Enzimas

Las herramientas de auto-estudio que sirven para practicar io aprendido y reforzar los conceptos
presentados en este capitulo

se encuentran disponibies en la red.Visite www.macmillanlearning.com/LehningerBiochemistry7e.

6.1 Introducción a los enzimas 189

6.2 Funcionamiento de_____enzimas 192

6.3 La cinética enzimática como método para

comprender el mecanismo 200.

6.4 Ejemplos de reacciones enzimáticas 215

6.5 Enzimas reguladores 227

xisten dos condiciones fundamentales para la

vida. En primer lugar, la entidad viva ha de poder

Jautorreplicarse (un tema que se considera en la

Parte III); en segundo lugar, ha de poder catalizar reac-

ciones químicas de manera eficiente y selectiva. La

importancia central de la catálisis puede sorprender

pero es fácil demostrarla. Como se describió en el Capí-

tulo 1, los sistemas vivos utilizan la energía de su entor-

no. Muchos de nosotros, por ejemplo, consumimos

cantidades sustanciales de sacarosa -azúcar de mesa

común- como un tipo de combustible, generalmente en

forma de alimentos y bebidas dulces. La conversión de

la sacarosa en CO, y H,O en presencia de oxígeno es un

proceso muy exergónico, que libera energía libre que

podemos utilizar para pensar, movernos, saborear y

ver. Sin embargo, una bolsita de azúcar se puede alma-

cenar durante años sin que sufra ninguna transforma-

ción evidente a CO, y H,O. Siendo este proceso quími-

co termodinámicamente favorable, es, sin embargo,

muy lento. Aun así, cuando un humano (o casi cual-

quier otro organismo) consume sacarosa, la energia

química se líbera en segundos. La díferencia está en la

catálisis. Sin catálisis, las reacciones químicas que,

como la de la oxidación de la sacarosa, son necesarias

para mantencr la vida, no podrían darse en una escala

útil de tiempo.

En este capítulo dírigimos, pues, nuestra atención

hacia los catalizaciores de las reacciones en los sistemas

biológicos: los enzimas, las proteínas más notables y de

mayor especialización. Los enzimas tienen un gran

poder catalítico, a menudo muy superior al de los cata-

lizadores sintéticos o inorgánicos. Poseen un elevado

grado de especificidad respecto a sus sustratos, acele-

ran espectacularmente las reacciones químicas y fun-

cionan en soluciones acuosas en condiciones muy sua-

ves de temperatura y pH. Hay pocos catalizadores no

biológicos que tengan tocias estas propiedades.

Los enzimas están en el centro de todos los proce-

sos bioquímicos. Actuando en secuencias organizadas

catalizan cientos de reacciones consecutivas________que

se degradan nutrientes, se conserva y transforma la

energía quimica y se fabrican las macromoléculas bioló-

gicas a partir de precursores sencillos.

El estudio de los enzimas también tiene una impor-

tancia práctica inmensa. En algunas enfermecades,

especialmente en las que son heredables genéticamente,

puede haber una disminución, o incluso una ausencia

total, de uno o más enzimas. La actividad excesiva de un

enzirna específico puede dar lugar también a situaciones

patológicas. La medición de la actividad enzimática en el

plasma sanguíneo, eritrocitos, o muestras de tejido son

importantes en el diagnóstico de ciertas enfermedades.

Muchos fármacos ejercen sus efectos biológicos median-

te su interacción con enzimas. Los enzimas se usan

también como herramientas importantes en ingenieria

química, tecnología alimentaria y agricultura.

El capítulo empieza con la descripción de las pro-

piedades de los enzimas y los principios fundamentales

de su poder catalítico. Sigue una introducción a la ciné-

tica enzimática, disciplina que proporciona gran parte

del marco necesario para cualquier discusión sobre los

enzimas. Se dan seguidamente algunos ejemplos de

mecanismos enzimáticos que ilustran los principios

introducidos previamente en el capítulo. Acabamos con

una discusión sobre la regulación de la actividad enzi-

mática.

6.1 introducción a los enzimas

Gran parte de la historia de la bioquímica es la historia

de la investigación enzimática. Los catalizadores bioló-

gicos se reconocieron como tales y fueron descritos por

primera vez a finales del siglo XVIII, en estudios sobre

la digestión de la carne por secreciones del estómago; la

investigación continuó en el siglo XIX con el examen de

la conversión del almidón en azúcar por la saliva y diver-

sos extractos vegetales. Hacia 1850 Louis Pasteur llegó

a la conclusión de que la feimentación ciel azúcar a

alcohol por la levadura estaba catalizada por “fermen-

tos". Postuló que tales fermentos eran inseparables cie

189

190

Eouard Buchner,1860-1917

【Fuentes:Science Museum/

Scence & Society Pcture

Library.]

James Sumner,1887-1955

[Fuentes:Cortesia de Divi-

sion of Rare and Manuscript

Coliections,Carl A. Kroch

Library,Comell University.

Ithaca.NY.RMC2005_1073.]

J.B.S.Haidane,1892-1964

[Fuentes:Hians Wild/The

LIFE Picture Coliection/Getty

Images.]

nas enzimáticas son esenciales para su actividad catali.

tica.

la estructura de las céiulas de levadura vivas; este punto

de vista, denominado vitalismo, se mantuvo durante

décadas. El descubrimiento de Eduard Buchner en

1897 de que los extractos de levadura pueden fermen-

tar el azúcar a alcohol demostró que las moléculas que

intervienen en la fermentación pueden continuar fun-

cionando cuandc se separan de la estructura de ias

céluias vivas. EI experimento de Buchner significó

inmediatamente el fin de las nociones vitalistas y el

alumbramiento de la ciencia de la bioquímica. Más

tarde,Frederick W.Kuhne dio el nombre de enzimas

(del griego enzymas, que significa “en la levadura") a

las molécuias detectadas por Buchner.

El aisiamiento y cristalización de la ureasa por James

Sumner en 1926 proporcionó un gran impuiso a los prime-

ros estudios sobre los enzimas. Sumner encontró que los

cristaies de ureasa consistian exchusivamente en proteína.

y postuló que todos los enzimas son proteínas. A falta de

otros ejemplos esta iriez fue discutida durante aigún tiem-

po. La conclusión de Sumner" sóio se aceptó ampliamente

cuandio más tarde, en la década de 1930, John Northrop y

Moses Kunitz cristalizaron 12 pepsina, le tripsina y otros

enzimes digestivos y encontraron que también eran pro-

teínas. Durante este período, J. B. S. Haldane escribió un

tratado denominado Enzymes (Enzimas). Aunque aún

no estaba ciara la naturaleza molecuiar de los enzimas,

Haldane apuntó la atractiva sugerencia de que las interac-

ciones por enlaces débiies entre el enzima y su sustrato

podrian ser utilizacas parz catalizar una reacción. Esta

brillante idea está en el centro de nuestro conocimiento

actual sobre la catálisis enzimática.

Descie las últimas décadas del siglo XX se han puri-

ficado millares de enzimas, de los que se ha elucidado

su estructura y explicado su mecanismo de acción.

La mayoria de enzimas son proteinas

Con la excepción de un pequeño grupo de moléculas de

RNA catalítico (Capítulo 26), todos los enzimas son

proteínas. Su actividad catalítica depende de la integri-

dad de su conformación proteica nativa. Si un enzima se

desnaturaliza o se disocia en sus subunidades, la activi-

dad catalítica suele desaparecer. Si se descompone un

enzima en sus aminoácidos constituyentes, siempre se

destruye su actividad catalítica. Así, las estructuras pri-

maria,secundaria, terciaria y cuatemaria de las proteí-

Los enzimas, al igual que otras proteínas, tienen

masas moleculares relativas que van desde unos 12.000

hasta más de 1 millón Algunos enzimas no requieren

parz su activicac más grupos químicos que sus residuos

aminoácidos. Otros requieren un. componente químico

adicional llamado cofactor.El cofactor puede ser uno

o varios iones inorgánicos tales como Fe2, Mg"·, Mn o

Zn2(Tabla 6-1) o una molécuia orgánica o metaloongé-

nica compleja denominada coenzima. Los coenzimas

actúan como transportadores transitorios de grupos

funcionales específicos (Tabla 6-2). Le mayoria de elios

son derivados de vitaminas, nutrientes orgánicos que

son necesarios en pequeñas cantidades en la dieta. Des-

cribiremos con más detalie los coenzimas cuando nos

voivamos a encontrar con elios en las rutas metabólicas

descritas en la Parte II.Aigunos enzimas requieren

tanto un coenzima, como uno o más iones metálicos

para su actividad. Un coenzima o ión metálico unido

covalentemente o de manera muy fuerte a ja proteína

enzimática se denomina grupo prostético. Un enzima

completo y catalíticamente activo junto con su coenzi-

ma y/o iones metálicos se denomina holoenzima. La

actúan.como cofactores enzimáticoslones Enzimas,Cu Citocromo oxidasa,

TABLA 6-2

6.1 Introducción a los enzimas

Algunos coetzimas que actuan como portadores transitorios dle átojmos

o grupos funcionales especificos

Gemplos de algunas grupos,Biocitina CO2 Biotina,

Notz:La estuctura y modo de acción de estos coenzimas se describe en la Parte Il de este libro.

parte proteica del enzima se denomina apoenzima o

apoproteina Finalmente, aigunos enzimas son modifi-

cados covalentemente por fosforilación, glucosilación y

otros procesos. Gran parte de estas alteraciones inter-

vienen en la regulación de ia actividad enzimática.

191

Los enzimas se clasifican según la reacción catalizada

Muchos enzimas se han bautizado añadiendo el sufijo

“-asa" al nombre de su sustrato o a una palabra o Irase

que describe su actividad. Así, la ureasa cataliza la

hidrólisis de la urea y la DNA poiimerasa cataliza ia poii-

merización de nucleótidos en la síntesis del DNA. Otros

enzimas recibieron nombres muy generales por parte

de sus descubridores, antes de que se supiera cuál era

su reacción específica.Por ejempio, un enzima que

actúa en la digestión de la comida se llamó pepsina, del

griego pepsis, “digestión", y la lisozima recibió su nom-

bre por su capaciciad para lisar (romper) las paredes

celulares bacterianas. En otros casos el nombre proce-

de de sus fuentes de origen: la tripsinz, que recibió su

nombre del griego tryein, “desgastar", se obtuvo fro-

tando tejido pancreático con glicerina. A veces el mismo

enzima tiene dos o más nombres, o dos enzimas diferen-

tes tienen el mismo nombre. Debido a tales ambigüeda-

des y al número constantemente creciente de enzimas

descubiertos, se ha adoptado por acuerdo internacional

un sistema de nomenclatura y ciasificación de los enzi-

mas. Este sistema distribuye los enzimas en seis clases,

cada una de elias con diferentes subclases, según el tipo

de reacción catalizada (Tabla 6-3). A cada enzimz se le

asigna un número clasificatorio que consta de cuatro

partes y un nombre sistemático que identifica la reac-

ción catalizada. Por ejemplo, el nombre sistemático

formal del enzima que cataliza la reacción

ATP +D-glucosa-ADP +D-giucosa 6-fosfato

es la ATP:D-hexosa 6-fosfotransferasa,que indica que

cataliza la transferencia de un grupo fosforilo desde el

ATP a la glucosa. El número de clasificación de este

enzima (número E.C., por Enzyme Commission) es

2.7.1.1. El primer número (2) denota el nombre de la

clase (transferasa); el segundo número (7), la subciase

(fosfotransferasa); el tercer número (1), fosfotransfera-

sas con un grupo hidroxiio como aceptor;y el cuarto

número (1), que D-glucosa es el aceptor del grupo fos-

forilo. En muchos casos se utiliza un nombre común de

uso más frecuente (en este caso hexoquinasa). La lista

y la descripción completa de los miles de enzimas cono-

cidos se mantienen actualizadas por el Comité de

Nomenclatura de la International Union of Biochemistry

and Moiecular Biology (www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/

enzyme). Este capítulo se dedica mayoritariamente a

los principios y propiedades comunes a todos los enzi-

mas.

TABLA6-3de riaseNúmero Nombre de la claseClasificaciónintemacional deenzmas,Tipo de

reaccion catalizada,213〒 TransferasasOxidorreductasasHidrolasas Transferencia de
electrones (iones hidruro o átomos de H)Reacciones de transferencia de gruposReacciones de
hidrólisis (transferencia de grupos funcionales al agua),

Note: La estuctura y modo oe accion de estos coenzimas se describe en la Parte I de este libro.

RESUMEN 6.1 inoocucdión a los enzimas

pocercsos y especi5oos los enzimas.Prácticamente

todas ias reacciones bioquimicas son catalizadas por un.

enzima

Con ls excepcion de unas pocas moléculas de RNA

cacalitico,todos los enzimas conocidos son proteínas.

Muchos necesitan coenzimas no proteicos o cofactores

para desempefiar su acción cataiitica

Los enzimas se ciasifican de acuerdo con el tipo de

reaccion que caralizan, Todos los enzimas tienen núme-

ros y nombres formaies del sistema E.C., y la mayoría

tienen tarnbién nombres comunes.

6.2 Funcionamiento de los enzimas

La catálisis enzimática de las reacciones es esencial

para ios sisternas vivos. En condiciones biológicas, las

reacciones no catalizacias tienden. a ser lentas. La mayo-

ria de molécuias biológicas son muy estables en las

condiciones de pH neutro, temperatura suave y ambien-

te acuoso del interior de las células. Además, muchos

procesos quimicos comunes son desfavorables o poco

probables en el ambiente celular, tales como la forma-

ción transitoria de intermedios cargados inestabies o la

colisión de dos o más moléculas con la orientación pre-

cisa requerida para la reacción. Las reacciones necesa-

rias para digerir ios alimentos, enviar señales nerviosas

o contraer el núscuio no se dan a una velocidad útil sin

catálisis.

Un enzima soluciona estos problemas al proporcio-

nar un ambiente específico dentro del cual una reacción

determinada puede transcurrir más rápidamente. El

rasgo distintivo cie una reacción catalizada enzimática-

mente es que tiene lugar dentro de los confines de una

bolsa del enzima denominada sitio activo (Fig. 6-1).

La molécula fijada en el sitio activg y sobre la que actúa

el enzima se denomina sustrato La superficie del sitio

activo del enzima está revestida 'con residuos aminoáci-

FIGURA 6-1 Fijación de un sustrato al sitio activo de un enzima. El

enzima quimolripsina unido a un sustrato.Algunos aminoácidos ciave

oe sitio activo se muestran como manchas rojas en la superlicie del

enzima.[Fuente:PDB ID 7GCH,K.Brady et al.Biochemistry 29:7600.

1990]

dos con grupos sustituventes que se unen al sustrato y

caralizan su transformación químuca. A menudo, el sitio

activo recubre l sustrato y lo secuestra completamente

de la disolución. El complejo enzinna-sustrato, cuya

existencia fue propuesta por primera vez por Char.

les-Adolphe Wurtz en 1880, es de importancia central

en. la acción de los enzimas. És también el punto de

partida de los tratamientos matemáticos que definen el

comportamiento cinético de las reacciones catalizadas

por enzimas, así como de las descripciones teóricas de

ios mecanismos enzimáticos.

Los enzimas alteran las velocidades de reacción pero no

los equilibrios

Se puede escribir una reacción enzimática sencilla como

E+S=ES=EP=E+P (6-1)

donde E, S y P representan el enzima, el sustrato y el

producto, respectivamente. ES y EP son complejos

transitorios del enzima con el sustrato y con el produc-

to,respectivamente.

Para entender la catálisis, hemos de apreciar en

primer lugar la importante distinción entre equilibrios

de reacción y velocidades de reacción. La función de un

catalizador es aumentar la velocidad de una reacción.

Los catalizadores no modifican los equilibrios de reac-

ción. (Recuerde que una reacción se encuentra en equi-

librio cuando no hay cambio neto en la concentración

de reactivos y productos).Cualouier reacción,por

ejemplo S D P, se puede describir mediante un diagrama

de la coordenada de reacción (Fig. 6-2), que es uma

descripción de los cambios energéticos durante la reac-

ción. Tal como se introdujo en el Capítulo 1, la energía

en los sistemas biológicos se describe en función de la

energía libre, G. En el diagrama de la coordenada se

representa la energía libre del sistema frente al progre-

so de la reacción (coordenada de la reacción). El punto

de partida tanto para la reacción hacia la izquierda

como hacia la derecha se denomina estado basal,que

es la contribución a la energía libre del sistema de una

molécula promedio(S o P)bajo un conjunto de condi-

ciones dadas.

FIGURA 6-2 Diagrama de la coordenada de reaccion. Se represenia la

energia_______del sistema frente alprogreso de a reaccion s-P.Unde

ama de este tipo constituye una descniocion de los cambios energenj

Cos______________________________horzontal (cooroenada de reacin)

elieia os cambios quimicos rogresnos___________________iormacion oe

enlaces) a medida oue S se comvierte en P. Se indican las energias e

tivaoión AG.parae las reacciones 5-pyP-5.ΔG°es ei cambio

de energia libre estándar global en la dirección S -P.

192

>convendion_____________describir los cambios de energia

libre de las reacciones,los quimicos definen un conjun

de condiciones estandar(temperatura 298 K;presión

parcial de cada_______atmo 101,3 kPa;concentracion de

Lodos los solutos_________1 M) y expresan el cambio de

energia libre de un sistema reaccionante como AG°,la

variación de energia libre estándar. Dado que en los

sistemas bjoquímicos participa normalmente el H+ en

concentraciones muy lejanas______x, los bioquímicos

definen la variación de la energía libre estándar

bioquímica AG"°,como la variación de energía libre

estándar a pH 7,0; emplearemos esta definición a lo

largo de todo el libro. En el Capítulo 13 se da una defi-

nición más completa de ΔG'°.«

El equilibrio entre S y P refleja la diferencia en energia

libre de sus estados basales.En el ejemplo que se mues-

tra en la Figura 6-2, la energia libre del estado basal de

p es inferior a la de S, por lo que ΔG'° de la reacción es

negativo (la reacción es exergónica) y en el equilibrio

hay más P que S (el equilibrio favorece a P). La posición

y ia dirección de este equilibrio no están afectadas por

ningún catalizador.

Un equilibrio favorable no indica que la conversión

s - P tenga lugar a una velocidad detectable. La velo-

cidad de una reacción depende de un parámetro total-

mente diferente. Existe una barrera energética entre S

y P que representa la energia requerida para el alinea-

miento de los grupos reactivos, la formación de cargas

transitorias inestables, los reordenamientos de enlaces

y otras transformaciones que se requieren para que la

reacción tenga lugar en cualquiera de las dos direccio-

nes. Esto viene representado por la “colina” energética

de las Figuras 6-2 y 6-3. Para que haya reacción las

moléculas han de superar esta barrera por lo que se

deben Ilevar a un nivel energético superior. En la cum-

bre de la colina energética existe un punto en el que la

caída hacia el estado S o P es igualmente probable (en

los dos casos, el camino es de bajada). Es lo que se

denomina el estado de transición. El estado de tran-

sición no es una especie química con estabilidad signifi-

cativa,por lo que no se ha de confundir con un interme-

dio de reacción (tal como ES o EP). Es, simplemente,

un momento molecular fugaz en el que acontecimientos

tales como rotura de enlaces, formación de enlaces y

Energle llbre,G

193

FIGURA 6-3 Diagrama de coordenada de reacción en la que____com-

Paran las reacciones catalizada por enzima y sin catalizar.En ia reac-

Ción S T P,lbos intermedios ES y EP ocupan minimos en la curva de pro-

greso energetico ce la reacción catalizada enzimáticamente.Los términos

ACYAG&coresponoen a les energias de activación oe ias reaccio-

hes sin catalizar y catauzada,respectivamente.____energia ce activación

del proceso global es menor Cuando l PnZima cataliza la reaccion.

193

desarrollo de cargas han llegado al instante preciso en

el que el colapso hacia sustrato o hacia producto es

igualmente probable. La diferencia entre los niveles de

energía del estado basal y del estado de transición se

denomina energía de activación, ΔG'*. La velocidad

de una reacción refleja esta energía de activación: a una

energia de activación más elevada correspondie una

reacción más lenta. Las velocidades de reacción pueden

aumentarse incrementando la temperatura ylo la pre-

sión, mediante las que se aumenta el número de molécu-

las con energia suficiente para superar la barrera energé-

tica. De modo alternativo, es posible disminuir la energia

de activación añadiendo un catalizador (Fig. 6-3). Los

calalizadores aumentan las velociclades de reacción

disminuyendo las energias de activacióm.

Los enzimas no constituyen una excepción a la

regla de que los catalizacores no modifican el equilibrio

de reacción. Las flechas bidireccionales de la ecuación

6-1 ilustran este punto:cualquier enzima que catalice ia

reacción. S - P también cataliza la reacción P → S. El

papel de los enzimas es acelerar la interconversión de

S y P. No se gasta enzima en el proceso y el punto de

equilibrio no queda afectado. No obstante, la reacción

alcanza el equilibrio de una manera mucho más rápida

cuando se halla presente el enzima adecuado ya que

incrementa la velocidad de la reacción.

Se puede ilustrar este principio general consideran-

do la reacción de la sacarosa con el oxígeno para formar

dióxido de carbono y agua:

C12H22011+120212C02+11H20

Esta transformación, que se realiza a través de una serie

de reacciones separadas, tiene una ΔG'° muy grande y

negativa por lo que la cantidad de sacarosa presente en

el equilibrio es despreciable. No obstante, la sacarosa es

un compuesto estable ya que la barrera de activación

energética que debe superar antes de reaccionar con el

oxígeno es muy alta. La sacarosa puede almacenarse en

un recipiente en presencia de oxígeno de manera casi

indefinida sin que reaccionen. Sin embargo, en las céiu-

las, la sacarosa es degradada a CO, y H,O a través de

una serie de reacciones catalizadas por enzimas. Estos

enzimas no sólo aceleran las reacciones sino que ias

organizan y controlan de tal manera que gran parte de

la energía liberada en este proceso se recupera en otras

formas químicas asequibles a la célula para que realice

sus funciones. La ruta de reacciones mediante las que la

sacarosa (y otros azúcares) se degradan es la ruta pri-

maria de formación de energía para las células, y ios

enzimas de esta ruta permiten que la secuencia de reac-

ciones tenga lugar en una escala de tiempo biológica-

mente útil.
Cuaiquier reacción puede consistir en varias etapas

que suponen la formación y desintegración de especies

químicas transitorias denominadas intermedios de

reacción.* Un intermedio de reacción es cualquier

especie producida en el transcurso de la reacción que

tenga un tiempo de vida químico finito (y mayor que el

"En este capitulo los términos paso e intermedio se refieren a especies

quimices en ia ruta de reaccion de una reaccion cataizada por un unico

enzima.En el contexto de las rutas metabólicas en las que participan

múhiples enzimas(Parte ll de este libro),estos terminos se utitzan de

manera aigo diferente. Una reacción enzimática completa recibe

menuoo ei nombre de "paso" de una ruta y el proaucto de la reaccion de

un enzima (que es el sustrato para el siguiente enzima de la ruta) se

suele denominar "intermedio" o "intermediario".).

de una vibración molecular,-10-1 segundos).Cuando la

reacción S D P eslá catalizada por un enzima, los com-

plejos ES y EP pueden ser considerados intermedios a

pesar de que___y P sean especies químicas estables

(Ecn. 6-1);los complejos ES y EP ocupan valles en el

diagrama de la coordenada de reacción (Fig. 6-3).En el

curso de una reacción catalizada enzimáticamente sue-

len existir otros intermedios químicos adicionales y

menos estables. La interconversión de dos intermedios

de reacción secuenciales constituye, por tanto, un paso

de la reacción. Cuando en una reacción existen varios

pasos, la velocidad global viene determinada por el paso

(o pasos) cuya energía de activación sea más elevada;

este paso se denomina paso limitante de velocidad.

En un caso sencillo, el paso limitante de velocidad es el

punto de energía más elevado en el diagrama de inter-

conversión de S y P. En la práctica, el paso limitante de

velocidad puede cambiar con las condiciones de reac-

ción y en el caso de muchos enzimas puede haber varios

pasos con cnergias de activación similares, lo que signi-

fica que todos ellos son parcialmente limitantes de la

velocidad.

Las energias de activación son barreras energéticas

para las reacciones químicas. Estas barreras son crucia-

les para la propia vida. La velocidad a la que una molé-

cula se transforma en una reacción química determina-

da desciende al aumentar la barrera de activación de

esta reacción. Sin estas barreras energéticas,las macro-

moléculas complejas revertirian espontáneamente a

formas moleculares mucho más sencilias y no podrían

existir ni las estructuras compiejas y altamente ordena-

das ni los procesos metabólicos que tienen lugar en las

células. Los enzimas han evolucionado para disminuir

selectivamente las encrgías de activación de las reac-

ciones necesarias para la supervivencia celular.

Las velocidades de reacción y ios equilibrios tienen

definiciones termodinámicas precisas

Los equilibrios de reacción están unidos inextricable-

mente a la variación de energía libre estándar de la

reacción, ΔG"°, mientras que las velocidades de reac-

ción están unidas a la energía de activación,ΔG*. Una

introducción básica a estas relaciones termodinámicas

constituye el próximo paso para saber cómo funcionan

los enzimas.

TABLA 6-4

Relación entreK',yAGro

AG(k//mol)

N 10101010-210-10-110-010-110-51 -11,4-17,134.2-5,722,828,511,417,15,70,0,

Nota:La relación se calcula a partir de ΔG"=-RT inK.(Ecn 6-3).

Un equilibrio tal como S D P viene descrito por una

constante de equilibrio,E,osimplemente K.Enlas

condiciones estándar utilizadas para comparar los pro.

cesos bioquimicos,una constante de equilibrio se deno-

ta por K(oK):

Particndo de la termodinámica, puede describirse la

relación entre K. y ΔG'° mediante la expresión

ΔG'°=-RT In Kq

(6-3)

donde R es la constante de los gases (8,315 J/nol-K) y

Tes la temperatura absoluta 298 K (25°C). La ecuación

6-3 se desarrollará y discutirá detallaclamente en el

Capítulo 13. Aquí el punto importante es que la cons-

tante de equilibrio está relacionada directamente con el

cambio de energía libre estándar global de la reacción

(Tabla 6-4). Un valor negativo grande de ΔG'° refleja un

equilibrio de reacción favorable (la cantidad de produc-

to en el equilibrio es mucho mayor que la de sustrato)

aunque,tal como se ha comentado antes, esto no signi-

fica que la reacción transcurra a una velocidad elevada.

La velocidad de una reacción viene determinada

por la concentración de reactivo (o reactivos) y por una

constante de velocidad generalmente representada

por el símbolo k. Para la reacción unimolecular S - P,

la velocidad de la reacción, V, que representa la canti-

dad de S que reacciona por unidad de tiempo, viene

expresada por una ecuación de velocidad:

V=k[S]

(6-4)

En esta reacción, la velocidad sólo depende_______con-

centración de S. Es lo que se denomina una reacción de

primer orden. El factor k es una constante de propor-

cionalidad que refieja la probabilidad de reacción bajo

un conjunto de condiciones (pH, temperatura, etc.).

Aquí, k es una constante de velocidad de primer orden

y sus unidades son tiempos inversos, como por ejemplo

s-'.Si una reacción de primer orden tiene una constan-

te de velocidad k de 0,03 s-' se puede interpretar (cua-

litativamente) que 3% de sustrato asequible será con-

vertido en P en 1 s. Una reacción con una constante de

velocidad de 2.000 s-1 estará lista en una pequeña

fracción de segundo. Si una velocidad de reacción

depende de la concentración de dos compucstos dife-

rentes, o si reaccionan dos moléculas del mismo com-

puesto, la reacción es de segundo orden y k es una

constante de velocidad de segundo orden (con unida-

des xr-is-1).La ecuación de la velocidad tiene enLonces

la forma

V=k[S:][S2]

(6-5)

Aplicando la leoria del estado de transición se puede

deducir una expresión que relaciona la magnitud de la

constante de velocidad con la energia de activación:

k= KTe-AG*IRT

(6-6)

en donde k es la constante de Boltzmann y h es la cons-

tante de Planck. El punto importante es que esta rela

ción entre la constante de velocidad k y la energia de

activación,AG+,es inversa y exponencial. En forma

simplificada ésta es la base de la alfirmación de que una

194 Enzimas

(6-2)

energia de activación menor significa una velocidad de

reacción mayor.

A continuación variamos el enfoque desde lo que

haoen los enzimas a como lo hacen.

Unos pocos principios explican el poder catalitico

yla especificidad de los enzimas

Los enzimas son catalizadores extraordinarios. Los

aumentos de velocidad conseguidos por los enzimas son

de 5a 17 órdenes de magnitud (Tabla 6-5). Los enzimas

son también muy específicos, discriminando fácilmente

entre sustratos con estructuras muy similares. ;Cómo

se puedien explicar estos incrementos enormes y alta-

mente selectivos en su velocidad? ;De dónde viene la

energia que proporciona un descenso espectacular de

las energias de activación de reacciones especificas?

L respuesta a estas preguntas tiene dos partes

distintas pero relacionadas. La primera se basa en las

reordenaciones de los enlaces covalentes durante una

reacción catalizada por un enzima. Entre sustratos y

grupos funcionales de los enzimas (cadenas laterales

especificas de aminoácidos, iones metálicos y coenzimas)

tienen lugar reacciones quimicas de muchos tipos. Los

grupos funcionales catalíticos de los enzimas pueden for-

mar enlaces covalentes transitorios con un sustrato, acti-

vándoio para la reacción, o bien puede transferirse tran-

sitoriamente un grupo del sustrato al enzima. En muchos

casos, estas reacciones sóio tienen lugar en el sitio activo

del enzima. Las interacciones covalentes entre enzimas y

sustratos hacen dismunuir la energía de activación (por lo

que aceleran la reacción), proporcionando un camino de

reacción altermativo y de menor energía. En la Sección

6.4 se describen diversos tipos específicos de reestructu-

raciones en reacciones enzimáticas.

interacciones no covalertes entre el enzima y el sustra-

to. Recuerde del Capítulo 4 que interacciones débiles,

no conlentes, ayudan a estabilizar la estructura protei-

ca y las interacciones proteina-proteina.Estas mismas

intenacciones son criticas en la formación de complejos

entre proteína y moléculas pequeñas entre las que se

induyen los sustratos enzimáticos. Gran parte de 1a

enenga requerida para disminuir la energia de activa-

cion procede generalmente de interacciones débiles no

COvalentes entre el sustrato y el enzima.El factor que

diferecia realmente a los enzimas de la mayoria de

calaliadores no enzimáticos es la formación de un com-

plejo ES especffico. La interacción entre enzima y sus-

tato m este complejo está mediada por las mismas

6.2 Funcionamiento de los enzimas

195

fuerzas que estabilizan la estructura proteica, entre

ellas puentes de hidrógeno e interacciones iónicas e

hidrofóbicas (Capitulo 4). El establecimiento de caria

interacción débil en el compiejo ES viene acompañado

por la liberación de una pequeña cantidad de energía

libre que estabiliza la interacción. La energía proceden-

te cde la interacción enzima-sustrato se denomina ener-

gía de fijación, ΔG,. Su significado se extiende más

allá del de una simpie estabilización de____interacción

enzima-sustrato.La energía de fijación es la. princi-

pal fuente de energia libre utilizada por los enzimas

para disminuir la energia de aclivacióm. de las reac-

ciones.

Hay dos principios fundamentales que están inte-

rrelacionados y que proporcionan una explicación gene-

ral de cómo los enzimas aprovechan la energía de unión.

no covalente.

1. La mayor parte del poder catalítico de los enzimas

procede en último término de la energia lbre emitida

al formarse los múltiples enlaces débiles e interaccio-

nes entre um enzima y su sustrato. Esta energia de

fijación contribuye tanto a la especificidad como a la

catálisis.

2.Las interacciones débiles están optimizadas en el

estado de transición de la reacción; los sitios activos

de los enzimas son compiementarios no a los sustra-

FIGURA 6-4 Formas complementarias de un sustrato y su sitio de

fijacion sobre un enzima.Se muestra el envimu dihidrefolate reductas

con su sustrato NADP sin fijar y fiaoo. Tambien es visible otro sustrate

unido,el tetrahidrofoiato (PD6 ID 1RA2). En este modelio el NADPse

fia a una bolsa que le es compiementaria en lorma y prooiecades icni-

cas.una ilustracion oe ia hipótesis de Emil Fisher de b "lave y cerra

oura" de ia acción encimática. En reslidad. ls compiementariedad entre

a proleina y el ligando (en este caso el sustrato) raras veces es periecta.

tal como hemos visto en el Capitulo 5.

196 Enzimas

tos per se, sino a los estados de transición a través de

los que pasan los sustratos al ser convertidos en pro-

ductos durante una reacción enzimática.

Estos temas son vitales para la comprensión de los

enzimas y pasan a ser ahora el foco principal de interés

de este capítulo.

Las interacciones débiles entre enzima y sustrato son

óptimas en el estado de transición

iCómo utiliza un enzima la energía de fijación para dis-

minuir la energía de activación de la reacción? La for-

mación del complejo ES no es por sí misma la explica-

ción por bien que algunas de las primeras consideracio-

nes sobre los mecanismos de reacción empezaron con

esta idea. Estudios sobre la especificidad enzimática

llevados a cabo por Emil Fischer le llevaron a proponer,

en 1894,_____los enzimas eran estructuralmente com-

plementarios a sus sustratos, de modo que se acoplaban

del mismo modo que una ilave y una cerradura (Fig.

6-4). Esta elegante idea de que una interacción especí-

(a) Sin enzima

Estado de transición

(varilia doblada)

fica (exclusiva) entre dos moléculas biológicas está

facilitada por superficies moleculares con formas com-

plementarias, ha influido profundamente en el desarro-

llo de la bioquímica y se halla en el centro de muchos

procesos bioquímicos.No obstante,la hipótesis de la

"luave y cerradura" puede ser engañosa cuando se aplica

a la catálisis enzimática.Un enzima totalmente compie-

mentario a su sustrato sería un enzima muy deficiente,

como podemos demostrar.

Consideremos una reacción imaginaria, la rotura de

una varilla metálica magnética. La reacción no cataliza-

da se muestra en la Figura 6-5a. Examinemos ahora

dos enzimas imaginarios (dos "varillasas") que pudieran

catalizar esta reacción, utilizando en ambos casos fuer-

zas magnéticas como ejempio de la energía de fijación

utilizada por los enzimas reales.Diseñemos en primer

lugar un enzima perfectamente complementario al sus-

trato (Fig. 6-5b). El sitio activo de esta varillasa es una

bolsa forrada con imanes. Para que se dé la reacción

(rotura), la varilla debe aicanzar el estado de transición

de la reacción, pero la varilla se adapta de manera tan

Sustrato

Productos
(varilla partida)

FIGURA 6-5 Enzima imaginario (varulasa) diseñado para catalizar la

rotura de una varilla metálica. (a) Para que se rompa la varilia en preciso

doblarla en primer lugar (estado de Iransición). En ambos ejemplo de "vari-

liasa", las interacciones magnélicas ocupan el lugar de las interacciones por

enlaces débiles entre enzima y sustrato. (b) Una variliasa con una bolsa

forrada con imanes complementaria en su estructura a la varilia (sustrato).

l estabiliza.El doblamiento estará impedido por la atracción magnética

entre la vørilia y le varillasa. (c) Un enzima con una bolsa complementaria

al estado de transición de la reacción ayudará a desestabilizar la varilla

dando lugar e la Catálisis de la reacción. Las interacciones magnéticas pro-

Energia libre,G

Coordenada de reacción

Energia libre,G

Coordenada de reacción

Coordenada de reaccion

porcionan energia que compensa el incremento de energia Tbre requerido

para doblar la varilla. Los diagramas de la coordenada de reaccion (dere

cha) muestran las consecuencias energeucas de la complementanedad

con el sustrato frente a la compiementanedad con el estado de transicion

(se han omitido los compleios EP).Eitémino AGM,la dierencia entre las

energias del estado de lransicion oe lbs reaccones no catalizada y calali-

zada procede de las interacciones magnélicas entre la vearila y ta varilasa

Cuando el enzima es complemenLaro al sustrato (b), ei compleio ES es

más estabie y tiene menos energia liore en el estado basal que ei sustralo

solo. El resultado es un incremento de la energia oe activación

fuerte al sitio activo que no puede doblarse,ya que la

curvatura de____________eliminaria aigunas____las interac.

ciones magnéticas__________________y el enzima. Un enzi-

maas impide la reacción___________que hace es estabi-

zar el sustrato. En un diagrama____la coordenada de

reacción (Fig. 6-5b),___________de complejo ES corres-

pondería___________energético del que le seria muy

difcl salir al sustrato. Tal enzima no tendria ninguna

utilidad.

La noción moderma de la catálisis enzimática, pro-

puesta primeramente por Michael Polanyi (1921) y por

Haldane (1930)___después elaborada por Linus Pauling

en 1946 y por William P. Jencks en la década de 1970

dice:para que un enzima catalice una reacción ha de ser

complementario al estado de transición de la reac-

ción. Elo significa que las interacciones óptimas entre

sustrato y enzima sólo pueden tener lugar en el estado

de transición. La Figura 6-5c demuestra de qué modo

puede actuar un enzima de este tipo. La varilia de metal

se fija a la varillasa, pero sólo se utilizan unas cuantas

interacciones para formar el complejo ES.El sustrato

ligado aún ha de experimentar el aumento de energía

libre necesario para aicanzar el estado de transición.

Ahora, sin embargo, el incremento de energía libre

requerido para lievar la varilia a una conformación curva

y parcialmente partida queda nivelado, o es “pagado”,

por las interacciones magnéticas (energía de fijación)

que se forman entre el enzima y el sustrato en el estado

de transición. Muchas de estas interacciones se dan en

partes de la varilla distantes dei punto de rotura; asf, las

interacciones entre el enzima y partes no reactivas del

sustrato proporcionan una parte de la energía necesaria

para catalizar su rotura. Esta "factura energética" se

traduce en una energia de activación neta inferior y una

mayor velocidad de reacción.

Los enzimas reaies funcionan según un principio

análogo. En el compiejo ES se forman algunas interac-

ciones débiles, pero el compiemento total de las interac-

ciones débües posibles entre sustrato y enzima sólo se

forman cuando el sustrato alcanza el estado de transi-

ción La energía libre (energía de fijación) liberada por

la formación de esas interacciones equilibra parciaimen-

te la energía requerida para llegar a la cima de la colina

energética. La suma de la energia de activación desfavo-

rable (positiva) ΔG* y la energía de fijación ΔG, favora-

Energia libre.G

FIGURA 6-6 Papel de la energia de fijación en la catálisis.Pare dismi-

nuir la energia de activación de unz reacción el sistema ha oe adquirir

una cantidad de energia equivaiente a la cantidad en que disminuye

AG.Gran parte de esta energie proviene mayoritariaente de le ener-

ga de liecion(AGB)conseguica en la tormacion de interacciones no

Covalenles débies entre sustrato y enzima en el estaoo de transición. El

pepe de ΔGB es análogo al de ΔGM en la Fig. 6-5.

62 Funcionarmiento de los enzimes

197

ble (negativa) da como resultado una enegiz de acuivs-

ción eta menor (Fig. 6-6). El estado de transición

tampoco es una especie estable en el enzina, sino gue

representa un punto breve del tiempo en gue un sustra-

to permanece en la cima de la colina energética.Sin

embargo, la reacción catalizada por el enzina es mucho

más rápida que el proceso sin cat lizar, porque le coinz.

es mucho más baja. Ei principio imponante subyacente

es que las interacciones de fijación débiles entre el

enzima y el sustrato proporcionan una Jueza

motriz sustancial para la catálisis enzimática.Los

grupos del sustrato que intervienen en estas interaocic-

nes débiles pueden estar situados a cierta distanciz de

los enlaces que se rompen o modifican. Las interaczio-

nes débiles fornadas úricamente en el estario de tran-

sición son las que contribuyen de modo principalalk

catálisis.

La necesidad de múltiples interacciones débles

para impuisar la catálisis es una de las razones de gue

ios enzimas (y algunos coenzimas) sean tan grandes. Un

enzima ha de aportar grupos funcionales para interac-

ciones iónicas, enlaces de hidrógeno y otras interaccio-

nes y ha de posicionar estos grupos de forma precisa

para que la energía de fijación en el estado de transición

sea óptima. Se obtendrá una cormecta fjación si el sus-

trato se ubice en una cavidad (el sitio activo) donde se

encuentre alejado del agua de forma efectiva. El tamaño

de las proteinas refleja l2 necesidad de le existencia Ge

superestructuras que permitan mantener le interacción

de grupos correctamente posicionados y que manter-

gan al mismo tiempo inalterable lz cavidad del sitio

activo.

La energía de fijación contribuye a la especificidad de

reacción y a la catálisis

Pueden explicarse cuantitativamente las enormes ace-

leraciones de velocidad conseguidas por Jos enzimas en

base a la energía de fijación? Sí. Como punto de referen-

cia, la Ecuación 6-6 nos permite caicuiar que ΔG- debe

disminuir unos 5,7 kJ/moi para aceierar una reacción de

primer orden en un factor de diez, en las condiciones

que se encuentran normalmente en las céluias.La ener-

gía disponible a partir de la formación de una sola inte-

racción débil se caicula generalmente entre 4 y 30 kJ/

mol. La energía giobal disponible a partir de varias

interacciones de este tipo es, por tanto,suficiente para

hacer disminuir ias energias de activación los 60 a 100

kJ/mol requeridos para explicar los grandes aumentos

de velocidad observados en muchos enzimas.

La misma energía de fjación que aporta energia

para la catálisis también hace que el enzima sea especi-

fico. La especificidad se refiere a la capacicad de un

enzima de discriminar entre un sustrato y una molécuia

competidora. Conceptualmente, la especificidad es fácil

de distinguir de la catálisis.No obstante, la catálisis y la

especifcidad son mucho más dificiles de diferenciar

experimentalmente porque surgen del mismo fenóme-

no. Si el sitio activo de un enzima tiene grupos funcio-

nales ordenados de manera óptima para formar una

serie de interacciones debiles con un sustrato determi-

nado en el estado de transición, el enzima no podrá

interaccionar tan bien con ninguna otra molécula. Por

ejemplo,si el sustrato tiene un grupo hidroxiio que

forma un puente de hidrógeno específico con un resi-

cluo Glu del enzima, cualquier molécula que carezca de

este grupo hidroxilo concreto será, en general, un peor

sustrato para el enzima. Además, cualquier molécula

con un grupo funcional extra para el que el enzima no

contiene una bolsa o sitio de fijación será muy probable-

mente excluida del enzima. En general, la especifici-

dad proviene de la formación de múltiples interaccio-

nes débiles entre el enzima y su molécula de sustrato

específica.

Es posible demostrar la importancia de la energía

de fijación en la catálisis. Por ejemplo, el enzima gluco-

litico triosa fosfato isomerasa cataliza la interconversión

entre el gliceraldehido 3-fosfato y la dihidroxiacetona

fosfato:

En esta reacción se reordenan los grupos carbonilo e

hidroxilo de los carbonos 1 y 2. Sin embargo, se ha

observado que más del 80% de la aceleración de la velo-

cidad de reacción procede de las interacciones enzi-

ma-sustrato en las que interviene el grupo fosfato del

carbono 3 del sustrato. Se llegó a esta conclusión

mediante una cuidadosa comparación de las reacciones

catalizadas enzimáticamente sobre gliceraldehído 3-fos-

fato y sobre gliceraldehído (sin grupo fosfato en la posi-

ción 3) como sustratos.

Los principios generales antes esbozados se pueden

ilustrar mediante diversos mecanismos catalíticos reco-

nocidos. Estos mecanismos no son mutuamente exclu-

yentes por lo que un enzima determinado puede incorpo-

rar varios tipos en su propio mecanismo de acción global.

Consideremos io que se necesita para que una reac-

ción tenga lugar. Entre los factores físicos y termodiná-

micos principales que contribuyen al valor de ΔG+, la

barrera para una reacción, se podrían incluir: (1) la

entropía (libertad de movimiento) de las moléculas en

solución, que reduce la posibilidad de que reaccionen

entre ellas; (2) la capa de solvatación del agua unida por

puentes de hidrógeno que rodea y ayuda a estabilizar

muchas bionoléculas en disoiución acuosa; (3) la dis-

torsión de los sustratos que ha de tener lugar en muchas

reacciones y (4) la necesidad de conseguir un alinea-

miento adecuado de los grupos funcionales catalíticos

en el enzima. Se puede utilizar la energía de fijación

para superar todas estas barreras.

En primer lugar, una gran restricción en los movi-

mientos relativos de dos sustratos que han de reaccio-

nar, o reducción de entropía, es uno de los beneficios

obvios de su fijación al enzima. La energia de fijación

mantiene los sustratos en la orientación correcta para

reaccionar, lo que es una contribución muy importante

a la catálisis ya que las colisiones productivas entre

moléculas en disolución pueden ser extremadamente

raras. Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima

de forma precisa, gracias a un gran número de interac-

ciones débiles entre ellos y grupos localizados de mane-

ra estratégica en el enzima, lo que mantiene las molécu-.

las de sustrato en las posiciones adecuadas. Algunos

Reacción
(a)

CH3-C-OR OR

CH3-L-o-

(4)

OR O

(c)

FIGURA 6-7 Aumento de la velocidad por reducción de ia entropia.

Se muestran las reacciones de un éster con un grupo carboxilato pare

formar un anhidrido. El grupo k es el mismo en todos los casos. (a)Far

esta reacción bimolecular la constante de reacción k es de segundo

orcen y tiene como unidaoes M-1 s-1.(b)Cuando los dos grupos reaccio-

nantes lorman parte de la misma molécuia y. por tanto, tienen menos

libertad de movimiento, la reacción es mucho más rápida. Para esta

reaccion unimolecular k tiene como unidades s-1.Diviciendo la cors-

tante de veiocidad de (b) por la constante de velocidad de (a) se obtiene

un incremento de velocidad de aproximadamente 105 u(El incremento

tiene unidades de molaridad debido a que estamos comparanoo una

reacción unimolecuiar con una bimoiecuiar)En otras palabras,si ei reac-

tivo en (b)estuviera presente a una concentración 1 m,los grupos reacti-

vos se comportanian como si estuvieran presentes a una concentracion

de 105 Obsérvese que el reactivo en (b) tiene libertad de rotacián

airededor de tres eniaces (mostrados con fiechas curvadas). pero a

pesar de esto la reducción de le entropía en relación con (a) es todavia

sustancial.Si los enlaces que rotan en (b) estan restringidos como en

(c), la entropia disminuye todavia más y la reacción muesira un incre-

mento de velocidad de 108 en relación con (a).

estudios han demostrado que la restricción del movi.

miento de dos reactivos puede producir incrementos de

velocidad de muchos ordenes de magnitud(Fig.6-7).

En segundo lugar, la formación de eniaces débiles

entre enzima y sustrato tambien da lugar a la desolva-

tación del sustrato.Interacciones enzima-sustrato

reemplazan la mayoria de, o_________todos,los enlaces

de hidrógeno____________existir entre el sustrato y el

agua que,de otro modo, impedirian la reacción. En ter-

cer lugar, la energia de fiación correspondiente a las

interacciones débiles formadas únicamente durante el

estado de transición de la reacción ayuda a compensar

termodinámicamente cualquier distorsion,principai

mente en forma de redistribucion electrónica, que debe

experimentar el sustrato para reaccionar.

Finalmente,el propio enzima puede experimentar

un cambio en la conformacion cuando se Lia ei sustrato

inducido por multiples interacciones débiles con ei sus-

trato.Esta situacion se conoce como encaje inducido.

un mecanismo postulado por Daniel Koshland en 1956.

Los movimientos pueden afectar a una pequerna zona

del enzima cerca del sitio activo o implicar cambios en

198 Enzimas

a posición de doninios enteros. Normalmente,se gene-

ra una red de movimientos acoplados en todo el enzima

gue da lugar en último termino_______________necesarios

en el sitio activo. El encaje inducido sirve para disponer

gnpos funcionales especificos del enzima_______posicion

adecuada para catalizar la reacción El cambio de con-

formación también permite l2 formación de interaccio-

nes débiles adicionales en el estado de transición.En

cualguier caso, la nueva conformación del enzima ha

incrementado sus propiedades cataliticas.Como ya

hemos visto (Capitulo 5), el encaje inducido es una

caracteristica usual en la unión reversible de los ligan-

dos a las proteinas. El encaje inducido también es

importante en la interacción de casi todos los enzimas

con sus sustratos.

Grupos cataliticos especificos contribuyen a la catálisis

En la mayoría de enzimas, la energía de fijación utilizada

para formar el complejo ES es sólo una de las diversas

contribuciones al mecanismo catalítico general. Una vez

unido el sustrato al enzima,grupos funcionales cataliti-

cos situados adecuadamente colaboran en la rotura o

formación de enlaces mediante diversos mecanismos

entre los que se encuentran la catálisis ácido-base gene-

ral, la catálisis covalente, y la catálisis por iones metáli-

FIGURA 6-8 Modo en que un catzlizador supera la formacion desta-

Vorable de carga durante la rotura de una amida. Aqui se muestra ia

hidróisis de un enlace amida, la misma reaccion que catalizan lia Guimo-

Vipsina y otras proteasas. La lormación de carga resulta oesiavorable y se

Duede evitar mediante la donación de un proton por parte____H3O+(caté-

Ilss ácica espealica)o por parte de HA (cataisis acida general),donde

HA representa cuaiquier ácido. De modo parecido se puede neutralizar la

Carga por captacion del protón por parte de OH (cztálisis básica especi-

lica) 08:(catalisis básica general),donde B: representa cualcuier base

6.2 Funcionamiento de los enzimas

199
cos.Estos mecanismos son diferentes de los basados en

la energía de fijación porque generalmente suponen una

interacción covalente transitoria con un sustrato, o la

transferencia de grupos desde o hacia un sustrato.

Catálisis ácido-base general La transferencia de un pro-

tón es la reacción individual más frecuente en bioquími-

ca. En el transcurso de la mayoría de reacciones que

tienen lugar en la s células se produce una o, a menudo,

varias transferencias protónicas.Muchas reacciones

bioquímicas suponen la formación de intermedios car-

gados inestabies que tienden a descomponerse rápida-

mente en sus especies reactivas constituyentes, impi-

diendo de este modo la reacción (Fig. 6-8). Los inter-

medios cargados se pueden estabilizar a menudo trans-

firiendo protones a o desde el sustrato o intermedio

parz formar una especie que se descompone más fáci'-

mente en productos. Estos protones se transfieren

entre un enzima y un sustrato o intermedio.

Los efectos de la catálisis por ácidos y bases se

estudian a menudo utilizando reacciones no enzimáticas

modelo en las que ios dadores o aceptores de protones

son los constituyentes del agua soia o bien otros ácidos

o bases débiles. La catálisis que sólo utiliza los iones H*

(H,O*) u OH- presentes en el agua se denomina catáli-

sis ácida o básica específica. Si la transferencia de

protones entre el intermedio y el agua es más rápida

que la descomposición del intermedic en reactivos, el

jntermedio se estabiliza de manera efectiva cada vez

que se forma. En este caso no se producirá catálisis

adicional faciutada por otros aceptores o dadores de

protones. No obstante, en muchos casos el agua no es

suficiente para impedir la descomposición en reactivos.

En estos casos de reacciones no enzimáticas en solución

acuosa se pueder. añadir ácidos y bases débiles para

aceierar la velocidad de reacción No se producirá una

catálisis adicional debida a otros dadores o aceptores de

protones. Muchos ácidos orgánicos débiles pueden

FIGURA 6-9 Aminoácidos involucrados en la catálisis ácido-base

generaL Muches reacciones orgánicas utilizadas como modeio de pro-

cesos bioquimicos estan favorecidas por dadores de protones (ácicos

generaies) o aceptores de protones (bases generaies).Los sitios activos

de zigunos enzimas contienen grupos funcionales de aminaécicos,taies

como ios que zoui se muestran, que pueden participar en el proceso

catalitico como cedores o aceptores de protones

suplementar al agua como dadores de protones en esta

situación, del mismo modo que bases orgánicas débiles

pueden servir como aceptores de protones. El término

catálisis ácido-base general hace referencia a las

transferencias de protones facilitadas por ácidos y bases

débiles que no son el agua.

En el sitio activo de un enzima, en donde puede que

el agua no esté disponible como dador o aceptor de

protones, la catálisis ácido-base general adquiere gran

importancia. Varias cadenas laterales de aminoácidos

pueden,y de hecho actúan, como dadores y aceptores

de protones (Fig. 6-9). Estos grupos se pueden posi-

cionar de forma precisa en el sitio activo de un enzima

para permitir la transferencia de protones, generando

incrementos de velocidad del orden de 102 a 105.Este

tipo de catálisis tiene lugar en la gran mayoria de los

enzimas.

Catálisis covalente En la catálisis covalente se forma un

enlace covalente transitorio entre el enzima y el sustra-

to. Consideremos la hidrólisis de un enlace entre los

grupos A y B:

A-B A+B

En presencia de un catalizador covalente (un enzima

con un grupo nucleoflico X:) la reacción se transforma

en

H-O

A-B+X:→A-X+B→A+X:+B

La formación y descomposición de un intermedio cova-

lente crea una nueva ruta para la reacción pero sólo

produce catálisis si la nueva ruta tiene una energía de

activación inferior que la ruta no catalizada. Los dos

nuevos pasos han de ser más rápidos_____la reacción no

catalizada. Diversas cadenas laterales de aminoácidos,

entre las que se cuentan todas las de la Fig. 6-9, así

como los grupos funcionales de algunos cofatores enzi-

máticos, sirven como nucleófilos para la formación de

enlaces covalentes con los sustratos. Estos complejos

covalentes siempre experimentan una reacción adicio-

nal con el fin de regenerar el enzima libre. El enlace

covalente formado entre el enzima y el sustrato puede

activar un sustrato para una nueva reacción de una

forma que es normalmente específica para el grupo o

coenzima implicado.

Catálisis por iones metálicos Los metales, tanto si están

fuertemente unidos al enzima o son captados de le solu-

ción junto con el sustrato, pueden participar de diferen-

tes maneras en la catálisis.Interacciones iónicas entre un

metal fijado al enzima y el sustrato pueden ayudar a

orientar a un sustrato para que reaccione o estabilizar

estados de transición de la reacción que estén cargados.

Esta ulilización de interacciones de fijación débiles entre

el metal y el sustrato es similar a algunos de los usos de

la energía de fjación enzima-sustrato descrita anterior-

mente. Los metales también pueden facilitar reacciones

de oxidación-reducción mediante cambios reversibles en

el estado de oxidación del ión metálico. Casi una tercera

parte de los enzimas conocidos requieren uno o más

iones metálicos para su actividad catalítica.

La mayoría de enzimas utilizan una combinación de

varias estrategias catalíticas para conseguir un incre-

mento de velocidad. Un buen ejemplo de ello es la utili-

acián de le catálisis covalente, catalisis aedt

general y estabilizacion del estado de transicion en

mayor detalle en la Sección 6.4.

RESUMEN 6.2 Funcionamiento de los enzimas

Los enzimas son catalizadores muy eficientes, capa.

ces de aumentar las velocidades de reacción en un fac.

tor de entre 105 y 1017.

Las reacciones catalizadas por enzimas se caracteri.

zan por la formación de un complejo entre el sustrato y

el enzinma (compiejo ES). La fijación del sustrato se

produce en una bolsa del enzima llamada sitio activo.

La función de los enzimas y de otros catalizadores

consiste en disminuir la energía de activación, ΔG', de

una reacción con el fin de incrementar su velocidad de

reacción. El equilibrio de una reacción no se ve afectado

por el enzima.

Una parte significativa de la energia utilizada para el

incremento de la velocidad de las reacciones enzimáticas

proviene de las interacciones débiles (enlaces de hidróge-

no, interacciones hidrofobicas e interacciones iónicas)

entre enzima y sustrato. El sitio activo del enzima tiene

una estructura tal que hace que algunas de estas interac-

ciones débiles tengan lugar de modo preferente en el

estado de transición de la reacción, con lo que lo estabili-

zan. Una de las razones del gran tamaño de los enzimas es

la necesidad de que existan múltiples interacciones. Le

energía de fjación, ΔGв, se utiliza para compensar la

energía de activación requerida,ΔG',de diversas mane-

ras. Puede utilizarse, por ejemplo, para disminuir la

entropía del sustrato, desolvatario o para producir un

cambio de conformación en el enzima (encaje inducido).

La energía de fijación es también la responsable de la

exquisita especificidad de los enzimas hacia sus sustratos.

La necesidad de que hayan múltiples interacciones es

una de las razones del gran tamaño de los enzimas.La

energia de fjación,AG,se utiliza para compensar,de

diversas maneras, la energia requerida para la activación

ΔG#,disminuyendo,por ejemplo, la entropía del sustrato

dando lugar a la desolvatación del sustrato, o mediante un

cambio confrmacional en el enzima (encaje inducido).

La energia de fjación también explica la exquisita especi-

ficidad de los enzimas coin respecto a sus sustratos.

Entre los mecanismos cataliticos adicionales

empleados por los enzimas se cuentan la catálisis áci-

do-base general, Ja catálisis covalente y la catálisis por

iones metálicos.La catálisis suele implicar la existencia

de interacciones covalentes transitorias entre el sustra-

to y el enzima,o transferencias de grupos diesde o al

enzima, con el fin de adoptar un camino de reaccion

nuevo y de menor energia.____todos los casos, el enzinma

vuelve a adquirir el estado no ligado una vez se ha conl-

pletado la reacción

6.3 La cinética enzimática

como método para comprender

el mecanismo

Los bioqumicos utilizan normalmente diversos metodos

para estudiar el mecanismo de acción de enzinas pur

ficados.La estructura tridimensional de la proteína

200 Enzimas

suplementar al agua como dadores de protones en esta

situación, del mismo modo que bases orgánicas débiles

pueden servir como aceptores de protones. El término

catálisis ácido-base general hace referencia a las

transferencias de protones facilitadas por ácidos y bases

débiles que no son el agua.

En el sitio activo de un enzima, en donde puede que

el agua no esté disponible como dador o aceptor de

protones, la catálisis ácido-base general adquiere gran

importancia. Varias cadenas laterales de aminoácidos

pueden,y de hecho actúan, como dadores y aceptores

de protones (Fig. 6-9). Estos grupos se pueden posi-

cionar de forma precisa en el sitio activo de un enzima

para permitir la transferencia de protones, generando

incrementos de velocidad del orden de 102 a 105.Este

tipo de catálisis tiene lugar en la gran mayoria de los

enzimas.

Catálisis covalente En la catálisis covalente se forma un

enlace covalente transitorio entre el enzima y el sustra-

to. Consideremos la hidrólisis de un enlace entre los

grupos A y B:

A-B A+B

En presencia de un catalizador covalente (un enzima

con un grupo nucleoflico X:) la reacción se transforma

en

H-O

A-B+X:→A-X+B→A+X:+B

La formación y descomposición de un intermedio cova-

lente crea una nueva ruta para la reacción pero sólo

produce catálisis si la nueva ruta tiene una energía de

activación inferior que la ruta no catalizada. Los dos

nuevos pasos han de ser más rápidos_____la reacción no

catalizada. Diversas cadenas laterales de aminoácidos,

entre las que se cuentan todas las de la Fig. 6-9, así

como los grupos funcionales de algunos cofatores enzi-

máticos, sirven como nucleófilos para la formación de

enlaces covalentes con los sustratos. Estos complejos

covalentes siempre experimentan una reacción adicio-

nal con el fin de regenerar el enzima libre. El enlace

covalente formado entre el enzima y el sustrato puede

activar un sustrato para una nueva reacción de una

forma que es normalmente específica para el grupo o

coenzima implicado.

Catálisis por iones metálicos Los metales, tanto si están

fuertemente unidos al enzima o son captados de le solu-

ción junto con el sustrato, pueden participar de diferen-

tes maneras en la catálisis.Interacciones iónicas entre un

metal fijado al enzima y el sustrato pueden ayudar a

orientar a un sustrato para que reaccione o estabilizar

estados de transición de la reacción que estén cargados.

Esta ulilización de interacciones de fijación débiles entre

el metal y el sustrato es similar a algunos de los usos de

la energía de fjación enzima-sustrato descrita anterior-

mente. Los metales también pueden facilitar reacciones

de oxidación-reducción mediante cambios reversibles en

el estado de oxidación del ión metálico. Casi una tercera

parte de los enzimas conocidos requieren uno o más

iones metálicos para su actividad catalítica.

La mayoría de enzimas utilizan una combinación de

varias estrategias catalíticas para conseguir un incre-

mento de velocidad. Un buen ejemplo de ello es la utili-

acián de le catálisis covalente, catalisis aedt

general y estabilizacion del estado de transicion en

mayor detalle en la Sección 6.4.

RESUMEN 6.2 Funcionamiento de los enzimas

Los enzimas son catalizadores muy eficientes, capa.

ces de aumentar las velocidades de reacción en un fac.

tor de entre 105 y 1017.

Las reacciones catalizadas por enzimas se caracteri.

zan por la formación de un complejo entre el sustrato y

el enzinma (compiejo ES). La fijación del sustrato se

produce en una bolsa del enzima llamada sitio activo.

La función de los enzimas y de otros catalizadores

consiste en disminuir la energía de activación, ΔG', de

una reacción con el fin de incrementar su velocidad de

reacción. El equilibrio de una reacción no se ve afectado

por el enzima.

Una parte significativa de la energia utilizada para el

incremento de la velocidad de las reacciones enzimáticas

proviene de las interacciones débiles (enlaces de hidróge-

no, interacciones hidrofobicas e interacciones iónicas)

entre enzima y sustrato. El sitio activo del enzima tiene

una estructura tal que hace que algunas de estas interac-

ciones débiles tengan lugar de modo preferente en el

estado de transición de la reacción, con lo que lo estabili-

zan. Una de las razones del gran tamaño de los enzimas es

la necesidad de que existan múltiples interacciones. Le

energía de fjación, ΔGв, se utiliza para compensar la

energía de activación requerida,ΔG',de diversas mane-

ras. Puede utilizarse, por ejemplo, para disminuir la

entropía del sustrato, desolvatario o para producir un

cambio de conformación en el enzima (encaje inducido).

La energía de fijación es también la responsable de la

exquisita especificidad de los enzimas hacia sus sustratos.

La necesidad de que hayan múltiples interacciones es

una de las razones del gran tamaño de los enzimas.La

energia de fjación,AG,se utiliza para compensar,de

diversas maneras, la energia requerida para la activación

ΔG#,disminuyendo,por ejemplo, la entropía del sustrato

dando lugar a la desolvatación del sustrato, o mediante un

cambio confrmacional en el enzima (encaje inducido).

La energia de fjación también explica la exquisita especi-

ficidad de los enzimas coin respecto a sus sustratos.

Entre los mecanismos cataliticos adicionales

empleados por los enzimas se cuentan la catálisis áci-

do-base general, Ja catálisis covalente y la catálisis por

iones metálicos.La catálisis suele implicar la existencia

de interacciones covalentes transitorias entre el sustra-

to y el enzima,o transferencias de grupos diesde o al

enzima, con el fin de adoptar un camino de reaccion

nuevo y de menor energia.____todos los casos, el enzinma

vuelve a adquirir el estado no ligado una vez se ha conl-

pletado la reacción

6.3 La cinética enzimática

como método para comprender

el mecanismo

Los bioqumicos utilizan normalmente diversos metodos

para estudiar el mecanismo de acción de enzinas pur

ficados.La estructura tridimensional de la proteína

200 Enzimas

Nelfinavir
Lopinavir

Saquinavir

FIGURA 6-25 Inhibidores de la proteasa de VIH. El grupo hidroxilo

(rojo) actúa como análogo del estado de transición simulando el oxigeno

del intermedio letraédrico. El grupo benciio adyacente (azul) ayuda a

posicionar adecuadamente el medicamento en el sitio activo.

que contiene un grupo bencilo. Este ordenamiento dirige

el grupo bencilo a una boisa de unión aromática (hidrofó-

bica). El grupo hidroxilo adyacente simula el oxígeno

cargado negativamente en el intermdio tetraédrico de la

reacción normal, con lo que proporciona un análgo del

estado de transición. El resto_______estructura del inhībi-

dor se diseñó de manera tal que encajase y se uniese a

diversas hendiduras a lo largo de la superficie del enzima

aumentando así la unión global La existencia de estos

farmacos tan efectivos ha aumentado notablemente la

con VIH y SIDA. A principios de 2015, 15 millones de

personas de las aproximadamente 37 millones infectadas

por VIH estaban recibiendo tratamiento antirretroviral

En la hexoquinasa se produce un encaje inducido durante

la unión del sustrato

La hexoquinasa de levadura (M, 107.862) es un enzima

bisustrato que cataliza la reacción reversible

(■)

FIGURA 6-26 Encaje inducido en la hexoquinasa (a) La hexoquinasa

tiene una estructure en forma de U. (b) Los extremos se acercan en un

cambio de coniormación inducido por la unión de la D-glucosa [Fuentes:

(a)PDB ID ZYHX C.M. Anderson el al,J. Mol. Biol. 123:15,1978.(b)

PDB ID 2E2O modelado con ADP proceoente de PDB ID 2E2Q, H. Nishi-

masu et al.,J.Biol.Chem.282,9923,2007.)

El ATP y el ADP se unen siempre al enzima formando

un compiejo con el jón metálico de Mg.

El húdroxilo en la posición C-6 de la molécula de

giucosa (al cual se transfiere ei η-fosfato del ATP duran-

te la reacción de la hexoquinasa) es simüar en reactivi-

dad química al agua, la cuai penetra libremente en el

sitio activo de la glucosa. No obstante, la hexoquinasa

favorece la unión con. l2 glucosa er un factor de 10°. El

enzimz pueċe discriminar entre l2 giucosa y el agua

gracias a un cambio de conformación que se produce

en el enzima cuando se une el sustrato correcto

(Fig. 6-26). La hexoquinasa constituye, por tanto, un

buen ejempio de encaje inducido. Cuando no hay giuce-

sa, el einzima se encuentra en una conformación inacu-

ve, con las cadenas laterales de ios aminoácícos dei sitio

activc en una posición no adecuads para ia reacciér.

Cuando se fjan la glucosa (pero no ei agua) y Me·ATP,

ia energia de fjación que se produce en esia inueracción

induce un cambio hacia la conformación catalíticamente

activa del enzima.

Los estudios cinéticos han reforzado esta conciu-

sión.El azúcar de cinco carbonos xilosa, similar estereo-

químicamente a la glucosa pero con un carbono menos,

se une a la hexoquinasa, pero lo hace en una posición

donde no puede ser fosforilada. Sin embargo, la adición

de xiiosa a la mezcla de reacción aumenta la velocidad

de hidrólisis de ATP. Evidentemente,la fijación de xilo-

sa es suficiente para inducir un cambio en la hexoquina-

sa a su conformación activa, por lo que el enzima resul-

ta "engañado" para que fosforile agua. La reacción de la

hexoquinasa también ilustra que la especificidad enzi-

mática no siempre es un simple problema de fijación de

un compuesto en lugar de otro. En el caso de la hexo-

quinasa, se observa especificidad no en la formación del

complejo ES, sino en las velocidades relativas de las

siguientes etapas catalíticas. El agua no es excluida del

sitio activo, pero las velocidades de reacción aumentan

considerablemente en presencia de grupos fosforilo

aceptores funcionales (glucosa).

Xilosa

El encaje inducido no es más que un aspecto del meca-

nismo catalítico de la hexoquinasa; al igual que la qui-

motripsina, la hexoquinasa utiliza diversas estrategias

cataliticas. Por ejemplo, los residuos aminoácidos del

sitio activo (los que se posicionan mediante el cambio

de conformación que sigue a la fijación del sustrato)

(a)

La Lys345 abstrae capta

un proton mediante

catálisis básica general.

Dos iones Mg2+

intermediario enolico

participan en la catálisis ácido-base general y en la esta-

bilización del estado de transición.

El mecanismo de reacción de la enolasa requiere l

presencia de iones metálicos

Otro enzima giucolítico, la enolasa, cataliza la deshidra.

tación reversible del 2-fosfoglicerato a fosloenolpruva-

to:

La reacción-constituye un ejemplo de la utilización de

un cofactor enzimático,un ión metálico en este caso (en

èl Recuadro 6-3 se incluye un ejemplo de función de un

coenzima). La enolasa de levadura (M, 93.316) es un

dímero con 436 residuos aminoácidos. por subunidad.La

reacción de la enolasa ilustra un tipo de catálisis porion

metálico y proporciona un ejemplo adicional de catalisis

ácido-base general y de estabilización-del estado de

transición. La reacción tiene lugar en dos etapas

(Fig.6-27a).En-primer lugar,el residuo Lyss actúa

como un catalizador básico general, sustrayendo un

protón del C-2 del 2-fosfoglicerato; a continuación, el

Glu21' actúa como un catalizacdor ácido general, cedien-

do un protón al grupo-OH saliente.El protón en el C-2

del 2-fosfoglicerato no es muy acídico por lo que no se

extrae fäcilmente por la Lys 4s. Sin embargo, los átomos

de oxigeno electronegativos del grupo carboxilo adya-

cente extraen electrones de C-2, con lo que los protones

adheridos son algo más lábiles. En el sitio activo del

enzima, el grupo carboxilo del 2-fosfoglicerato experi-

menta interacciones iónicas fuertes con dos iones Mg"

EI Glu2n facilita la

eliminacion del

grupo-OH

mediante catálisis

ácida general.
2-Fosioglicerato unido al enzima

(b)

Fosioenolpiruvato

r a enolas.(a) Mecanismo medanie ei gue se convierte el 2-lolo

Enzimas

222

tmicios (Fig. 6-276), lo que aumenta fuertemente la

retirada de electrones por el carboxilo. A medicda que se

forma el internedio cnolato inestabie,los iones metáli-

cos actúai seguidamente apantallando las dos cargas

negativas (sobre los átomos de oxigeno del carboxilo)

que existen efimeramente muy cerca una de otra.Enla-

ces de hidrógeno con otros residuos aminoácidos del

sitio activo también contribuyen al mecanismo global.

Las diversas interacciones estabilizan efectivamente

tanto el intermedio enolato como el estado de transición

que precede a su formación.

La lisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento

nuciefilico sucesivas

La lisozima es un agente antibacteriano-natural que se

encuentra en las lágrimas y en la clara del huevo. La

lisozima de ciara de huevo de gallina (M, 14.296) es un

6.4 Ejemplos de reacciones enzimáticas

223

monómero de 129 residuos aminoácidos. Fue el primer

enzima del que se determinó la estructura tridimensio-

nal,a cargo de David Philips y colaboradores en 1965.

En la estructura se observan cuatro enlaces disulfuro

estabilizadores y una hendidura que contiene el sitio

activo (Fig. 6-28a). Más de cinco décadas de investiga-

ción han permitido obtener una imagen detallada sobre

la estructura y la actividad del enzima, además de una

interesante historia sobre el progreso de ia ciencia bio-

química.

El sustrato de la lisozima es un péptidogiucano, un

glúcido que se encuentra en muchas paredes bacteria-

nas. La lisozima rompe el enlace glucosídico C-O

(β1-4) (véase la p. 258) entre los dos tipos de azúca-

res de la molécula, el ácido N-acetilmurámico (Mur2Ac)

y la N-acetilglucosamina (GlcNAc),frecuentemente

denominados NAM y NAG, respectivamente, en la lite-

ratura científica sobre enzimología (Fig. 6-28b). Seis

---0

OH

HOH2

GIcNAc

FIGURA 6-28 La lisozima de clara de huevo y la reaccion que cata-

liza.(a) Representacion dela superficie del enzima con los residuos del

silio activo Glu" y Asps: mostrados como estructura de varillas negras

y e Sustrato unido mostrado en rojo.Obsérvese que el enzima cristali-

zado era un mutante, con Gin en lugar de Giu2' véase la påg. 223): la

etiqueta aqui se refiere al residuo del tipo salvaje. (b) Reaccion catali-

zada por la lisozima de cara de huevo. Se muestra un segmento del

Polimero de péptidoglucano y los sitios de fijacion de la lisozime A aF

(b)

estan sombreados. Se rompe el eniace glucosidico C-O enire los resi-

duos de azúcar unidos a los silios D y E tal como indica la flecha roj.

La reaccion hidrolitica se muestra en el inserio, en el que še muestra en

rojo el destino del atomo de oxigeno del H.O. Mur2Ac es el áciao

N-acelilmuramico:GicNAc,N-acetiglucosamina. RO-representa un

grupo lactilo (acioo lactico);-Nac y AcN-, un grupo N-acelilo (véase la

ciave).(Fuente:(a) PDB ID 1LZE, K.Maenaka et al,1. Mol. Biol.

247:281,1995.]

residuos allernos de Mur2Ac___GlcNAc del péptidoglu-

cano se unen____sitio activo en los sitios de unión marca-

dos con las letras A a F. La construcción de modelos

moieculares ha mostrado que la cadena lateral lactilo de

Mur2Ac no puede acomodarse en los sitios C y E,por lo

que su unión se restringe a los sitios B, D y F. Sólo se

rompe uno de los enlaces glucosidicos unidos, el que se

encuentra entre un residuo Mur2Ac en el sitio D y un

residuo GIcNAc en el sitio E. Los aminoácidos cataliti-

cos clave del sitio activo son Giu y Asp(Fig.6-29a).

La reacción es una sustitución nucleofilica en la que un

-OH del agua reemplaza al GlcNAc en la posición C-1 de

Mur2Ac.

Después de la identificación de los residuos del sitio

activo y de la obtención de la estructura detallada del

enzima, en los años 1960 parecía que el camino hacia la

comprensión del mecanismo de reacción quedaba expe-

dito. Sin embargo, durante cuatro décadas no fue posi-

ble obtener pruebas definitivas a favor de ningún meca-

nismo determinado. Existen dos mecanismos química-

mente razonables que podrían dar lugar a los productos

observados en la rotura de enlaces glucosídicos media-

da por la lisozima. Phillips y colaboradores propusieron

un mecanismo disociativo (de tipo S,1) (Fig. 6-29a,

izquierda), en el que se produce en primer lugar la diso-

ciación de GIcNAc en el paso ① , dejando un interme-

dio catión glucosilo (un carbocatión). En este mecanis-

mo, la GIcNAc saliente es protonada mediante catálisis

ácida general por el Glu3i, localizado en una bolsa hidro-

fobica que le confiere un pK, inusualmente elevado a su

grupo carboxilo. El carbocatión se estabiliza por reso-

nancia con el oxigeno del arillo adyacente y mediante

interacción electrostática con la carga negativa del

Aspcercano. En el paso ②, una molécula de agua

ataca el C-1 de Mur2Ac para dar el producto. El meca-

nismo alternativo (Fig. 6-29a, derecha) supone dos

pasos de desplazamiento directo (del tipo S,2) conse-

cutivos. En el paso ①,el Asp52 ataca el C-1 de Mur2Ac

y desplaza la GlcNAc. Al igual que en el primer mecanis- '

mo,el Glu actúa como ácido general protonando la

GIcNAc saliente. En el paso ②,una molécula de agua

ataca al C-1 de Mur2Ac,desplazando al Asps y generan-

do el producto.

El mecanismo de Phillips (S,1) fue ampliamente

aceptado durante más de tres décadas. Sin embargo,

siguió existiendo cierta controversia y continuaron los

experimentos. A veces,el método científico hace que se

adelante lentamente en algunos temas por lo que puede

ser difeil diseñar un experimento realmente esciarece-

dor. Algunos de los primeros argumentos desfavorables

al mecanismo de Phillips eran sugerentes pero no total-

mente persuasivos. Por ejemplo,se suponía que la vida

media del catión glucosilo propuesto en el mecanismo

era de 10-12 segundos, sólo un poco mayor que una

víbración molecular y no lo suficientemente duradera

como para permitir la necesaria difusión de otras molé-

culas Mas importante todavia, la lisozima es un miem-

bro de la familia de enzimas que actúan con “retención

de la configuracion", y que catalizan reacciones en las

que el producto tiene la misma configuración anomérica

que el sustrato (las configuraciones anoméricas de los

glúcidos se examinan en el Capítulo 7); se sabe que

estos eazimas presentan intermedios covalentes reacti-

Vos tales como el propuesto en el mecanismo S,2 alter-

nativo. Por todo ello, cl mecanismo de Phillips contrade-

cía los datos experimentales de cnzimas estrechamente

relacionados.

Un experimento a cargo de Stephen Whithers y

colaboradores en 2001 escoró la discusión decidida-

mente a favor de la ruta S,2. Utilizando un enzima

mutante (con el residuo 35 cambiado de Glu a Gln) y

sustratos artificiales para que, combinados, dieran lugar

a un descenso en la velocidad de los pasos clave de la

reacción, estos investigadores fueron capaces de estabi-

lizar el eiusivo intermedio covalente. Ello les permitió a

la vez observar el intermedio directamente mediante

espectrometría de masas y cristalografía de rayos X

(Fig. 6-29b).
Puede considerarse que el mecanismo de la lisozi-

ma está ya demostrado? No. Un aspecto clave del méto-

do científico, tal como argumentó Albert Einstein en

una ocasión, es “No puede haber experimentos suf-

cientes para demostrar que estoy en lo cierto; en cam-

bio, un solo experimento puede demostrar que estoy

equivocado". En el caso del mecanismo de la lisozima

se podría argumentar, como ya se ha hecho, que los

sustratos artificiales con los carbonos C-1 y C-2 susti-

tuidos con flúor que fueron utilizados para estabilizar el

intermedio covalente podrían haber alterado el camino

de la reacción.La elevada electronegatividad del flúor

podría desestabilizar un ión oxicarbenio ya electrodefi-

ciente en el intermedio catión glucosilo que podria

aparecer en un mecanismo S,1. Sin embargo, la ruta

S,2 es, por ahora, el mecanismo más acorde con los

datos disponibles.

La comprensión de los mecanismos enzimáticos permiter

obtener antibióticos útiles

La penicilina fue descubierta en 1928 por Alexan-

der Fleming, pero fueron necesarios 15 años más

para comprender bien este compuesto relativamente

inestable y poder utilizarlo como agente farmacológico

para tratar infecciones bacterianas. La penicilina inter-

fere en la síntesis del péptidoglucano, componente

principal de la pared celular rígida que protege a las

bacterias de la lisis osmótica. El péptidoglucano está

formado por polisacáridos y péptidos entrelazados

mediante diversos pasos que incluyen una reacción a

cargo de una transpeptidasa (Fig. 6-30). Ésta es la

reacción inhibida por la penicilina y otros compuestos

relacionados (Fig. 6-31a), todos los cuales son inlubi-

dores irreversibles de la transpeptidasa, que pueden

unirse al sitio activo a través de un segmento que mime-

tiza una conformación de la D-Ala-D-Ala del precursor

del péptidoglucano. El enlace peptidico del precursor es

reemplazado por un anilio de β-lactama, altamente

reactivo.Cuando la penicilina se une a la transpeptida-

sa, una Ser del sitio activo ataca el grupo carbonilo del

anillo de β-lactama y genera un aducto covalente entre

La penicilina y el enzima. Sin embargo, el grupo saliente

permanece unido porque está enlazado mediante lo que

resta del anillo de β-lactama (Fig. 6-31b).El complejo

covalente inactiva el enzima irreversiblemente. ELo da

hugar, a su vez, al bloqueo de la síntesis de la pared celu-

lar bacteriana, y la mayoría de bacterias mueren debido

a la rotura de la frágil membrana interna a causa de la

presión osmótica.

6.4 Ejemplos de reacciones enzimáticas

225

226 Enzimas

Péptidoglucano entrecruzado

ONAcetilglucosamina Acido Nacetilmurámico

(GIcNAc) (Mur2Nac)

FIGURA 6-30 Reacción de la transpeptidasa. Esta reacción, que une

oos precursores de pépudoglucano en un gran polimero, esté facilitada

por una Se del sitio activo y un mecanismo de catálisis covalente similar

al de le quimotripsina. Observe que el péptidoglucano es una de las

pocas molecuies naturales que presentan b-aminoácidos. La Ser del sitio

activo ataca el carbonilo del enlace peptídico entre los dos residuos

D-Ala,creando un enlace ésler covalente entre el sustrato y el enzima y

la liberación del residuo D-Ala terminal. Un grupo amino del segundo

precursor de péptidoglucano ataca a continuación este enlace éster, des-

plazando el enzima y uniendo los dos precursores.

El uso de la penicilina y sus derivados por parte del

ser humano ha dado lugar a la evolución de cepas de

bacterias patógenas que expresan β-lactamasas (Fig.

6-32a),enzimas que rompen antibióticos β-lactámicos

inactivándolos. De esta manera, las bacterias se vuelven

Anillo de tiazolidinz

Peniciiinz G

(benailpenicina)

Penicilina V

Amaxicilina

Estructura general de las penicinas

(a)

Transpeptidasa inactiva

y derivatizada de forma estable

(b)

FIGURA 6-31 Inhibicion de la transpeptidasa por antibioticos β-ac

támicos.(a)Los antibióticos 3-lactámicos tienen un anilio de tiazolidina

de cinco átomos fusionado a otro anilo 3-Hactámico de cuatro alomos

Este último está tenso e inchuye un grupo amida que juega un papel cen

tral____la inactivacion de la sintesis de péptidoglucanos El grupo R varia

según el tipo de peniclina. La penicilina G fue la primera en ser sisladay

sigue siendo una de las más efectivas,pero se degrada por el ácido del

estómago y debe administrarse mediante una inyeción La peniclina V

es casi tan efectiva y es estable en condiciones ácidas por lo que se

puede administrar por via oral. La amoxicina liene un espectro de elec

tividad amplio,se administra oralmente y es el antibiotico -lactaimico

más prescrito.(b) El ataque sobre la parte amida del anilo -Lactaimico

por una Ser_____sitio activo de la transpeptidasa da lugar a un producto

covalente acil-enzima.Éste se hidroliza tan lentamente que la formacion

del aducto es practicamente irmeversible. con ko ove la transpepidass

permanece inactivada.

resistentes a los antibioticos. Los genes de estos enzi

mas se han distribuido muy rápidamente entre la pobla

cion bacteriana sometida a la presion selectiva impuesta

por el uso (y a menudo abuso) de los antibiotcos

B-lactámicos. La medicina humana respondio con d

desarrollo de compuestos tales como el acido clawulán-

Co,un inactivador suicida que inactiva ineversiblemen

te las &-lactamasas (Fig-6-32b). El ácido clavuláiniog

irmita la_________________antibiotico &lactamico y forma

n aducto covalente con tuna Ser del sitio activo de la

B-lactamasa Ello da gar a una reestructuracion que

FIGURA 6-32 β-Lactamasas e inhiblción de la β-lactamasa. (a) Las

β-lactamasas promueven la rotura del anillo β-lactama en los antibióti-

cos ,β-lactámicos, inactivándolos. (b) El ácido clavulánico es un inhibidor

suicida que utiliza el mecanismo quimico normal de las 3-lactamasas

para crear una especie reactiva en el centro activo.La especie reactiva es

atacada por un grupo nudeofilico (Un:) del sitio activo con el resultado

de la acilación irreversible del enzima.

genera un derivado mucho más reactivo que, a su vez,

es atacado a continuación por otro nucleófilo del sitio

activo que da lugar a una acilación irreversible del enzi-

ma inactivándolo. La amoxicilina y el ácido clavulánico

se combinan en una formulación farmacéutica de uso

generalizado llamada Augmentine. El ciclo de guerra

química entre el ser humano y las bacterias continúa sin

descanso. Se han descubierto ya cepas de bacterias

patógenas resistentes tanto a la amoxicilina como al

ácido clavulánico (lo que refleja la existencia de muta-

ciones en la β-lactamasa que le impiden reaccionar con

el ácido clavulánico). El desarrollo de nuevos antibióti-

cos será muy probablemente una industria en creci-

miento en el próximo futuro.C

RESUMEN 6.4 EJemplos de reacciones enzimáticas

La quimotripsina es una serina proteasa con un

mecanusmo bien conocido que comprende catálisis áci-

do-base general, catálisis covalente y estabilización del

estado de transición.

La hexoquinasa proporciona un ejemplo excelente

del encaje inducído como medio para explotar la ener-

gía de fijación del sustrato.

La reaccion de la enolasa tiene lugar mediante catá-

lisis por ión metálico.

La lisozima utiliza catálisis covalente y catálisis

ácida general al promover dos reacciones de desplaza-

miento nucleofflico sucesivas.

El conocimiento de los mecanismos enzimáticos

permite el desarrollo de fármacos inhibidores de la

acción enzimática.

6.5 Enzimas reguladores

En el metabolismo celular hay grupos de enzimas que

funcionan conjuntamente en rutas secuenciales para

llevar a cabo un proceso metabólico determinado, tal

como la conversión, en varias reacciones, de la glucosa

en lactato o la síntesis a través de múltiples reacciones

de un aminoácido a partir de precursores sencillos. En

tales sistemas enzimáticos, el producto de la reacción

de un enzima se convierte en el sustrato del siguiente.

La mayor parte de los enzimas de cada ruta meta-

bólica siguen los comportamientos cinéticos ya descri-

tos.Sin embargo, en cada ruta hay uno o más enzimas

que tienen un mayor efecto sobre la velocidad de la

secuencia global de reacciones. Estos enzimas regula-

dores muestran una actividad catalítica mayor o menor

en respuesta a ciertas señales. Los ajustes en la veloci-

dad de las reacciones catalizadas por enzimas regulado-

res y,por tanto, en la velocidad de la secuencia metabó-

lica entera,permiten que la célula se adapte a las nece-

sidades cambiantes de energía y biomoléculas requeri-

6.5 Enzimas reguladores

227

RESUMEN 6.5 Enzimas reguladores

La actividad de las rutas metabólicas en las células

está regulada mediante el control de las actividades de

ciertos enzimas.

La actividad de los enzimas alostéricos se ajusta

mediante unión reversible de un modulador específico a

un sitio regulador. Los moduladores pueden ser el pro-

pio sustrato o algún otro metabolito, y el efecto del

modulador puede ser activador o inhibidor. El compor-

tamiento cínétíco de los enzimas alostéricos es un refle-

jo de las interacciones cooperativas entre subunidades

del enzima

Otros enzimas reguladores son modulados mediante

modificación covalente de un grupo funcional específico

necesario para la actividad. La fosforilación de residuos

aminoácidos específicos es un método muy común de

regulación de la actividad enzimática.

Muchos enzimas proteolíticos se sintetizan como

precursores inactivos denominados zimógenos, que se

activan por rotura de fragmentos peptídicos pequeños.

La coagulación de la sangre se produce mediante

dos cascadas reguladoras interconectadas de zimógenos

activados proteolíticamente.

Los enzimas que actúan en importantes interseccio-

nes metabólicas pueden estar regulados a través de com-

plejas combinaciones de efectores, lo que permite la

coordinación de las actividades en rutas interconectadas.

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 S E C C I Ó N Estructura, función y
IV replicación de macromoléculas
informacionales

32
C A P Í T U L O

Nucleótidos
Victor W. Rodwell, PhD

O B J E T I V O S ■ Escribir fórmulas estructurales para representar los amino-tautómeros y

oxo-tautómeros de una purina y de una pirimidina, y declarar cuál tautómero
Después de estudiar predomina en condiciones siológicas.
este capítulo, usted debe ■ Reproducir las fórmulas estructurales para los principales nucleótidos presentes
ser capaz de: en el DNA y en el RNA, y los nucleótidos menos comunes 5-metilcitosina,
5-hidroximetilcitosina, y seudouridina (ψ).
■ Representar la D-ribosa o 2-desoxi- D-ribosa enlazada como un conformador sin
o anti de una purina, nombrar el enlace entre el azúcar y la base, e indicar cuál
conformador predomina en casi todas las condiciones siológicas.
■ Numerar los átomos C y N de un nucleótido pirimidina y de un nucleósido purina,
incluso el empleo de un número con una prima para átomos de C de los azúcares.
■ Comparar el potencial de transferencia de grupo fosforilo de cada grupo fosforilo
de un nucleósido trifosfato.
■ Esbozar las funciones siológicas de los fosfodiésteres cíclicos cAMP y cGMP.
■ Apreciar que los polinucleótidos son macromoléculas direccionales compuestas
de mononucleótidos enlazados por enlaces 3′ → 5′-fosfodiéster.
■ Entender que en las representaciones abreviadas de estructuras de polinucleótido
como pTpGpT o TGCATCA, el extremo 5′ siempre se muestra a la izquierda y todos
los enlaces fosfodiéster son 3′ → 5′.
■ Para análogos sintéticos especí cos de bases purina y pirimidina y sus derivados
que han servido como fármacos anticáncer, indicar de qué maneras estos
compuestos inhiben el metabolismo.

IMPORTANCIA BIOMÉDICA ción de señal. Cuando se enlazan a vitaminas o derivados de vi-

taminas, los nucleótidos forman parte de muchas coenzimas.
Además de servir como precursores de ácidos nucleicos, los nu- Como los principales donadores y receptores de grupos fosfori-
cleótidos purina y pirimidina participan en funciones metabóli- lo en el metabolismo, los nucleósidos trifosfatos y difosfatos,
cas tan diversas como el metabolismo de energía, la síntesis de como el ATP y ADP, son los principales elementos en las trans-
proteína, la regulación de la actividad enzimática, y la transduc- ducciones de energía que acompañan a las interconversiones

323
324 SECCIÓN IV Estructura, función y replicación de macromoléculas informacionales

H H NH2 NH O OH
6 7 4
C 5 N C 5
1 3
N C 8 N CH
2
CH
H
C
N
C
4 N9
HC
2 N
CH
6 FIGURA 32 2 Tautomerismo de los grupos funcionales oxo
3 H 1 y amino de purinas y pirimidinas.

Purina Pirimidina

FIGURA 32 1 Purina y pirimidina. Los átomos están numerados molécula de purina de mayor tamaño tiene el nombre más corto,
de acuerdo con el sistema internacional. y que sus anillos de seis átomos están numerados en direccio-
nes  opuestas (figura 32-1). Las purinas o pirimidinas con un
grupo –NH2 son bases débiles (valores de pKa de 3 a 4), aunque
metabólicas y la fosforilación oxidativa. Enlazados a azúcares o el protón presente a pH bajo está asociado, no como podría es-
lípidos, los nucleósidos constituyen intermediarios biosintéticos perarse con el grupo amino exocíclico, sino con un nitrógeno de
clave. Los derivados del azúcar UDP-glucosa y UDP-galactosa anillo, típicamente N1 de adenina, N7 de guanina y N3 de cito-
participan en interconversiones de azúcar y en la biosíntesis de sina. La naturaleza planar de las purinas y las pirimidinas facilita
almidón y glucógeno. De modo similar, los derivados nucleósi- su asociación estrecha, o “apilamiento”, que estabiliza el DNA
do-lípido, como el CDP-acilglicerol, son intermediarios en la bicatenario (cap. 34). Los grupos oxo y amino de purinas y pi-
biosíntesis de lípidos. Las funciones de los nucleótidos en la re- rimidinas muestran tautomerismo ceto-enol y amina-imina
gulación metabólica son fosforilación (dependiente de ATP) de (figura 32-2), aunque las condiciones fisiológicas favorecen fuer-
enzimas metabólicas clave, regulación alostérica de enzimas por temente las formas amino y oxo.
ATP, ADP, AMP y CTP, y control por el ADP del índice de fos-
forilación oxidativa. Los nucleótidos cíclicos cAMP y cGMP sir-
ven como los segundos mensajeros en eventos regulados por
Los nucleósidos son N-glucósidos
hormonas, y el GTP y GDP desempeñan funciones clave en la Los nucleósidos son derivados de purinas y pirimidinas que tie-
cascada de eventos que caracterizan a las vías de transducción nen un azúcar enlazado a un nitrógeno de anillo de una purina o
de señal. Las aplicaciones específicamente médicas son el uso de pirimidina. Los números con una prima (p. ej., 2′ o 3′) distinguen
análogos de purina y pirimidina sintéticos que contienen haló- entre los átomos del azúcar y los del heterociclo. El azúcar en los
genos, tioles, o átomos de nitrógeno adicionales en la quimiote- ribonucleósidos es la -ribosa, y en los desoxirribonucleósidos
rapia de cáncer y SIDA, y como supresores de la respuesta es la 2-desoxi- -ribosa. Ambos azúcares están unidos al hetero-
inmunitaria durante trasplante de órganos. ciclo por medio de un enlace β-N-glucosídico, casi siempre al
N-1 de una pirimidina o al N-9 de una purina (figura 32-3).

PROPIEDADES QUÍMICAS DE Los nucleótidos son nucleósidos

LAS PURINAS, LAS PIRIMIDINAS, fosforilados
LOS NUCLEÓSIDOS Y LOS Los mononucleótidos son nucleósidos con un grupo fosforilo
esterificado a un grupo hidroxilo del azúcar. Los nucleótidos 3′
NUCLEÓTIDOS y 5′ son nucleósidos con un grupo fosforilo en el grupo 3′- o
5′-hidroxilo del azúcar, respectivamente. Dado que casi todos
Las purinas y pirimidinas los nucleótidos son 5′-, el prefijo “5′-” por lo general se omite
son compuestos heterocíclicos cuando se les cita. Así, el UMP y el dAMP representan nucleóti-
Las purinas y pirimidinas son heterociclos que contienen nitró- dos con un grupo fosforilo en el C-5 de la pentosa. Los grupos
geno, estructuras cíclicas que contienen, además de carbono, fosforilo adicionales, ligados por enlaces anhídrido de ácido al
otros (hetero) átomos, como nitrógeno. Note que la molécula de grupo fosforilo de un mononucleótido, forman nucleósido di-
pirimidina de menor tamaño tiene el nombre más largo, y que la fosfatos y trifosfatos (figura 32-4).

NH2 O
NH2 O

N N N HN
N HN

9 1 9 1
O H2 N N O
N N N N
N
Adenosina Citidina Guanosina Uridina
HO HO HO HO
O O O O

OH OH OH OH OH OH OH OH

FIGURA 32 3 Ribonucleósidos, dibujados como los conformadores sin.

 CAPÍTULO 32 Nucleótidos 325

NH2 NH2 NH2

N N N
N N N

O– O O– N N
N N
N N
HO P O P O P O CH2
O HO HO
O O– O O O

OH OH
Sin Anti
OH OH OH OH

Adenosina 5′-monofosfato (AMP) FIGURA 32 5 Los conformadores sin y anti de la adenosina

difieren respecto a la orientación alrededor del enlace
N-glucosídico.
Adenosina 5′-difosfato (ADP)

o nucleótidos. En consecuencia, ambos existen como confor-

Adenosina 5′-trifosfato (ATP)
madores sin o anti no interconvertibles (figura 32-5). Al con-
FIGURA 32 4 ATP, su difosfato y su monofosfato. trario de los tautómeros, los conformadores sin y anti sólo se
pueden interconvertir por división y reformación del enlace glu-
cosídico. Los conformadores tanto sin como anti se encuentran
Los N-glucósidos heterocíclicos existen en la naturaleza, pero predominan los conformadores anti.
El cuadro 32-1 lista las principales purinas y pirimidinas, y
como conformadores sin y anti sus derivados nucleósido y nucleótido. Se usan abreviaturas de
El obstáculo estérico por el heterociclo dicta que no hay libertad una sola letra para identificar a la adenina (A), guanina (G), ci-
de rotación alrededor del enlace β-N-glucosídico de nucleósidos tosina (C), timina (T) y uracilo (U), sean libres o presentes en

CUADRO 32 1 Bases purina, ribonucleósidos y ribonucleótidos

Purina o pirimidina X=H X = ribosa X = ribosa fosfato

NH2 Adenina Adenosina Adenosina monofosfato (AMP)

N N

N N

X
O Guanina Guanosina Guanosina monofosfato (GMP)
H N
N

H2N N N

NH2 Citosina Citidina Citidina monofosfato (CMP)

O N

O Uracilo Uridina Uridina monofosfato (UMP)

H
N

O N

X
O Timina Timidina Timidina monofosfato (TMP)
H CH3
N

O N

dX
326 SECCIÓN IV Estructura, función y replicación de macromoléculas informacionales

NH2 NH2 O O
N N CH3
N N HN HN

N N N N O N O N

O O O O O O O O O O O O
P P P P
–
O O– –
O O– –
O O– –
O O–

OH OH OH H OH OH OH H

AMP dAMP UMP TMP

FIGURA 32 6 Estructuras del AMP, dAMP, UMP y TMP.

nucleósidos o nucleótidos. El prefijo “d” (desoxi) indica que el Los nucleótidos son ácidos
azúcar es 2ʹ-desoxi- -ribosa (p. ej., en el dATP) (figura 32-6).
polifuncionales
Los grupos fosforilo primario y secundario de nucleósidos tie-
La modificación de polinucleótidos nen valores de pKa de alrededor de 1.0 y 6.2, respectivamente.
puede generar estructuras Por consiguiente, los nucleótidos portan carga negativa impor-
adicionales tante a pH fisiológico. Los valores de pKa en los grupos fosforilo
secundarios son tales que pueden servir como donadores de
Pequeñas cantidades de purinas y pirimidinas adicionales se
protón y aceptores de protón a valores de pH de aproximada-
encuentran en el DNA y en los RNA. Los ejemplos incluyen
mente una o más unidades por arriba de la neutralidad o por
5-metilcitosina del DNA bacteriano y de seres humanos, 5-hi-
debajo de la misma.
droximetilcitosina de ácidos nucleicos bacterianos y virales, y
adenina y guanina mono- y di-N-metiladas de RNA mensajeros
de mamífero (figura 32-7) que funcionan en el reconocimien-
Los nucleótidos absorben luz
to de oligonucleótido y en la regulación de la vida media de los ultravioleta
RNA. Los nucleótidos libres comprenden hipoxantina, xantina Los dobles enlaces conjugados de derivados de purina y pirimi-
y ácido úrico (figura 32-8) que son intermediarios en el catabo- dina absorben luz ultravioleta. Si bien los espectros son depen-
lismo de la adenina y la guanina (cap. 33). Los heterociclos me- dientes del pH, a pH de 7.0 todos los nucleótidos comunes
tilados de vegetales incluyen los derivados de xantina: cafeína absorben luz a una longitud de onda cercana a 260 nm. De este
del café, teofilina del té, y teobromina del cacao (figura 32-9). modo, la concentración de nucleótidos y ácidos nucleicos suele

NH2 NH2
O O
CH3 CH2OH
N N HN N HN N

O O N N O N N
N N
H H H H H

5-Metilcitocina 5-Hidroximetilcitocina Hipoxantina Xantina

(6-oxopurina) (2,6-dioxopurina)

H3C CH3 O
N O CH3 H
HN N
N N
N HN 7 O
O N N
N H2N N
H
N N
H
Ácido úrico
Dimetilaminoadenina 7-Metilguanina (2,6,8-trioxipurina)

FIGURA 32 7 Cuatro pirimidinas y purinas poco comunes FIGURA 32 8 Estructuras de la hipoxantina, xantina y ácido
pero naturales. úrico, dibujadas como los tautómeros oxo.
 CAPÍTULO 32 Nucleótidos 327

O CH3 P
H3C
N
N Adenina Ribosa P O SO32–

FIGURA 32 11 Adenosina 3′-fosfato-5′-fosfosulfato.

O N
N

CH3
y de muchos medicamentos, incluso el ácido acetilsalicílico (as-
FIGURA 32 9 Cafeína, una trimetilxantina. Las dimetilxantinas
teobromina y teofilina son similares, pero carecen del grupo metilo en pirina). El CTP participa en la biosíntesis de fosfoglicéridos,
N-1 y en N-7, respectivamente. esfingomielina, y otras esfingosinas sustituidas (cap. 24). Final-
mente, muchas coenzimas incorporan nucleótidos, así como
estructuras similares a nucleótidos purina y pirimidina (cuadro
expresarse en términos de “absorbancia a 260 nm”. El efecto 32-2).
mutagénico de la luz ultravioleta se debe a su absorción por nu-
cleótidos en el DNA, que da lugar a modificaciones químicas
(cap. 35).
Los nucleósido trifosfatos tienen
potencial alto de transferencia de grupo
Los nucleótido trifosfatos tienen dos enlaces anhídrido y un en-
Los nucleótidos desempeñan diversas lace éster. A diferencia de los ésteres, los anhídridos ácidos tie-
funciones fisiológicas nen un potencial alto de transferencia de grupo. El ΔG0′ para la
Además de sus funciones como precursores de ácidos nucleicos, hidrólisis de cada uno de los dos grupos fosforilo terminales (β
ATP, GTP, UTP, CTP y sus derivados, cada uno desempeña fun- y γ) de un nucleósido trifosfato es de alrededor de –7 kcal/mol
ciones fisiológicas singulares que se comentan en otros capítu- (–30 kJ/mol). Este potencial alto de transferencia de grupo no
los. Algunos ejemplos seleccionados incluyen la función del sólo permite que los nucleósido trifosfatos purina y pirimidina
ATP como el principal transductor biológico de energía libre, y funcionen como reactivos de transferencia de grupo, más co-
el segundo mensajero cAMP (figura 32-10). Las cifras intrace- múnmente del grupo γ-fosforilo, sino también en ocasiones de
lulares medias de ATP, el nucleótido libre más abundante en cé- transferencia de una porción nucleótido monofosfato con una
lulas de mamífero, son de aproximadamente 1 mmol/L. Puesto liberación acompañante de PPi. La división de un enlace anhí-
que se requiere poco cAMP, la concentración intracelular de drido ácido típicamente está acoplada con un proceso altamente
cAMP (alrededor de 1 nmol/L) es seis órdenes de magnitud por endergónico, como la síntesis de enlace covalente, por ejemplo,
debajo de la del ATP. Otros ejemplos son la adenosina 3′-fosfato- la polimerización de nucleósido trifosfatos para formar un ácido
5′-fosfosulfato (figura 32-11), el donador de sulfato para pro- nucleico (cap. 34).
teoglucanos sulfatados (cap. 48) y para conjugados sulfato de
fármacos, y el donador de grupo metilo S-adenosilmetionina
(figura 32-12). El GTP sirve como un regulador alostérico y
como una fuente de energía para la síntesis de proteína, y el
ANÁLOGOS DE NUCLEÓTIDO
cGMP (figura 32-10) sirve como un segundo mensajero en res- SINTÉTICOS SE USAN
puesta al óxido nítrico (NO) durante la relajación del músculo EN QUIMIOTERAPIA
liso (cap. 49).
Análogos sintéticos de purinas, pirimidinas, nucleósidos y nu-
Los derivados UDP-azúcar participan en epimerizaciones
cleótidos modificados en el anillo heterocíclico o en la porción
de azúcar y en la biosíntesis de glucógeno (ver cap. 19), disa-
azúcar, tienen muchas aplicaciones en medicina clínica. Sus
cáridos glucosilo, y los oligosacáridos de glucoproteínas y pro-
teoglucanos (caps. 47 y 48). El ácido UDP-glucurónico forma
los conjugados glucurónido urinarios de la bilirrubina (cap. 31) NH2
N
N
NH2 O
N N N
N
N HN
COO– CH3 CH2
N N H2N N N O
CH CH2 CH2 S
+
O CH2 O CH2
NH3+
O O
– –
O P O O P O HO OH

O O
OH OH
Metionina Adenosina
FIGURA 32 10 cAMP, AMP 3′,5′ cíclico, y cGMP, GMP 3′,5′
cíclico. FIGURA 32 12 S-Adenosilmetionina.
328 SECCIÓN IV Estructura, función y replicación de macromoléculas informacionales

CUADRO 32 2 Muchas coenzimas y compuestos efectos tóxicos reflejan inhibición de enzimas esenciales para la
relacionados son derivados del adenosina síntesis de ácido nucleico o su incorporación hacia ácidos nu-
monofosfato cleicos con alteración resultante de la formación de pares de ba-
ses. Los oncólogos emplean 5-fluorouracilo o 5-yodouracilo,
NH2 3-desoxiuridina, 6-tioguanina y 6-mercaptopurina, 5 o 6-azau-
N N Adenina ridina, 5 o 6-azacitidina, y 8-azaguanina (figura 32-13), que se
incorporan hacia el DNA antes de la división celular. El análogo
N N de purina alopurinol, usado en el tratamiento de hiperuricemia
O
y gota, inhibe la biosíntesis de purina y la actividad de la xantina
R O P O CH2 oxidasa. La citarabina se usa en la quimioterapia de cáncer, y la
O
–
n O azatioprina, que se cataboliza hacia 6-mercaptopurina, se em-
plea durante trasplante de órgano para suprimir el rechazo in-
munitario (figura 32-14).
R'' O OR'

D-Ribosa Los análogos de nucleósido trifosfato

Coenzima R R′ R″ n
no hidrolizables sirven
como instrumentos de investigación
Metionina activa Metionina1 H H 0
Los análogos sintéticos, no hidrolizables, de nucleósido trifosfa-
Aminoácido Aminoácido H H 1 tos (figura 32-15) permiten a los investigadores distinguir entre
adenilatos los efectos de nucleótidos debidos a la transferencia de fosforilo
Sulfato activo SO32− H PO32− 1 y los efectos mediados por la ocupación de sitios de unión a nu-
cleótido alostéricos sobre enzimas reguladas.
AMP 3′,5′-cíclico H PO 3
2−
1

NAD 2
Nicotinamida H H 2

NADP 2
Nicotinamida PO 2−
H 2 EL DNA Y RNA
SON POLINUCLEÓTIDOS
3

FAD Ribo avina H H 2

El grupo 5′-fosforilo de un mononucleótido puede esterificar un
Coenzima A Pantotenato H PO 2−
2
3 segundo grupo hidroxilo, lo que forma un fosfodiéster. Con
1
Reemplaza al grupo fosforilo.
mayor frecuencia, este segundo grupo hidroxilo es el 3′-OH de
2
R es un derivado de la vitamina B. la pentosa de un segundo nucleótido. Esto forma un dinucleóti-

O O

I
HN 5 HN

6
N
O O
N N

HO HO O
O
F O N
HN
O HN 5 8
N

H2N N
2′ O N
N H
HO H H HO OH
5-Yodo-2′-desoxiuridina 5-Fluorouracilo 6-Azauridina 8-Azaguanina

SH SH OH

6 N 6 N 6
N N N1 5
N
2 4
3
N H2N N N
N N N
H H H
6-Mercaptopurina 6-Tioguanina Alopurinol

FIGURA 32 13 Análogos de pirimidina y purina sintéticos seleccionados.

 CAPÍTULO 32 Nucleótidos 329

NH2 O O O

Pu/Py R O P O P O P O–
N
O– O– O–
HO O Nucleósido trifosfato madre
N
O
O O O
HO Pu/Py R O P O P CH2 P O–
– – –
O O O
OH
Derivado β,γ-metileno
Citarabina

O O O
H
NO2 Pu/Py R O P O P N P O–
N
O– O– O–
Derivado β,γ-imino
N
S
H3C NH
FIGURA 32 15 Derivados sintéticos de nucleósido trifosfatos
N incapaces de pasar por liberación hidrolítica del grupo fosforilo
terminal. (Pu/Py, una base purina o pirimidina; R, ribosa o
N
desoxirribosa.) Se muestran el nucleósido trifosfato madre (hidrolizable)
N (arriba) y los derivados β-metileno (centro) y γ-imino (abajo)
no hidrolizables.
Azatioprina

FIGURA 32 14 Arabinosilcitosina (citarabina) y azatioprina.

nucleótido es distinto; por tanto, se hace referencia al “extremo

5′” o el “extremo 3′” de un polinucleótido; el extremo 5′ es aquel
do en el cual las porciones pentosa están enlazadas mediante un con un 5′-hidroxilo libre o fosforilado.
enlace 3′,5′-fosfodiéster para formar el “esqueleto” del RNA y el La secuencia de bases o estructura primaria de un polinu-
DNA. La formación de un dinucleótido puede representarse cleótido puede representarse como se muestra a continuación.
como la eliminación de agua entre dos mononucleótidos. Sin El enlace de fosfodiéster se representa por P o p, las bases por
embargo, la formación biológica de dinucleótidos no ocurre de medio de una letra única, y las pentosas mediante una línea ver-
esta manera porque la reacción inversa, la hidrólisis del enlace tical.
fosfodiéster, se favorece fuertemente desde el punto de vista ter-
modinámico. Empero, a pesar de una ΔG en extremo favorable, A T C A
en ausencia de catálisis por fosfodiesterasas, la hidrólisis de los
enlaces fosfodiéster del DNA únicamente sucede al cabo de pe-
riodos prolongados. Por consiguiente, el DNA persiste durante
lapsos considerables, y se ha detectado incluso en fósiles. Los
RNA son mucho menos estables que el DNA porque el grupo P P P P OH
2′-hidroxilo del RNA (que no se encuentra en el DNA) funciona
como un nucleófilo en el transcurso de la hidrólisis del enlace
3′,5′-fosfodiéster. Cuando todos los enlaces fosfodiéster son 3′ → 5′, es posi-
La modificación postraduccional de polinucleótidos pre- ble una notación más compacta:
formados puede generar estructuras adicionales como seudo-
uridina, un nucleósido en el cual una -ribosa está enlazada a pGpGpApTpCpA
C-5 del uracilo por medio de un enlace entre un carbono y otro,
Esta representación indica que el 5′-hidroxilo —no así el
en lugar de mediante el enlace β-N-glucosídico habitual. El nu-
3′-hidroxilo— está fosforilado. La representación más compac-
cleótido ácido seudouridílico (ψ) surge por reordenamiento de
ta, por ejemplo GGATC, sólo muestra la secuencia de bases con
un UMP de un tRNA preformado. De modo similar, la metila-
el extremo 5′ a la izquierda y el extremo 3′ a la derecha. Se supo-
ción por S-adenosilmetionina de un UMP de tRNA preformado
ne que los grupos fosforilo están presentes, pero no se muestran.
forma TMP (timidina monofosfato), que contiene ribosa más
que desoxirribosa.
RESUMEN
En condiciones fisiológicas, predominan los tautómeros amino y
Los polinucleótidos son macromoléculas ■
oxo de las purinas, pirimidinas y sus derivados.
direccionales ■ Los ácidos nucleicos contienen, además de A, G, C, T y U, trazas
Los enlaces fosfodiéster unen los carbonos 3′ y 5′ de monómeros de 5-metilcitosina, 5-hidroximetilcitosina, seudouridina (ψ), y
adyacentes. De esta manera, cada extremo de un polímero de heterociclos N-metilados.