Tema 1
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Tema 1
Contenidos:
1. El dogma central de la Biología Molecular.
2. Replicación en procariotas.
2.1. ADN polimerasas procariotas.
2.2. Helicasas topoisomerasas y proteínas de unión a ADN de cadena sencilla (SSB).
2.3. Comienzo de la síntesis de ADN.
2.4. Cadena líder y cadena retrasada.
2.5. Fidelidad de la replicación del ADN.
3. Replicación en eucariotas.
3.1. ADN polimerasas eucariotas.
3.2. Replicación de los extremos de los cromosomas
3.3. Orígenes de replicación en los cromosomas eucariotas y regulación de la replicación. El
replisoma.
3.4. La replicación del ADN en relación con el ciclo celular.
4. Aplicaciones del conocimiento de la replicación en la actividad clínica.
Objetivos:
El modelo de Watson y Crick sobre la estructura del DNA suscitó un gran entusiasmo entre la
comunidad científica de la época por dos razones fundamentales:
1. Sugería una forma obvia para la duplicación o replicación de cada molécula, ya que cada base
determina a su complementaria mediante puentes de hidrógeno. Hasta entonces este mecanismo
había sido un misterio.
2. Permitía pensar que la secuencia de nucleótidos determina la secuencia de aminoácidos de la
proteína codificada por un gen gracias a la existencia de algún código (genético) que relaciona
ambas secuencias.
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
En aquel momento estas ideas abrían las puertas para explicar dos de los grandes enigmas de
la vida, cómo se replica el material hereditario y cómo se sintetizan las proteínas.
Comenzó de esta manera a madurar lo que más tarde se llamaría el Dogma Central de la
Biología Molecular, formulado por Crick, en el que se establece la dirección del flujo de la información
genética. En su planteamiento inicial establecía que la información genética fluía desde el ADN a las
proteínas a través de un mensajero y que el flujo de información desde las proteínas al ADN no era
posible. Esta idea fue completada posteriormente y se resume en el siguiente esquema:
2. REPLICACIÓN EN PROCARIOTAS
dATP
dGTP ADN polimerasa ADN
ADN parental cebado +
dTTP ---------------------------> descendiente
dCTP
Actividad Estructura Nº
Enzima Función
exonucleasa moléculas/célula
Reparación y replicación Monómero 400
3'→5'
ADN pol I (eliminación de los
5'→3'
cebadores de RNA).
ADN pol II Repara el ADN dañado. Monómero 100
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
La ADN pol III, la principal en la replicación procariota, está formada por 17 subunidades
distintas, agrupadas formando 3 complejos, el conjunto de los cuales se denomina holoenzima. El
complejo catalítico está formado por sólo tres subunidades, alfa (), épsilon () y teta (Ѳ). El
complejo pinza deslizante está formado por dos subunidades beta () formando una pinza circular
que fija al resto de las subunidades a la molécula molde de ADN, siendo esta la razón de su gran
procesividad. La procesividad es la capacidad de sintetizar nuevas hebras de ADN de manera
ininterrumpida. Existe un complejo que carga o acopla la pinza deslizante a la subunidad catalítica
y por último una subunidad tau (τ), responsable de la dimerización de dos complejos catalíticos, de
la que existen dos moléculas en el dímero.
Complejo core
En general, para que cualquier ADN polimerasa pueda iniciar la síntesis de ADN requiere:
Las helicasas son enzimas que rompen los puentes de hidrógeno del ADN, empleando la
energía del ATP, dando lugar a la separación de las hebras de ADN y al desenrollamiento de la doble
hélice. E. coli posee varias helicasas. El desenrollamiento producido por la acción de las helicasas
genera torsiones en el ADN circular que deben ser eliminadas, por acción de las topoisomerasas,
entre las que se encuentran las girasas, para que la replicación continúe. Las girasas tipo I producen
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
una rotura en una de las dos cadenas del ADN y las de tipo II rompen ambas cadenas. Tanto la rotura
de una como de las dos cadenas de ADN permite la eliminación del superenrollamiento.
Las proteínas de unión a ADN de cadena sencilla o SSB se unen a este ADN estabilizándolo.
Se unen a la parte externa, al esqueleto de azúcar-fosfato, dejando las bases nitrogenadas accesibles
a la ADN polimerasa. Se evita de esta forma que el ADN de cadena sencilla adopte estructuras
secundarias que dificultarían la acción de la polimerasa. La unión de estas proteínas al ADN es
cooperativa, lo que quiere decir que la unión de una molécula al ADN facilita la unión de las
siguientes.
Iniciación de la replicación en
procariotas. Fig. 25. 37. Christopher K.
Mathews, Kensal E. van Holde, Dean R.
Appling, Spencer J. Anthony-Cahill.
Biochemistry. Pearson. 2012).
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
La ADN polimerasa III sintetiza las cadenas nuevas en dirección 5'→3' debido a que las ADN
polimerasas solo pueden avanzar o leer la cadena molde en dirección 3'→5'. La naturaleza
antiparalela de las dos hebras del ADN determina que una de las cadenas hijas, la cadena líder, se
sintetice de forma continua, mientras que otra, la cadena retrasada, se sintetiza discontinuamente.
La adición de nucleótidos para alargar la cadena retrasada debe avanzar hacia la dirección 5' de la
cadena molde, mientras que la horquilla de replicación siempre se mueve en dirección al extremo
3' de la cadena molde de la hebra retrasada. Es decir, una de las cadenas, la retrasada, debe crecer
en dirección opuesta al movimiento de la horquilla de replicación. A medida que el movimiento de
la horquilla expone una nueva zona de la cadena molde de la cadena retrasada, se puede iniciar la
síntesis de un nuevo fragmento de esta cadena, el cual se aleja de la horquilla hasta que se
encuentra con el fragmento producido con anterioridad. Los segmentos de ADN de la cadena
discontinua se denominan fragmentos de Okazaki, en honor al bioquímico japonés que aportó los
primeros datos de su existencia. Un fragmento de Okazaki consta por tanto del RNA cebador unido
al fragmento de ADN correspondiente. Cuando la ADN pol III en la hebra retrasada se encuentra con
el extremo 5' del primer ribonucleótido del fragmento de Okazaki precedente se detiene y se suelta
de la hebra molde, ya que carece de actividad exonucleasa para eliminar el ARN cebador. Interviene
entonces la ADN pol I con su actividad exonucleasa 5'→3', eliminando los cebadores y rellenando
los huecos con ADN gracias a su actividad polimerasa 5'→3'. Una vez eliminado y sustituido por ADN
el hueco ocupado por el cebador, la ADN ligasa se encarga de unir los fragmentos recién
sintetizados, mediante la formación de un enlace fosfodiéster. Como acabamos de ver, en E. coli la
ADN polimerasa III realiza la mayor parte de la síntesis de las dos cadenas, mientras que la
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
polimerasa I rellena los huecos dejados por la cadena retrasada. La procesividad de la ADN
polimerasa I es baja, por lo que una vez eliminados y reemplazados unos pocos nucleótidos, ésta se
suelta. De no ser así, resintetizaría la cadena completa de ADN, con el consiguiente derroche de
energía. Las ADN polimerasas tienden a liberarse del ADN después de haber sintetizado fragmentos
de cierta longitud, ello en el caso de la hebra retrasada permite reciclar la enzima para producir un
nuevo segmento; sin embargo, en el caso de la hebra líder se dificultaría la síntesis de fragmentos
largos de ADN. Por este motivo la ADN pol III se ancla firmemente a la hebra molde gracias a su
subunidad anular , que actúa como una pinza molecular, confiriendo a la enzima una gran
procesividad que libera la enzima cuando se detiene. El primosoma está impulsado por la ADN
helicasa y se desplaza a medida que la horquilla de replicación avanza, sintetizando los cebadores
de ARN. El carácter circular del cromosoma bacteriano determina la aparición de tensiones por
superenrollamiento como consecuencia de la separación de las dos hebras parentales y del avance
de la burbuja de replicación. Las topoisomerasas se encargan de eliminar estas tensiones como se
ha comentado anteriormente. En el cromosoma eucariota, que es lineal, también se generan estas
tensiones debido a la "inmovilización" del ADN a las proteínas cromosómicas. Se supone que la
formación de un bucle en la cadena molde de la hebra discontinua podría permitir que las dos
moléculas de holoenzima de ADN pol sintetizasen las dos cadenas hijas en la misma dirección.
Después de avanzar aproximadamente 1000 pb la polimerasa III liberaría el segmento de doble
hebra de la cadena retrasada permitiendo que se forme un nuevo bucle (ver figura).
Modelo de la horquilla
de replicación procariota.
(Fig. 7.10. Cooper y
Hausman. La Célula. 8ª
Edición. 2021. Editorial
Marbán.)
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
3. REPLICACIÓN EN EUCARIOTAS
Compartimento Núcleo Núcleo Núcleo Núcleo Mitocondria
celular
Función biológica Primasa Reparación Replicación Replicación Replicación
del DNA. hebra de la hebra DNA
retardada líder mitocondrial
Número de 4 1 4 4 4 (idénticas)
subunidades
Actividad No No Sí Sí Sí
exonucleasa 3'→5'
Actividad No Si No No No
exonucleasa 5'→3'
Equivalencia con Primasa ADN pol III ADN pol III
ADN polimerasas
procariotas
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
sintetizar un corto fragmento de ADN (20-30 nucleótidos), gracias a la acción de otras subunidades.
La polimerasa precisa para su función una proteína adicional denominada antígeno nuclear de
células en proliferación (PCNA, Proliferating Cell Nuclear Antigen). Esta proteína podría
desempeñar un papel similar al de la subunidad de la ADN pol III de E. coli. La polimerasa también
interviene en la reparación del ADN. La eliminación del cebador de ARN del fragmento de Okazaki
es realizada por una enzima denominada ribonucleasa de solapa o flap ribonuclease en inglés. La
polimerasa se encuentra en las mitocondrias, por lo que interviene en la replicación del ADN de
este orgánulo.
La maquinaria molecular encargada de la replicación debe contactar con el ADN, para ello
las histonas deben ser desplazadas. La modificación química de las histonas y la remodelación de la
cromatina intervienen en este proceso. Una hipótesis supone que cada nucleosoma es capaz de
desplegarse transitoriamente en dos mitades, desenrollando el ADN. El ADN recién sintetizado es
vuelto a empaquetar rápidamente en nuevos nucleosomas. Se necesita una gran cantidad de
histonas para empaquetar las nuevas moléculas de ADN, por ello los genes de estas proteínas están
repetidos en tándem. Las histonas se producen fundamentalmente durante la fase S.
Los sitios de origen de replicación eucariotas son peor conocidos que los correspondientes
procariotas. Sin embargo, el mecanismo general de iniciación es parecido al descrito para E. coli:
determinadas regiones de cada cromosoma son reconocidas por un conjunto de proteínas que
producen la separación de las hebras y permiten el ensamblaje de la maquinaria replicativa y el
inicio de la replicación. Como se ha comentado anteriormente, en eucariotas el proceso se inicia
con la liberación de los orígenes de replicación por parte de las histonas. El primer paso de este
proceso consiste en el reconocimiento y la unión al origen de replicación de un conjunto de
proteínas que forman el denominado complejo de reconocimiento del origen de replicación u ORC
(del inglés, Origin Recognition Complex) durante la fase G1 del ciclo celular. Seguidamente se unen
a los ORC las helicasas, denominadas en eucariotas proteínas MCM (Mini Chromosome Maintenance
protein), dando lugar al denominado complejo pre-replicativo. Las proteínas MCM para activarse
han de ser fosforiladas por la acción de la proteína Cdk2 (Cyclin-dependent kinase 2), la proteína
quinasa 2 dependiente de ciclina. Tanto la división celular como la síntesis de ADN en la fase S del
ciclo celular, están controlados por la fosforilación de proteínas nucleares específicas, realizadas por
proteínas denominadas quinasas (las quinasas son enzimas que fosforilan, es decir añaden grupos
fosfato a otras proteínas). La actividad de estas quinasas que intervienen en distintas fases del ciclo
celular, depende de otras proteínas denominadas ciclinas. Por ello este tipo de quinasas se llaman
CDKs (cyclin-dependent kinases). Las CDKs están presentes en la célula en su forma inactiva, y no
son activadas hasta que interaccionan con las ciclinas, proteínas que se destruyen cíclicamente tras
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
llevar a cabo su función de activación, de ahí su nombre de ciclinas. Hay distintos tipos de Cdks y de
ciclinas. La Cdk2, forma un complejo para ser activada con la ciclina E. Al entrar en la fase S se eleva
la cantidad de ciclina E, formando el complejo Cdk2/ciclina E, que activa a Cdk2, la cual fosforila a
varias proteínas que son incorporadas al complejo pre-replicativo. Además, el complejo Cdk2/ciclina
E activa a otra proteína quinasa denominada DDK, encargada de fosforilar a las proteínas MCM,
activándolas y permitiendo la separación de las hebras y con ello el inicio de la replicación. Por otra
parte, las proteínas MCM fosforiladas no pueden unirse al complejo ORC. Las proteínas MCM
vuelven a estar desfosforiladas en la fase G1, lo que garantiza que la replicación se produce
solamente una vez en cada ciclo celular.
Iniciación de la replicación
en eucariotas. Fig. 17.18.
Cooper y Hausman. La
Célula. 8ª Edición. 2021.
Editorial Marbán.
Después de la separación de las hebras por las helicasas MCM y la formación de las horquillas
de replicación, se forman super-enrollamientos que son resueltos por las topoisomerasas I y II. Se
produce ahora la entrada de la primasa (ADNpol α) y finalmente las polimerasas δ y ε con sus
correspondientes pinzas (PCNA), como se observa en la siguiente figura.
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
Iniciación de la
replicación en
eucariotas. Fig. 6.7.
Allison.
Fundamental
Molecular Biology.
2007. Blackwell
Publishing.
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
1. Cada cromosoma eucariota posee varios orígenes de replicación, para acortar el tiempo total del
proceso.
2. La horquilla de replicación avanza hacia los dos extremos opuestos, igual que en el caso de los
procariotas.
3. Determinadas regiones cromosómicas contienen varios orígenes de replicación contiguos,
mientras que otras no contienen ninguno.
4. Los orígenes de replicación pueden ser activados en grupos, cada uno de los cuales se denomina
unidad de replicación o replicón, que comprende entre 3 y 4 orígenes de replicación, de los que
se activa solamente 1
5. Los replicones se agrupan de forma que los orígenes activos de cada replicón quedan juntos,
dando lugar a focos de replicación que puedes ser detectados con el microscopio óptico.
6. No todas las unidades de replicación se activan al mismo tiempo, conforme avanza la etapa S del
ciclo celular se activan nuevas unidades de replicación. En un cromosoma dado, las regiones de
heterocromatina (cromatina altamente condensada, constituida por genes que no se expresan)
se replican más tarde que las regiones de eucromatina (cromatina menos condensada, donde se
localizan genes que se expresan activamente en la célula en cuestión).
7. Puesto que la replicación no se produce de manera simultánea en todas las regiones de un
cromosoma, existe un mecanismo que garantiza que una vez que una región ha sido replicada no
vuelva a serlo, durante el tiempo en que otras zonas aún están sintetizando nuevas copias de
ADN.
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
Organización de los orígenes de replicación en el núcleo celular. El esquema muestra una región cromosómica que
contiene cuatro unidades de replicación (replicones) consecutivas (mostradas en diferentes colores). Cada replicón
contiene en promedio de tres a cuatro orígenes potenciales (círculos azules). Los replicones interactúan formando
grupos en los que los orígenes activos (uno por unidad de replicación; círculos verdes) se juntan dentro del grupo
(cluster en inglés). La imagen de la derecha muestra los focos de replicación identificados en el núcleo mediante
microscopia óptica por el marcaje de biotina-dUTP durante la síntesis de ADN (Fragkos et al. DNA replication origin
activation in space and time. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2015. 16, 360-374).
Cada cromosoma en eucariotas está formado por una única molécula lineal de ADN, por lo
que en sus extremos o telómeros se plantean un problema especial de replicación, ya que la hebra
RETRASADA en cada replicación sería acortada si no existiese un mecanismo especial que lo evitase.
Este problema se debe a que la primasa necesita unirse inicialmente al ADN para actuar y el lugar al
que se une no puede ser utilizado como molde, por lo tanto, deja un “hueco” en el ADN que no ha
sido copiado. Ello conduciría a la pérdida de genes y finalmente a la muerte celular. Los telómeros
están formados por secuencias cortas repetidas ricas en G. La enzima telomerasa es capaz de añadir
estas repeticiones en el extremo 3’ de la cadena molde de la hebra retrasada, empleando como
molde un fragmento de ARN que forma parte de su estructura, por tanto, esta enzima es una
ribonucleoproteína con actividad transcriptasa inversa, similar a la que tienen los retrovirus. Una
vez alargada la cadena líder, la primasa puede unirse de nuevo a ella para sintetizar un cebador y la
polimerasa rellena el hueco.
Cuando finaliza el proceso, siempre queda la hebra retrasada más corta que su hebra molde
y por lo tanto hay una región de ADN monocatenario, que adopta una estructura circular, como se
muestra en el esquema inferior, para evitar su degradación al ser confundida por los mecanismos
de reparación del ADN con una zona lesionada del ADN. Esta estructura se denomina “loop” o lazo
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
telomérico, “T-loop” o lazo T, en español. La unión del extremo monocatenario a una secuencia
interna complementaria desplaza a la hebra complementario que inicialmente estaba unida,
creando un segundo lazo, denominado lazo de desplazamiento, lazo D o “D-loop”. Además, la
estructura es estabilizada por distintas proteínas teloméricas denominadas en conjunto complejo
protector, telosoma o shelterin (del inglés shelter, refugio).
Aunque ya hemos hablado de las fases del ciclo celular que guardan relación con la
replicación, conviene recapitular para aclarar los conceptos. El ciclo celular es el conjunto de
acontecimientos ordenados que conducen a la replicación del ADN y posteriormente a la división
de la célula. Estos acontecimientos se producen de manera cíclica, de aquí el nombre de ciclo celular.
Por tanto, la replicación del ADN debe tener lugar antes de que la célula se divida. Conviene que el
alumno tenga presente en qué momento se inicia la replicación del ADN y como se encuentran los
cromosomas dentro de las distintas fases del ciclo celular. Aunque el ciclo celular será estudiado en
otro tema, veremos aquí algunas de sus características que nos permitirán enmarcar el proceso de
la replicación.
1. Fase intermedia G1 (del inglés gap). Los hechos que determinan si el ADN se va a replicar o no
suceden en esta fase. En ella se sintetizan muchos de los factores y enzimas necesarias para la
replicación del ADN. Sobrepasado un punto de restricción existente en la fase G1, se
desencadenan una serie de acontecimientos que irreversiblemente conducen a la división
celular. Las células que se van a dividir alcanzan un tamaño determinado, las que no se dividen
entran en una fase quiescente, G0.
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
2. Fase de síntesis S. Se inicia la síntesis del ADN en muchos orígenes distintos, apareciendo
múltiples horquillas de replicación, sólo visibles con el microscopio electrónico.
3. Fase intermedia G2. La célula se prepara para entrar en mitosis. Ha concluido la síntesis de ADN
de cada uno de los cromosomas. Las dos copias de cada cromosoma aparecen unidas por el
centrómero, constituyendo cada una de ellas una cromátida. Los cromosomas se condensan, es
decir, la cromatina se empaqueta para facilitar su reparto equitativo entre las células hijas, y se
producen los factores necesarios para la mitosis.
4. Mitosis. Los cromosomas se distribuyen entre las células hijas.
El periodo de tiempo transcurrido entre dos mitosis se denomina interfase. Los cromosomas
no son visibles durante la interfase, debido a que la cromatina se desempaqueta para facilitar la
expresión de los genes y/o la replicación. El siguiente esquema representa los principales
acontecimientos del ciclo celular:
ADN replicado
División
Preparación celular
para mitosis
M
G2
Quiescencia
G0
S G1
ADN descondensado
Replicación
del ADN
Punto de restricción
M= mitosis
G1= gap 1
S= síntesis
horquillas de replicación G2= gap 2
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Módulo 2, unidad 1: Replicación.
Las mutaciones del gen WRN causan el síndrome de Werner, una enfermedad poco frecuente que
se hereda de forma autosómica recesiva. Este gen codifica una helicasa que interviene tanto en la
replicación como en la reparación del ADN. Las alteraciones en pacientes con síndrome de Werner
suelen comenzar en la segunda década de la vida, muestran claros signos de envejecimiento
prematuro y presentan un elevado riesgo de enfermedades clínicamente importantes, asociadas a
la edad, como el cáncer, la enfermedad cardiovascular aterosclerótica, diabetes mellitus y
osteoporosis. Los pacientes pueden morir prematuramente a los 40 o 50 años de cáncer o
enfermedad cardiovascular.
La ADN girasa bacteriana (topoisomerasa) es la diana molecular de algunos antibióticos que inhiben
esta enzima mucho más que la eucariota. La novobiocina bloquea la unión del ATP a la girasa, por
lo que la girasa deja no pude eliminar el superenrollamiento que aparece en los extremos de la
horquilla de replicación. Como consecuencia de ello se bloquea la replicación del cromosoma
bacteriano y la célula no se puede dividir. Por otra parte, las quinolonas como el ácido nalidíxico y
la ciprofloxacina, bloquean la actividad ligasa pero no la nucleasa, por lo que originan roturas en el
ADN, también bloquean la replicación y producen la muerte de la bacteria. Estos antibióticos son
muy utilizados para tratar distintas infecciones entre las que se encentran las urinarias.
BIBIOGRAFÍA BÁSICA
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