La Temporada 1987-88 de la Segunda División de México fue el XXXIX torneo de la historia de la segunda categoría del fútbol mexicano. El equipo de Cobras de Ciudad Juárez se proclamó campeón por segunda ocasión (anterior en Querétaro), tras vencer al Club León en un tercer partido celebrado en el Estadio Azteca.
Debido a una reducción de equipos en el máximo circuito hubo dos descensos desde esa categoría, los cuales correspondieron a los clubes Cobras y León. Tras su descenso Cobras cambió de sede a Ciudad Juárez, pues fue adquirido por nuevos propietarios.
SUOO y Salina Cruz ascendieron desde Segunda B, mientras que Águila Progreso Industrial lo hizo desde la Tercera División.
Loros de la U. de Colima fue adquirido por nuevos propietarios, por lo que el equipo cambió de nombre y sede a Apatzingán.
El Club Progreso de Cocula fue adquirido por la Federación de Estudiantes de Guadalajara, una asociación estudiantil de la Universidad de Guadalajara, por lo que el equipo pasó a representar a la organización.
Los diecinueve equipos se dividen en cuatro grupos de cinco clubes, manteniendo los juegos entre los 20 en formato de todos contra todos a visita recíproca en 38 jornadas. Los dos primeros lugares de cada agrupación y los dos mejores terceros lugares se clasifican a la liguilla en donde los diez clubes se reparten en dos grupos de cinco conjuntos, siendo los líderes los que jugarán la final por el campeonato a visita recíproca. El último lugar de la tabla general desciende directamente a Segunda 'B', mientras que los lugares 16º, 17º, 18º y 19º deberán jugar un grupo de permanencia, en el cual los últimos dos puestos completarán el descenso.
La serie final del torneo enfrentó a Cobras de Ciudad Juárez contra el Club León. De nuevo fue necesaria la celebración de un tercer juego de desempate para determinar al ganador.