

inactivación

0 Temperatura

Figura: dependencia de la actividad enzimática con la temperatura

Como se mencionó anteriormente los seres vivos regulan de manera

estricta el pH de sus soluciones intra y extracelulares. La variación de esta
propiedad ácido-base puede verse reflejada desde la modulación de la velocidad
enzimática, hasta por ejemplo en los humanos, la acidosis por la
sobreproducción de ácidos resultantes del metabolismo. Este hecho puede
causar (por debajo de pH 6.8), daños celulares irreparables y muerte, como
frecuentemente sucede en la diabetes. De manera particular, la actividad
catalítica de las enzimas es especialmente sensible a cambios en el pH. Las
enzimas típicamente presentan un máximo de actividad catalítica a un pH
característico. A este valor se le denomina pH óptimo:

100 pepsina
tripsina
fosfatasa alcalina
50
 0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
pH

Figura: efecto del cambio en el pH en la actividad de algunas enzimas.

La pepsina es una enzima digestiva secretada en el jugo gástrico; la
tripsina es una enzima digestiva que actúa en el intestino delgado; la fosfatasa
alcalina es una enzima del tejido óseo que ayuda a su mineralización.

Después de este análisis debe quedar claro el papel de la regulación de

pH en los sistemas biológicos. Un pequeño cambio en esta propiedad ácido-base
puede ocasionar un gran cambio en la actividad realizada por enzimas cruciales,
lo que puede ocasionar daños irreparables o en el peor de los casos, la muerte.

A cada enzima se le asignan dos nombres. El primero es corto y es como se

conoce a la proteína de manera coloquial, es el nombre sugerido. El segundo es más
completo e infiere propiedades sobre la reacción que la enzima desarrolla, se le conoce
como nombre sistemático, este nombre permite reconocer a la enzima sin ambigüedad
y localizarla en el metabolismo.

Muchas de las enzimas poseen en su nombre el sufijo “-asa” unido al nombre

del substrato de la reacción que cataliza, por ejemplo:

Ureasa: proteína cuyo sustrato es la urea

Lactasa: proteína cuyo sustrato es la lactosa

También suele utilizarse este sufijo a la descripción de la reacción que la enzima

cataliza:

Lactato deshidrogenasa: deshidrogena (le quita Hidrógenos) al lactato

 Adenilato ciclasa: hace un ciclo en la adenina.

Algunas enzimas poseen nombres que no representan su actividad o sustrato:

Lisozima

Tripsina

La Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB),

desarrolló un sistema de nomenclatura en el cual las enzimas se dividen en seis
clases principales, cada una con numerosos subgrupos:

Para todas las clasificaciones se muestran ejemplos representativos:

1.- OXIDOREDUCTASAS:

catalizan reacciones de oxidación-reducción:

2e-

2.- TRANSFERASAS:

catalizan la transferencia de grupos que contienen C, N, o P:

 THF: tetrahidrofolato.
3.- HIDROLASAS:

catalizan la ruptura de enlaces por la adición de una molécula de agua:

4.- LIASAS:

catalizan la ruptura de enlaces C-C, C-S y algunos enlaces C-N:

5.- ISOMERASAS:

catalizan la racemización de isómeros ópticos o geométricos:

6.- LIGASAS:

catalizan la formación de enlaces entre C y O, S, N. Esta reacción sólo es posible

mediante la energía derivada de fosfatos ricos en energía como el del fosfato 
de la molécula de ATP:

Las enzimas al igual que otras proteínas tienen pesos moleculares que
van desde 12,000 hasta más de un millón de kD. Algunas requieren de grupos
diferentes a los aminoácidos para realizar su catálisis. Otras requieren de un
cofactor que puede ser uno o más iones inorgánicos. Otras enzimas requieren
de una coenzima.

Definiciones.
Grupo prostético: coenzima o metal unido covalentemente a la enzima. De
características no proteicas

Holoenzima: es una enzima cuya actividad catalítica depende de tener unido de manera
covalente a su grupo prostético. Esto quiere decir que bajo ciertas condiciones el grupo
prostético puede ser removido de la enzima, por motivos regulatorios, o bien existen
estados en los cuales la enzima carece de este grupo, por ejemplo recién sintetizada la
cadena de aminoácidos; la presencia del grupo prostético es una modificación
postraduccional. Al estado de la enzima que carece del grupo prostético se le denomina
apoenzima.

Los moduladores son sustancias que se unen a una región de la enzima

que sirve para regular su actividad, a esta región se le conoce como sitio
alostérico, a las enzimas que lo contienen, se les denomina alostéricas. Los
positivos, aceleran la catálisis, los negativos la disminuyen.

La ingestión de carbohidratos aumenta la concentración de glucosa en

sangre, lo cual estimula a las células  de los islotes del páncreas y produce la
liberación de insulina, lo cual favorece el transporte de la misma al interior celular
disminuyendo su concentración en sangre.

La insulina es una pequeña proteína (5.7kD) formada por dos cadenas

polipeptídicas unidas por medio de dos puentes disulfuro; su precursora es la
preproinsulina que tiene una secuencia señal en su extremo NH 3+ que dirige su
paso al interior de vesículas secretoras en donde se forman tres puentes
disulfuros y se corta la secuencia señal dando origen a la proinsulina (inactiva).
Cuando la concentración de glucosa en sangre se incrementa se estimula la
conversión de la proinsulina en insulina (activa) y su secreción.
La proteína receptora de la insulina, se localiza en las membranas
celulares; está formada por dos péptidos , extracelulares, que contienen al sitio
al cual se asocia la insulina y dos  que atraviesan la membrana y en la región
intracelular tienen actividad de tirosina cinasa. La unión de la insulina promueve
la autofosforilación de los residuos de tirosina la subunidad  del receptor,
fosforila a la proteína blanco que interacciona con vesículas derivadas de los
endosomas que tienen proteínas transportadoras de glucosa en su superficie,
finalmente migran hacia la membrana celular y se funden con ella, así aumenta
el número de ellos en la superficie de la célula. De esta forma aumenta la
velocidad de transporte hacia el interior de la célula.

Cuando la concentración de glucosa disminuye en la sangre, la célula

regresa al interior de la célula a los receptores por medio de pinocitosis. Estas
vesículas se vuelven a fundir con los endosomas.