Tema 4 Bioquímica
Tema 4 Bioquímica
Tema 4 Bioquímica
1. Bioenergètica:
• Es el estudio de las transformaciones de la energía que tienen lugar en los seres vivos, que
les permiten obtener energía de sus nutrientes, almacenarla y consumirla en sus propios
procesos vitales.
1. Una de las características que habitualmente se atribuyen a la vida es que se trata
de “un flujo constante de materia y energía”. Que la vida es un flujo constante de
materia requiere poca explicación, ya que todos somos conscientes de haberlo
experimentado: comemos, creamos materia para crecer y finalmente eliminamos
los restos de materia no aprovechada. Flujo de energía: el metabolismo es el
conjunto de reacciones químicas que tienen lugar en los seres vivos, necesarias
para mantener su estado vital. Por lo tanto, son las reacciones que tienen que
permitirnos la transformación tanto de la materia como de la energía. No se trata
de “una serie de reacciones”, sino de un sistema químico perfectamente
organizado, en el cual podemos distinguir dos tipos de procesos principales:
i. El catabolismo es aquel conjunto de reacciones metabólicas que
nos van a permitir obtener materia y energía de unos nutrientes
ricos en energía que empiezan teniendo una considerable
complejidad estructural y acaban convertidos en moléculas de
deshecho, muy pobres en energía, que eliminamos de nuestro
cuerpo. Son reacciones, por tanto, que han de liberar la energía
que nosotros podemos aprovechar.
ii. El anabolismo, por el contrario, es el conjunto de reacciones
metabólicas que nos han de permitir fabricar nuestras propias
biomoléculas esenciales para nuestra vida (como nuestros ácidos
nucleicos, nuestras proteínas o nuestras moléculas estructurales
y de reserva a partir de moléculas sencillas, procedentes de
nuestros nutrientes. Son procesos caros y, por lo tanto, requieren
que aportemos energía, que habremos obtenido previamente en
el catabolismo.
2. La materia, obviamente, la encontraremos en los átomos de las moléculas que
conforman nuestros nutrientes. Eso está claro: de ahí obtendremos nuestro
carbono, nuestro nitrógeno, nuestro fósforo… En el caso de la energía, en un
primer momento de la vida en la Tierra, hubiese sido posible, obtener energía de
los núcleos de esos mismos átomos y hubiese sido una gran fuente de energía:
todos sabemos que la energía nuclear lo es, así que podría haber sido también la
fuente de la vida en la Tierra. Sin embargo, no lo fue, nunca se desarrollaron los
mecanismos “metabólicos” que permitiesen obtener esa energía nuclear.
• Sólo queda una respuesta posible: de los electrones. La bioenergética, como veremos,
se va a basar en el intercambio de electrones. El objetivo del metabolismo es obtener
electrones de muy alta energía a lo largo del catabolismo (que, por eso mismo, va a
contar con una serie de reacciones de oxidación de nutrientes) y extraerles esa energía
hasta donde podamos para dedicarla a nuestros procesos de biosíntesis (y por eso el
anabolismo va a tener numerosas reacciones de reducción).
• Esta relación entre ambas magnitudes sólo se da en condiciones estándar: a 273 K (25ºC), 1
atm de presión y a concentración 1 M de todos los componentes del sistema, reactivos y
sustratos. A los bioquímicos, como estudiamos procesos catalizados por enzimas, se nos
concedió una condición estándar más, pH=7 (para que no se desnaturalicen los enzimas),
pero entonces debemos añadir una prima (‘ ) a los símbolos de DG i K eq (para nosotros DG’
y K’eq; si es en condiciones estándar, DG’ se representa DGº’).
• En condiciones reales, sin embargo, no podemos usar la K’ eq, sino la RAM (relación de acción
de masas). En condiciones reales, debemos usar la temperatura real (por ejemplo, en células
de un animal homeotermo podemos asumir unos 310 K, 37ºC; pero si no, hemos de usar la
temperatura real) y también las concentraciones reales de sustratos y productos en valor
molar. A partir de estos valores y del valor de DGº’, podremos calcular el valor de DG’ de
cualquier proceso metabólico y así sabremos si está próximo al equilibrio, si es espontáneo,
si requiere energía, etc.
• En un ser vivo, lógicamente, todos los procesos tienen que ser espontáneos. Algunos pueden
estar en equilibrio, pero el metabolismo en su conjunto NO PUEDE ESTAR EN EQUILIBRIO.
Para un ser vivo, el equilibrio termodinámico es la muerte, ya que vivimos
permanentemente en contra del equilibrio. El propio concepto de “flujo de materia y
energía” nos indica que no puede haber equilibrio: continuamente tiene que estar entrando
materia y energía, que será procesada y eliminada. Es decir, no estamos en equilibrio, sino
en un ESTADO ESTACIONARIO DINÁMICO.
• Por lo tanto, todos nuestros procesos metabólicos serán DG<0, pero podemos distinguir dos
tipos:
o Aquellos muy próximos al equilibrio, DG≈0
o Aquellos muy alejados del equilibrio, DG<<0
• Los más próximos al equilibrio serán procesos REVERSIBLES. En ellos, un ligero cambio en
las concentraciones de sustratos y productos puede invertir el sentido de la reacción, ya que
sus concentraciones estacionarias se encuentran muy próximas a su RAM eq. Son procesos
muy eficientes termodinámicamente, ya que el pasar de A a B o de B a A prácticamente no
supone ninguna pérdida energética. Por eso mismo, son muy versátiles: tanto nos sirven
para fabricar B a partir de A como para fabricar A a partir de B. Sin embargo, como casi no
hay desprendimiento de energía libre, no nos sirven para alimentar nuestros procesos
anabólicos más caros.
• Los procesos alejados del equilibrio son procesos IRREVERSIBLES. Las concentraciones
estacionarias de sus sustratos y productos están muy alejadas de su RAM eq, por lo que una
variación de unos o de otros (dentro de los márgenes de variación tolerables por una célula
viva) no afectará al sentido de la reacción, que continuará yendo en la misma dirección. Son
procesos, por tanto, muy poco eficientes energéticamente y muy poco versátiles, pero nos
ofrecen dos grandes ventajas:
o Son los puntos en los que se desprende gran cantidad de energía libre de los
sustratos, de modo que los podemos acoplar a la obtención de algún coenzima rico
en energía que nos permita almacenarla y aprovecharla más tarde.
o Y como siempre van en la misma dirección, son los procesos que MARCAN LA
DIRECCIONALIDAD de una vía, algo que es esencial para mantener un flujo. Por
ejemplo, ¿por qué podemos decir que la glucolisis es la conversión de glucosa en
piruvato? Si todas las reacciones de la vía fueran reversibles, tanto podría ser la
conversión de glucosa en piruvato como la conversión de piruvato en glucosa. Pero
la presencia en la glucolisis de tres reacciones irreversibles (la primera, la tercera y
la última) hace que, mediante esta vía, la glucosa se pueda convertir en piruvato,
pero el piruvato jamás se podrá convertir en glucosa. Existe un flujo glucolítico.
• Y por último, hemos dicho que todos los procesos de un ser vivo tienen que ser espontáneos.
Pero, ¿qué pasa con los procesos anabólicos? ¿No hemos dicho antes que el anabolismo
consume energía? ¿Qué quiere decir esto, que no podemos fabricar proteínas o ADN o ARN
o fosfolípidos o…? En absoluto, la evolución ha ingeniado un mecanismo termodinámico
para resolver este problema.
• Consiste en acoplar un proceso que sea DG>0 (y, por lo tanto, antiespontáneo e “imposible”)
a otro que sea DG<<0, de modo que ambos se den simultáneamente y la energía
desprendida en el segundo pueda ser aprovechada por el primero. De esa manera, al sumar
los DG de ambos procesos, tenemos un valor final DG<0 (y por lo tanto el proceso anabólico
ya puede ser espontáneo y “posible”).
• Existen unas cuantas moléculas capaces de ceder su energía en este tipo de procesos
acoplados, pero la evolución ha seleccionado una por encima de todas las demás: el ATP.
• Vamos a ver hoy la molécula de ATP desde el punto de vista de su papel bioenergético.
• El nombre ATP corresponde a las siglas en inglés de trifosfato de (ribo)adenosina. Y el
nombre es bien descriptivo, porque nos indica claramente cuáles son sus tres componentes:
o Una base nitrogenada (la adenina)
o Una pentosa (la ribosa), que junto con la adenina forman el nucleósido adenosina
o Y hasta tres grupos ortofosfato, unidos al carbono 5’ de la ribosa (recordad que en
los nucleótidos y nucleósidos, la numeración normal corresponde a la base
nitrogenada y la numeración con prima (‘), al azúcar. Según el número de grupos
fosfato, tendremos el AMP (1), el ADP (2) o el ATP (3). Para distinguirlos, el fosfato
que se une al carbono 5’ se llama fosfato a, el segundo b y el tercero g.
• El ATP es una molécula rica en energía. ¿Dónde se encuentra esa energía en la molécula que
acabamos de describir? En los enlaces que unen los fosfatos a y b y los fosfatos b y g. Se
trata de enlaces de tipo fosfoanhídrido y permiten la unión de grupos fosfato entre sí. Pero
eso tiene una consecuencia: la presencia de tres (en el ADP) y cuatro (en el ATP) cargas
negativas muy próximas entre sí, por lo que se repelen y eso hace que sus enlaces de unión,
los fosofanhídridos, tengan mucha tendencia espontánea a romperse. Pero, en
termodinámica, “tendencia a romperse” quiere decir que esa rotura es espontánea y eso
conlleva que la DG de rotura de estos enlaces sea muy negativa. Es decir, cuando se rompe
uno de estos enlaces, se desprende una gran cantidad de energía libre.
• De hecho, esta “tendencia a romperse” es tan alta que las moléculas de ATP y ADP deben
2+
estabilizarse con su conjugación con un ión de Mg , de no ser así no podrían unirse a los
enzimas que los necesitan. Esa es la razón de por qué el magnesio es tan importante para
realizar un esfuerzo físico: si sus niveles son bajos, al ATP muscular le costará más unirse a
la miosina y la contracción muscular será.
• Pero existe un tercer enlace fosfórico, el enlace fosfoéster entre el fosfato a y el carbono 5’.
¿Por qué este no es rico en energía? Porque en el AMP ya sólo nos quedan dos cargas
negativas, de modo que la tensión electrostática entre ellas es mucho menor. Aunque el
enlace fosfoéster tiene DG negativa, su valor es mucho menor que el de los otros dos, por
lo que no lo consideramos de alta energía.
• De todas formas, recordad un principio básico en termodinámica (y, por tanto, en
bioenergética): que un proceso tenga una DG muy, muy negativa quiere decir que será muy
espontáneo, PERO NO QUE VAYA A SUCEDER MUY DEPRISA. De la tendencia termodinámica
de un proceso no se puede deducir a qué velocidad se producirá. Y eso se aplica
precisamente al ATP: es una molécula muy “inestable” desde el punto de vista
termodinámico, pero muy “estable” desde el punto de vista cinético. Es decir, el ATP de hoy
seguirá siendo ATP dentro de varios años si no lo gastamos antes; eso sí, cuando finalmente
se gaste, desprenderá gran cantidad de energía libre.
• Cuando decimos que el ATP es una molécula rica en energía, ¿a qué nos referimos? ¿Cuál es
su verdadero valor energético?
• En condiciones estándar, el valor energético de la rotura de cualquiera de los enlaces
fosfoanhídrido es prácticamente el mismo, entre 30 y 35 KJ/mol (con valor negativo, porque
se trata de un desprendimiento de energía libre).
• ¿A qué se debe este valor tan negativo? Ya hemos hablado de la repulsión de cargas entre
los grupos fosfato muy próximos, pero hay dos factores más que contribuyen a que el
equilibrio esté muy desplazado a la derecha en estas tres situaciones:
o Existe poca tendencia a que se dé la reacción inversa porque los productos de la
reacción se repelen (todos ellos tienen dos o tres cargas negativas).
o Los fosfatos producto de la reacción son híbridos de resonancia (sus electrones
están parcialmente deslocalizados), especialmente estables y poseen una
configuración con energía inferior a la que contenía cuando estaban en forma de
ATP. Es decir, que la energía libre desprendida es consecuencia de que los productos
de la reacción contienen menos energía libre que en forma de ATP, y por tanto la
reacción es exergónica.
• Sin embargo, cuando observamos la rotura del enlace fosfoéster del AMP, vemos cómo, aun
siendo una reacción espontánea, su valor energético es mucho menor (en valor absoluto),
lo que quiere decir que el proceso no es tan espontáneo como los otros tres y, por tanto, no
desprende tanta energía libre. Fijaos que uno de los productos, la adenosina, no tiene carga
eléctrica, por lo que no se repele con el fosfato formado; por tanto, la reacción inversa, a
pesar de que es antiespontánea, no lo es tanto como en los casos anteriores.
• Pero todo lo anterior hace referencia a las condiciones estándar. ¿Y en condiciones reales?
Para eso, deberíamos recuperar la ecuación de la DG’ real (repasadla de la sesión del último
día) y determinar la temperatura real (vamos a suponer que en nuestras células sea 37ºC,
310 K) y las concentraciones reales de ATP, ADP, AMP, Pi, PPi y H+ (supongamos pH=7,4). Si
aplicamos la ecuación, obtenemos un valor de DG’ real de en torno a los -50 KJ/mol, incluso
algo mayor (en términos absolutos). Este valor recibe el nombre de POTENCIAL DE
FOSFORILACIÓN y es el auténtico valor energético del ATP en nuestras células.
• Hemos visto que los enlaces fosfoanhídrido se pueden romper, con una DG parecida, de tres
maneras diferentes:
• ATP a ADP
• ATP a AMP
• ADP a AMP
• Sin embargo, no lo hacen con la misma frecuencia. En la naturaleza, por ejemplo, el ADP
prácticamente nunca actúa como un donador directo de fosfato o energía. Mediante un
enzima que veremos a continuación, la adenilato quinasa, dos moléculas de ADP se
convierten en una de ATP y otra de AMP, de modo que una de ellas vuelva a ser un ATP de
forma directa.
• Las otras dos vías de rotura de enlaces fosfoanhídrido sí se dan en la naturaleza, pero no con
igual frecuencia.
• La primera, la rotura de ATP a ADP (es decir, la eliminación del fosfato g), es la que
llamaremos rotura fosfatolítica del ATP y es, de lejos, la más abundante. Libera una cantidad
de energía (-30,5 KJ/mol en condiciones estándar, unos -50 KJ/mol en condiciones reales)
suficiente para la mayor parte de los intercambios energéticos que tienen lugar en el
metabolismo y resulta relativamente fácil de regenerar (sólo requiere una fosforilación del
ADP a ATP) por parte de los sistemas de fosforilación.
• Pero en algunas situaciones esa rotura fosfatolítica del ATP puede no ser suficiente y se
recurre entonces a su rotura pirofosfatolítica: la conversión directa de ATP a AMP (es decir,
la eliminación de los fosfatos b y g conjuntamente). Pero, ¿por qué decimos que esta rotura
desprende más energía libre que la anterior, si hemos visto que sus DG son relativamente
parecidas?
• Porque el pirofosfato formado como producto en esta reacción es sustrato inmediato de las
diversas pirofosfatasas del organismo, enzimas que, sin ningún tipo de restricción, lo
convierten en dos moléculas de ortofosfato, en una reacción que también tiene un DG muy
negativo. Así pues, si se procede a la hidrólisis pirofosfatolítica del ATP se provoca el
desprendimiento de -65,9 KJ/mol (en condiciones estándar, bastante más en condiciones
reales), de modo que este proceso, en global, tiene una DG mucho más negativa que la
rotura fosfatolítica.
• Así pues, aquí tenemos un resumen de las posibles interconversiones de los tres nucleótidos
de adenosina.
• Mediante diversas transferasas (entre las que las más abundantes son las quinasas y las
fosfatasas, pero algunas reciben otros nombres, por ejemplo algunas sintetasas), el ATP
puede sufrir su rotura fosfatolítica (la más frecuente) y dar ADP o su rotura pirofosfatolítica
(menos frecuente) y dar AMP.
• ¿Y por qué es tan importante que el AMP se convierta en ADP? Porque la única manera de
recuperar el ATP de forma neta es mediante los llamados sistemas de fosforilación y todos
ellos utilizan exclusivamente el ADP como sustrato, nunca el AMP. Por eso, para que el AMP
pueda finalmente convertirse en ATP, primero lo tenemos que convertir a ADP y,
posteriormente, utilizar este ADP para generar ATP.
• ¿De cuántos sistemas de fosforilación disponemos los seres vivos y cuáles son? Existen tres
sistemas de fosforilación principales (algunas bacterias pueden presentar algún otro a partir
de sustratos inorgánicos), pero los animales sólo poseemos dos de ellos:
• El trabajo de biosíntesis: es una de las primeras funciones que le atribuimos al ATP .Consiste
en aportar la energía que requieren las reacciones DG positivas del metabolismo y que, por
tanto, serían imposibles en una célula a no ser que seamos capaces de “pagar” la energía
que cuestan. Ése es uno de los principales papeles del ATP como “moneda” energética.
• Para no complicar excesivamente esta gráfica, veamos sólo algunos ejemplos de moléculas
con grupos fosfato, todos ellos con DG de hidrólisis negativa (es decir, moléculas con
tendencia termodinámica espontánea a romper sus enlaces fosfato). Vemos cómo,
efectivamente, hay moléculas con fosfatos de mayor energía libre de hidrólisis que el ATP y
otros con menor DG. El ATP puede, por tanto, recibir la energía de los primeros y cedérsela
a los segundos.
• ¿Pero eso no es complicar mucho el metabolismo? ¿No podrían los compuestos de la parte
alta de la tabla simplemente ceder su energía a los de la parte baja? ¿Para qué necesitamos
al intermediario? Las razones son múltiples:
ii. Sin el ATP, el metabolismo, paradójicamente, sería mucho más complejo: ¿qué
pasaría si cuando necesitásemos Glc6P no tuviéramos suficiente PEP o 1,3BPG?
Tendríamos que poner en marcha una vía, fabricar el intermediario, transferir
su energía a la glucosa y sólo entonces se podría poner en marcha la glucolisis.
Al tener siempre una cantidad considerable de ATP en la célula, en el fondo, se
reduce la complejidad metabólica.
iii. La energía libre es una magnitud de estado: sólo depende del estado inicial y
final. Eso quiere decir que, al pasar la energía desde el PEP a la G6P, la DG es la
que toca, pase lo que pase. Ahora bien, si esa cesión de energía se hace en un
solo paso, toda la energía no aprovechada se desprenderá en forma de calor y
eso puede provocar un aumento puntual de la temperatura que cause la
desnaturalización de alguna proteína (por ejemplo, del enzima que estuviera
catalizando la reacción). Al hacer la cesión de energía “por etapas” (es decir, del
PEP al ATP y del ATP a la G6P), la DG será la misma, efectivamente, pero se
desprenderá en dos fracciones, lo que no provocará tanta disipación puntual de
calor, la temperatura no variará tanto y no comprometeremos la integridad de
los enzimas y demás proteínas de la célula.
• Lógicamente, cada célula tendrá un valor de carga energética diferente, pero podemos
tomar como valor promedio un número en torno a 0,85. ¿Qué quiere decir este valor? Que
cuando la relación ATP:ADP:AMP, tal y como la hemos calculado, vale 0,85, la célula está
“en reposo energético”, es decir, ni le sobra ni le falta energía, tiene la justa, de modo que
no debería haber ni una gran actividad de las vías anabólicas ni de las catabólicas.
• Cuando el valor se encuentra por debajo de 0,85, hay un déficit de fosfatos ricos en energía:
la célula debe convertir AMP en ADP y ADP en ATP para poder hacer frente a sus necesidades
energéticas. Por eso se ponen en marcha los procesos catabólicos y se reducen los
anabólicos hasta que se recuperen los niveles óptimos de ATP.
• Y cuando el valor está por encima de 0,85 es el momento de hacer reservas. Tenemos
energía de sobra, así que podemos poner en marcha procesos anabólicos (por ejemplo,
podemos ponernos a fabricar ADN para dividir nuestras células y crecer, o podemos fabricar
moléculas caras, como el colesterol, las porfirinas y, sobre todo, proteínas necesarias para
el organismo) y, sobre todo, podemos poner en marcha procesos de síntesis de reservas,
para guardar los excedentes de energía, ahora que sobra, para momentos futuros en que
no haya tanta. Así, es el momento en el que se ponen en marcha la síntesis de glucógeno y
de triacilgliceroles.
• ¿Y para qué queremos la energía del ATP? Para realizar trabajo.
• De entrada, aunque no salen en la diapositiva, todos los demás nucleótidos trifosfato, por
la misma razón que el ATP y con valores de energía libre muy parecidos. La gran diferencia
es que la evolución ha ido escogiendo el ATP como “moneda universal”, mientras que los
demás NTP se han ido especializando en algunos procesos. Así, el GTP aporta su energía al
proceso de síntesis de proteínas, al tráfico de vesículas o en algunos procesos de
señalización celular. El CTP se ha seleccionado para aportar energía en la síntesis de lípidos
complejos (como los triacilgliceroles o los fosfolípidos). El UTP lo encontramos sobre todo
en la síntesis de glúcidos complejos, como el glucógeno.
• La creatina es una molécula específica del músculo esquelético que actúa como reserva
inmediata de ATP. En una reacción reversible catalizada por la creatina quinasa se puede
fosforilar a fosfocreatina cuando el músculo tiene un buen nivel de ATP. Esta fosfocreatina
rápidamente se puede desfosforilar, regenerando el ATP, cuando el músculo realiza un
ejercicio, que es cuando necesita ese ATP.
• El coenzima A, gracias a su grupo sulfhidrilo terminal, puede realizar enlaces tioéster de alta
energía, de un nivel energético más o menos equivalente al del ATP. Cuando se rompe un
enlace tioéster, se libera esa energía libre, que puede ser utilizada en otros procesos. Un
ejemplo lo tenemos al inicio del ciclo de Krebs, cuando el acetilCoA se rompe y, con la
energía desprendida, el acetilo se puede unir a un oxalacetato para fabricar citrato.
• Los coenzimas rédox ,como el NADH (en la diapositiva) o el FADH2, pueden acumular
electrones de alta energía que, posteriormente, se cederán a la cadena respiratoria y, a
partir de ahí, se obtendrá ATP (este proceso lo veremos en el tema siguiente, el de la cadena
respiratoria y la fosforilación oxidativa).
• Y aún existen más moléculas ricas en energía, con aplicaciones muy particulares. Por
ejemplo, la S-adenosil-metionina, un derivado del aminoácido metionina que no se puede
utilizar para la síntesis de proteínas, puede convertirse en un donante de grupos metilo (y
de la energía correspondiente) en procesos de metilación, como por ejemplo en la
conversión de la uridina en timidina, para permitir la síntesis de ADN.