MICROBIOLOGIE DE L’EPURATION

Master 1 d’Ingénierie de l’Eau et de l’Environnement

Eau-Assainissement

Présenté par :
Prof. Yacouba KONATE
Enseignant – Chercheur 2iE

1
 Objectifs du cours
Comprendre le fonctionnement et l’interaction des
peuplements de microorganismes (bactéries, protozoaires et
micro algues) dans les procédés biologiques d’épuration des
eaux usées.

Pré-réquis: connaissance des groupes microbiens intervenant

dans les cycles de matières et des éléments; cours de
microbiologie de l’eau

2
 PARTIE I
GENERALITES

3
Place des Microorganismes dans le monde vivant

4
 GENERALITES
Microorganismes
• Ubiquitaires dans l’environnement, quelques soient les conditions
• Participent et conditionnent l’équilibre biologique existant à la surface de la terre
• En relation avec tous les autres organismes vivants (relation positive, neutre ou négative)

Microbiologie environnementale : Actions positives et Actions négatives

Actions positives : acteurs incontournables du cycle du C, N et P ; participent à la fertilité

des sols ; acteurs de l’épuration des eaux usées ; permettent l’élimination de composés
toxiques ; peuvent être des agents de contrôle biologique des maladies des plantes …

Actions négatives : présents en grand nombre dans l’eau, les microorganismes rendent
celle-ci impropre à la consommation ; certains sont pathogènes et sont responsables de
maladies infectieuses lorsqu’ils sont ingérés ; souillure des eaux ; certains pathogènes
sont responsables de la destruction de nombreuses cultures …

5
 GENERALITES
Microorganismes: Définition

Etres vivants de taille microscopique

Visibles à l’oeil nu si individus présents en grand nombre (colonies
sur gélose ou trouble en milieu liquide)
Unicellulaires : chaque cellule étant autonome
Pluricellulaires : association de cellules mais pas de différenciation
cellulaire dans ce cas (pas d’organisation en tissus et organes)

L’organisation cellulaire est telle que chaque cellule est douée des
Fonctions suivantes :
Nutrition (métabolisme)
Reproduction
Communication
6
 GENERALITES
Cellules microbiennes
Les cellules procaryotes : les plus anciennes apparues sur terre ( ≈ 3,8 milliards d’années).
Taille : 0,1 à 10 μm.
procaryote (pro- : avant et caryo- : noyau) :
pas de véritable noyau
Matériel génétique directement en contact avec le cytoplasme : formé d’un seul
chromosome cellules haploïdes.

Chez les Procaryotes, on distingue les Bactéries vraies et les Archéobactéries.

Les cellules eucaryotes : apparues il y a environ 2,2 milliards d’années. Taille > 10 μm.

Eucaryote :
Matériel génétique isolé du cytoplasme dans un vrai noyau délimité par une enveloppe
nucléaire : formé de paires de chromosomes cellules diploïdes.

Nombreuses structures et organites intracellulaires dans le cytoplasme.

Parmi les microorganismes eucaryotes : mycètes, protozoaires, algues unicellulaires.

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 GENERALITES
Cellule Procaryote

Tortora, Fuke, Case, ERPI, 2003 fig 4.5 p.89 8

 GENERALITES
Les cellules microbiennes eucaryotes de type animal

Campbell, Reece, Biologie, PEARSON, 2007 p.104 9

 GENERALITES
Les cellules microbiennes eucaryotes de type animal (cf. levures)

Campbell, Reece, Biologie, PEARSON, 2007 p.104 10

 GENERALITES
Structure de la membrane plasmique

Elle sépare la cellule de son environnement et délimite le cytoplasme cellulaire et les

organites à l'intérieur de ce dernier

Elle assure tous les mécanismes d’échange de la cellule avec le milieu par l’intermédiaire
des protéines

Les résidus sucrés situés vers l’extérieur constituent une couverture de protection (cell-11
coat), et assurent l’adhésion et la reconnaissance cellulaire
 GENERALITES
Structure de la membrane plasmique: Bactérie à gram Négatif et à Gram Positif

Les bactéries à Gram négatif possèdent une double membrane

La couche de peptidoglyglycane des bactéries à Gram positif est très épaisse contrairement à
celle des bactéries à Gram négatif. 12
GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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 GENERALITES
Comparaison entre les cellules Procaryotes et Eucaryotes

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Source: Berraho, 2009
 GENERALITES
Comparaison entre les cellules Procaryotes et Eucaryotes (suite)

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Source: Berraho, 2009
 GENERALITES

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Source: Berraho, 2009
GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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GENERALITES

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 GENERALITES
Les Virus
Les virus ne sont pas des microorganismes à part entière, car ils sont dépourvus de
l’équipement et des structures autonomes leur permettant de croître ou de se diviser. Par
ailleurs, ils ne peuvent être considérés comme une juxtaposition de molécules
autoreproductibles, car leur structure chimique traduit un degré d’organisation
perfectionné.

petits (18 nm-400 nm) parasites intracellulaires

généralement spécifique à l’espèce de bactéries
infectée (bactériophages, cyanophages), plantes
(affectant récoltes comme tabac, pomme de terre,
tomate...), animaux (chez l’homme, grippes,
gastroentérite rage, hépatite, fièvre jaune, sida,
etc…)
Abondants dans l’air, l’eau, les sols
Dans l’eau, aussi abondants que les bactéries
(~106 /mL)

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 Besoins Nutritifs des Bactéries

La nature des espèces bactériennes (microbiennes) des eaux

et leur évolution quantitative sont conditionnées par les
facteurs physico-chimiques régnant dans ce biotope.

Ces facteurs peuvent sélectionner, favoriser ou inhiber la

croissance microbienne

31
32
33
34
 Source d’énergie
L’énergie est utilisée par les microorganismes essentiellement
sous ses formes chimiques et lumineuses.
Selon la source d’énergie, on distingue 2 groupes de
bactéries:

Les bactéries Phototrophes ou photosynthétiques

Les bactéries chimiotrophes ou chimiosynthétiques

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 Source d’énergie
Les bactéries Phototrophes ou photosynthétiques:
Ces bactéries utilisent la lumière comme source d’énergie
pour la synthèse d’ATP (Adénosine Triphosphates) à partir de
l’ADP (Adénosine Diphosphates) et du phosphate
inorganique.
Le donneur d’électron peut être des composés minéraux, on
parle de bactéries Photolithotrophes. C’est le cas des
bacteries pourpres sulfureuses (comme les bactéries
thiorhidaceae) ou les bactéries vertes (comme les
chrobacteriaceae)
Lorsque le donneur d’électron est constitué de composés
organiques, on parle de bactéries Photoorganotrophes
représentées par la famille des anthiorhodaceae. Ce sont des
pourpres non sulfureuses
36
 Source d’énergie
Les bactéries Chimiotrophes ou chimiosynthetiques
Ces bactéries puisent leur énergie à partir de l’oxydation des
composés chimiques minéraux ou organiques.

Lorsque le donneur d’électron est constitué de composés

minéraux, on parle de bactéries Chimiolithotrophes qui
constituent un groupe de bactéries très limités intervenant au
cours des cycles de la matière vivante dans le sol et dans les
eaux.
C’est le cas par exemple:
Des bactéries hydrogenomonas qui oxydent le soufre
Les Nitrosomonas qui oxydent l’ammonium
Les Nitrobacter qui oxydent les nitrites
Les Thiobactériaceae qui oxydent le soufre réduit
37
 Source d’énergie
Les bactéries Chimiotrophes ou chimiosynthetiques

Lorsque le donneur d’électron est constitué de composés

organiques, on parle de bactéries Chimioorganotrophes qui
regroupent la grande majorité des bactéries: les bactéries
pathogènes, les bactéries contaminant les produits
alimentaires, les bactéries industrielles ou les bactéries vivant
dans les eaux riches en matières organiques

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 Source de carbone
Suivant la façon dont les microorganismes s’alimentent, on
distingue deux groupes fondamentaux: les autotrophes et les
hétérotrophes

Les organismes autotrophes sont capables d’effectuer la

synthèse de leurs propres substances à partir d’une source de
carbone minéral pouvant être du CO2, du HCO3- voire du
méthane pour les rares d’entre eux vivant en milieu anaérobie.
Ils sont à l’origine de la matière organique présente dans les
eaux d’où leur nom de producteurs primaires

Les organismes hétérotrophes qui ne peuvent s’alimenter

qu’avec de la matière organique déjà élaborée (par des
autotrophes ou d’autres hétérotrophes, d’où la notion de
chaîne alimentaire).
39
 Source d’azote
L’azote est indispensable pour la synthèse des protéines qui
représentent environ 7 à 10% du poids sec des
microorganismes. L’azote peut être utilisé sous sa forme la
plus simple (azote atmosphérique N2) mais seulement par
certaines bactéries fixatrices d’azote comme c’est le cas par
exemple des rhizobium

Il peut être aussi utilisé dans les eaux et le sol sous formes de
nitrites par les nitrobacter ou de nitrates ou d’ammoniac par
de nombreux groupes de bactéries

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 Source de phosphore
Le phosphore fait partie des acides nucléiques, dans de
nombreux coenzymes. Il intervient principalement dans les
mécanismes de stockage ou de libération d’énergie. Cette
réserve énergétique se situe dans les liaisons P-P existant
dans des molécules particulières: les Adénosine mono-, di- et
triphosphates (AMP, ADP, ATP).
La libération d’énergie se fait par rupture de la liaison P-P,
conduisant ainsi de l’ATP à l’ADP et à l’AMP.

NB: Le développement bactérien, consécutif à l'apport

organique, exige donc des conditions optimales en saturation
d'oxygène et est sous la dépendance de la présence
d'éléments minéraux indispensables : l'azote et le phosphore.
Le rapport DBO5/N/P le plus couramment cité dans la
littérature est de 100/5/1.
41
 Source de Soufre

Le soufre est présent dans certains acides aminés donc dans

les protéines sous forme de groupement thiols (-SH). Il sont
incorporés sous formes de sulfates ou de composés soufrés
organiques très rarement sous formes de soufre réduit

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 Autres éléments minéraux
Certains de ces éléments jouent un rôle dans l’équilibre
physico-chimique de la cellule, c’est le cas du Na, du K , du
Mg et du Cl. D’autres sont parties constituantes d’enzymes ou
de co-enzymes (fer magnésium)

Les oligoéléments indispensables en faibles quantités pour

répondre aux besoins cellulaires. Ces éléments deviennent
rapidement toxiques à des teneurs plus élevées.

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 Substances nocives
Comme tous les organismes vivants, les bactéries sont
sensibles à la présence de certaines substances dites
toxiques ou bactériostatiques. Au-delà d’une dose spécifique,
ces substances inhibent le développement bactérien et
réduisent l’efficacité du traitement basé sur leur métabolisme.

Le tableau suivant présente à titre indicatif les seuils de

toxicité reconnus de différents substances en épuration
biologique aérobie

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 Substances nocives
Exemple de seuils de toxicité de différentes substances en épuration biologique
aérobie
Eléments ou Composés Valeur limite mg/l
Cadmium 1-3
Chrome hexavalent 2
Cuivre 1
Nickel 1 – 2,5
Plomb 1-2
Zinc 5 - 10
Cyanures 1 – 1,6
Sulfures 20
Alcool allylique 19,5
Chloroformes 18
Dinitrophénol 4
Formaldéhyde 135 - 175
Phénol 5,6 45
 Facteurs de croissance
les facteurs de croissance sont des substances organiques
nécessaires à la croissance d’un microorganisme et qui ne peuvent
être synthétisés par celui ci. Ce sont: les bases azotées (puriques et
pyrimidiques), certains acides aminés et les vitamines (rôle de
coenzyme ou de précurseurs de coenzyme).

Les Prototrophes sont des bactéries capables de croître en

présence seulement d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de
carbone, d'une source d’azote et d'éléments minéraux. Ce sont des
bactéries qui ne nécessitent pas de facteurs de croissance.

Les Auxotrophes sont des bactéries qui nécessitent, en plus des

besoins des prototrophes, un ou plusieurs facteurs de croissance.

46
 Mode Respiratoire

La respiration est l'ensemble des réactions biochimiques

d'oxydation procurant à l'organisme l'énergie nécessaire à ses
biosynthèses essentiellement grâce à des phosphorylations
oxydatives membranaires, qui est un processus permettant la
phosphorylation de l’ADP en ATP grâce à l’énergie libérée par
l’oxydation de donneurs d’électrons par la chaîne respiratoire
(chaîne de transfert des électrons).

On distingue deux types de réactions en fonction de la nature

chimique de l'accepteur final

1. accepteur = O2 → respiration aérobie

2. accepteur ≠ O2 → respiration anaérobie; l'accepteur peut
être minéral (nitrates, sulfates, gaz carbonique) ou
47
organique (ex: fumarate)
 Mode Respiratoire
Différents accepteurs d’électrons utilisés lors de la respiration chez les bactéries

48
 Mode Respiratoire
Plusieurs groupe de bactéries peuvent être distingués en fonction de leur besoin en
oxygène

Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu'en présence d'oxygène. Leur

source principale d'énergie est la respiration aérobie où l'oxygène moléculaire est
accepteur final d'électrons

Les microaérophiles peuvent croître lorsque la pression partielle d'oxygène est

faible.

Les aéro-anaérobies facultatives peuvent se développer en présence d'oxygène,

en utilisant la respiration aérobie et en anaérobiose, la fermentation ou la respiration
anaérobie.

Les anaérobies aérotolérantes se développent en présence et en absence

d'oxygène mais sans l'utiliser. Elles empruntent exclusivement des voies fermentaires
pour leur métabolisme.

Les anaérobies strictes sont incapables de croître en présence d'oxygène; il leur

est toxique. Pour leur métabolisme, elles utilisent la fermentation, la respiration
49
anaérobie ou la photosynthèse.
Mode Respiratoire

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 Mode Respiratoire

1:Aérobie strict Anaérobie Stricte Aéro Anaéorobie Microaérophile Anaérobie

Facultative Aérotolerant 51
52
53
54
 Division cellulaire: Paramètres de croissance
1 Temps de génération: G

C’est l’intervalle de temps entre 2 divisions successives = temps nécessaire au

doublement de la population G= t/n avec t = temps et n= nombre de division
Le temps de génération est de:
20 mn chez E. coli
100 mn chez Lactobacillus acidophilus
1000 mn chez Mycobacterium tuberculosis

2 Taux de croissance: µ
C’est le nombre de division par unités de temps
µ = n/t où n nombre de division et t = temps
C’est l’inverse de G.
Exemple: si t = 1 heure, µ = 3 pour E. coli
µ = 0,6 pour L. acidophilus

55
56
57
 Division cellulaire
cas particulier de la phase de croissance exponentielle
C’est la phase physiologique par excellence: phase de multiplication intense qui
dépend des conditions de l’environnement: température, pH, nature et
concentration des éléments nutritifs.
Si on part d’une population initiale = N0, après une génération on aura N1 = 2N0,
puis N2 = 2×2N0 =4N0 et N3 = 2×N2 = 8 N0.

Après n divisions, on obtient: N = 2nN0

Son expression en fonction du taux de croissance avec µ = n/t n = µt

N = 2µtN0
LogN = µt Log2 + LogN0
µ = (LogN - LogN0)/t Log2

G = (t Log2)/(LogN - LogN0)

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 Division cellulaire: Paramètres de croissance

1/ On suppose qu’à partir de 80 bactéries on obtient 2 107

bactéries après 5 heures. Déterminer les paramètres suivants :
Temps de génération
Taux de croissance
2/ quel est le taux de croissance d’une population bactérienne qui
voit sa population passer de 2500 à 5 millions en 20 heures

3/ Combien de fois les bactéries se sont-elle divisées pour passer

d’une population de 4 000 à 10 millions d’individus en l’espace de
10h et quel est leur taux de croissance

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 Modélisation de la croissance bactérienne
Plusieurs modèles mathématiques ont été proposés pour rendre
compte de la courbe de croissance de bactérienne.

Le modèle de Monod plus connu et plus utilisé, est un modèle

empirique qui rend bien compte des phases 2 et 3.

NB: Relation empirique valable

pour une culture pure, un substrat
pur et un réacteur fermé
Avec: X = la concentration de la culture bactérienne
µmax = taux de croissance maximale (typique de la culture et du substrat)
S = concentration du substrat
60
Ks = constante correspondant à la valeur de S pour laquelle µ = µmax/2
 Modélisation de la croissance bactérienne

En fonction du type de traitement les valeurs de Ks et µmax peuvent être:

Pour traitement aérobie: µmax = 1,2 à 6J-1 Metcalf &Eddy (1991)

Ks = 25 à 100 mg/l DBO5

ks = 15 à 70 mg/l DCO
Pour traitement anaérobie:
µmax = 2J-1 Micro-organisme acidogène
µmax = 0.4J-1 Micro-organisme Méthanogène

Ks = 200 mg/l DCO Micro-organisme acidogène

ks = 50 mg/l DCO Micro-organisme Méthanogène
Van Haandel and Lettinga (1994) , Chernicharo, 1997

On définit Y = facteur de conversion Kg MVS/Kg DBO5 éliminé 61

62
 Influence du pH

En général, les bactéries ne se développent qu’à pH voisin de la neutralité: on parle de

bactéries neutrophiles.

Il existe cependant des bactéries qui ont une nette préférence pour les milieux acides: ce
sont les bactéries acidophiles (lactobacillus (pH~ 6), Thiobacillus ~ 2 donc tolère bien l’acide
sulfurique)

D’autres bactéries préfères des pH alcalins > 7. ce sont des bactéries basophiles (Vibrio
cholerea

63
64
65
 Le métabolisme bactérien
La nutrition des micro-organismes peut se décomposer en cinq phases
1: Transport des aliments depuis le liquide jusqu’à
la surface de la bactérie

2: Adsorption des aliments sur la membrane

cellulaire (pour les organismes incapables de se
mouvoir pour prendre leur nourriture).

3: Prédigestion par des exoenzymes ou des

enzymes de surface, pour réduire les dimensions
des molécules. C’est généralement une hydrolyse
par : liquéfaction des graisses (estérases); des
amidons (carbohydrases) et des protéines
(protéases)

4: Perméation ou franchissement de la membrane

cellulaire Schéma simplifié de la respiration Endogène

5: Métabolisation avec ces deux aspects:

 Catabolisme (et respiration endogène)
Anabolisme 66
 Le métabolisme bactérien
Définitions
Catabolisme , dissimilation ou respiration: C’est la combustion immédiate ou
différée des substrats, pour libérer leur énergie libre, cette énergie étant
nécessaire pour assurer les opérations suivantes:
Synthèse chimiques (monomères et polymères)
Travail mécanique et transport de substances en sens opposés aux gradients
(exemple perméation)
Travail électrique, (chaleur), travail osmotique etc….

Anabolisme , Assimilation ou production: c’est l’accumulation ou mise en

réserve d’énergie et la synthèse des composants cellulaires (besoins plastiques,
multiplication). Il conduit à un développement des cellules ou des colonies, c.à.d.
un accroissement de la biomasse. En technologie de l’épuration, on appelle cette
biomasse « boue secondaire ».

67
68
Enzymes

69
70
 PROCESSUS DU TRAITEMENT BIOLOGIQUE AEROBIE

Le dimensionnement du réacteur biologique en boue activé est basé sur la connaissance de la

stœchiométrie et de la cinétique de ces trois réactions pour l’eau résiduaire concernée

NB: Dans le cadre de ce cours, on ne rentrera pas dans les détails de la cinétique chimique
71
PROCESSUS DU TRAITEMENT BIOLOGIQUE AEROBIE

72
 Croissance bactérienne et transformation de la pollution

Dans une station de traitement biologique, les matières organiques contenues

dans les eaux usées peuvent:

 Soit être assimilées et transformés en matériels cellulaire (anabolisme)

 Soit être dégradées par oxydation pour fournir l’énergie nécessaire à ces
synthèses cellulaires (catabolisme)

 Soit, enfin en cas d’une alimentation surabondantes, être sorbées et stockées

par les cellules. L’utilisation de ces matériaux stockés est différée; elle suivra
l’une des deux voies précédentes

73
 Croissance bactérienne et transformation de la pollution
Bilan des boues
Il est important, en pratique de connaître l’accumulation des matières solides
dans la station, de manière à prévoir l’importance des évacuations et à calculer
les dispositifs de traitement de boues excédentaires.

L’augmentation de la masse des boues se fait à travers:

 La croissance bactérienne (fraction anabolisée de la pollution)
 Le Stockage (réserves intracellulaires, matières extracellulaires insolubles
sécrétées par les bactéries et pouvant être éventuellement réutilisées par
celle en cas de nécessité
 Les MES minérales ou difficilement biodégradables , apportées par l’influent
ou résultant du métabolisme microbien (enveloppe cellulaire)

Par contre, une diminution intervient du fait:

 De la respiration endogène
 Des fuites des matières en suspension
 De l’action des prédateurs

74
DIFFERENTES ETAPES DE LA DIGESTION ANAEROBIE

75
DIFFERENTES ETAPES DE LA DIGESTION ANAEROBIE ET LES
FLUX DE CARBONES ASSOCIES (EN % DE DCO)

76
 Biochimie et microbiologie de la méthanogenèse
Etapes de l’hydrolyse et de l’acidogénèse

Elle est réalisée par des espèces hétérotrophes extrêmement

diverses: anaérobies strictes ou facultatives.

Cette première phase aboutit à un mélange d’acides gras

volatils (AGV): acétique, lactique, propionique, butyrique …,
de composés neutres (éthanol), produits gazeux (CO2 et H2)
et d’ammonium.

Ces micro-organismes ont souvent des temps de génération

plus courts que ceux réalisant les étapes suivantes. Ils
peuvent donc par leur activité faire chuter le pH et bloquer le
développement des populations nécessaires aux étapes
ultérieures.
77
 Biochimie et microbiologie de la méthanogenèse
Etape d’acetogenèse

Elle se produit à partir des métabolites réduits de la phase 1

et est réalisée par des bactéries réductrices de protons
produisant donc de l’hydrogène et de l’acetate, par exemple

Lactate + H20 acétate + 2H2 +CO2 +4,18KJ.mole-1

Ethanol + H20 acétate + 2H2 -9,6KJ.mole-1

Butyrate + 2H20 acétate + 2H2 -48,1KJ.mole-1

Proprionate + 2H20 acétate + 3H2 +CO2 -76KJ.mole-1

78
 Biochimie et microbiologie de la méthanogenèse
Etape de méthanogénèse (stricto sensu)

Deux grandes voies de méthanogénèse peuvent être

identifiées.
L’une (dite bactéries hydrogénophiles) qui, à partir du couple
H2/CO2 produit H2O et CH4.

L’autre dite bactéries acétoclastique qui dégrade l’acétate en

CO2 et CH4.

Cette dernière voie correspond à la production d’environ 70%

du méthane

79
 Biochimie et microbiologie de la méthanogenèse

Synthèse des caractéristiques relatives au micro-organismes impliqués lors de la

digestion anaérobie

80
 Inhibition de la méthanisation
Comme pour tout processus biologique, il existe des conditions physico-chimiques
qui peuvent inhiber la méthanisation, et même détruire la flore méthanogène si
certaines concentrations de molécule toxique sont atteintes

Composés organiques pouvant inhiber les micro-organismes de la digestion anaérobie 81

 Inhibition de la méthanisation
Comme pour tout processus biologique, il existe des conditions physico-chimiques
qui peuvent inhiber la méthanisation, et même détruire la flore méthanogène si
certaines concentrations de molécule toxique sont atteintes.

Composés inorganiques pouvant inhiber les micro-organismes de la digestion

82
anaérobie
 Microbiologie des Boues activées
La boue activée est constituée de :
Consommateurs primaires (bactéries): Ils dégradent la quasi-totalité de la pollution
organique apportée par l'effluent d'entrée.
Les formes hétérotrophes (qui se nourrissent de substances organiques) sont
majoritaires dans les boues jeunes du fait de leur vitesse de croissance élevée.
La part d'autotrophes (pour épuration de l'azote) augmente avec l'âge des boues.
L'épuration s'accompagne de production de biomasse (boues biologiques en excès), de
libération de composés minéraux (nitrates notamment) et de dioxyde de carbone

Les carnivores et les prédateurs (zooplancton): Ils participent à l'épuration des eaux par
consommation des consommateurs primaires. Ils jouent un rôle essentiel dans la
clarification des effluents car ils concentrent leur alimentation sur les formes bactériennes
non agglomérées et donc susceptibles de demeurer dans l'eau épurée après clarification.

Les espèces sarcophages: Elles se nourrissent d'une partie de matière organique

inerte et des cadavres prélevés dans le floc.

83
 Microbiologie des Boues activées
Dynamique des populations bactériennes dans les boues activées

BOUE
> 97 % d’eau

Forme dispersée Forme agglomérée Forme filamenteuse

- faible décantation - cas normal - foisonnement
- épuration limitée ou mousses stables
- faible décantation
ORIGINE
Forte pression sélective

(substrat. O2)

84
 Microbiologie des Boues activées
Constituants d’une boue activée

META 102 à 5.102 /ml

PROTO 104 /ml

BACTERIES 109 /ml

Bactéries : • Protozoaires :
- croissance floculée - flagellés
- croissance dispersée - ciliés (70 % des proto)
- croissance filamenteuse
- actinopodes (amibes)

• Métazoaires :
- rotifères
- nématodes
85
 Microbiologie des Boues activées
Constituants d’une boue activée

86
 Microbiologie des Boues activées
Constituants d’une boue activée

87
 Microbiologie des Boues activées
Constituants d’une boue activée

88
 Microbiologie des Boues activées
Microorganismes des boues activées: peuplement en fonction de l’âge des boues

Les plus gros « mangent les plus petits »

89
 Microbiologie des Lits bactériens
Un lit bactérien est constitué d'une couche de matériel, dit de
garnissage, recouvert d'un biofilm sur lequel ruisselle l'eau
résiduaire.

Au cours de la percolation de l'eau au travers du lit, les

matières organiques sont éliminées par le biofilm : le substrat
et l'oxygène diffusent au travers du biofilm où se produit la
métabolisation.

Les métabolites et le dioxyde de carbone diffusent en direction

du liquide. Au cours de sa pénétration dans le biofilm,
l'oxygène est consommé du fait de la respiration microbienne,
définissant ainsi une zone à activité aérobie; au-delà, l'activité
bactérienne est anaérobie.

90
Microbiologie des Lits bactériens

91
 Microbiologie des Lits bactériens

Schéma simplifié des échanges dans un Biofilm

92
 Microbiologie des Lits bactériens
Cette technique épuratoire repose sur la capacité des
bactéries contenues dans les effluents à synthétiser et libérer
des exopolymères visqueux (longs filaments polysaccharides
appelés Glycocalix) lesquels assurent leur fixation sur un
support inerte.

Les bactéries s'agglomèrent pour former un biofilm qui assure

son développement à partir de l'effluent qui ruisselle à sa
surface et de l'oxygène contenu dans l'air atmosphérique.

93
 Microbiologie des Lits bactériens
Le biofilm est composé essentiellement de bactéries mais accueille également
d'autres organismes intégrés dans une chaîne alimentaire plus ou moins complexe
(protozoaires, métazoaires, insectes,…). Le biofilm est autorégulé grâce :

Au décollement naturel (l'absence d'oxygène en fond de biofilm provoque une

fermentation anaérobie laquelle engendre la formation de microbulles et une
fragilisation du biofilm lequel finit par se détacher et être entraîné avec l'effluent)

Aux frottements de l'eau sur sa surface

A la consommation du biofilm par les macroinvertébrés (nématodes et larves

d'insectes) ou les protozoaires

L'ensemble des micro-organismes (bactéries, vers, protozoaires, etc.) fixés sur le

support est appelé Zooglée.

94
 Microbiologie des Lits bactériens
La composition du biofilm est la suivante :
- bactéries aérobies (agents principaux de la dépollution),
- bactéries anaérobies,
- champignons ou moisissures
- protozoaires (en surface, ils se nourrissent des bactéries
libres),
- vers (perforent le film et le détachent),
- insectes.
Le biofilm contient en moyenne 4% seulement de matières
sèches (96% d'eau).

95
 Microbiologie des Disques biologiques
Le réacteur est constitué de disques en matière plastique, de diamètre
élevé et montés sur un axe horizontal. Le tambour, à demi immergé
(environ 40 %), tourne autour de cet axe. Un biofilm, dont l'épaisseur varie
de 1 à 4 mm, se développe sur les disques. La rotation des disques assure
à la fois l'oxygénation et le contact avec l'eau usée. La biomasse en excès
se détache de la même façon que dans les lits bactériens et est séparée
dans un décanteur secondaire. La composition du biofilm des disques
biologiques est semblable à celle des lits bactériens.

96
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes

Pourquoi rechercher les Indicateurs de contamination fécale

L’eau usée peut contenir une grande variété de microorganismes: des bactéries,
des virus, des protozoaires et des helminthes pathogènes.
La détermination de la qualité microbiologique des eaux repose sur la recherche
d’indicateurs de contamination fécale pour diverses raisons:

Les germes pathogènes sont émis par les individus malades (parfois par des
porteurs sains) et ne sont donc généralement présents en grande quantité que
dans les cas d'épidémie. Il est donc extrêmement difficile d'en effectuer une
recherche systématique si ce n'est à l'occasion d'études particulières.

97
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Pourquoi rechercher les Indicateurs de contamination fécale (suite)

Même en faisant appel à des techniques de concentration, les résultats de

ces recherches sont souvent aléatoires et peu significatifs.

Devant cette difficulté, il est apparu plus simple de caractériser le niveau

de contamination fécale d'un milieu par le dénombrement des indicateurs
de contamination fécale.

Ces germes, très abondants (plusieurs milliards expulsés par individu et

par jour) sont d'origine fécale presque certaine. Ils ne se multiplient pas
dans le milieu naturel et semblent plus résistants que la majorité des
germes pathogènes. Leur mise en évidence est facile et rapide, et ils
constituent des indicateurs sûrs et sensibles. Il convient toutefois de bien
insister sur le fait qu'il s'agit de germes non pathogènes, sauf peut-être
pour certains types de coliformes fécaux

98
Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Indicateurs de contamination fécale

99
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Pourquoi rechercher les Indicateurs de contamination fécale (suite)
On considère que les coliformes fécaux caractérisent les
contaminations fécales récentes tandis que les streptocoques
fécaux et les Clostridium plus rémanents peuvent, en
l'absence de coliformes fécaux, être les témoins d'une
contamination plus ancienne.

Pour juger du niveau de pollution bactériologique d'un effluent

dans une lagune ou dans un milieu naturel affecté par le rejet
d'un effluent, on pourra se limiter au dénombrement des
coliformes fécaux et éventuellement des streptocoques
fécaux. Dans les eaux usées, les dénombrements font
classiquement état de concentrations comprises entre 106 et
108 coliformes fécaux par 100 ml.

100
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Caractéristique d’un bon indicateur de contamination fécale

Adapté de Davies-Colley, 2005

101
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
L'expérience montre que le lagunage naturel conduit à une réduction très importante des
germes pour des raisons explicables par les phénomènes suivants :

Physiques
Température
Sédimentation
Radiation solaire

Différents facteurs et Chimiques

influences des conditions pH
Oxygène dissous
environnementales
Biologiques
Broutage,
Attaques des
virus 102
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Les germes disséminés dans un vaste milieu où ils sont amenés à
séjourner longtemps, trouvent difficilement un substrat limité en quantité et
évoluent dans des conditions de température auxquelles ils ne sont pas
adaptés.

Ils sont soumis à la concurrence vitale avec des organismes mieux adaptés
ainsi qu'aux prédateurs des bactéries. Les phénomènes d'antibioses mis en
évidence dans les milieux naturels jouent également un rôle important dans
les lagunes.

Les germes fixés sur les matières en suspension décantables sédimentent

dans le fond de la lagune et se trouvent ainsi éliminés du milieu liquide.

L'action directe des algues produisant des substances inhibitrices ou

bactéricides a été mise en évidence pour certains algues.

Le rôle germicide des ultraviolets est bien connu; ils affectent
essentiellement la couche superficielle des lagunes qui se renouvelle en
103
permanence par les courants de convection.
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes

L'élimination des germes qui constitue un des avantages les plus

importants du lagunage apparaît essentiellement lié au temps de
séjour de l'effluent qui se chiffre en semaines dans les lagunes alors
qu'il n'est que de quelques jours et le plus souvent de quelques
heures dans les autres types d'installations.

Il faudra donc impérativement éviter les cheminements préférentiels

induisant des courts-circuits qui réduiront considérablement
l'efficacité de la désinfection.

104
Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes

105
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
La température
Les bassins de maturation sont dimensionnés pour assurer une meilleures désinfection des
eaux usées et l’équation de Marais(1974) basée sur la température est souvent utilisée pour
leur dimensionnement.

Cependant plusieurs études ont montré que la température à elle seule ne constitue pas la
première cause de désinfection (Mills et al., 1992; Davies-Colley et al., 2000).

La température peut devenir préjudiciable pour les coliformes à partir de 60°C dans les eaux
de rivières (Ciocheti &Metclaf, 1984).

L’effet de la température sur le taux d’inactivation des bactéries serait secondaire par
rapport à d’autres facteurs primaires comme les radiations solaires.

A températures élevées, il existe des effets synergiques entre les radiations solaires et la
température.

106
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Les radiations solaires
La désinfection dans les bassins de lagunage est fonction du type de radiation et donc de la
longueur d’onde considérée:

D’après Davies-Colley et al., 2000)

107
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Les radiations solaires

Pour plus de détail sur l’influence des radiations solaires dans la désinfection des bassins de
lagunage , voir Articles:

Davies-Colley, R.J, Donnnison, AM., and Speed, D.J (2000): Towards a mechanistic
understanding of pond disinfection. Water Science and Technology. 42(10-11), 149 – 158.

Curtis, T.P., Mara, D.D., and Silva, S.A. (1992): Influence of pH, Oxygen, and Humic Substances
on Ability of sunlight to Damage Faecal coliform in Waste stabilisation pond Water. Applied
Microbiology 58, 1335- 1343.

108
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
La sédimentation

C’est le mécanisme prépondérant dans l’élimination des œufs d’helminthes et dans une
moindre mesure des kystes de protozoaires.

Taille, Densité et vitesse de chutes des principaux œufs d’helminthes

109
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
La sedimentation
Bibliographie sur les rendements éliminatoires des œufs d’helminthes

110
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Temps de séjours
Le degré de sédimentation des microorganismes dans les bassins de lagunage est
fonction du temps séjour.

Plus le temps de séjour est élevé, plus le temps d’exposition des pathogènes aux
facteurs de destruction est élevé et plus la désinfection sera poussée.

Cependant, les facteurs influençant les régimes hydrauliques (court-circuit) peuvent

perturber la désinfection en réduisant le temps de séjour.

Pour minimiser les court circuits dans les bassin de lagunage et améliorer la
désinfection des eaux, on met souvent en place des chicanes.

111
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
pH et Oxygène dissous
Du fait de l’activité photosynthétique, le pH et la concentration en Oxygène dissous
peuvent atteindre des valeurs très élevées dans les bassins de lagunage (Bassin
Facultatif et Bassin de Maturation).

Des concentrations en Oxygènes dissous de 30 mg/l et des variations diurnes de 7 à

9,4 ont été rapportées par Sweeney et al., 2007.

L’interaction entre le pH et l’Oxygène dissous et la lumière solaire favorise

l’élimination des pathogènes.

Substances humiques
Ils jouent le rôle de de photosensibilisateurs de la photooxydation en favorisant
l’absorption des radiations solaires dans l’écosystème lagunaire et par conséquent
l’attaque des ADN des bactéries.

112
 Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes
Toxines algales
Certaines bactéries et algues présentes dans les bassins de lagunage (facultatif et
maturation) ont la possibilité de sécréter des toxines qui qui peuvent avoir un effet
létal pour certains microorganismes. Oufdou et al., 2001 ont rapporté que les toxines
sécrétées par les cynobactéries sont toxiques pour E Coli, salmonella et d’autres
bactéries.
Mezrioui et al. 1994; ont suggéré également la contribution de certaines algues
comme Chlorella à la désinfection dans les bassins de lagunage par la sécrétion de
substances toxiques

La désinfection biologique par broutage: c’est la prédation au sein de la chaine trophique

Les plus gros (i.e protozoaires) mangent les plus pétits (i.e bactéries)

113
Facteurs d’élimination des microorganismes dans les
bassins de lagunage à microphytes

114
Qualités microbiologiques de réutilisation des eaux
usées traitées

115
Qualités microbiologiques de réutilisation des eaux
usées traitées

116
Qualités microbiologiques de réutilisation des eaux
usées traitées

117
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
L’élimination de l’azote repose sur la nitrification de NH4+ , qui est transformé en NO3- ;
cependant, en fonction de la qualité voulue de l’effluent à rejeter, et/ou de la présence
d’un traitement du phosphore, il peut être nécessaire de procéder à une dénitrification,
correspondant à la transformation de NO3- en azote gazeux.

118
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Nitrification Biologique

Nitritation Nitratation

Nitrosomonas et Nitrobacter sont des bactéries autotrophes* aérobies strictes : elles tirent leur
énergie de l’oxydation du carbone présent dans le dioxyde de carbone ; par contre, elles ont
besoin d’oxygène pour leur respiration

La nitrification est représentée par la réaction globale suivante:

NH+4 +1,83O2 + 1,98 HCO-3 0,98 NO-3 +0,021 C5H7NO2 + 1,041 H2O + 1,88 H2CO-3
Le processus de nitrification s’accompagne d’une acidification du milieu

La croissance des bactéries autotrophes impliquées nécessite donc la consommation

d'alcalinité, d'une part comme source de carbone et d'autre part pour tamponner l'acidité
produite lors de l'oxydation.
119
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Nitrification Biologique: facteurs d’influence
La nitrification dépend de plusieurs facteurs, dont les principaux sont :

La charge massique : le développement des bactéries autotrophes est plus lent

que celui des bactéries hétérotrophes. Ainsi, pour assurer une nitrification
importante, il faut favoriser l’accroissement de la biomasse nitrifiante. Cela se
traduit par une faible charge massique, ou un âge de boues important

La concentration en oxygène dissous (influence forte) : le rendement

augmente avec le taux d’oxygène dissous dans l’eau, et l’on considère
généralement qu’une concentration d’au moins 2 mg O2/l est souhaitable ;

La température : le développement optimal des bactéries se situe autour de

30°C, et une baisse de la température implique un temps de résidence plus long
pour obtenir un même taux de nitrification. Nitrobacter serait plus sensible que
Nitrosomonas à des fluctuations de température ;

Le pH : en dehors de la gamme 6,0 à 9,6, le procédé de nitrification est

totalement inhibé, mais il semble délicat de définir la gamme optimale de pH :
certains donnent 8 à 9, d’autres 7,5 à 8,5, ou encore 7,2 à 9.

Le phosphore : les concentrations nécessaires varient beaucoup selon les

120
auteurs, mais une concentration minimum de 0,5 mg/l ne serait pas limitante.
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Dénitrification Biologique
Les bactéries dénitrifiantes les plus actives dans ce procédé sont essentiellement
les Pseudomonas (hétérotrophes* aérobies facultatives)

Les principaux facteurs influençant la dénitrification sont:

Le substrat : la concentration en carbone est un facteur limitant dans la mesure où un
apport insuffisant entraîne une dénitrification incomplète. Le procédé est ralenti si le
rapport DBO5/Nà dénitrifier devient inférieur à 2 ; l’USEPA (préconise même une valeur
minimale de 3. Idéalement, ce rapport est de 10 ;
La concentration en oxygène dissous : de façon générale, l’oxygène inhibe la
synthèse des enzymes nécessaires à la dénitrification. Il faut donc une absence totale
d’oxygène. Cependant, s’il y a eu des conditions anoxiques favorisant cette synthèse
enzymatique, l’apparition de conditions légèrement aérobies ne remet pas en cause la
dénitrification ;
La température : l’optimum se situe dans la gamme 25 à 30°C, mais le processus
peut avoir lieu entre 5 et 50 °C
Le pH : l’efficacité de la dénitrification diminue fortement en dehors de la gamme 6 à 8,
avec un optimum se situant aux alentours de 7,0 – 7,5.
121
Processus d’élimination biologique de l’Azote

Anoxique

122
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Boue activée Nitrification Dénitrification

Le processus exige la mise en place de deux bassins distincts

Le bassin d’anoxie en tête de filière est le lieu de la dénitrification. L’apport en NO3-
est assuré par la recirculation de liqueur mixte ou recirculation nitrate. La biomasse
dénitrifiante privée d’O2, dont les besoins en carbone organique sont satisfaits par
l’arrivée d’eau prétraitée, recircule du clarificateur vers le bassin d’anoxie

Le bassin d’aération assure la nitrification et l’élimination de la majeure partie de la

pollution carbonée.

Cette configuration nécessite une recirculation de liqueur mixte de l’ordre de 150% à

400% du débit d’eau brute afin de respecter les conditions d’anoxie et un rapport C/N
suffisant.

123
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Boue activée Nitrification Dénitrification

C’est dans le bassin d’anoxie qu’a lieu la dénitrification. Il reçoit la liqueur mixte qui
assure l’apport des nitrates formés dans le bassin aérobie, les eaux brutes qui
assurent l’apport de matières carbonées, et les boues du bassin aérobie afin de
maintenir la concentration de la flore dénitrifiante. Il est brassé afin d’assurer une
bonne homogénéisation de tous les flux dans tout son volume. Le bassin aérobie
assure le traitement de la charge organique et l’oxydation de l’azote.
124
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Boue activée Nitrification Dénitrification

125
 Processus d’élimination biologique de l’Azote
Boue activée Nitrification Dénitrification

126
 La déphosphatation Biologique
Le phosphore est très important dans le métabolisme bactérien puisqu'il intervient dans la
synthèse de l'ATP. Certains microorganismes dits accumulateurs de phosphore sont capables
d'assimiler une quantité plus importante de phosphore que les bactéries « classiques » (20 à
30% du poids sec contre environ 2% pour les autres bactéries hétérotrophes). On appelle ces
bactéries les PAOs (« phosphorus accumulating organisms »).

L'idée de la déphosphatation biologique est de fournir aux PAO les conditions optimales pour
promouvoir leur croissance par rapport aux autres organismes. La déphosphatation biologique
est ainsi basée sur les observations suivantes:

 Les PAO sont capables de stocker le phosphore sous forme de polyphosphates au sein de
leurs cellules

 En conditions anaérobies, les PAO assimilent des produits de fermentation (acides gras
volatils) en utilisant l'énergie des polyphosphates stockés, relarguant ainsi du phosphore
inorganique

 En conditions aérobies, les produits de fermentation stockés sont utilisés pour la production
d'énergie et la croissance. L'énergie utilisée est également utilisée pour reconstituer le stock
de polyphosphates à partir du phosphore inorganique puisé dans le milieu. Ce stock
augmente avec la croissance des cellules.
127
 La déphosphatation Biologique
Pour aboutir à une déphosphatation biologique, on va donc promouvoir au sein du procédé
une alternance entre conditions anaérobies et aérobies

En anaérobiose, les bactéries aérobies hydrolysent leurs polyphosphates avec prolifération

de l ’enzyme associée (polyphosphatase).

Lorsque la bactérie sera placée à nouveau en aérobiose elle reconstituera son stock de
polyphosphate en surconsommation par rapport à ses besoins

128
 La déphosphatation Biologique

Il est important de noter que si le phosphore est ici retiré de la phase aqueuse, il
n'est pas dégradé mais seulement stocké au sein des cellules. C'est donc l'extraction
de la biomasse en excès du système qui permettra d'éliminer le phosphore.
129