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Champignons = Eumycota
 Les microbiologistes utilisent le terme

champignons

porteurs des spores des organismes eucaryotes

la nutrition par absorption qui sont dépourvu de chlorophylle

qui se reproduisent de façon sexuée et asexuée

 Les scientifiques, qui étudient les champignons, sont des
mycoloques (du grec : mykes=champignons et logos= discours ou
science) ; la discipline scientifique concernée est la mycologie.

La mycotoxicologie est l’étude des toxines fongiques

et de leurs effets.

Les maladies causées par les champignons chez les animaux ,

sont connus sous le nom de mycoses.

Suivant l’arbre physiologique universel, les champignons font

partie du domaine Eucarya
 1
La cellule végétatif
fongique et le développement
 1. Structure et composition

Le thalle filamenteux des champignons est

formé par des hyphes qui sont des filaments
tubulaires microscopiques souvent ramifiées
en différentes directions et se développent à la
surface et/ou à intérieur du substrat à partir
duquel les champignons se nourrissent.
La masse des hyphes chez un champignon est appelée
mycélium .Les hyphes mycéliennes sont de longueur
indéterminée et ont souvent un diamètre assez
constant, assurant de 1-2 à 30µm ou plus
(généralement 5-10µm)
 Spore

Thalle

Hyphe

Mycélium
Chez certains champignons, le
protoplasme coule dans l’hyphe
sans être interrompu par des
cloisons transversales. Ces hyphes
sont dits coenocytiques ou
aseptés

Les hyphes des autres

champignons ont des cloisons
transversales appelées Septum,
percées soit d’un pore unique, soit
de pores multiples qui permettent
le passage du cytoplasme, ces
hyphes sont dits septés
 Le thalle fongique peut aussi étre
unicellulaire comme chez plusieurs
Ascomycota, Basidiomycota et Zygomycota
vivant comme des levures ou des
organismes de types levures et aussi chez
certains Chytridiomycota . Ces thalles sont
formés de cellules qui sont d’habitude uni-
nucléées.

Certains de ces champignons

unicellulaire sont dimorphiques capable
de se développer soit comme mycélium
soit comme levure (ou organisme de type
levure) en fonction des conditions de
croissance .
Un autre type de thalle fongique est celui qualifié
de palmosdial qui caractérise les champignons
appartenant au Plasmodiophoromycota . Il est formé
de plasmodes qui sont des masses protoplasmiques
multi-nucléées, sans paroi cellulaire
 2. Cytologie et Biochimie
composée de callose, d'hémicellulose, et de
La paroi chitine composition différente en fonction de
la classe
elle est centrale, repoussant le cytoplasme en
La vacuole périphérie, constitue un important stock
enzymatique

Le noyau 1 de petite taille (éventuellement 2 : dicaryon)

de nature diverse mais le plus souvent :

Les réserves • glycogène
• inclusions lipidiques dans le cytoplasme
 2
Croissance et reproduction
 1.1.Les besoins en carbone

Les champignons sont des organismes hétérotrophes. Ils

utilisent des matériels organique comme source de carbone et
d’énergie

Le carbone constitue l’élément le plus

abondant dans la cellule fongique. Il
représente environ 50 % de la cellule

Le carbone: source d’énergie

contenue principalement les sucres
simples (glucose, fructose, etc.) ou
les sucres complexes (amidon,
cellulose, etc.)
 1.2. Besoins en Azote
Les champignons incorporent l’azote
par hétérotrophisme
Ils ne peuvent assimiler l’azote gazeux
mais peuvent utiliser le nitrate ,
l’ammonium et certains acides aminés par
absorption directe à travers la membrane

Des sources complexes d’azote, comme les

peptides et les protéines, ne sont pas
utilisable par les hyphes qu’après leur
dégradation par des protéases en acides
aminés
 1.3.Oligo-éléments

En plus de la source carbonée, de la

source azotée et des facteurs de
croissance, plusieurs sels minéraux
comme KH2PO4, MgSO4.7H2O et CaCl2
et des concentrations moindres comme
Mn, Fe, Zn, Cu, etc. sont nécessaires à la
croissance des champignons
Les facteurs de l'environnement

À la différence des substances nutritives

qui sont toujours beaucoup plus
abondantes que ne le nécessite le
développement des moisissures, les
facteurs physiques de l'environnement
(humidité, température, oxygène...)
constituent un élément déterminant pour
son initiation.
Parmi ceux-ci, le plus important est l'humidité.
Tout le monde sait que les moisissures
apparaissent après un accroissement
accidentel de l'humidité.

En effet, la quantité d'eau disponible dans

le substrat et l'ambiance environnante est
très importante pour initier leur
développement.
 L'humidité relative minimum pour que
commencent à se développer certaines
moisissures peu nombreuses, dites xérophiles,
est de 65-70 % (Eurotium -Aspergillus ).

Au fur et à mesure que l'humidité augmente

s'installent ensuite des moisissures différentes, de
plus en plus nombreuses vers 80-90%.
 •Température
La plupart des champignons, MÉSOPHILES

surtout les moisissures, Maximum < 50° C

sont mésophiles c'est à dire Minimum > 0° C

Optimum 15-30° C
qu'ils se développent autour de
THERMOPHILES
20- 25°C.
Maximum 50° C

Minimum 20° C

Optimum 35-40° C

Cependant il peut y avoir des THERMOTOLERANTS

particularités pour certaines Maximum 50° C

espèces et c'est ainsi que l'on Minimum > 0° C

définit des Optimum 15-40° C

températures cardinales qui PSYCHROPHILES

sont les températures Maximum 20° C

minimales, optimales et Minimum < 0° C

maximales de croissance. Optimum 0-17° C

 Oxygène pH
Les champignons sont des organismes Les champignons sont
aérobies. peu sensibles au pH du
milieu. Ils se développent
Cependant, certains tolèrent des entre 4,5 et 8 avec un
quantités relativement faibles d'Oxygène optimum entre 5,5 et 7,5.
et peuvent même se développer en
anaérobiose avec production díéthanol et  Certaines espèces
díacides organiques. (Aspergillus niger) peuvent
se développer jusqu'à 1,7
Le métabolisme des champignons peut et 2.
être modifié selon la teneur en oxygène
environemental; par exemple la Cette faculté de se
production de mycotoxines (patuline et développer en milieu acide
acide penicillique) décroit permet de les séparer des
considérablement en conditions bactéries pour l'isolement
d’oxygénation faible
On peut diviser les champignons en trois catégories
fondamentales selon leur comportement vis-à-vis du
substrat et des autres organismes du milieu:

Les champignons
saprophytes

Les champignons
parasites

Les champignons
mycorhiziens
2. Croissance et Reproduction
 2.1. La croissance
• Les champignons sont hétérotrophes

• Le mode de croissance dépend :

de la nature et de l’exploitation du substrat

Le champignon rayonne autours de la semence

formation d'un thalle +/- circulaire

Croissance apicale
 Croissance apicale

Élongation du filament

Flux cytoplasmique orienté de vésicules sécrétrices

Vésicules avec précurseurs de la paroi

Exocytose : les précurseurs se déversent à l'extérieur

 Intense activité métabolique de sécrétion
•Extension de la membrane plasmique et
de la paroi
• Paroi + fine à l’extrémité du filament
• Formation d‘un dôme apical qui se Structure «
distend puis se rigidifie tubulaire »
• Pas de croissance en largeur, maintien
du cytoplasme

dichotomie (apex)
Ramification par
OU
bourgeonnement (filaments
latéraux)
 Dans les hyphes en extension, les cloisons possèdent des pores
permettant le passage d'organites, ce sont des cloisons
primaires. Par contre, les cloisons des parties vieillissantes ne
sont pas perforées, ce sont des cloisons secondaires.

Paroi à pores simples Paroi à dolipores

Les parois ne contiennent Les dolipores sont
qu'un seul pore, régulé régulés par des
par des corps de Woronin. parenthésomes. Ce sont
Ils peuvent bloquer le des réticulums
passage de molécules en endoplasmiques, de
s'interposant devant le forme plate, recouvrant
pore. On retrouve ou non le dolipore. Ce
communément ce type de type de pores se retrouve
pores chez les chez les basidiomycètes.
ascomycètes.
 2.2. La Reproduction
La plupart des champignons peuvent se reproduire
aussi bien de manière sexuée que de manière
asexuée :
A. Reproduction asexuée

Les spores créées peuvent être endogènes,

c'est-à-dire à l'intérieur de la cellule-mère,
ou exogènes. Il existe différents modes de
sporulation :
Arthrospores Chlamydospores Blastospores

Par rupture La paroi Par bourgeonnement

d'un hyphe ( s'épaissit et le ( cas des levures )
cas des cytoplasme se
chytridiomyc condense, c'est
ètes) une forme
résistante.
Sporocystiospores
Ces spores sont
endogènes, dans un
sporocyste. Elles
sont en grand
nombre. ( cas des
zygomycètes )

Conidiospores
Ces spores sont
exogènes, à partir
d'un phialide. ( cas
des ascomycètes )
B. Reproduction sexuée

Pour qu'une reproduction sexuée se réalise, il est

nécessaire d'avoir deux noyaux haploïdes capables
de s'accoupler, ou un seul noyau diploïde. Les
deux noyaux haploïdes doivent d'abord fusionner
pour donner un noyau diploïde qui subit par la
suite une méiose. Cette méiose est à l'origine de la
variation au sein de la progéniture fongique. Ces
évènements sont suivis par la formation de spores
(les ascospores, les basidiospores, zygospores),
dont le processus varie en fonction des différentes
classes de champignons
La différenciation des gamètes et les différentes gamies
1) La planogamie ( cas des chytridiomycètes )
Les gamétocystes ( mâle et femelle ) produisent des gamètes
flagellés qui sont émis dans le milieu ( souvent aqueux ) et qui
vont fusionner pour former un planozygote
2) L'oogamie siphonogame ( cas des oomycètes )
Les gamétocystes mâles donnent des gamètes flagellés qui vont
aller féconder le gamète femelle dans le sporocyste femelle (
l'oogone dans l'oocyste ), en perforant l'oocyste avec un siphon
copulateur.

3)La siphonogamie ( cas des oomycètes et des ascomycètes )

Le gamétocyste mâle ne donne pas de gamète flagellé. Il doit
s'accoler au gamétocyste femelle puis émettre des siphons
copulateurs qui vont perforer sa paroi.
4) La trichogamie ( cas des ascomycètes )
Le gamète mâle est une spermatie (non flagellé), émise par un
filament. L’organe femelle est un ascogone (cellule globuleuse
surmontée d’un trichogyne). Il va y avoir fusion des parois puis
injection du noyau mâle. Pendant le parcours du noyau mâle, ce
dernier va se multiplier. Il y aura ensuite appariement sans
fusion des noyaux (dicaryon).
5) La cystogamie ( cas des zygomycètes )
Deux thalles compatibles émettent un diverticule latéral
(progamétocyste). Ensuite, apparaît une cloison latérale qui est
le gamétocyste et le suspenseur. Il va ensuite y avoir mélange des
noyaux puis formation du zygote.
6) La somatogamie ( cas des basidiomycètes )
Il va y avoir fusion de deux thalles compatibles et formation de
dicaryons.
2
CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS

Une terminologie à maîtriser!

Place dans l’échelle hiérarchique Radical de terminaison
Division -----------------------------------------------MYCOTA
Sous-division ----------------------------------------MYCOTINA
Classe -------------------------------------------------MYCETES
Sous-classe ------------------------------------------MYCETIDEAE
Ordre -------------------------------------------------ALES
Sous-ordre -------------------------------------------INEAE
Famille ------------------------------------------------ACEAE
Sous-famille ------------------------------------------OIDEAE
Tribu ----------------------------------------------------EAE
 1. CHYTRIDIOMYCOTA

Les organismes du phylum Chytridiomycota sont les seuls

champignons à posséder des spores uniflagellées (zoospores).
C’est la lignée évolutive la plus ancienne des champignons qui
constitue un clade polyphylétique .

La présence de spores flagellées semble restreindre ces

organismes aux milieux aquatiques et dans les sols humides

Les organismes de ce phylum sont souvent microscopiques mais

peuvent aussi produire un mycélium
 La plupart des Chytrides sont saprotrophes,aérobies ou
anaérobies ; ils sont capables de dégrader un grand nombre de
substrats

On récence également de nombreux pathogènes ; l’un d’eux a

récemment été responsable d’une impressionnante mortalité de
batraciens aux Etats Unis (Batrachochytrium dendrobatidis)

Des parasites d’algues ont également été reportés en milieu

marin (Chytridium polysiphoniae)

Environ 1000 espèces ont été décrites au sein de ce phylum,

ce qui correspond à environ 1% des espèces décrites de
champignon
Reproduction chez les chitridiomycètes

Reproduction
asexuée

La reproduction asexuée des chytridiomycètes a lieu par

intermediaire des zoospores qui se forme dans les
sporanges.
Ces zoospores postérieurement uniflagellées peuvent
émerger à travers une ou plusieurs papilles quand le
sporange se décharge
 Reproduction
sexuée

La copulation peut étre planogamétique où la conjugaison a lieu

entre des planogamètes isogames ( gamètes morphologiquement
similaires) ou des planogamètes anisogames (gamètes
morphologiquement différentes)
La copulation peut aussi avoir lieu quand un gamète male
mobile (anthérozoide) libéré à partir d’un gamétange male ,
féconde un gaméte femelle non mobile (œuf). Chez des formes
plus évoluées, la copulation est gamétangique et est accomplie
par le transfert d’un protoplaste entier un gamétange dans un
autre .
la reproduction des chytridiomycètes peut aussi prendre place
par somatogamie qui est la fusion de structures végétatives
 Classification
La classification la plus récente d'Hibbett et
al. (2007) a redéfini l'embranchement
des Chytridiomycota comme un ensemble
polyphylétique qui a été scindé en trois
phylums :
Chytridiomycota (deux classes :
Chytridiomycetes et Monoblepharidomycetes)
classe Chytridiomycetes
ordre Chytridiales
ordre Spizellomycetales
ordre Rhizophydiales
classe Monoblepharidomycetes
ordre Monoblepharidales
1.Classe Chytridiomycetes

1.1. Ordre Chytridiales

Les chytridiales renferment environ 600 espèces
décrites dans quatre failles. Les espèces
Phytopathogènes sont connues exister dans la famille
des Synchytriacées

1.2. Ordre Spizellomycetales

Spizellomycétales est un ordre de champignons dans les
Chytridiomycetes. Spizellomycetales sont des champignons
falgellés , ils ont trouvés dans les sols où ils se décomposent
le pollen. Récemment, ils ont également été trouvés dans des
environnements de fumier et alpines dure
 1.3.Ordre Rhizophydiales

Cet ordre comporte dix familles et 14 genres. Le

espèces du genre rhizophydium sont eucarpique
(c'est à dire ayant un thalle possédant des organes
reproducteurs) et monocentriques. Le sporange
est épibiotique. Les spores ne sont pas séparés par
des loges séparées et le sporange n'a pas
d'opercule, mais un ou des pores laisse libérer les
sporozoides à maturité.
Les rhizoides partent d'un seul point du
sporange, ils sont endobiotiques, et se développent
donc à l'intérieur de la cellule parasitée.
 2. Classe Monoblepharidomycetes
Monoblepharidomycetes ont un
thalle filamenteux qui est soit
étendu ou simple et non ramifiées.
Ils ont souvent un crampon à la
base.
Contrairement à d'autres taxons
dans leur phylum, certains
reproduisent en utilisant
autospores, bien que beaucoup le
font par zoospores. la
reproduction sexuée par Oogamie
 Zygomycota
Les zygomycètes sont des champignons à mycélium
siphonné , de diamètre irrégulier ( 5 à 10 µm) pourvu des
nombres noyaux non séparée par des cloisons

Essentiellement , saprophytes

Quelques uns parasitent les animaux ou

son pathogènes pour l’homme

Leur reproduction sexuée par une zygospores ,

la reproduction asexuée par sporangiospores
 Reproduction
Reproduction
asexuée

Les spores asexuées de Zugomycètets sont des sporangiospores,

ce sont ces sporangiospores sombres dans les sporanges
qui donnent son nom à cette moisissure. Le sporange de forme
élargie est situé à l’extrémité d’un sporangiophore.

Cycle de reproduction de Rhizopus : Lorsque le sporange éclate,

les sporangiospores sont dispersées et si elles tombent sur un milieu
propice elles germeront pour former une nouvelle moisissure.
 Reproduction
sexuée

Les spores sexuées des zygomycètes sont des zygospores.

Deux cellules semblables fusionnent leur paroi et forment un
tube de fécondation appelé zygosporange. Ce tube permet la
rencontre des deux noyaux, qui est suivi par la production de
grosses spores limitées par une paroi épaisse de couleur
foncée. Le zygospore forme un zygote qui produit un nouveau
sporange lequel laissera échapper de nouvelle spores.
 Classification
Phylum :
Zygomycotes
Classe : Classe :
Zygomycètes Trichomycetes

1. Classe : Zygomycetes

Les zygomycetes comprennent trois ordres principaux , les

Mucorales, les Endogonales, Les entomophtorales , celui des
Zoupagales se restrient à des parasites de nématodes et d’amibes.
1. 1. Ordres des Mucorales

Ordre de champignons inférieurs portant des filaments

mycéliens, et qui peuvent provoquer des mycoses pulmonaires,
cérébrales ou cutanées très graves.
Ces champignons vivent en saprophytes sur des matières
organique variées, d’origine animale ou végétale , dans le sol , il
collaborent avec les bactéries à la formation de l’humus .
Leur croissance rapide , le grand nombre de spores émises leur
permettent de monopoliser les ressource nutritives avant les
autres espèces avec lesquelles . Elles entreraient en compétition:
les mucorales sont parmi les moisissures les plus éfficaces de la
biosphèère.

Rhizopus nigricans , moisissures commune à la surface des

aliments amylacés (pain…).
1. 2. Ordres des Entomophthorales

Les Entomophotorales (200espèces) , sont des moisissures parasites,

elle s’attaquent à des algues , des insectes et de petits animaux,
Certianes peuvent provoquer des mycoses chez les l’homme .
Certaines Entomophthorales sont des destructeurs d’insectes très
efficaces : Entompphthora muscae provoque la mort des mouches
en automne , E.conglomerata et E. tetrasperma parasitent les
moustiques ou les chenilles de papillons et pourraient être utilisés
pour leur élimination.

1. 3. Ordres des

Les Endogonales ( une centaine d’espèces ). Endomycorhiziennes,

sont des moisissures primitives ; elles jouent un rôle
déterminant dans l’équilibre de nombreux biotopes .
Les zygospores sont enveloppées de filaments mycéliens agrégés
formant un organe souterrain, ressemblant à une petite truffe
2. Classe : Trichomycetes

Les trichomycetes ( 180 espèces) , moisissures à

thalle filamenteux, que certains caractères
rapprochent des Entomophthorales , sont
champignons d’intérét pratique secondaire que l’on
rencontre sur la peau et le tube digestif des
Arhtropodes .
 Ascomycota

Les ascomycètes (Ascomycota) constituent un vaste

embranchement des Mycètes, caractérisés par des spores formées
à l'intérieur d'asques.
Parmi les ascomycètes, on trouve de nombreuses espèces
utiles à l'Homme comme les levures utilisées en boulangerie,
brasserie et vinification, des champignons bien connus des
mycologues amateurs comme les morilles, les pézizes, les truffes,
et des lichens. Ce groupe comporte également de nombreuses
moisissures et des champignons phytopathogènes des plantes
cultivées.
 Ecologie
• Les Ascomycètes sont beaucoup répandus dans l'ensemble des types
d'environnement, le sol, les eaux douces et marines, la matière
organique en décomposition...

• D'autre part, la distribution des espèces individuels est

particulièrement variable : certaines espèces sont présentes sur
l'ensemble des continents, alors que d'autres sont présentes dans des
régions isolées, comme la Truffe Tuber magnatum rencontrée
en France et en Italie.

• Les Ascomycètes jouent un rôle central dans énormément

d'écodispositifs. Saprophytes, ils sont des décomposeurs importants qui
dégradent une grande variété de matière organique. Ils absorbent en
particulier des débris de matières végétales. En décomposant des
substances comme la cellulose ou la lignine, ils prennent une place
importante dans le cycle du carbone et le cycle de l'azote.
• Certains Ascomycètes, comme les Truffes et
les Morilles peuvent former avec les racines de certains
végétaux des associations mutualistes de type mycorhizes.

• Les Ascomycètes marins peuvent vivre en association avec

des Plantes ou des Algues marines.

• Il existe aussi un certains nombres d'espèces d'Ascomycètes

qui sont pathogènes pour les humains comme Candida
albicans ou des Aspergillus.

• D'autres espèces ont une énorme importance en

agroalimentaire : les Penicillium participent à l'affinage de
nombreux fromage, Saccharomyces cerevisiæ participent à
la fabrication dupain, de la bière et du vin. Penicillium
notatum produit la pénicilline.
 Reproduction

La reproduction des ascomycètes fait

intervenir des mécanismes très variables
selon les espèces. Elle peut être sexuée ou
asexuée
 Reproduction
asexuée

La multiplication asexuée est prédominante

chez les ascomycètes. Elle est responsable de
l’expansion rapide de ces champignons .Elle est
réalisée par des conidiospores ou conidies .
Les conidiospores peuvent être dispersés par le
vent, l’eau ou des animaux
 Reproduction
sexuée

La reproduction sexuée des ascomycètes fait

intervenir une structure caractéristiques , les
asques qui sont des sporocystes spécialisés, à
l’intérieur de ces asques , les spores sexuées
sont produites à la suite d’une méiose .

O n les appelle les ascospores ; pour les

différencier des conidiospores asexuées
 Classification

• La classification des ascomycètes est

assez complexe et très fluctuante. Les
récentes études de biologie moléculaire
portant sur ces champignons ont remis en
cause certaines classifications fondées sur
des caractères morphologiques et
biochimiques.
• La classification d'Alexopoulos et al., essentiellement fondée sur
la morphologie de l'ascocarpe en partie complétée par des
données moléculaires (Alexopoulos et al., 1996).

• La classification d'Ainsworth et al. (1973) fondée sur la

morphologie des asques puis celle de l'ascocarpe.

• La classification de Luttrell, fondée sur les asques.

• Classification phylogénétique

Les analyses phylogénétiques montrent que le phylum des

Ascomycota est un assemblage de trois lignées indépendantes :
lesTaphrinomycotina, les Saccharomycotina, et
les Pezizomycotina.
 S/Ph .1. Taphrinomycotina
Les traphrinomycotina (anciennement
archiascomycètes) forment un groupe
d'ascomycètes primitifs comportant peu d'espèces
(quelques dizaines) mais possédant des biologies
très variées.

Existent deux types morphologiques des asques nue

et une croissance unicellulaire ( levure) ou un
ascocarpe rudimentaire et une croissance
mycélienne
 Cl .1. Taphrinomycetes
• Ces champignons sont des
parasites de plantes. Dans la
nature, on les rencontre dans les
feuilles sous forme de mycélium
dicaryotique
 Cl.2. Schizosaccharomycetes
Ces organismes sont des levures
saprophytes qui se divisent par fission. Un
membre célèbre est la
levure Schizosaccharomyces pombe :
C'est cette levure qui est utilisée en Afrique
pour faire la bière.
Maintenant, elle est utilisée dans de nombreux
laboratoires de recherche, elle sert en
particulier de modèle pour l'étude du cycle
cellulaire.
 Cl.3.Neolectomycetes
Ces organismes forment des
fructifications pluricellulaires.
Il existe 3 espèces de Neolectomycetes
appartenant au même genre: Neolecta.
Les Neolecta sont probablement des
champignons mycorhiziens.
 S/PH.2.Saccharomycotina

Ou Saccharomycètes, Hemiascomycètes -
Champignons essentiellement levuriforme
rarement filamenteux, à multiplication
végétative par bourgeonnement. Des
bourgeonnements successifs peuvent, dans
certains, cas aboutir à des pseudomycéliums.
Les asques, isolés, résultent de la fusion de
deux cellules.
.
 Cl.1.Saccharomycetes
– Un seul ordre : Saccharomycétales.
Beaucoup se développent à la surface des végétaux,
en particulier des fruits, utilisant les exsudats sucrés,
telle l’espèce bien connue : Saccharomyces cerevisiae,
la levure de Bière domestiquée depuis des siècles

– Certains vivent en relation avec les animaux, et nous

sommes directement concernés par Candida albicans,
hôte fréquent de nos muqueuses qui peut devenir
pathogène (muguet).
A signaler aussi les Eremothecium, filamenteux,
parasites des végétaux dont une espèce, E. gossypii,
dangereuse pour le coton.
 S/PH.3. Pezizomycotina
Les pezizomycotina (anciennement euascomycètes)
représentent le groupe d'ascomycète très majoritaire
avec plusieurs dizaines de milliers d'espèces décrites.

Ces champignons ont envahi la plupart des milieux

: eaux, sols, intestins et excréments des herbivores, où
ils vivent en saprophytes,. Une bonne partie d'entre
eux
(environ 50 %!) vit en association avec des algues
pour former les lichens.

 sont des parasites/symbiotes de plantes ou

d'animaux.
 Classification
Précédemment, la classification de ces champignons reposait sur
la structure de la fructification et celle des asques. On distinguait
en particulier
(1) les apothécies qui sont des fructifications ouvertes,
caractéristiques des discomycètes (les truffes étant des variant de
ce type qui restaient fermées),

(2) les périthèces qui sont des fructifications fermées (mais

souvent avec un ostiole), caractéristiques des pyrenomycètes,

(3) les cleistothèces, des fructifications, fermées comme les

périthèces, mais dépourvues d'ostiole et dans lesquelles les asques
ne sont pas ordonnés, caractéristiques des plectomycètes.
 apothécie périthèce

truffe Cléistothèce
 Cl.1. Orbiliomycetes

 Organismes saprophytes ou « prédateurs »

principalement des sols.

 Les cycles sont mal connus. Les téléomorphes

sont rarement observés et ont des fructifications de
type apothécie.

 Les anamorphes sont plus connus

: Drechslerella capture des nématodes et autres
petits animaux via des hyphes spéciaux en forme
de collets
A: réseau d'hyphes adhésifs; B:
blob adhésif (AK) et anneau non
constrictif (NCR); C: colonne
adhésive formée de plusieurs
cellules; D: anneau constrictif
Drechslerella capturant un nématode
pezize

morille

Truffe
Dans ce groupe se trouvent surtout des
saprophytes mais quelques espèces forment des
ectomycorhizes comme la truffe avec le chêne (et
quelques autres arbres

D'autres espèces sont associées avec des

végétaux sans que l'on sache clairement les
relations qu'ils entretiennent. Par exemple, les
morilles sont saprophytes mais semblent pouvoir
dans certains cas engager des mycorhizes.
 Cl.2. Lecanoromycetes

Majoritairement des lichens avec des

fructifications de type apothécie.

La majorité des lichens connus

appartiennent à ce groupe.

Quelques espèces sont des

saprophytes.
Xanthoria parietina

Peltigera horizontalis

Cladonia coccifera
 Cl.3. Eurotiomycetes
Regroupent des champignons avec des
types d’ascocarpes bien différents. D’une
part ceux correspondent aux anciens
Plectomycètes. Leurs asques ont une
paroi fine, évanescente et sont dispersés
sans ordre apparent dans l’ascocarpe du
type cleistothèque ou à paroi très diffuse.
D’autre part des ascocarpes de type
périthèce, s’ouvrant par une ostiole.
 Cl.’.Sordariomycetes
Cette lignée contient de nombreuses espèces saprophytes ou
parasites et dont les fructifications
sont des périthèces sensus stricto qui mesure environ 1mm.
Ces périthèces ne se forment qu'après la fécondation du
gamète femelle par un gamète mâle, même si chez certaines
espèces, le gamète femelle est constitué de l'ascogone entouré
d'une première couche de cellule protectrice (protopérithèce).
Ceux-ci peuvent ne pas avoir d'ostiole ou être groupé dans un
stroma de grande taille comme chez les Xylaria:
C'est dans ce groupe que l'on trouve les champignons
qui sont très utilisés pour faire l'analyse génétique des tétrades
ordonnées : Sordaria, Neurospora et Podospora .
 Périthèce sur crottin de cheval

Périthèce en transparence
Hypocreopsis rhododendri sur branche mort.

Cordyceps capitata sur Elaphomyces

 Cl.5.Laboulbeniomycetes

Champignons très curieux par leur mode de

vie en ectoparasites d’arthropodes. Leur
place dans la classification reste encore à
déterminer exactement. Une seule chose est
certaine, ce sont bien des Ascomycètes.
Chez certains il existe des individu mâles et
femelles séparés, cas très rare chez les
Ascomycètes. Deux ordres ,
Pyxidophorales et Laboulbeniales.
Herpomyces sp. micrograph
BASIDIOMYCOTA
Les basidiomycètes est caractérisé par l’existence
d’un sporocyste spécialisé « la baside » (du grec
basis= base, idios= particulier) donnant naissance
à des spores exogènes, les basidiospores .

Alors que chez les Ascomycètes , les ascopspores se

forment à l’intérieur du sporocyste ou asque ,chez
les Basidiomycètes , les spores se différencient
extérieurement à l’extrémité de filaments courts
appelés Stérigmates
Différents types de basides. 1 : Holobaside d’Agaricale. 2 : Holobaside
réduite de Calocera. 3 : Hétérobaside deTulasnella avec épibasides. 4 :
Hétérobaside de Tremella incomplétement divisée. 5 : Phragmobaside
d’Auricularia. 6 : Phragmobasides de Puccinia issues d’une téliospore
(probaside)
 Cycle de développement
Le cycle de développement diffère sensiblement de celui des ascomycota

Reproduction asexuée

Le cycle de reproduction peut être

asexué ou végétatif.
Des spores asexuées (appelées conidies)
se forment à partir des filaments
mycéliens par simple multiplication
cellulaire. La reproduction asexuée
joue cependant un rôle plus secondaire
que chez les Ascomycètes
 Reproduction sexuée

La reproduction sexuée ne se réalise plus avec des organes

sexuellement différenciés comme dans le cas des Ascomycètes. Il y a
une simple fusion entre deux cellules morphologiquement
indifférenciées appartenant à deux filaments voisins. Cette fusion, à
l'origine du mycélium secondaire, ne concerne que
les cytoplasmes des cellules. C’est la plasmogamie. Plus tard, la fusion
des deux noyaux parentaux a lieu dans les basides. C’est
la caryogamie qui correspond au passage de
l’état haploïde (n chromosomes) à l’état diploïde (2 n chromosomes).
Après la formation des noyaux diploïdes, les processus
de méiose permettent le passage de l’état diploïde (2n) à l’état
haploïde (n). Les noyaux migrent à l’extrémité des basides et sont
distribués dans les basidiospores. Le nombre de noyaux dans les
basidiospores est variable. Les basidiospores sont ensuite émises dans
le milieu extérieur grâce à une augmentation de la turgescence de la
baside mûre.
 La classification
Les résultats récents sur les ultrastructures (en particulier
les pores intercellulaires) et en biologie moléculaires ont
permis de dégager trois grands ensembles. Une première
divergence sépare les Uredinomycotina de tous les autres
Basidiomycètes. La deuxième branche se subdivise elle
même en deux, les Ustilaginomycotina d’une part, les
Agaricomycotina de l’autre.
S/PH .1. Pucciniomycotina= Uredinomycotina
Plus de 8000 espèces décrites, dont la majeure
partie appartient à l’ordre des Pucciniales (les
Rouilles des végétaux). En dehors des
phytoparasites, il existe aussi des mycoparasitisme,
des parasites d’insectes et des saprotrophes.
Certaines espèces sont levuriformes, la présence de
basidiocarpes est exceptionnelle.

Cl.1. PUCCINIOMYCETES (Urédinomycetes)

Ce sont tous des parasites, ils possèdent

une phragmobaside le plus souvent issue
d’une téliospore.

Puccinia sp. sur Clematis

Cl.2. CYSTOBASIDIOMYCETES,
CL.3.AGARICOSTILBOMYCETES

Ces classes réunissent essentiellement des

champignons totalement ou partiellement
levuriformes.
S/PH.2. Ustilaginomycotina

Réunissent près de 1500 espèces de

parasites des végétaux. Beaucoup
possèdent des téliospores et une phase
haploïde levuriforme.
CL.1. USTILAGINOMYCETES
Ce sont les « Charbons » dont l’importance
économique est loin d’être négligeable, charbon
du blé (Ustilago tritici), du maïs (Ustilago maydis )
par exemple. Leur sporulation constitue des amas
(sores) de téliospores de couleur foncée. Ces
spores sont libérées par éclatement des tissus de
l’hôte. Leur germination donne une
phragmobaside. Ustilago maidis

2. EXOBASIDIOMYCETES
Se différencie des précédents par la présence
d’une holobaside. On y trouve des
champignons produisant ou non des
téliospores Exobasidium rhododendri
CL. 3. ENTORRHIZOMYCETES

Groupe très réduit (un seul genre, Entorrhiza)

qui se distingue par des téliospores se
différenciant à l’intérieur des cellules vivantes
dans les tissus des racines de l’hôte .

Ces téliospores germent sans donner de baside

extérieure mais en se cloisonnant.

Leur rattachement traditionnel aux

Ustilaginomycotina, basé sur leur parasitisme.
S/PH. 3. Agaricomycotina
Ils comprennent le tiers des espèces décrites de champignons et
l’énorme majorité de celles qui intéressent le plus les mycologues
amateurs.

En tant que mycorhiziens ils contribuent à la croissance et au maintien

d’une grande partie des forêts mondiales et par là à la production de
biomasse, bois en particulier.
Leur classification traditionnelle basée sur la structure de la baside
(hétéro ou holobaside), le type de basidiocarpe... a été profondément
bouleversée.

Les recherches phylogénétiques basées aujourd’hui non plus sur un seul

mais sur plusieurs fragment de génome donnent des résultats
relativement solides.
 Cl.1. TREMELLOMYCETES

C’est la classe qui paraît la plus proche de la souche commune des

Basidiomycota. Les basides sont tétracellulaires avec des cloisons
plus ou moins complètes disposées longitudinalement ou obliquement
(voir figure basides n°4). Les basidiocarpes (quand ils sont présents)
sont gélatineux. La phase haploïde est levuriforme.
•Trémellales :sont typiquement représentées par l’espèce
commune Tremella mesenterica, saprotrophe sur bois mort.
Beaucoup d’espèces bien moins spectaculaires sont des
mycoparasites d’autres Basidiomycètes.
•Filobasidiales: ne produisent pas de basidiocarpe. Ces
champignons sont surtout connus par leurs formes
levures :Cryptococcus. L’une d’elle, C. neoformans, est un pathogène
humain, très dangereux pour les immunodéficients.
 Cl.2. DACRYMYCETES
Petit ensemble de d’espèces à basidiocarpes gélatineux de faible taille.
La baside est unicellulaire prolongée de deux longs stérigmates qui lui
donnent un aspect fourchu (voir figure basides n°2), holobaside,
hétérobaside . Ce sont des décomposeurs de cellulose (pourritures
brunes).
Un seul ordre, Dacrymycétales, exemples : Dacrymyces, Calocera.

Cl.3. AGARICOMYCETES
Parmi toute une série d’ordres dont les relations ne sont pas encore bien
clairement définies se détachent deux ensembles auxquels on donne le
rang de sous-classes, les Agaricomycétidées et les Phallomycétidées.
Restent un certain nombre d’ordres pour lesquels il est encore difficile
d’assigner une place exacte dans une phylogénie générale. Un ensemble
se trouve près de la racine des Agaricomycètes. Ce sont d’une part des
hétérobasidiés, Sébacinales et Auriculariales et d’autre part des
holobasidiées, Cantharellales.
3
1. Utilisation des moisissures
1.1. Les principales phases de la croissance des moisissures
1. Phase de latence : le taux de croissance nul (µ = 0). La durée
de cette phase dépend de l’âge des champignons et de la
composition du milieu. C’est le temps nécessaire pour synthétiser
les enzymes adaptées au nouveau substrat (pas de phase de latence
si repiquage sur milieu identique au précédent)..

***Phase d’accélération : il se produit une augmentation de la

vitesse de croissance

3.Croissance exponentielle : le taux de croissance atteint un

maximum (µ=max). Cette phase dure tant que la vitesse de
croissance est constante. Le temps de doublement des champignons
est le plus court. La masse cellulaire est représentée par des
cellules viables (mortalité nulle).
3.Phase de ralentissement : la vitesse de croissance régresse. Il y
a un épuisement du milieu de culture et une accumulation des
déchets. Il existe un début d’autolyse des champignons

4. Phase maximale stationnaire : le taux de croissance devient nul

(µ = 0). Les champignons qui se multiplient compensent celles qui
meurent. Il se produit une modification de l’expression des gènes.

5.Phase de déclin : le taux de croissance est négatif (µ < 0). Toutes

les ressources nutritives sont épuisées. Il y a accumulation de
métabolites toxiques. Il se produit une diminution d’organismes
viables et une lyse cellulaire sous l’action des enzymes
protéolytiques endogènes. Cependant, il persiste une croissance par
libération de substances libérées lors de la lyse (croissance
cryptique). La mort cellulaire est caractérisée par l’absence de
réplication irréversible.
1 . 2 . Croissance in vitro (milieux liquide et solide)

Les champignons peuvent être cultivées en milieux

liquide, solide et semi-liquide. Les milieux liquides sont
utilisés pour la culture de champignons pures.

Les milieux solides ou semi-solides, à base d’agar, sont

utilisés pour l’isolement des champignons.

Dans ces milieux, ont été ajoutés des nutriments

favorisants la croissance des champignons étudiées.
 1 . 3 . Développement et Différenciation

De la cellule isolée au filament ramifié, telle est l'évolution que

suivent de nombreux organismes (Bactéries, Actinomycétes, Algues
et Champignons).

Le développement d'un thalle de champignon est fonction de la

croissance en longueur des hyphes, de leur pouvoir de ramification et
de la différenciation des filaments mycéliens.

L'allongement est strictement apical. Il est souvent difficile de

distinguer une vraie croissance d'un sympode ((tronc ou rhizome qui
croît par développement de bourgeons latéraux)) (Podospora
anserina, Neurospora crassa).
La synthèse des protéines conditionne la naissance et la croissance
des rameaux latéraux. Ceci a pu être démontré chez les
champignons aquatiques (Saprolegnia, Achlya), chez les
Ascomycètes (Podospora anserina) et les Basidiomycètes
(Rhizoctonia solani).

Le rôle de certaines enzymes modifiant la structure de la paroi

semble capital au moment de la formation des branches latérales.
1 . 4 . Production de métabolite
1 . 4 . 1. Métabolites Primaires
les métabolites primaires, composés nécessaires aux
fonctions vitales de l’organisme ; par exp. alcool ,
acides organiques , les acides aminée, etc…

1 . 4 . 2. Métabolites Secondaires
les métabolites secondaires tels que les alcaloïdes ou
les terpènes, qui n’ont pas de fonctions vitales ; par
exp. mycotoxines , antibiotiques, etc…
 1 . 5 . Utilisation dans l’élaboration des produits laitiers

Les fromages sont des produits complexes élaborés à partir

du caillé du lait, obtenu par l'action de la présure sur la lait
frais. Interviennent dans la fabrication de nombreux
microorganismes : – des bactéries lactiques et d'autres
En fromagerie

bactéries pour les arômes. – des Geotricum candidum – des

Pénicillium comme :
➢ P. camembertii qui utilise l'acide lactique et donc
désacidifie et libère des enzymes intervenant dans la
fabrication d'arômes.
➢ P. roquefortii des fromages bleus qui grâce à des
enzymes protéolytiques et lipolytiques modifie
considérablement le goût du fromage originel. Il est ajouté
au départ et l'aération du fromage par piqûre suffit à assurer
son développement.
1 . 6 . Champignons comestibles

Beaucoup de grands Basidiomycètes charnus (Bolets, Lactaires ,

une parite des Amanites …) et quelque Ascomycètes (Morilles ,
Truffe) sont comestibles; mais ils ont recherchés pour leur
saveur et aucun n’a de valeur nutritive importante.
On y trouve en effet surtout de l’eau ( environ 90% du poids
frais dans le champignons de couche , un peu moins dans les
Cèpes) et assimilables ; celle en lipides est les glucides des
parois cellulaires (Principalement callose et chitine) que notre
tube digestif ne digère pas; leur teneur en protide (2 à 4 ou5%)
est faible, et de même celle en glucides celle en lipides est
presque nulle (0.3%).
Le seul Champignon commercialisé sur grande échelle est le
champignons de couche ou champignon de Paris (Pasalliota
campestris)
 1. Utilisation des levures
2.1. Production de bière

La synthèse de l'éthanol biologique est

essentiellement le fruit de l'action des levures
(Sacharomyces).

Les vins de grande qualité subissent l'action

successive de plusieurs dans la levures provenant de
l'environnement de vinification (grain de raisin,
fabrication du matériel utilisé, cave...).
2.2. Fermentation panaire

L’objectif de la fermentation panaire est de permette aux

pâtes boulangères (pains, pizza, viennoiseries, …) de se
développer. Lorsque la pâte est dans une ambiance
chaude (30-40°C), sous l’action de la levure de
boulangerie, une fermentation alcoolique se produit. Du
gaz carbonique se dégage.
Les bulles de CO2produites modifient la structure de la
pâte (réorganisation du réseau glutineux). La pâte devient
plus élastique, son volume augmente, son goût se modifie
et ses arômes se développent
1. Champignons producteurs de métabolites

Origine Site

Isolement Milieu de culture

Test antimicrobien

Sélection des souches productrices des métabolites

Fermentation (Bioréacteurs)

Production des métabolites Extraction

Application et utilisation thérapeutique

 Application et utilisation thérapeutique

Le premier antibiotique, la pénicilline, est le fruit d'un champignon

Pénicillium notatum... (industriellement : Pénicillium chrysogenum
pour le noyau bétalactamine, Cephalosporum pour les
céphalosporines.. ). Ajoutons la cyclosporine très important
immunosuppresseur utilisé pour les greffes. De nombreuses
protéines issues du génie génétique sont auiourd'hui fabriquées par
des levures. C'est le cas du vaccin contre I'hépatite B. L'avantage
des levures réside dans leur nature eucaryote pour la synthèse des
protéines et la facilité de leur culture par rapport aux cellules
animales en culture.
4
 1.Candidose

Les champignons (levures) du genre Candida peuvent

provoquer des infections superficielles touchant les
muqueuses et la peau et des infections viscérales : elles
peuvent se limiter à un organe ou disséminer à travers
l’organisme. Parmi les 200 espèces de Candida connues,
une vingtaine est responsable d’infections humaines.
Les levures Candida sont souvent responsables
d’infections graves, survenant dans un contexte
nosocomial.
 1.1. Facteurs favorisants des candidoses
A . Facteurs intrinsèques (liés à l'hôte)
Les facteurs liés à l’hôte sont multiples. Ils peuvent être physiologiques
(Nouveau-né, vieillard, grossesse), locaux (transpiration, macération,
irritations…) ou liés au terrain du patient (diabète, immunodépression
en particulier au cours de l’infection à VIH, d’une hémopathie maligne
ou d’un cancer…).
B. Facteurs extrinsèques (iatrogènes)
Les facteurs iatrogènes sont également très divers et comprennent
l’usage de corticoïdes, immunosuppresseurs, l’antibiothérapie à large
spectre et les antiseptiques, la toxicomanie intraveineuse, les gestes
chirurgicaux (chirurgie digestive, cardiaque) ; la transplantation
d’organes ou bien encore la pose de dispositifs intravasculaires
(cathéters veineux centraux notamment)….
1.2 .Diagnostic biologique

Il repose sur l'examen direct, la culture et l'étude

des réactions immunologiques de l'hôte (à
l'exception des atteintes superficielles pour
lesquelles les sérologies n'ont pas d'intérêt). Tous les
échantillons biologiques doivent être prélevés dans
des récipients stériles et acheminés rapidement au
laboratoire. Le prélèvement doit être accompagné
d’un minimum de renseignements cliniques.
 1.3.Traitement et prévention

Dans les hôpitaux, on suit divers protocoles pour réduire le

risque de candidose; entre autres, on accorde plus d’attention
au lavage des mains et on limite l’usage des antibiotiques aux
cas où ils sont essentiels (car les antibiotiques augmentent le
risque de candidose).

Certains ont recommandé d’administrer des antifongiques à

titre préventif aux personnes hospitalisées qui sont à risque
particulièrement élevé de développer une candidose, au lieu
d’attendre que la maladie apparaisse avant de la traiter.
 2. Dermatophytes

• Les Dermatophytes constituent un groupe de

champignons adaptée à la kératine humaine et
animale
• Chez l’homme , la peau et les phanères (ongles,
cheveux, poils) sont les sites privilégié de ces
champignons qualifiés de kératinophiles et
kératinolytiques
2.1.Conduite du diagnostic mycologique

L’examen mycologique est un outil indispensable dans le

diagnostic d’une dermatomycose, qu’elle soit superficielle
ou sous-cutanée, mais il doit être réalisé dans de bonnes
conditions. Il comporte plusieurs étapes :

Un interrogatoire et une prise de connaissance du dossier

du patient ;
Examen en lumière ultraviolette si celui-ci est utile ;
Prélèvement ;
Examen direct ;
Culture ;
Interprétation des résultats.
 2.1 .Traitement et prévention

La dermatophytose n'est pas une maladie de peau qui

peut se contenter d'un auto-diagnostic.
En effet, on pense parfois à tort que l'on a telle ou telle
maladie de peau, mais le diagnostic est erroné et par
conséquent, le traitement n'est pas adapté.
Les mycoses ne sont pas dangereuses dans la majeure
partie des cas, mais elles nécessitent un traitement qui
peut s'avérer long. Toutefois, il permettra d'éliminer le
processus de prolifération et saura vous éviter tout
problème de contamination.
Pour faire le diagnostic de la maladie et vous conseiller le
traitement approprié (traitement antifongique local et
parfois traitement oral simultané),
1. Champignons Phytopathogènes

Eucaryotes hétérotrophes, parasites

obligatoires ou facultatifs;

 Environ 10 000 espèces phytopathogènes ;

Responsables de 90% des maladies des

plantes
3. Etapes de développement d’un champignon Phytopathogènes

Conservation: dans les feuilles, bois morts, le sol,

 Pollution: les spores parviennent au contact de l’hôte,

 Contamination: les spores germent et le mycélium pénètre à

l’intérieur de la plante,

 Incubation: phase de latence pendant laquelle le mycélium se

développe sans qu’apparaissent de symptômes observable à la
surface de la plante,

 Apparition des symptômes: dégâts visibles,

 Reproduction et dissémination: formation des organes de

fructification, puis sporulation.
1. 1.Champignons de stockages

Les moisissures sont l'ennemi le plus

difficile à reconnaitre dans les céréales
stockées car elles sont beaucoup moins
visibles que les deux autres grands fléaux :
les insectes et les rats. Cependant les spores
de moisissures sont présentes partout ! Ces
spores très fines sont disséminées par le
vent et les insectes et il est impossible
d'empècher leur pénétration dans la zone de
stockage.
Au stade initial de l'infection, les signes de moisissures
(décoloration, changement de texture, présence de
corps fructifères verts, bleus, gris blanc ou noirs
(fungus) et odeur de moisi) ne sont pas toujours très
clairs.

Les moisissures se développent le mieux dans une

atmosphère chaude et humide.

Les moisissures peuvent survivre pendant une période

assez longue.
On comprend alors pourquoi un séchage
préliminaire du produit stocké combiné à
une conservation au sec sont les meilleures
mesures préventives contre les moisissures.

Les produits chimiques ne sont pas

nécessaires tant que le produit est séché de
façon adéquate et que l'eau et l'air humide
n'entrent pas dans le local de stockage
2. Les mycotoxines

Composé toxique produit par des Champignons ,

 métabolites secondaires zootoxiques synthétisées par

certaines espèces de champignons

2.1. Importance sanitaire actuelle

Toxicité aiguë chez les animaux

Accident toxique
Toxicité chronique en élevage
Diminution des performances
Toxicité à long terme chez l’homme
Cancer
2.1. Importance économique

Développement incontrôlé des moisissures

Altération de l’aspect des aliments
Altération des qualités organoleptiques
Perte de 5 à 10% des récoltes mondiales
Accumulation de composés toxiques
Contamination de 25% des céréales
Conséquences économiques
Conséquences humaines
Tableau: Moisissures et mycotoxines d’importance mondiale
Espèce de moisissure Mycotoxines engendrées
Aspergillus parasiticus Aflatoxines B1, B2, G1, G2
Aspergillus flavus Aflatoxines B1, B2
Fusarium Toxine T-2
sporotrichioides
Fusarium graminearum Déoxynivalénol (ou
nivalénol)
Zéaralénone

Fusarium moniliforme (F. Fumonisine B1

verticillioides)
Penicillium verrucosum Ochratoxine A
Aspergillus ochraceus Ochratoxine A