CHAPITRE 1 : DIVERSITE DU MONDE MICROBIEN ET PHYSIOLOGIE BACTERIENNE

I- De la notion de microbe à celle de bactérie

Le terme ‘’Microbe’’ se rapporte à l’ensemble des êtres vivants dont l’observation ne

peut être faite à l’œil nue et dont les cellules ne sont pas différenciées ni assemblés en tissu. La
plupart sont unicellulaires ou de structure coenocytique. Selon la nouvelle classification des
êtres vivants en 5 règnes les microorganismes sont repartis sur trois règnes : les Procaryotes,
les protistes Eucaryotes et les mycètes.

NB : les algues et les champignons comprennent des espèces pluricellulaires de dimension

macroscopique.

TABLEAU DE CLASSIFICATION DES ETRES VIVANTS.

Règne Procaryotes Protistes eucaryotes Mycètes Animaux végétaux

Principaux Bactéries Algues Levures –
groupes Protozoaires moisissures-
champignons vrais
Types Procaryote Eucaryote Eucaryote Eucaryote Eucaryote
Organisation Unicellulaires Unicellaires, Unicellulaires, pluricellulaires pluricellulaires
biologique pluricellulaires, pluricellulaires
(algues coenocytiques
macroscopique)
taille microscopiques microscopiques Microscopiques macroscopiques
macroscopiques

A l’examen de l’ultrastructure des microorganismes, on s’aperçoit que deux groupes peuvent

être nettement différenciés :

- Les microorganismes eucaryotes dont l’organisation est proche de celle des végétaux
ou des animaux. Dans cet ensemble sont classés : les champions, les protozoaires et les
algues ;
- Les Microorganismes procaryotes, dont l’organisation cellulaire est plus rudimentaire,
rassemblent la totalité des bactéries
- Les virus sont des organismes acellulaires. Ils doivent être considérés à part.

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 II- PHYSIOLOGIE BACTERIENNE
A) Nutrition/notion de milieu de culture

Lorsqu’on introduit un petit nombre de bactérie dans un milieu liquide neuf, ce dernier
s’il est placé dans les bonnes conditions d’incubation, se trouble en quelques heures. Un
dénombrement microbien montrerait que sont formés des milliards des bactéries identiques.
Une cellule bactérie se multiplie en effet toutes les 20 minutes (E. coli par exemple), parfois
moins.

Comme toute cellule, la bactérie est constituée de :

- D’un nombre important de petites molécules : les oses, les acides aminés ; les acides
organiques, les ions minéraux, constituants « un pool » cytoplasmique sorte de réserve des
matériaux disponible pour les synthèses.

- D’un nombre restreint (mais quantitativement prépondérant) des molécules polymère qui sont
les protéines, les polyosides, les lipides, les acides nucléiques, résultant de l’assemblage de
petites molécules et représentant les véritables « molécules des vies ».

1. notion de nutriment et de milieu minimum

La plupart des substances organique du pool cytoplasmique sont des constituants des
polymères en attentes d’intégration. Les bactéries peuvent les obtenir de deux façons :

- En les prélevant directement dans leur environnement (si ce dernier le fournit)

- En les synthétisant à partir d’autres nutriments

On définit donc comme nutriment, une substance que la bactérie puise dans son
environnement et est capable d’utiliser avec ou sans transformation pour produire ses
constituants.

Parmi les nutriments apportés par un milieu de culture, certains sont indispensable : s’ils ne
sont pas fournis, les bactéries ne peuvent pas se développer.

Un Milieu minimum, c’est un milieu de culture n’apportant que les nutriments indispensable à
croissance de la bactérie. Sa composition varie considérablement selon la nature de la bactérie.

C) - Facteurs de croissance

Un facteur de croissance est un constituant de la bactérie que celle-ci ne peut produire à

partie de ces sources de carbone. Il doit donc être obligatoirement ajouté au milieu minimum

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(ex : Glucose + sels minéraux) adapté à la culture de la souche prototrophe. Une souche
exigeant un ou plusieurs facteurs de croissance, est dite auxotrophes à cette ou ces substance(s).

Les facteurs de croissance sont de nature chimique très diverses selon les souches utilisées.
La plupart des vitamines sont concernés. Ils ne sont indispensables qu’à faible dose car ils
jouent dans le métabolisme bactérien un rôle catalytique.

D)- notion des milieux de cultures

Un milieu de culture est une préparation au sein de laquelle des microorganismes peuvent
se multiplier. un bon milieu de culture doit satisfaire aux conditions suivantes :

- Couvrir les besoins élémentaires et les besoins en facteurs de croissance des microorganismes
à étudier ;

- Etre isotonique ;

-Présenter un pH voisin de la valeur optimale pour le germe à étudier.

On distingue classiquement deux catégories de milieu de culture : les milieux synthétiques

et les milieux empiriques.

* Les milieux synthétiques

Leur composition est exactement connue, qualitativement et quantitativement. Ils sont

conçus en fonction des besoins d’un microorganisme ou d’un groupe de microorganismes
voisins. Ils sont peu utilisés en microbiologie alimentaire. Ex : milieu synthétique pour
Azobacter.

*Les milieux empiriques

Leur domaine d’utilisation est plus bas et recouvre la microbiologie alimentaire. Les
éléments minéraux, la source de carbone, la source d’énergie, certains facteurs de croissance
sont fournis par un extrait de viande ou de levure, par des peptones et éventuellement par des
liquides biologiques.

Dans les milieux empiriques on a :

- Les milieux empiriques de bases ou d’utilisation générale

Ils contiennent les composants précédemment cités à l’exclusion des liquides biologiques.

- Les milieux enrichis

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 Ils sont obtenus en incorporant aux milieux de base précédemment décrits, du sang de
cheval ou de mouton, du sérum, du liquide d’ascite au diverses supplément poly vitaminés
commercialisé. Ces additifs apportent des nombreux facteurs de croissance. Les milieux
enrichis sont utilisés pour les microorganismes dont les exigences nutritives sont importantes
et qui ne se développent pas ou mal sur les milieux usuels.

- Les milieux sélectifs

Ce sont des milieux de culture inhibant le développement de certains groupes bactériens. A

une base nutritive adaptée, sont ajoutées des inhibiteurs (antibiotiques ou antiseptiques). Seuls
les microorganismes résistant peuvent se développer. Ces milieux sont utilisés pour
sélectionner au sein d’un ensemble pluribactérien complexe, un ou plusieurs groupes bactériens
que l’on souhaite étudier qualitativement ou quantitativement.

3. la croissance des populations bactériennes

3.1. Mesure de croissance

Pour suivre l’évolution d’une croissance bactérienne, plusieurs paramètres prouvent être
retenus :

- La détermination du nombre de cellule par unité de volume

- La mesure de la masse microbienne (ce paramètre est en effet en relation direct avec le
précédent)

- La mesure d’un constituant. On choisit un constituant stable et dont la concentration est stable
dans les cellules quel que soit la phase de croissance. Sa teneur dans le milieu ne sera dans ces
conditions, fonction que du nombre de bactéries.

- La mesure de l’activité microbienne

Pour mesurer le nombre de cellule par unité de volume on utilise des techniques de
dénombrement, au microscope par dilution, incorporation et culture sur milieu gélosé.

La mesure des cellules de la masse bactérienne se fait par détermination du poids sec et par
mesure indirecte.

3.2. Quelques caractéristique et paramètre de croissance bactérienne

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3.2.1. Culture synchrone et asynchrone

Soit No, le nombre de bactérie inoculé au temps 0 dans un milieu de culture liquide.
calculons l’évolutions de la population bactérienne en fonction du nombre de scission.

Nombre de scission Nombre de bactérie

0 N0
1 2. N0
2 2.2N0=22 N0
3 2.2 N0
… …
… …
n 2n N0

*tracer 1 : les bactéries inoculées sont toutes au stade de leur évolution lors du processus de
division. Elle se divise au moment (culture synchronique).

*tracer 2 : les bactéries de l’inoculum sont à des stades différents de leur évolution. L’évolution
de la population est continue ; la culture est asynchrone.

3.2.1) temps de doublement-vitesse spécifique de croissance.

Le temps de doublement ou temps de génération (G), est l’espace de temps écoulé entre
deux divisions en phase exponentielle de croissance (phase III).

La vitesse spécifique de croissance (µ) représente l’accroissement de la concentration

bactérienne par unité de temps.
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 Exemple 1 : E. coli

µ=2 division/ heure

G= 50 min

Exemple 2 : Mycobactérium tuberculosis

µ= très petit

G= plusieurs jours

3.3 Courbe de croisement en milieu non renouvelé

En milieu non renouvelé la croissance d’une bactérie s’arrête après 16-24h de culture
(sauf espèce à croissance lente) du fait de la raréfication des nutriments et de l’accumulation
des substances toxique.

* Phase I : elle est facultative lorsqu’elle existe, c’est la phase d’adaptation de la bactérie au
milieu (N= N0) µ reste nulle, les bactéries ne se divise pas ou trop peu, pour que l’on puisse
mesurer une variation de la concentration bactérienne. Lorsque des cellules jeunes sont placées
dans un milieu neuf de même composition, la culture repart sans phase de latence. Au contraire
si l’on inocule des bactéries âgées, dans un même milieu neuf, ou des bactéries jeunes dans
milieu de composition différente, on observe une phase de latence.

- La phase de latence correspond donc au temps nécessaire aux bactéries de l’inoculum

pour synthétiser les enzymes indispensables, pour utiliser les nouveaux substrats et/ou modifier
certains paramètres physicochimiques (pH) afin de les amener à des valeurs compatibles avec
leurs développement.

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 - La durée de la phase de latence est fonction de la méthode utilisée pour estimer N. elle
est d’autant plus courte que la méthode utilisée et est sensible.
- Pour les mêmes raisons de la durée de la phase de latence est d’autant plus réduite que
l’inoculum est important.

* La phase d’accélération II : les bactéries se divisent de plus en plus activement, la vitesse

spécifique de croissance augmente avec le temps.

* La phase exponentielle III : la vitesse spécifique de croissance(µ) est constante et maximale.

Elle est notée µexp= taux de croissance. Les bactéries se divisent à leur rythme le plus élevé. La
relation entre LnN et t est linéaire.

* La phase de ralentissement IV : la vitesse spécifique de croissance décroit progressivement

jusqu’à une valeur nulle. La phase exponentielle ne dure en effet que quelques heures. Lorsque
les nutriments se raréfient, la croissance ralentie. Le phénomène s’accentuant au fur et à mesure
de l’appauvrissement du milieu.

* La phase stationnaire (V) : La vitesse spécifique de croissance est constante et nulle. Un tel
résultat admet deux explications :

- Les bactéries périssent sans se diviser

- Il y a autant de scissions que de bactéries qui meurent.

L’arrêt de la croissance peut être dû à une ou plusieurs des causes suivantes :

- Disparition d’un ou plusieurs nutriments

- Acidification du milieu
- Accumulation des déchets toxiques.

* La phase de déclin (VI) : Les bactéries ne se divisent plus. Certaines meurent et sont lysées.
Le nombre N diminue. La phase de déclin est une phase de décroissance, µ est négatif.

3.4 Quelques facteurs influençant la croissance

3.4.1 La température
µexp augmente avec la température jusqu’à une valeur optimale puis décroit pour s’annuler
au-delà d’une température dite létale.

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 Des études faites sur des bactéries différentes montrent que les valeurs des températures
optimales et létales varient très sensiblement selon les bactéries et permettent de les classer en
groupe.

Température Température minimale de Température Température

croissance optimale de maximale de
GROUPES croissance croissance

Psychrophiles/cryophiles -15°C 15 à 20°C 25°C

Psychrophiles 0 à 5°C 25 à 35°C 37°C
Mésophiles 10 à 20°C 37°C 45°C

Thermophiles 25 à 45°C 50 à 55°C 65 à 90°C

3.4.2- Le pH

Le pH du milieu influence aussi la valeur du µexp. Il est possible, comme précédemment de

déterminer un pH de croissance optimale (zone de pH) et un pH D’inactivation. Ainsi, il existe
des bactéries acidophiles (pH optimal bas. Exemple : Lactobacillus et Streptocoque lactique.),
et des bactéries basophiles (PH optimale élevé, Exemple : le vibrion (pH =9)).

La plupart des bactéries ont leur développement maximal dans les milieux proches de la
neutralité.

3.4.2 La concentration en substrat

Son rôle a été mis en évidence dans des études portant sur les variations du µexp pour
des cultures d’E. Coli dont les milieux ne différaient que par la concertation initiale en glucose.

3.4.3 L’activité de l’eau.

L’activité de l’eau est définie par le rapport de pression de vapeur du milieu qui peut être un
aliment et de l’eau pure. Elle mesure la disponibilité de l’eau dans un produit.

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L’activité de l’eau varie de 0 à 1. Les bactéries supportent assez mal, contrairement à de
nombreuses moisissures et levures, des aw faibles, et sont très sensibles à une diminution de
l’activité de l’eau.

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