Fermentari
Fermentari
Fermentari
Les organismes qui effectuent la glycolyse en conditions anaérobies ont développé des systèmes
simples pour réoxyder le NADH formé dans le cytosol. Ainsi, la glycolyse se maintient
indéfiniment.
2. les levures
• le NADH est réoxydé lors de la formation de l'éthanol (catalysée par l'alcool déshydrogénase).
• par ailleurs, les levures sont parmi les rares organismes qui possèdent une pyruvate
décarboxylase.
Cette voie s'appelle la fermentation alcoolique. C'est ainsi que les brasseurs font la bière.
Qu'il s'agisse de la fermentation lactique ou de la fermentation alcoolique, la radioactivité se retrouve
sur le C3, respectivement du lactate et de l'éthanol.
Respiration cellulaire
1. Respiration cellulaire aérobie
○ Glycolyse
○ Cycle de Krebs
3. Fermentation
4. Sites intéressants
Toutes les cellules doivent produire de l'énergie pour subvenir à leurs besoins. Pour y arriver, elles dégradent des composés organiques.
Les réactions cataboliques libèrent de l'énergie que les cellules emmagasinent dans l'ATP (Adénosine TriPhosphate). La production d'ATP
à partir de molécules organiques se nomme respiration cellulaire. Il y a deux types de respiration cellulaire: celle qui requiert la présence
d'oxygène (respiration cellulaire aérobie) et celle qui n'en requiert pas (respiration cellulaire anaérobie). Par ailleurs, certaines cellules
peuvent faire de la fermentation. Durant ce processus, différent de la respiration cellulaire, la cellule produit un peu d'ATP. Nous allons
tout d'abord étudier la respiration cellulaire aérobie.
1. Respiration cellulaire aérobie
Elle se fait en 3 étapes: A) la glycolyse, B) le cycle de Krebs et C) la chaîne de transport d'électrons et la chimiosmose.
A) Glycolyse
La glycolyse a lieu dans le cytoplasme. La cellule dégrade d'abord le glucose en 2 molécules de PGAL (phosphoglycéraldéhyde). Durant
cette phase, la cellule doit utiliser 2 ATP (qu'elle possède déjà); on dit donc que c'est la phase d'investissement d'énergie. Puis, les 2
PGAL sont transformés en 2 molécules de pyruvate. Durant cette deuxième phase, les réactions libèrent de l'énergie qui sert à former de
l'ATP. Comme l'ATP est formé directement durant ces réactions et non par une chaîne de transporteurs d'électrons, on nomme ce
phénomène phosphorylation au niveau du substrat.
Figure 1: Glycolyse
Le bilan énergétique net de la glycolyse est 2 ATP et 2 NADH + 2H+ / glucose.
Fonctionnement du NAD+
B) Cycle de Krebs
Une fois les pyruvates formés, ils se dirigent
dans la mitochondrie où ils seront d'abord
transformés en acétyl-CoA (réaction
intermédiaire), engendrant la formation de
NADH + H+. Chaque molécule d'acétyl-CoA
est ensuite liée à une molécule d'oxaloacétate
appartenant au cycle de Krebs. Cette réaction
donne naissance à une molécule de citrate.
Puis le citrate, par diverses transformations,
redonnera de l'oxaloacétate. Le
fonctionnement du cycle de Krebs repose sur
le même principe que le cycle de Calvin (déjà
vu dans la photosynthèse). Pour chaque tour
du cycle de Krebs, une molécule d'ATP est
formée, ainsi que 3 NADH + 3H+ et 1 FADH2.
Le bilan énergétique net du cycle de Krebs, incluant la réaction intermédiaire, est 1 ATP, 4NADH + 4H+ et 1 FADH2 / tour de cycle. Il faut
toutefois noter que chaque molécule de glucose donne 2 pyruvate; il faut donc 2 tours de cycle de Krebs pour dégrader une molécule de
glucose. Le bilan énergétique sera donc 2 ATP , 8 NADH + 8H+ et 2 FADH2 / glucose.
3. Fermentation
Supposons que la cellule aérobie se trouve momentanément sans oxygène. Ses besoins en ATP ne diminuent pas pour autant. Il faut
donc qu'elle continue de fabriquer de l'ATP. Toutefois, en absence d'oxygène, la chaîne de transporteurs d'électrons est bloquée. Les
NADH + H+ ainsi que les FADH2 ne peuvent plus céder leurs électrons aux transporteurs. Comme ils prennent habituellement des
électrons du cycle de Krebs pour les apporter à la chaîne de transport, le cycle de Krebs s'en trouvera paralysé lui aussi. La seule façon,
pour ces cellules, d'obtenir de l'ATP est de faire la glycolyse. Toutefois, lors de la glycolyse, les NAD+ du cytoplasme sont réduits en
NADH + H+. Pour que la glycolyse continue à se faire, il faut oxyder les NADH + H+ en NAD+. C'est là qu'intervient la fermentation. Elle
transforme les pyruvates en divers composés, selon les enzymes présentes dans la cellule. Ces réactions ont besoin d'électrons que la
cellule ira chercher dans le NADH + H+, libérant le NAD+ qui pourra à nouveau être utilisé dans la glycolyse.
Figure 4: Fermentation alcoolique
Figure 5: Fermentation lactique
Les Levures et les Bactéries sont capables de faire les deux types de fermentation. Notez que les cellules musculaires humaines
produisent de l'ATP par fermentation lactique responsable des douleurs après un exercice exigeant.
1. Du végétal à un sucre
« fermentescible»
Il existe à ce jour trois méthodes pour transformer le végétal en glucose. Les deux
premières méthodes sont déjà employées industriellement alors que la troisième est pour le
moment à l’état expérimental. (Figure 1)
La première, utilise les plantes sucrières (canne à sucre et betterave sucrière) qui
contiennent un sucre simple comme par exemple du saccharose et sont donc directement
utilisable pour la fermentation. (Figure 2)
La seconde, utilise les matières amylacées telles que les graines et les
réserves des plantes. Après avoir subi une hydrolyse enzymatique, le glucose
apparaît. (Figure 3)
La troisième utilise la totalité des plantes ce qui permet d’éviter le plus de pertes
possible. Les végétaux réduits en bouillie sont hydrolysés par des champignons
microscopiques, qui transforment la cellulose en glucose. (Figure 4)
Figure 1 :
a) Départ d’une matière sucrière
Figure 2 :
b) Départ d’une matière amylacée
L’obtention de sucres à partir de matières amylacées s’effectue en deux étapes. La
première consiste à extraire l’amidon des végétaux amylacés, la seconde est la
transformation de cette solution en sucres fermentescibles.
Lors de la première étape, une distinction est faite selon que l’on parte des graines ou des
réserves de la plante. On appelle respectivement mouture sèche et mouture humide les
broyats de ces deux différentes approches.
(Figure 3)
Pour obtenir une solution d’amidon en partant d’une mouture sèche, on rajoute de l’eau et on
mélange. Cette solution est appelée maische.
En partant de mouture humide, il suffit de rajouter de l’eau, d’extraire les résidus pour obtenir
la solution d’amidon.
Figure 3 :
Figure 4 :
c) Départ d’une matière cellulosique
Figure 5 :
Figure 6 :
2. La fermentation alcoolique :
la transformation du sucre en alcool
Tout d’abord les cellules sont placées dans un milieu anaérobie, c'est-à-dire sans oxygène.
Ainsi ne pouvant plus réaliser une respiration pour obtenir de l’énergie, ces cellules vont
chercher à l’obtenir grâce au glucose provenant de l’extérieur. On fournit donc à ces cellules
un milieu riche en matière nutritive : glucose ou sucres fermentescibles. Les levures vont
donc fabriquer des enzymes à l’intérieur de leur cytoplasme qui vont leur permettre de
réaliser deux réactions enzymatiques aboutissant à la création d’éthanol et de CO2.
Il s’agit pour la première d’une glycolyse qui permet à la cellule d’obtenir de l’énergie sous forme d’ATP
ainsi que deux pyruvates. Ceux-ci lors d’une seconde réaction sont transformés en CO2 et en éthanol qui
sont évacués de la cellule. (Figure 7)
Figure 7 :
De façon plus générale, on peut dire que la réaction catalysée est :
C6H12O6 ==> 2 C2H5OH + 2 CO2 + H2O + 25,4 kcal
a) La glycolyse
• ces réactions sont couplées à des synthèses d’ATP, par phosphorylation de l’ADP
grâce à l’ion hydrogène phosphate également appelé phosphate inorganique. Il y a
formation de quatre molécules d’ATP, mais consommation de deux, soit une formation
au total de deux molécules d’ATP :
2 ADP + 2 HPO42− ==> 2 ATP + 2 H2O
La glycolyse se traduit par la réduction de coenzymes, elle s’accompagne de l’oxydation de molécules
organiques. On peut dire qu’elle correspond à l’oxydation du glucose en pyruvate de formule CH3-CO-
COOH.
L’équation bilan de la glycolyse est donc :
C6H12O6 + 2 ADP + 2 HPO42− + 2 NAD+ ==>2 CH3-CO-COOH + 2 ATP + 2 (NADH,H+) + 2 H2O
b) Transformation des pyruvates en éthanol
Pour que la réaction puisse de nouveau avoir lieu, il faut que les deux NADH,H+ retrouvent
leur forme initiale de NAD+, pour cela, les deux pyruvates sont transformés en deux
molécules de CO2 et en deux molécules d’éthanol : la pyruvate décarboxylase et l'alcool
déshydrogénase permettent ces transformations.
La transformation s’effectue en deux temps, tout d’abord avec la rupture du squelette
carboné du pyruvate catalysé par la pyruvate décarboxylase:
CH3COCOO- ==> CH3CHO + CO2
Puis dans un deuxième temps avec une réaction d’oxydo-réduction catalysée quant à elle par
l'alcool déshydrogénase utilisant le NAD+ comme coenzyme :
CH3CHO + NADH ==> CH3CH2OH + NAD+
L’éthanol et le CO2 vont pouvoir ensuite sortir de la cellule et être récupérés.
Le bilan de la dégradation du glucose en éthanol est donc :
Glucose + 2 ADP + 2 HPO42− ==> 2 éthanol (CH3CH2OH) + 2 CO2 + 2 ATP
La fermentation des différents sucres permet au final d’obtenir un mélange d’eau et d’éthanol
dans lequel la concentration en éthanol est assez faible. On réalise donc une distillation suivie
d’une déshydratation ce qui permet d’isoler l’éthanol de l’eau et des résidus. (Figure 8)
Pour illustrer ce propos, nous avons réalisé une expérience de fermentation alcoolique qui est
présentée dans l’annexe, à la fin de ce dossier.
Figure 8 :
C) La fermentation alcoolique
La fermentation est le processus qui permet au raisin de devenir du vin. Cette
transformation se fait à l'aide de levures, Saccharomyces cerevisiae ellipsoidus
ou " levures de bière de forme ellipsoïde ", qui transforment en alcool et en gaz
carbonique le sucre contenu dans le moût. Ceci se fait selon l'équation de Gay-
Lussac, ci-dessous :
L'acide pyruvique qui est alors apparu est décarboxylé sous forme d'aldéhyde
acétique (ou acétaldéhyde ou éthanal), lui-même réduit en alcool éthylique.
Cette réaction est réalisée par la forme réduite du NAD qui apparaît au cours
de l'oxydation du glycéraldéhyde-3 phosphate. Les deux réactions
correspondantes sont donc couplées ; elles constituent une oxydoréduction. On
comprend alors la nécessité de la rédooxydation de NADH2 ; s'il n'en était pas
ainsi, la glycolyse dès que tout le NAD présent dans la cellule aurait été réduit.
Formation de butanediol-2,3 :
Ces deux corps sont donc formés à partir d'éthanal ou acétaldéhyde. Ces
équations décrivent globalement la formation des produits secondaires mais ne
tiennent toutefois pas compte des produits intermédiaires.
D) La fermentation malolactique
Une molécule d'acide citrique donne 1,2 à 1,5 molécules d'acide acétique, une
très petite quantité d'acide lactique et 0,2 à 0,3 molécule de corps acétoïniques
(butanediol-2,3 et acétoïne). Le mécanisme commence par la rupture de l'acide
citrique en acide oxaloacétique et acide acétique. Le premier est ensuite
décarboxylé en acide pyruvique qui est lui-même à l'origine de l'acide lactique
d'une part et des corps acétoïniques d'autre part. Cet acide pyruvique peut
former également de l'acide acétique, par l'intermédiaire de l'acétylcoenzyme,
avec production d'une molécule de CO2 ou éventuellement d'acide formique.
PRINCIPE DE LA VINIFICATION
3) Reduction
La molécule d'éthanal, en fixant de l'hydrogène (H2), donne l'éthanol (CH3CH2OH)
La température
La température joue un rôle important sur la vitesse de fermentation car elle en affecte
les agents responsables, les levures. À une température de 20°C, leur prolifération
s'accélère pour passer par un maximum vers 30°C, elles transforment alors 10 % de
plus en sucre pour une augmentation de l°C. Pour chaque écart de température de
IO°C, la vitesse est doublée. Plus les levures travaillent vite, moins le rendement sucre-
alcool est grand car les levures donnent, alors beaucoup de produits secondaires et
elles risquent d'arrêter leur activité plus tôt. Au-dessous de 10°C, les levures sont
incapables de se multiplier et au-dessus de 35°C, leur activité diminue rapidement, la
fermentation risque alors de s'arrêter. C'est pourquoi tout doit être mis en oeuvre, lors
de la cuvaison, pour que la température du moût ne s'élève jamais à ce niveau.
La fermentation est une réaction exothermique, il y a donc un dégagement de chaleur,
en supposant que la chaleur spécifique du moût soit égale à 1 c'est-à-dire qu'il y a
élévation de température de 1°C pour chaque 1g de substance. Lors de la fermentation
d'une vendange contenant 10° en puissance, l'augmentation de température devrait
atteindre 13°C, soit 1,3°C par degré d'alcool.
En vinification en blanc :
- une diminution de la richesse et de la finesse de
l'arôme,
- une altération de la couleur.
En vinification en rouge :
- l'altération du bouquet,
- l'apparition du goût amer ou herbacé,
- par contre, il y a une meilleure diffusion de la couleur et
des tanins.
Cependant, à température plus basse, on compensera
par une durée plus longue de cuvaison. On peut voir au
tableau 3.1 qu'il existe pour toute vinification une
température optimale.
Tableau 3.1
Température de fermentation pour les principales
classes de vins
La densité
Progressivement, au cours de la fermentation, le sucre se transforme en alcool et la
densité (g/litre) du moût diminue pour atteindre 1,000, la densité de l'eau, et finalement
atteindre celle du vin, 0,992 à 0,996.
La mesure se fait à l'aide d'un densimètre dans une éprouvette, en tenant compte de la
température du moût. Avant le début de la fermentation, il n'y a pas encore d'alcool et
seul le sucre a une influence sur la densité.
Connaissant la densité de départ du moût avant le début de la fermentation, on peut
trouver sa teneur en sucre et son pourcentage en alcool. Le tableau 3.2 permet de faire
ces relations.
- la vendange sera :
moins acide,
plus riche en sucre,
moins saine.
Tableau 3.2
La dose de SO2 utilisée selon le type de vendange
Vinification en rouge
vendange saine et froide 3g/hl
vendange altérée à l'état sanitaire moyen 5g/hl
vendange altérée 6 à 8g/hl
Vinification en rosé : 3g/hl
Vinification en liquoreux : 3 à 5 g/hl
Le levurage
Dans un moût sulfité adéquatement, c'est-à-dire à dose convenable et non stérilisante,
la fermentation alcoolique débute spontanément de façon plus ou moins rapide grâce
aux ferments présents sur les raisins. Pendant la vinification, la fermentation peut
ralentir, voire s'arrêter, pour diverses raisons :
- des températures élevées ;
- le taux d'alcool devenu important combiné à de basses températures, peut nuire à
Fraction des levures.
Dans ces cas, on peut accélérer l'action des levures par l'opération du levurage.
Le levurage consiste à ajouter dans la cuve des levures sélectionnées et en pleine
activité, afin que celles-ci se multiplient dans la masse du moût et démarrent ou
relancent la fermentation alcoolique. Il y a deux sortes de levures sélectionnées, soit
des levures indigènes (une petite quantité de raisins très sains est alors foulée et
éraflée, puis laissée à elle-même afin de fermenter) et des levures de commerce qui
peuvent être soit des levures lyophilisées, congelées puis desséchées sous vide, soit
des levures sèches actives qui sont réutilisables après une hydratation. Le levurage
permet un démarrage rapide de la fermentation et une régularité de celle-ci, ainsi que
l'implantation d'une espèce de levure recherchée pour ses qualités.
Fermentation malolactique :
COOH-CH2-CHOH-COOH C02 + CH3-CHOH-COOH
Acide malique + Acide lactique
La température
Elle influence :
La vitesse de multiplication des bactéries ; la vitesse de réaction ;
la température optimum qui est de l'ordre de 20°C.
Le S02
Les bactéries sont sensibles à toute forme de S02. Le vinifîcateur qui veut provoquer la
F.M.L. dans les vins doit donc limiter les doses de sulfitage.
L'aération
Les bactéries lactiques exigent un milieu réducteur. L'oxygène inhibe leur action, le
CO2 la favorise. Cependant, quelques espèces sont aérophiles ; elles s'accommodent
d'une faible présence d'oxygène dans le milieu.
Le bilan énergétique de la fermentation alcoolique est identique à celui de la glycolyse, soit 2 ATP formés pour une molécule de
sucre dégradée. Le bilan de la fermentation de la levure s’écrit :
C6H12O6 + 2 ADP + 2 H3PO4 => 2 CH3-CH2OH + 2 CO2 + 2 ATP + 2 H2O
Sur le plan énergétique, la variation d’énergie libre de la transformation chimique d’une molécule de glucose en CO2 et éthanol est
de –40 kcal ; l’énergie de formation d’une liaison ATP étant de 7,3 kcal, sur les 40 kcal libérés 14,6 sont utilisés par les cellules de
levure pour assurer leurs fonctions vitales, en particulier leur multiplication. La différence, soit 25,4 kcal, est libérée sous forme de
chaleur et provoque l’échauffement des cuves de vinification. C’est pour cela que les vignerons doivent utiliser des dispositifs de
refroidissement lors de la fermentation alcoolique. En effet, une température excessive peut provoquer une perte des arômes du
vin ou encore, plus simplement, l’arrêt de la fermentation car les levures sécrètent, au-dessus de 32°, des toxiques qu’elles ne
supportent pas.
Comme décrit plus haut, de nombreux éléments secondaires sont issus de l’intervention des levures. Ainsi, la fermentation de 180
g de sucres de raisin donne les produits suivants :
-gaz carbonique CO2 83,6 g
-alcool éthylique CH3-CH2OH 87,4 g
-alcools supérieurs 0,4 g
-glycérol CH2OH-CHOH-CH2OH 6 g
-2,3-butanediol CH3-CHOH-CHOH-CH3 0,5 g
-acide succinique COOH-CH2-CH2-COOH 0,8 g
-acide lactique CH3CHOH-COOH 0,3 g
-acétaldéhyde CH3-CHO 0,1 g
-cellules de levures 1 g
Le moût de raisin contient entre 150 et 250 g/l de sucres fermentescibles. Le degré d’alcool se détermine comme cela ; 1° d’alcool
pour 17 g/l de sucres pour les vins blancs et 1° pour 18 g/l pour les vins rouges. Ainsi, un moût contenant 150 g/l de sucres
donnera un vin ayant un taux d’alcool d’environ 8°. A l’opposé, d’un moût contenant 250 g/l de sucres résultera un vin titrant à
environ 14°. Pour cette raison, un vin ne dépassera naturellement jamais les 14° voire les 15° au maximum. Les vins dépassant ce
degré d’alcool sont donc obtenus par ajout d’alcool.
La fermentation est un phénomène utilisé depuis très longtemps. Il a toutefois fallut attendre 1857 pour que Pasteur démontre que
la fermentation était due à des organismes vivants (les levures) et non simplement à la volonté de Dieu.
2.3.3.1 Formations d’alcools supérieurs
Le jus de raisin contient environ 2 g/l de substances azotées constituées principalement par des acides aminés et des protéines.
Elles sont utilisées en partie pour la croissance des levures. Pendant leur croissance, ces dernières produisent un remaniement
profond des acides aminés qui se produit par la production d’alcools supérieurs.
Nous allons donner comme exemple de biosynthèse des alcools supérieurs à partir d’acides aminés, la formation de tyrosol à partir
de tyrosine :
La biosynthèse de certains alcools supérieurs se fait toutefois sans l’intervention d’acides aminés. Voici comme exemple le
processus de formation d’alcool n-propylique ou propanol-1 :
Il résulte donc de l’intervention des organismes la présence d’alcools supérieurs dans le vin. Certains de ces alcools sont
perceptibles et peuvent donc influencer le goût du vin. La production d’alcools supérieurs dépend de la souche de levure et des
conditions de milieux et d’aération.
2.3.3.2 La formation de glycérol
Il se produit ce qu’on appelle la fermentation glycéropyruvique. Il s’agit de la dégradation de sucres en acide pyruvique et en
glycérol. L’équation s’écrit alors :
C6H12O6 => CH2OH-CHOH-CH2OH + CH3-CO-COOH
Le sucre se décompose tout d’abord en glycéraldéhyde-3 phosphate et en dihydroxyacétone phosphate. La glycéraldéhyde-3
phosphate se transforme ensuite en acide phospho-3 glycérique puis, par glycolyse, en acide pyruvique. Le dihydroxyacétone
phosphate, quant à lui, se transforme en glycéro-3 phosphate puis en glycérol selon l’équation suivante (lors de cette
transformation, des molécules de H2O se transforment en H3PO4).
2.3.3.3 Formation de corps secondaires
Comme décrit auparavant, il y a de nombreux corps secondaires qui se forment lors de la fermentation. Nous allons ici présenter
de façon simplifiée la formation de certains de ces corps, soit de l’acide succinique et du butanediol-2,3
Formation d’acide succinique :
5 CH3-CHO + 2 H2O => COOH-CH2-CH2-COOH + 3 CH3-CH2OH
Formation de butanediol-2,3 :
CH3-CHO + CH3CH2OH => CH3-CHOH-CHOH-CH3
Ces deux corps sont donc formés à partir d’éthanal ou acétaldéhyde. Ces équations décrivent globalement la formation des
produits secondaires mais ne tiennent toutefois pas compte des produits intermédiaires.
2.3.4 La fermentation malolactique
Il s’agit de la dégradation de l’acide malique en acide lactique et en gaz carbonique sous l’action de bactéries spéciales. Cette
fermentation a donc pour résultat la désacidification biologique du vin, puisque le taux d’acide malique se trouve réduit. Ainsi, ce
processus, si il est bien contrôlé, est utile pour les vins verts, c’est à dire les vins provenant de vendanges pas suffisamment mûres
qui contiennent donc un taux d’acide trop élevé, comme en Suisse ou en Alsace. On en profite même pour mettre certains vins en
bouteille juste après le phénomène afin qu’ils gardent conservent un très léger pétillement dû au gaz carbonique ( Gaillac perlé,
Crépy, vins du Valais, vins verts du Portugal).
Cette fermentation malolactique sert également à stabiliser le vin. Après la fermentation principale, lorsque les sucres ont
disparus, l’acide malique restant est le principal facteur d’instabilité car il peut être fermenté par les bactéries. C’est pour cette
raison qu’on cherche à provoquer cette fermentation avant la commercialisation du vin. Cette opération n’est toutefois pas utilisée
partout de façon volontaire. En effet, effectuée sur un vin ayant une acidité normale, elle serait nuisible au bouquet. D’autre part,
le vigneron doit faire attention à ce que cette fermentation ne fasse pas naître dans le vin une saveur d’acide lactique qui serait
perceptible lors de la dégustation.
Globalement, l’équation chimique pourrait s’écrire comme suit :
COOH-CH2-CHOH-COOH => CO2 + CH3-CHOH-COOH
acide malique acide lactique
Mais en réalité les mécanismes biochimiques qui interviennent dans cette transformation ne sont pas définitivement élucidés. On
connaît depuis longtemps deux enzymes, la malicodéshydrogénase et l’enzyme malique, qui possèdent la propriété de dégrader
l’acide malique.
Si l’intervention dans la fermentation malolactique , de la malicodéshydrogénase a toujours été exclue, on a supposé pendant
longtemps que l’enzyme malique était impliquée dans cette fermentation, ce qui suppose le passage par l’acide pyruvique et
l’intervention de la lacticodéshydrogénase puisque cette enzyme malique assure exclusivement la transformation de l’acide
malique en acide pyruvique. Etudiant cette question, PEYNAUD et LAFON-LAFOURCADE (1970) ont fait remarquer que les
bactéries lactiques du vin possèdent le plus généralement les deux lacticodéshydrogénases puisque, dans la fermentation des
sucres, elles sont capables de réduire l’acide pyruvique simultanément en acides D (-) lactique et L (+) lactique. Or la fermentation
malolactique conduit exclusivement à l’acide L (+) lactique ; ces faits indiquent que l’acide pyruvique n’est pas un intermédiaire
ou tout au moins que les lacticodéshyrogénases ne sont pas impliquées dans la fermentation malolactique, ce n’est donc pas cette
enzyme malique qui est responsable de la fermentation malolactique.
Plus récemment, il a été démontré l’existence d’une autre enzyme agissant dans cette réaction (LONVAUD 1975).Cette enzyme
étant hélas moins bien connue, il ne nous a pas été possible de trouver une formule ni un autre nom que " enzyme malolactique ".
Cette enzyme est très active en milieu acide est n’est pas inhibée en présence d’une grande quantité de glucose. Elle transforme
directement l’acide malique en acide lactique. Les étapes intermédiaires éventuelles ne sont actuellement pas connues. Il est
possible qu’il s’agisse d’une simple décarboxylation, bien que ce soit une réaction peu fréquente en biochimie à partir d’un acide
hydroxylé. Il a également été formulé comme hypothèse (RIBEREAU-GAYON, PEYNAUD et SUDRAUD 1975) que l’acide
pyruvique est un intermédiaire mais qu’il reste fixé sur la surface protéinique de l’enzyme où il est réduit en acide lactique par
l’enzyme malolactique elle-même. La non-intervention des lacticodéshydrogénases serait donc expliquée ainsi que la
stéréospécificité de la réaction, donc la production exclusive d’acide L(+) lactique.
On sait que la réaction de transformation de l’acide malique en acide lactique ne libère pas d’énergie utilisable chimiquement. Elle
ne sert donc aux cellules bactériennes ni à la croissance ni à la reproduction. Ce n’est donc pas une véritable fermentation. Cette
réaction ne peut donc être expliquée qu’en admettant l’utilisation d’autres éléments du vin par les bactéries.
2.3.4.1 Dégradation de l’acide citrique
Les bactéries lactiques dégrade l’acide citrique en formant de l’acidité volatile. Cette dégradation se fait souvent en
accompagnement de la fermentation malolactique.
Une molécule d’acide citrique donne 1,2 à 1,5 molécules d’acide acétique, une très petite quantité d’acide lactique et 0,2 à 0,3
molécule de corps acétoïniques (butanediol-2,3 et acétoïne). Le mécanisme commence par la rupture de l’acide citrique en acide
oxaloacétique et acide acétique. Le premier est ensuite décarboxylé en acide pyruvique qui est lui-même à l’origine de l’acide
lactique d’une part et des corps acétoïniques d’autre part. Cet acide pyruvique peut former également de l’acide acétique, par
l’intermédiaire de l’acétylcoenzyme, avec production d’une molécule de CO2 ou éventuellement d’acide formique.
La glycolyse
1. Historique et généralités.
2. Représentation cyclique de Haworth du glucose
3. Les sources de glucose : glycogène, amidon et d. La réaction catalysée par la
saccharose phosphoglycérate mutase
4. Les réactions du tronçon hexoses de la glycolyse e. La réaction catalysée par l'énolase
a. La réaction catalysée par l'hexokinase ou la f. La réaction catalysée par la pyruvate kinase
glucokinase 6. Bilan de la glycolyse
b. La réaction catalysée par la glucose 6-phosphate 7. Le devenir du pyruvate en anaérobiose
isomérase
a. La fermentation alcoolique par les levures
c. La réaction catalysée par la
b. La voie homofermentaire ou voie
phosphofructokinase-1
homolactique
d. La réaction catalysée par l'aldolase
c. Le cycle des Cori
5. Les réactions du tronçon trioses de la glycolyse
8. Particularité de la glycolyse chez les végétaux
a. La réaction catalysée par la triose phosphate
a. Localisation cellulaire
isomérase
b. Enzymes supplémentaires
b. La réaction catalysée par la glycéraldéhyde 3-
phosphate déshydrogénase 9. Liens Internet et références bibliographiques
c. La réaction catalysée par la phosphoglycérate
kinase
1. Historique et généralités.
Pendant l'été 1897, la doctrine du vitalisme fut ébranlée par une expérience qui allait inuagurer
l'ère de la biochimie.
Un chimiste allemand, Martin Hahn, tentait d'isoler des protéines de levure (Saccharomyces cerevisiae)
en broyant ces levures dans un mortier avec du sable fin et de terre de diatomées. Cependant, cette
préparation d'extrait de levures se conservait mal.
Se souvenant que le sucre permet de conserver les fruits, un des ses collègues, Hans Buchner, proposa
d'ajouter du saccarose à l'extrait de levure.
Cette idée fut mise à l'épreuve par Eduard Buchner (frère de Hans) qui observa que l'adjonction de
sucre entraînait la formation de bulles dans le mélange. Eduard Buchner conclut à la fermentation,
processus décrit par Louis Pasteur comme "la vie à l'abris de l'air".
En publiant ses observations, Eduard Buchner concluait : "la complexité de la levure n'est pas
indispensable au déroulement de ce processus. Le ferment actif du jus n'est probablement qu'une
substance dissoute, sans aucun doute une protéine : nous la baptiserons zymase".
Pour cette découverte, Eduard Buchner reçut le Prix Nobel en 1907.
La préparation d'extraits de cellules ouvrit la voie à de nombreuses découvertes parmi lesquelles la
préparation et la purification d'enzymes.
On sait maintenant que la "zymase" des extraits de levures est en fait un mélange d'enzymes dont
l'ensemble catalyse les réactions de la glycolyse. Par ailleurs, Fritz Lipmann (Prix Nobel en 1953) et
Herman Kalchar ont établi, en 1941 le rôle énergétique de l'ATP.
C'est ainsi que la glycolyse a été la première voie métabolique élucidée et c'est probablement la
mieux connue.
Cette voie métabolique (du grec "glykys" - sucré et "lysis" - dissolution) est une suite de réactions
enzymatiques qui transforme 1 molécule de glucose en 2 molécules de pyruvate.
Cette conversion s'accompagne de la production nette de 2 molécules d'ATP.
La voie glycolytique se déroule dans le cytoplasme et pratiquement toutes les cellules la possède. Pour
certaines cellules, c'est même la seule source d'ATP.
La glycolyse peut être schématiquement divisée en deux tronçons :
• le tronçon hexoses qui consomme 2 molécules d'ATP.
• le tronçon trioses qui forment 4 molécules d'ATP.
• le bilan net en ATP étant bien la formation de 2 molécules d'ATP.
Remarques :
• La glycolyse "classique" est appelée voie de Embden-Meyerhof-Parnas.
• Un petit nombre de bactéries anaérobies catabolisent le glucose en pyruvate via une toute autre série
de réactions : la voie Entner - Doudoroff qui aboutit à une formation nette de 1 molécule d'ATP.
• Certaines réactions de la glycolyse ont lieu aussi dans le cycle de Calvin, dans les chloroplastes.
Le glucose est le "fuel" énergétique essentiel d'une grande Réaction de combustion complète
majorité d'organismes. du glucose :
Au laboratoire, la quantité de châleur que dégage la combustion C6H12O6 + 6 O2 ---> 6 H2O + 6
complète du glucose solide est de - 673 kcal/mol. Il y a 6 moles de
CO2
gaz du côté des réactifs et il y a 6 moles de gaz du côté des
produits, donc ∆ n = 0. De ce fait, la variation du volume est solide gaz liquide
nulle, et le produit PdV l'est également. gaz
En conséquence, la variation d'énergie interne du système ∆ U n'est autre que la châleur dégagée (∆ U = Q),
c'est-à-dire - 673 kcal pour chaque mole de glucose.
Le signe négatif indique que cette châleur est cédée par le système et elle sert, entre autre, à former
de l'ATP qui est le "réservoir énergétique de la cellule" et à déplacer des métabolites d'un
compartiment cellulaire à un autre.
a. Le glycogène
C'est un
polysaccharide
car il est
composé de
plus de 20
unités d'oses.
Le glycogène
est constitué :
• de
chaînes
de
résidus
glucose
reliées
par une
liaison
α -1,4
• ces
chaînes
sont
reliées
entre
elles par
des
branche
ments
α -1,6
Les résidus
glucose du
glycogène sont
clivés par la
glycogène
phosphorylase à
partir de
l'extrémité non
réductrice du
glycogène.
Il existe 3 isoformes
d'hexokinase (E.C. 2.7.1.1).
C'est une enzyme de
102.000 Daltons chez les
organismes
multicellulaires et environ
50.000 Daltons chez les
bactéries.
L'hexokinase catalyse la
phosphorylation de
certains autres hexoses : le
D-fructose et le D-
mannose.
La glucokinase est l'isoforme
IV de l'hexokinase que l'on
trouve dans le foie. C'est un
monomère de 465 acides
aminés d'environ 50.000
Daltons.
Cette réaction consomme 1 molécule d'ATP par molécule de glucose. C'est donc une réaction trés
exergonique, donc irréversible :
• dans les conditions standard : ∆ G°' = - 4,0 kcal.mol-1
• dans la cellule : ∆ G' = - 8,0 kcal.mol-1
Dans les conditions standard : ∆ G°' = + 0,4 kcal.mol-1. C'est une réaction qui se déroule au voisinage
de l'équilibre dans la cellule, soit ∆ G' = # 0 kcal.mol-1.
Cette enzyme
phosphoryle une
seconde fois le
fructose 6-
phosphate pour
former le fructose
1,6-bisphosphate.
La
phosphofructokinase
-1 est l'enzyme clé
de la régulation du
flux global de la
glycolyse (avec la
pyruvate kinase) et
aussi du
métabolisme
énergétique de
manière générale,
en concert avec un
certain nombre
d'autres enzymes
comme la protéine
kinase activée par
l'AMP ("5'-AMP-
activated protein
kinase") ou AMPK.
Cette réaction consomme 1 molécule d'ATP par molécule de glucose. C'est donc une réaction trés
exergonique, donc irréversible : ∆ G°' = - 3,4 kcal.mol-1 et ∆ G' = - 5,3 kcal.mol-1.
L'aldolase scinde le
fructose 1,6-
bisphosphate en 2
trioses :
• un aldose, le
glycéraldéhy
de 3-
phosphate
• un cétose, la
dihydroxyac
étone
phosphate
Les aldolases des mammifères et des végétaux supérieurs contiennent 2 acides aminés essentiels pour le
mécanisme : une lysine et une cystéine. La lysine forme une base de Schiff (voir le mécanisme catalytique).
Les aldolases des micro-organismes suivent un autre mécanisme qui met en jeu un cation métalique.
Dans les conditions standard : ∆ G°' = + 5,7 kcal.mol-1. C'est une réaction qui se déroule au voisinage
de l'équilibre dans la cellule, soit ∆ G' = # 0 kcal.mol-1.
Chez les vertébrés, il existe 3 isoenzymes (aldolase de type A dans le muscle, aldolase de type B dans
le foie , aldolase de type C dans le cerveau).
Chez le lapin, l'aldolase est un tétramère de 160.000 Daltons (364 acides aminés pour la sous-unité).
Dans la cellule on trouve : [fructose 1,6 bisphosphate] >> 2 [trioses].
Il y a un investissement énergétique initial de 2 molécules d'ATP par molécule de glucose. Ceci peut
sembler paradoxal pour une voie métabolique qui génère de l'énergie sous forme d'ATP.
Mais cet investissement énergétique est rentable. En effet, les deux carbones à l'extrémité de la chaîne
du glucose (C1 et C6) sont phosphorylés, ainsi, les 2 trioses le sont également.
Remarque : en regard du rôle central de la glycolyse dans le métabolisme général, on peut se
demander quelle "stratégie la vie aurait mise en place" si 1 seul carbone était phosphorylé ou si les
carbones [1 - 2] ou [1 - 3] ou [4 - 6] ou [5 - 6] l'étaient.
Dans les conditions standard : ∆ G°' = + 1,8 kcal.mol-1. C'est une réaction qui se déroule au voisinage
de l'équilibre dans la cellule, soit ∆ G' = # 0 kcal.mol-1.
La réaction se déroule en 5 étapes faisant intervenir, entre autre, le groupe sulfhydryle d'une
cystéine, groupe ionisé par une histidine qui joue le rôle de base générale.
Dans les conditions standard : ∆ G°' = + 1,5 kcal.mol-1.
C'est une réaction qui se déroule au voisinage de l'équilibre dans la cellule, soit ∆ G' = # 0 kcal.mol-1.
Cependant, elle génère une liaison à haut potentiel énergétique (liaison anhydride d'acide ou acyl
phosphate au niveau du C1 - ∆ G0'hydrolyse = - 11,8 kcal.mol-1) contenue dans le 1,3
-bisphosphoglycérate.
Cette énergie sera utilisée dans la réaction suivante pour la synthèse d'une molécule d'ATP (liaison
phosphoanhydride).
La glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase est un dimère, un homotétramère ou un
hétérotétramère. Chez l'homme, la sous-unité a une masse molaire 36.000 Daltons (335 acides
aminés).
Il existe au moins 4 isoenzymes : phosphorylante à NAD+ / phosphorylante à NADP+ / non
phosphorylante à NAD+ / non phosphorylante à NADP+
Cette enzyme est impliquée dans d'autres processus cellulaires : l'activation de la transcription,
l'initiation de l'apoptose et la migration de vésicules du réticulum endoplasmique vers l'appareil de
Golgi.
Dans les conditions standard : ∆ G°' = + 1,1 kcal.mol-1. C'est une réaction qui se déroule au voisinage
de l'équilibre dans la cellule, soit ∆ G' = # 0 kcal.mol-1.
Chez les mammifères, il existe 2 isoenzymes : la phosphoglycérate mutase de type M dans le muscle et
de type B dans les autres tissus.
La phosphoglycérate mutase est un monomère, un dimère ou un tétramère. La sous-unité a une masse
molaire de 32.000 Daltons (254 acides aminés).
6. Bilan de la glycolyse
M. A. ∆ ∆
Enzyme E.C. [E] Sact CoF substrat(s) produit(s) [M]
M. A. G°' G'
fructose 1,6-
phosphofructokin 2.7.1.1 34, 32 homotétram - fructose 6- G3P :
- 3,4 bisphosphate +
ase-1 1 8 0 ère 5,3 phosphate + ATP 80
ADP
lysin
e/
base glycéraldéhyde 3-
4.1.2.1 36 + fructose 1,6- phosphate +
aldolase 160 810 tétramère de #0 DHAP
3 4 Schif 5,7 bisphosphate dihydroxyacétone : 160
f phosphate
ou
Zn2+
82 homo- /
4.2.1.1 43 + 2- phosphoénolpyru PEP :
énolase à 540 hétérodimèr Mg2+ #0
1 4 0,4 phosphoglycérate vate 64
100 e
Les liens hypertexte renvoient vers des données contenues dans la base de données "Expasy - Uniprot". On y
trouve une trés grande quantité d'informations sur la ou les fonction(s) des enzymes, leur structure, leur
régulation, leur localisation cellulaire et les processus biologiques dans lesquels elles sont impliquées.
Au cours de la
fermentation
alcoolique, le
pyruvate est
d'abord
décarboxylé en
acétaldéhyde et
CO2 par la
pyruvate
décarboxylase
(EC 4.1.1.1).
La pyruvate
décarboxylase
utilise deux
cofacteurs : la
thiamine
pyrophosphate et
l'ion
magnesium
(deux de chaque
sont requis pou
la réaction).
C'est un
homodimère ou
un
homotétramère
(60.000 Daltons
et 563 acides
aminés par
sous-unité).
Les levures sont
parmi les rares
organismes à
possèder la
pyruvate
décarboxylase.
C'est ainsi que les
brasseurs font la
bière.
L'acétaldéhyde est ensuite réduit en éthanol par l'alcool déshydrogénase (EC 1.1.1.1). Au cours de
cette réaction, le NADH est réoxydé en NAD+ qui retourne dans la glycolyse au niveau de la réaction
catalysée par la glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase.
L'alcool déshydrogénase utilise l'ion zinc comme cofacteur et elle est présente chez quasiment tous les
organismes :
• chez la levure, c'est un homotétramère (348 acides aminés par sous-unité).
• chez l'homme c'est un homo- ou un hétérodimère (375 acides aminés par sous-unité).
Le foie
métabolise le
pyruvate :
• une
partie
est
oxydée
via le
cycle de
Krebs
• une
autre
partie
est
transam
inée en
alanine
pour la
synthès
e de Source : CHUPS - Pitié salpètrière
protéine
s
• le
pyruvat
e du foie
peut
aussi
être
reconve
rti en
glucose
via la
néogluco
génèse
Le foie est le
principal
pourvoyeur de
glucose aux
muscles,
notamment
pour la
contraction
musculaire.
Cette synergie
entre organes
où le foie
reçoit des
muscles du
lactate et du
pyruvate et
renvoie du
glucose aux
muscles
s'appelle le
cycle des Cori.
Ce cycle ne peut
durer
indéfiniment
car il y a une
consommation
nette de 4
molécules
d'ATP.
Le cycle des Cori vient du nom du couple de biochimistes qui ont contribué à son élucidation, Carl et Gerty
Cori (Prix Nobel en 1947 pour leur description du métabolisme du glycogène).
b. Enzymes supplémentaires
Tronçon hexoses
(Figure de gauche) :
• la
pyrophosphat
e inorganique
(PPi) -
phosphofruct
okinase
catalyse la
conversion du
fructose 6-
phosphate en
fructose 1,6-
bisphosphate.
Elle duplique
donc l'action
de la
phosphofruct
okinase-1.
Tronçon trioses
(Figure de droite) :
• la
glycéraldéhyd
e 3-
phosphate
déshydrogéna
se (GAPDH)
NADP
dépendante
catalyse la
conversion
directe du
glycéraldéhyd
e 3-phosphate
en 3-
phosphoglycé
rate. Elle
pourrait
jouer un rôle
dans le cas
d'une carence
en phosphate
inorganique
(Pi).
• la
phosphoénolpy
ruvate (PEP)
-
phosphatase
catalyse la
conversion du
phospho -
énolpyruvate
en pyruvate.
Elle duplique
donc l'action
de la pyruvate
kinase. Elle
pourrait
jouer un rôle
dans le cas
d'une carence
en phosphate.
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