Edwin Rodrigo Cuaical Taimal Yesid Vinasco Jaramillo Dahiana Michell Vasquez Gómez 316524 317091

BIOQUÍMICA 4100890: EXAMEN 1
Johana Marisol Burbano Cuasapud 317515

Edwin Rodrigo Cuaical Taimal 316524
Yesid Vinasco Jaramillo 317091
Dahiana Michell Vasquez Gómez 317578
Ud es el ingeniero en jefe del departamento ambiental de una compañía biotecnológica. En esta

compañía se han detectado cantidades del compuesto TOXiV1 en sus aguas residuales que superan los
límites permitidos por las autoridades ambientales. Ud necesita hacer que el microorganismo
Pseudomonas sp. sea capaz de degradar el compuesto. Se sabe que la vía degradativa de TOXiV1 ha
sido reportada en plantas, pero no en bacterias. Las enzimas de la ruta metabólica de degradación
descritas son: ÍNTEGRO, LISO, EXPULSO. Proponga un mecanismo de control génico para la
degradación de TOXiV1. Explique el funcionamiento del sistema, muestre el mapa genético detallado
del sistema y muestre la secuencia de una posible hebra de DNAds (doble cadena) de todo el sistema
(utilice la tabla de código genético anexa). Si en el codón 4 del RNAm que codifica para la proteína
EXPULSO ocurriese una mutación por transición en la segunda base, ¿qué proteína daría?, ¿cuál cree
Ud que pudiesen ser los posibles efectos en el sistema propuesto?, explique bien su respuesta.
Solución:
1. Tipo y control de operón
En el ejercicio menciona que se debe degradar la sustancia TOXiV1, por lo que es un mecanismo
catabólico, es decir que trata de un sistema inducible. Por lo tanto, se puede plantear un sistema con
control negativo. La proteína reguladora IMPIDO se encuentra naturalmente activa uniéndose en la
región promotora e impidiendo el paso del RNA polimerasa, de modo que no hay transcripción y no se
logra la presencia de las enzimas degradadora (Figura 1).
Como la presencia de TOXiV1 está sobrepasando la cantidad permitida, Pseudomonas Sp. se debe
encargar de la degradación de esta sustancia por medio de regulación génica, al tratarse de un sistema
inducible, este inicialmente se encuentra apagado, con la presencia de TOXiV1, que actúa como un
precursor encargado de inactivar la proteína reguladora IMPIDO para que no se pueda unir a la región
operadora, se enciende el sistema y la RNA polimerasa pueda realizar el proceso de transcripción y a
partir de ello se puedan obtener las enzimas encargadas de su degradación. Cuando en el sistema se
consigue degradar el exceso de TOXiV1, su agotamiento ocasiona que no haya inactivación de la
proteína reguladora, por lo tanto, esta se unirá a la región operadora y obstaculiza el paso de RNA
polimerasa, de modo que el sistema se apaga (Figura 2).
Figura 1: Inducción negativa, cuando no hay presencia de TOXiV1

Figura 2: Operón inducción negativa en presencia de TOXiV1
2. Secuencia de una posible hebra de DNAds

i. Hebra DNAds de la proteína reguladora
Como se conoce la proteína reguladora, utilizando el mapa genético se obtiene el posible RNAm que
codifica a la proteína IMPIDO, se debe tener en cuenta agregar el codón de inicio y de terminación, en
este caso la proteína ya indica su codón de inicio:
I M P I D O STOP
AUG GAA UGG AUG AUU CUU UGA
5’ AUG GAA UGG AUG AUU CUU UAG 3’

Para convertir la cadena de RNAm a una hebra de DNA se sintetiza la cadena complementaria, teniendo
presente que para el DNA el Uracilo [U] se cambia a Timina [T].
5’ AUG GAA UGG AUG AUU CUU UAG 3’
3’ TAC CTT ACC TAC TAA GAA ATC 5’
Ahora se sintetiza la cadena complementaria en la dirección 5’---> 3’ para obtener el DNAds de la

proteína reguladora:
3’ TAC CTT ACC TAC TAA GAA ATC 5’
5’ ATG GAA TGG ATG ATT CTT TAG 3’
ii. Hebra DNAds de las enzimas degradadoras
Para conseguir las hebras de DNA de las enzimas se realiza un proceso similar al de la proteína
reguladora, empezando por el RNAm que se obtiene a partir de mapa genético:
Enzimas degradativas
a. INTEGRÓ: En esta enzima el codón de inicio ya se conoce.
I N T E G R O STOP
5’ AUG UCU GUC UAU UUC AAA CUU UGA 3’
Se sintetiza la cadena complementaria al RNAm, pero como una cadena de DNA, por lo que el Uracilo
no estará presente:
5’ AUG UCU GUC UAU UUC AAA CUU UGA 3’

3’ TAC AGA CAG ATA AAG TTT GAA ACT 5’
Se toma la cadena complementaria sintetizada anteriormente y se realiza la síntesis de la cadena

complementaria para el DNAds:
3’ TAC AGA CAG ATA AAG TTT GAA ACT 5’
5’ ATG TCT GTC TAT TTC AAA CTT TGA 3’
b. LISO: En este caso es necesario agregar el codón de inicio y de terminación para que se pueda
traducir el RNAm:
L I S O STOP
5’ AUG CAU AUG CGU CUU UGA 3’
Se realiza la cadena complementaria para DNA:
5’ AUG CAU AUG CGU CUU UGA 3’

3’ TAC GTA TAC GCA GAA ACT 5’
Se sintetiza la cadena complementaria para el DNAds a partir de la cadena complementaria obtenida

anteriormente:
3’ TAC GTA TAC GCA GAA ACT 5’

5’ ATG CAT ATG CGT CTT TGA 3’
c. EXPULSO: Esta enzima necesita de un codón de inicio y de terminación:
E X P U L S O STOP
5’AUG UAU GAC UGG CAG CAU CGU CUU UGA 3’
Se realiza la cadena complementaria para DNA:
5’ AUG UAU GAC UGG CAG CAU CGU CUU UGA 3’

3’ TAC ATA CTG ACC GTC GTA GCA GAA ACT 5’
Síntesis de la cadena complementaria para el DNAds a partir de la cadena complementaria al RNAm:
3’ TAC ATA CTG ACC GTC GTA GCA GAA ACT 5’

5’ ATG TAT GAC TGG CAG CAT CGT CTT TGA 3’
Para realizar el posible DNAds de todo el proceso se deben unir todas las regiones del operon:
Inicialmente se coloca la proteína reguladora del promotor y del operón en orden y luego ir anexando las
cadenas de las enzimas:
Secuencia de una posible hebra de DNAds:
La posible secuencia de DNAds se obtiene a parir de unir cada componente del sistema en su respectivo
orden, iniciando con la cadena de DNA obtenida a partir de la proteína reguladora, la secuencia para la
región promotora y el operador esta dada por el ejercicio, finalmente se une a la región operadora las
hebras de DNAds obtenidas de las enzimas degradadoras.
Regulador Promotor Operador INTEGRO

5’ AGCGTATACGCT TGCCGGACGACATGTCTGTCTATTTCAAACTTTGA
ATGGAATGGATGATTCTTTAG
3’ TACCTTACCTACTAAGAAATCTCGCATATGCGA ACGGCCTGCTG TACAGACAGATAAAGTTTGAAACT
LISO EXPULSO
ATGCATATGCGTCTTTGA ATGTATGACTGGCAGCATCGTCTTTGA 3’
TACGTATACGCAGAAACTTACATACTGACCGTCGTAGCAGAAACT 5’
3. Caso de mutación en el codón 4, segunda base nitrogenada de la proteína EXPULSO
Se trata de una mutación génica por sustitución de tipo transición, cuando se ubica dicha posición en el
RNAm, la transición ocurre entre purinas, cambiando G por una A.
5’ ATG TAT GAC TGG CAG CAT CGT CTT TGA 3’
5’ AUG UAU GAC UAG CAG CAU CGU CUU UGA 3’
Como se observa al ocurrir la mutación en el codón 4, este se convierte en un codón de terminación, por
lo que la proteína será EX, por lo tanto cuando ocurre la traducción, el ribosoma solo leerá hasta el
codón de terminación formado, sintetizando una proteína truncada (incompleta), que probablemente
puede ser no funcional, o en este caso que la funcionalidad dentro del sistema no sea la de aportar a la
degradación de TOXiV1, además como le faltan varios aminoácidos, no será posible conseguir la
conformación estructural completa de la proteína, volviéndola poco activa y por ello no cumplirá con la
función que requiere dentro del sistema.

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Figura 1: Inducción negativa, cuando no hay presencia de TOXiV1

2. Secuencia de una posible hebra de DNAds

5’ AUG GAA UGG AUG AUU CUU UAG 3’

Ahora se sintetiza la cadena complementaria en la dirección 5’---> 3’ para obtener el DNAds de la

a. INTEGRÓ: En esta enzima el codón de inicio ya se conoce.

5’ AUG UCU GUC UAU UUC AAA CUU UGA 3’

Se toma la cadena complementaria sintetizada anteriormente y se realiza la síntesis de la cadena

Se realiza la cadena complementaria para DNA:

5’ AUG CAU AUG CGU CUU UGA 3’

Se sintetiza la cadena complementaria para el DNAds a partir de la cadena complementaria obtenida

3’ TAC GTA TAC GCA GAA ACT 5’

Se realiza la cadena complementaria para DNA:

5’ AUG UAU GAC UGG CAG CAU CGU CUU UGA 3’

Síntesis de la cadena complementaria para el DNAds a partir de la cadena complementaria al RNAm:

3’ TAC ATA CTG ACC GTC GTA GCA GAA ACT 5’

Secuencia de una posible hebra de DNAds:

Regulador Promotor Operador INTEGRO

3. Caso de mutación en el codón 4, segunda base nitrogenada de la proteína EXPULSO

5’ ATG TAT GAC TGG CAG CAT CGT CTT TGA 3’

5’ AUG UAU GAC UAG CAG CAU CGU CUU UGA 3’

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