COURS DE BIOCHIMIE METABOLIQUE ET MEDICALE

FSS-Université de Lomé

CHAPITRE 1 : GENERALITES SUR LES METABOLISMES

Objectifs pédagogiques:
A la fin de ce module l’apprenant doit être capable :
 de décrire le concept du métabolisme et définir les terminologies associées
 d’identifier les voies et intermédiaires métaboliques
 de distinguer les processus d’anabolisme et de catabolisme

Contenu

1. Les définitions

1.1 Métabolisme

Le métabolisme est un réseau de réactions biochimiques hautement intégrées à travers

lesquelles la cellule extrait de l’énergie de son environnement (en dégradant des nutriments ou
par conversion de l’énergie lumineuse). Il s’agit d’un ensemble de voies constituées
chacune d’une suite de réactions qui s’attaquent à une molécule donnée pour la convertir en
une ou plusieurs autres molécules (biomolécules jouant le rôle de médiateurs chimiques et
macromolécules intervenant dans la transcription par exemple). L’énergie extraite peut servir
à plusieurs travaux cellulaires (création de potentiels d’action, transport actif ou
mouvements).
1.2 Voies et intermédiaires métaboliques

Le métabolisme est fait de voies métaboliques ou succession de réactions comportant

plusieurs étapes, chacune d’elles étant catalysée par une ou plusieurs enzymes en fonction du
nombre d’étape. Certaines molécules obtenues au terme d’une étape jouent le rôle
d’intermédiaire métabolique créant leurs ponts parfois avec d’autres voies métaboliques.
Exemples de voies et intermédiaires métaboliques :
- Glycolyse
- Βêta-oxydation des acides gras
- Cycle de l’acide citrique (cycle de Krebs)

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Voie linéaire

Voie
ramifiée

Figure 1 : Voie métabolique (linéaire et ramifiée) partielle de la glycolyse

Intermédiaires
métaboliques (carrefours
clés de voies métaboliques)
Intermédiaires
métaboliques
(carrefours clé de
voies métaboliques)

Voie
métabolique
cyclique

Figure 2 : Voie métabolique cyclique et intermédiaire métabolique

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1.3 Rappel sur le pouvoir oxydant et réducteur / Potentiel d’oxydo-réduction

Plusieurs réactions biochimiques sont des réactions d’oxydo-réduction. Une réaction

d’oxydation correspond à une perte d’électrons alors qu’une réaction de réduction correspond
à un gain d’électron.
Exemple d’oxydation
FADH2 FAD + 2H+ + 2e-
Exemple de réduction
FAD + 2H+ + 2e- FADH2
Il s’agit là des réactions qui mettent en jeu des protons. C’est une réaction de réduction qui est
en même temps une réaction d’hydrogénation. Ici le nombre d’électrons transféré est égal de
protons mis en jeu (n = m = 2).

NADP+ + 2H+ + 2e- NADPH + H+

Soit: NADP+ + H+ + 2e- NADPH (n = 2 et m=1)

Très souvent les glucides, lipides et aminoacides apportent à la chaine respiratoire des
électrons de haute énergie sous forme de NADH et FADH2 et active ainsi l’ATP synthase.

NB: Toute substance oxydée en présence de sa forme réduite, constituent une demi-pile
(NAD+/NADH H+). A toute demi-pile, il est possible d’associer une valeur appelée
« potentiel d’oxydo-réduction » qui mesure la tendance de la demi-pile à céder ses électrons
c'est-à-dire son pouvoir réducteur.
On parle souvent du pouvoir réducteur du NADPH comme on parlerait du pouvoir réducteur
du NADH ou du FADH2. En fait l’oxydation de ces derniers fournis des électrons qui
permettent de réduire l’oxygène moléculaire O2 en H2O.

NADH + H+ NAD+ + 2H+ + 2e – E˚’ = – 0, 32 V

1/2 O2 + 2H+ + 2e – H2O E˚’ = 0, 82 V

La réaction globale :
NADH + H+ + 1/2 O2 NAD+ + H2O ∆E˚’ = 1, 14 V

Cette réaction s’accompagne d’une variation d’énergie libre standard de – 220 kJ mol–1 :
∆G˚’ = – nF ∆E˚’ = – (2) (96,48) (1,14) = – 220 kJ mol –1. (Avec F = 96,48 kJ/V/mol ou Eqv)

Notons que la variation d’énergie libre selon Gibbs (∆G) est la portion de la variation totale
d’énergie disponible pour accomplir un travail : c’est l’énergie utile ou énergie potentielle
chimique

La réaction est donc très exergonique et l’énergie libérée par l’oxydation d’une molécule de
NADH est suffisante pour permettre la formation endergonique de plusieurs molécules
d’ATP, étant donné que la variation d’énergie libre standard pour la formation d’une
molécule d’ATP à partir d’ADP et de P i n’est que de 30 kJ mol –1 .

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Ci-dessous la formule de quelques coenzymes :

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1.4 Notion de catabolisme/dégradation et d’anabolisme/biosynthèse

1.4.1 Le catabolisme : notion et exemples

C’est l’ensemble de réactions conduisant à la dégradation des aliments (par exemple

l’oxydation du glucose en CO2 au cours de la respiration). Ces aliments sont des combustibles
cellulaires provenant de l’alimentation (glucides, lipides et protéines) ou des réserves de
l’organisme (glycogène, triglycérides). L’énergie provenant de cette dégradation est stockée
sous forme d’ATP, de NADH et de NADPH.

Exemple de la bêta-oxydation

Les 8 molécules d’acétyl CoA donneront 80 molécules d’ATP, les 7 molécules de FADH2
10,5 et les 7 molécules de NADH 17,5, soit un total de 108 auquel il faudra
soustraire l’équivalent de 2 ATP utilisé pour l’activation du palmitate. L’oxydation
complète d’une molécule de palmitate donne donc 106 molécules d’ATP.
En effet, toutes les molécules de NADH et de FADH2 ainsi créées pourront céder leurs
électrons de haut potentiel de transfert dans la chaîne respiratoire mitochondriale et concourir
à la création d’un gradient de protons, apportant ainsi l’énergie nécessaire à la synthèse
d’ATP à partir d’ADP et de P i par l’ATP synthase mitochondriale.

1.4.2 L’anabolisme : notion et exemples

Il s’agit des réactions de biosynthèse : ce sont des réactions consommatrices d’énergie

(réactions endergoniques).

Exemple de la biosynthèse des acides gras (acide palmitique en C16) :

Les acides gras ne sont pas biosynthétisés dans les mitochondries par une voie qui serait
l’inverse de celle de leur dégradation. Ils sont synthétisés dans le cytosol par un ensemble de
réactions entièrement distinctes.
NB : Les processus anaboliques et cataboliques combinés constituent le métabolisme.
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1.5 Notion d’intégration du métabolisme

Dans l’immense majorité des êtres vivants, et surtout chez les mammifères, les voies de
synthèse et de dégradation sont distinctes et s’effectuent dans des compartiments différents
(exemple des réactions dans le cytosol et celle de la mitochondrie). Des stratégies et principes
de régulation sont utilisés pour assurer une interconnexion des voies et des métabolites. Ainsi,
une coordination et une coopération sont mises en place pour réaliser un équilibre
indispensable au fonctionnement harmonieux de divers organes. Ces coordination et
coopération peuvent prendre plusieurs formes :
- Stratégie : ATP, pouvoir réducteur et modules élémentaires de biosynthèse
- Carrefours métaboliques clés : glucose-6-phosphates, pyruvate et acetyl-CoA
- Mécanismes de la régulation : interaction allostériques, taux d’enzymes etc..

1.6 Bioénergétique

C’est l’étude des variations d’énergie associées aux réactions biochimiques. La nutrition
normale et le métabolisme expliquent comment cette énergie est obtenue à partir des aliments.
Le jeûne comme la dénutrition tuent lorsque les réserves d’énergie sont épuisées. L’excès
d’énergie explique l’obésité (malnutrition).

2. L’énergie cellulaire et le métabolisme

2.1 Energie intracellulaire

Il s’agit d’un apport continu d’énergie directement utilisable, qui est indispensable aux
êtres vivants pour effectuer des actes fondamentaux tels que la synthèse de biomolécules à
partir de précurseurs simples, le transport actif d’ions/molécules et des mouvements
cellulaires. Dans la plupart de ces processus, le donneur d’énergie est l’adénosine triphosphate
(ATP) dont l’énergie contenue dans ses deux dernières liaisons phosphate est d’utilisation
quasi universelle.

L’ATP est la plaque tournante des échanges d’énergie intracellulaire. Dans les conditions
standards, en présence d’un excès d’ions Mg2+, la variation de l’énergie libre de synthèse de
l’ATP à partir d’ADP et de Pi est 7,3 kcal/mol à 37°C : la variation d’énergie libre standard
d’hydrolyse de l’ATP en ADP et en Pi est e -7,3 kcal/mol à 37°C.

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Il existe trois sources principales de phosphates à haute énergie chez les animaux/êtres
humains: la glycolyse, la phosphorylation oxydative et le cycle de l’acide citrique seront
étudiées.

La synthèse d’ATP à partir d’ADP et Pi doit être couplée à une réaction exergonique, en règle
générale une réaction d’oxydation. Les réactions endergoniques sont souvent couplées à
l’hydrolyse de l’ATP en ADP + Pi. Ce système de couplage se trouve dans les réactions de
déshydrogénation qui sont couplées à des hydrogénations par le biais d’un transporteur.

2.2 Relation Energie-Métabolisme

Pour synthétiser l’ATP, les êtres vivants mettent en œuvre trois mécanismes essentiels : la
phosphorylation au niveau du substrat, la phosphorylation oxydative et la
photophosphorylation, qui se développent respectivement au cours de trois processus
fondamentaux : la fermentation, la respiration et la photosynthèse.
Lors de la phosphorylation au niveau du substrat, la synthèse d’ATP résulte de la fixation
d’un phosphoryle de haut potentiel de transfert sur l’ADP grâce à des enzymes cytosoliques
solubles. Dans les cellules animales, de tels phosphoryles sont créés essentiellement au
cours du métabolisme anaérobie des oses.

Lors de la phosphorylation oxydative, la synthèse d’ATP est réalisée à partir d’ADP et de Pi

par une ATP synthase, avec pour source d’énergie une force protomotrice constituée d’un
potentiel électrique de membrane et d’un gradient de concentration de protons. Pour créer
cette force protomotrice, les cellules doivent disposer de structures constituées d’une
membrane imperméable aux protons qui délimitent un compartiment clos et de pompes à
protons. L’énergie nécessaire à l’activation de ces dernières est apportée par l’oxydation de
certains métabolites lors de la phosphorylation oxydative.
Lorsque la biosynthèse d’une molécule fait intervenir un précurseur plus oxydé que le
produit, un pouvoir réducteur est nécessaire. Pour l’essentiel, ce dernier est apporté par le
NADPH qui est un transporteur d’électrons activés cyclant entre une forme réduite et une
forme oxydée. Le NADPH est formé au cours des étapes initiales de la voie des pentoses
phosphate.

3. Régulation des voies métaboliques

L’intégration du métabolisme avec les interconnexions entre les différentes voies

métaboliques suppose une coordination et un contrôle répondant à un souci d’efficacité et
d’efficience. Cela permet d’installer un équilibre indispensable au fonctionnement
harmonieux de divers organes constitutifs d’un être vivant. Plusieurs mécanismes sont
utilisés pour coordonner l’anabolisme et le catabolisme: la régulation allostérique, la
modification covalente, le contrôle du taux des enzymes, le contrôle hormonal, la
compartimentation cellulaire et la spécialisation métabolique des organes (le cerveau et le
foie). Deux cas seront abordés dans la suite :
- Régulation allostérique
Dans la plupart des voies métaboliques, le flux des molécules est déterminé tout d’abord par
les taux et les activités de certaines enzymes, plus que par la disponibilité du substrat.
Toutefois, il existe aussi dans pratiquement toutes les voies du métabolisme, un certain
nombre d’enzymes en position clé dont les activités sont gouvernées par la concentration de

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leurs substrats suivant une cinétique différente de la cinétique michaelienne. Les réactions
faisant l’objet de cette régulation allostérique sont surtout les réactions irréversibles par
nature. Il s’agit souvent des étapes qui engagent la voie métabolique dont les enzymes sont
régulées allostériquement.

Exemple dans la glycolyse :

Régulation
allostérique

Régulation
allostérique

 La première réaction de la glycolyse, qui conduit au glucose 6-phosphate, est catalysée

par l’hexokinase. Elle est métaboliquement irréversible. C’est un site de régulation de
la glycolyse. En effet, le glucose 6-phosphate, à concentration élevée, inhibe
allostériquement les isoenzymes I, II et III de l’hexokinase présents dans la plupart des
organes.

 La troisième réaction de la glycolyse, qui conduit au fructose 1,6-bisphosphate, est

contrôlée par une enzyme allostérique, la phosphofructokinase 1 (PFK1). Elle est, elle
aussi, métaboliquement irréversible. Cette réaction, qui engage le glucose dans la voie
de la glycolyse, est un important site de régulation de cette dernière.

- Le contrôle au niveau de la synthèse enzymatique par induction/répression

Il se traduit par l’augmentation ou la diminution ou l’arrêt de la synthèse des enzymes
intervenant dans le métabolisme d’un substrat.

Exemple des cas de répression transcriptionnelle : il peut s’agir de mécanismes faisant appel à
des enzymes qui déphosphorylent ou déacétylent les histones puis entraînent un bloçage de la
transcription.

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4. Détermination isotopique des voies métaboliques

Les voies métaboliques étant constituées des réactions avec des réactifs et des produits, pour
suivre les transformations d’un composé au cours d’une ou de plusieurs réaction et cerner une
voie métabolique, on remplace un ou plusieurs atomes du composé par des isotopes
radiaoctifs correspondants (marqué le composé). Le composé est par après injecté à un animal
ou introduit dans une culture cellulaire. On identifie ultérieurement le ou les produits obtenus
dans lesquels on localise le ou les atomes radioactifs.

Exemple : On peut incuber du D-[1-14C] glucose avec des sections de tissu hépatique, puis on
isole après de l’acide pyruvique avec le carbone 3 de l’acide pyruvique qui est identifié
radioactif.
Documents sources :

1- Murray K., Kennelly J., Bender D., Rodwell V., Botham K., Weil P. Biochimie
illustrée de Harper ; 4ème Ed. Bruxelles : De boeck 2011
2- Weil J-W. Biochimie générale ; 9ème éd. Paris : DUNOD 2001
3- Weinman S., Méhul P. Toute la biochimie ; Paris : DUNOD 2004

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