Annales CNC – Informatique OMAR ZEKRAOUI

CNC 2018 - Filière TSI

Sommaire

Partie I : Bases de donnée

Arbre généalogique

Dans cette partie, le but est de modéliser une structure qui représente un arbre généalogique par une
base de données. On commence par représenter l’arbre généalogique sous forme d’un arbre n-aire
descendant :
En haut de l’arbre se situe l’ancêtre commun à tous les membres de l’arbre généalogique. Et chaque membre
de l’arbre est relié vers le bas à chacun de ses enfants. À l’exception de l’ancêtre commun, chaque membre
de l’arbre est relié vers le haut à une unique personne : son parent.
Pour plus de clarté, nous prendrons l’arbre généalogique suivant comme exemple dans toute cette partie :

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Cet arbre généalogique est composé de plusieurs générations. Le plus grand ancêtre est 'Mohamed', il
appartient à la génération 0. Le plus grand ancêtre est appelé : racine de l’arbre. Ce dernier possède trois
enfants : 'Ahmed', 'Maryem' et 'Khalid'. Ces trois enfants appartiennent à la génération 1. 'Khalid' n’a pas
d’enfant, 'Ahmed' a un enfant, et 'Maryem' en a deux. Les enfants de 'Ahmed' et de 'Maryem' appartiennent à
la génération 2, ... etc. Le nombre total de générations dans l’arbre est appelé : hauteur de l’arbre. On peut
calculer la hauteur de l’arbre en ajoutant le nombre 1 à la plus grande génération dans l’arbre.
Exemple : La hauteur de l’arbre de l’exemple précédent est 4.

Dans ce qui suit, on propose de représenter l’arbre généalogique par une base de données composée
de deux tables : la table : membres et la table : liens.

Membres Liens

id (Entier) id_parent (Entier)

prenom (Texte) id_enfant (Entier)

genre (Texte)
generation (Entier)

a- Structure de la table Membres :

La table Membres contient tous les membres de l’arbre généalogique. Elle est composée de quatre
champs : id, prenom, genre et generation :
Le champ id contient un entier positif unique, qui permet d’identifier, chaque membre dans la
table ;
Le champ prenom contient le prénom d’un membre de l’arbre généalogique ;
Le champ genre contient le caractère 'M' pour les masculins, ou 'F' pour les féminins :
Le champ generation contient un entier positif qui représente le niveau du membre dans l’arbre
généalogique.

b- La structure de la table Liens :

La table Liens contient tous les liens de parenté parent-enfant entre les membres de l’arbre
généalogique. Elle est composée de deux champs : id_parent et id_enfant :
Le champ id_parent contient les identifiants des membres parents ;
Le champ id_enfant contient les identifiants des membres enfants.

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c- Exemples d’enregistrements dans les tables Membres et Liens:

Table : Membres Table : Liens

id prenom genre generation id_parent id_enfant
1 Mohamed M 0 1 2
2 Ahmed M 1 1 3
3 Maryem F 1 1 4
4 Khalid M 1 2 5
5 Manal F 2 3 6
6 Sara F 2 3 7
7 Ahmed M 2 7 8
8 Jinane F 3 … …
… … … …

Q.1- Déterminer la clé primaire de la table Membres, et la clé primaire de la table Liens.
Justifier votre réponse.

Q.2- Écrire une requête SQL, qui donne pour résultat le prénom et le genre du plus grand ancêtre des
membres.

Q.3- Écrire une requête SQL, qui donne pour résultat les prénoms et les générations, sans répétition, des
membres masculins, dont le prénom commence par 'A', et se termine par 'D', et contient 'E'.

Q.4- Écrire une requête SQL, qui donne pour résultat la hauteur de l’arbre.

Q.5- Écrire une requête SQL, qui donne pour résultat les prénoms et les genres des enfants du parent
dont l’id_parent = 15, triés dans l’ordre alphabétique des prénoms.

Q.6- Écrire une requête SQL qui donne pour résultat les identifiants, les prénoms et les générations des
membres ayant un nombre d’enfants supérieur ou égal à 3, triés dans l’ordre décroissant du nombre
d’enfants.

Q.7- Écrire une requête SQL qui crée une nouvelle table nommée Membres_1, ayant la même structure
que la table Membres.

Q.8- Écrire une requête SQL qui copie dans la table Membres_1, tous les membres de la table Membres,
qui possèdent le même prénom que celui du plus grand ancêtre.

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Partie II :
Bioinformatique : Recherche d’un motif

La bioinformatique, c'est quoi?

Au cours des trente dernières années, la récolte de données en biologie a connu un boom quantitatif grâce
notamment au développement de nouveaux moyens techniques servant à comprendre l'ADN et d’autres
composants d’organismes vivants. Pour analyser ces données, plus nombreuses et plus complexes aussi, les
scientifiques se sont tournés vers les nouvelles technologies de l’information. L'immense capacité de
stockage et d’analyse des données qu'offre l'informatique leur a permis de gagner en puissance pour leurs
recherches. La bioinformatique sert donc à stocker, traiter et analyser de grandes quantités de données de
biologie. Le but est de mieux comprendre et mieux connaître les phénomènes et processus biologiques.
Dans le domaine de la bioinformatique, la recherche de sous-chaîne de caractères, appelée motif, dans un
texte de taille importante, était un composant important dans beaucoup d’algorithmes. Puisqu’on travaille sur
des textes de tailles très grandes, on a toujours cette obsession de l’efficacité des algorithmes : moins on a à
faire de comparaisons, plus rapide sera l’exécution des algorithmes.
Le motif à rechercher, ainsi que le texte dans lequel on effectue la recherche, sont écrits dans un alphabet
composé de quatre caractères : 'A' , 'C' , 'G' et 'T'. Ces caractères représentent les quatre bases de l’ADN :
Adénine, Cytosine, Guanine et Thymine.

Codage des caractères de l’alphabet

L’alphabet est composé de quatre caractères seulement : 'A', 'C', 'G' et 'T'. Dans le but d’économiser la
mémoire, on peut utiliser un codage binaire réduit pour ces quatre caractères.

Q. 1 : Quel est le nombre minimum de bits nécessaires pour coder quatre éléments ?

Q. 2 : Donner un exemple de code binaire pour chaque caractère de cet alphabet.

Préfixe d’une chaîne de caractères

Un préfixe d’une chaîne de caractères S non vide, est une sous-chaîne non vide de S, composée de la
suite des caractères entre la première position de S et une certaine position dans S.
Exemple : S = 'TATCTAGCTA'
La chaîne 'TAT' est un préfixes de 'TATCTAGCTA' ;
La chaîne 'TATCTA' est un préfixes de 'TATCTAGCTA' ;
La chaîne 'TATCTAGCTA' est un préfixes de 'TATCTAGCTA' ;
La chaîne 'T' est un préfixes de 'TATCTAGCTA' ;
La chaîne 'CTAGC' n’est pas un préfixe de S.

Q. 3 : Écrire une fonction prefixe (M, S), qui reçoit en paramètres deux chaînes de caractères M et S non
vides, et qui retourne True si la chaîne M est un préfixe de S, sinon, elle retourne False.

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Q. 4 : Quel est le nombre de comparaisons élémentaires effectuées par la fonction prefixe (M, S), dans le
pire cas ? Déduire la complexité de la fonction prefixe (M, S) dans le pire cas.

Suffixe d’une chaîne de caractères

Un suffixe d’une chaîne de caractères S non vide, est une sous-chaîne non vide de S, composée de la
suite des caractères, en partant d’une certaine position p dans S, jusqu’à la dernière position de S. L’entier
p est appelée : position du suffixe.
Exemple : S = 'TATCTAGCTA'
La chaîne 'CTAGCTA' est un suffixe de 'TATCTAGCTA', sa position est : 3 ;
La chaîne 'GCTA' est un suffixe de 'TATCTAGCTA', sa position est : 6 ;
La chaîne 'TATCTAGCTA' est un suffixe de 'TATCTAGCTA', sa position est : 0 ;
La chaîne 'CTAGC' n’est pas un suffixe de S.

Q. 5 : Écrire une fonction liste_suffixes (S), qui reçoit en paramètre une chaîne de caractères S non vide, et
qui renvoie une liste de tuples. Chaque tuple de cette liste est composé de deux éléments : un suffixe de S, et
la position p de ce suffixe dans S (0 ≤ p < taille(S)). Les tuples de cette liste sont ordonnés dans l’ordre
croissant des positions des suffixes.
Exemple : S = 'TATCTAGCTA'
La fonction liste_suffixes (S) renvoie la liste :
[('TATCTAGCTA', 0), ( 'ATCTAGCTA', 1), ( 'TCTAGCTA', 2), ('CTAGCTA', 3), ('TAGCTA', 4),
('AGCTA', 5), ('GCTA', 6), ('CTA', 7), ('TA', 8), ('A', 9)]

Recherche séquentielle d’un motif

La recherche séquentielle, d’un motif M dans une chaîne de caractères S non vide, consiste à parcourir
la liste L des suffixes de S (voir Question. 5), en cherchant si le motif M est un préfixe du suffixe d’un tuple
de la liste L. Si oui, la fonction retourne la position de ce suffixe.
Le parcours, de la liste L, ne doit considérer que les positions possibles pour le motif M, c’est-à-dire les
positions p tels que : 0 ≤ p ≤ (taille de L – taille de M).

Q. 6 : Écrire une fonction : recherche_sequentielle (M, L), qui, en utilisant le principe de la recherche
séquentielle dans L, renvoie la position du premier tuple, tel que M est un préfixe du suffixe de ce tuple, s’il
existe ; sinon, la fonction renvoie None.
NB : Dans cette fonction, on ne doit pas utiliser la méthode index().
Exemples : La liste des suffixes de la chaîne 'TATCTAGCTA' est :
L = [('TATCTAGCTA', 0), ( 'ATCTAGCTA', 1), ( 'TCTAGCTA', 2), ('CTAGCTA', 3), ('TAGCTA', 4),
('AGCTA', 5), ('GCTA', 6), ('CTA', 7), ('TA', 8), ('A', 9)]
recherche_sequentielle ('CTA', L) renvoie la position 3 ; 'CTA' est préfixe de 'CTAGCTA'
recherche_sequentielle ('TA', L) renvoie la position 0 ; 'TA' est préfixe de 'TATCTAGCTA'
recherche_sequentielle ('CAGTA', L) renvoie None. 'CAGT' n’est préfixe d’aucun suffixe

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Q. 7 : On pose m et k les tailles respectives de la chaîne M et la liste L. Déterminer, en fonction de m et k,
la complexité de la fonction recherche_sequentielle (M, L), dans le pire cas. Et, donner un exemple, de
chaînes M et S, qui atteigne cette complexité.

Tri de la liste des suffixes

Q. 8 : Écrire une fonction tri_liste (L), qui reçoit en paramètre la liste L des suffixes d’une chaîne de
caractères non vide, créée selon le principe décrit dans la question 5. La fonction tri_liste, trie les éléments
de L dans l’ordre alphabétique des suffixes. (Voir exemple suivant)
NB : On ne doit pas utiliser la fonction sorted(), ou la méthode sort().
Exemple :
L = [('TATCTAGCTA', 0), ( 'ATCTAGCTA', 1), ( 'TCTAGCTA', 2), ('CTAGCTA', 3), ('TAGCTA', 4),
('AGCTA', 5), ('GCTA', 6), ('CTA', 7), ('TA', 8), ('A', 9)]
Après l’appel de la fonction tri_liste (L), on obtient la liste suivante :
[ ('A', 9) , ('AGCTA', 5) , ('ATCTAGCTA', 1) , ('CTA', 7) , ('CTAGCTA', 3) , ('GCTA', 6) , ('TA', 8) ,
('TAGCTA', 4) , ('TATCTAGCTA', 0) , ('TCTAGCTA', 2) ]

Recherche dichotomique d’un motif :

La liste des suffixes L contient les tuples composés des suffixes d’une chaîne de caractères S non vide, et
de leurs positions dans S. Si la liste L est triée dans l’ordre alphabétique des suffixes, alors, la recherche
d’un motif M dans S, peut être réalisée par une simple recherche dichotomique dans la liste L.

Q. 9 : Écrire une fonction recherche_dichotomique (M, L), qui utilise le principe de la recherche
dichotomique, pour rechercher le motif M dans la liste des suffixes L triée dans l’ordre alphabétique des
suffixes : Si M est un préfixe d’un suffixe dans un tuple de L, alors la fonction retourne la position de ce
suffixe. Si la fonction ne trouve pas le motif M recherché, alors la fonction retourne None.
Exemple :
La liste des suffixes de 'TATCTAGCTA', triée dans l’ordre alphabétique des suffixes est :
L = [ ('A', 9) , ('AGCTA', 5) , ('ATCTAGCTA', 1) , ('CTA', 7) , ('CTAGCTA', 3) , ('GCTA', 6) , ('TA', 8) ,
('TAGCTA', 4) , ('TATCTAGCTA', 0) , ('TCTAGCTA', 2) ]
recherche_dichotomique ('CTA', L) renvoie la position 3 ; 'CTA' est préfixe de 'CTAGCTA'
recherche_dichotomique ('TA', L) renvoie la position 0 ; 'TA' est un préfixe de 'TATCTAGCTA'
recherche_dichotomique ('CAGT', L) renvoie None. 'CAGT' n’est préfixe d’aucun suffixe

Q. 10 : On pose m et k les tailles respectives de la chaîne M et la liste L. Déterminer, en fonction de m et k,

la complexité de la fonction recherche_dichotomique (M, L), dans le pire cas. Justifier votre réponse.

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Partie III : Calcul numérique

Calcule de la racine nième par la méthode de 'Newton'

De nombreux problèmes d'économie, de mathématiques ou de physique se concluent par la résolution

d'une équation f(x) = 0. Bien souvent, il n'est pas possible de résoudre exactement cette équation, et on
cherche une valeur approchée de la solution (ou des solutions). Newton a proposé une méthode générale
pour obtenir une telle approximation. L'idée est de remplacer la courbe représentative de la fonction par sa
tangente.

On part d'un point x0 de l'intervalle de définition de f, et on considère la tangente à la courbe représentative

de f en (x0 , f(x0)). On suppose que cette tangente coupe l’axe des abscisses (c.à.d. f '(x0) non nul).
9
Soit x1 l'abscisse de l'intersection de la tangente avec l'axe des abscisses : 9 =9 −
9

Puisque la tangente est proche de la courbe, on peut espérer que x1 donne une meilleure estimation d'une
solution de l'équation f(x) = 0 que x0.
9
On recommence alors le procédé à partir de x1, on obtient x2 : 9( = 9 −
9

…
9
Ainsi, on construit par récurrence une suite (xn) définie par : 9 " =9 −
9

Sous de bonnes hypothèses sur f, assez restrictives, (xn) converge vers la solution de l’équation f(x) = 0, et
la convergence est très rapide.

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A- Approximation de la dérivée par la moyenne des taux d’accroissement à gauche et à droite :
Si f est une fonction dérivable en xi, on peut toutefois obtenir une approximation de f '(xi) par la moyenne
des taux d’accroissement à gauche et à droite de xi :
Pour un réel h > 0 (très proche de 0) :
9 +$ − 9 −$
′ 9 ≈
($

9
Q.1- Montrer que : 9 " = 9 − ($
9 "$ 9 $

Q.2- Écrire une fonction : newton ( f, x0, eps, h) qui reçoit en paramètres :
La fonction f ;
Le premier terme x0 de la suite (xn) ;
Le réel h strictement positif très proche de 0 ;
Le réel eps strictement positif qui représente la précision.
La fonction renvoie le premier terme xk de la suite (xn) tel que : | 9 − 9 | ≤ =%7

B- Calcul de la racine n-ème positive d’un réel positif

Pour calculer la racine n-ème positive d’un réel positif a, il suffit de trouver la solution positive de
l’équation : 9 – = , par la méthode de Newton.

Dans ce qui suit, on suppose que a et n sont deux variables globales déclarées et initialisées :
a est un réel positif, et n un entier strictement positif.

Q. 3- Définir la fonction g (x), qui reçoit en paramètre un réel positif x et qui renvoie : 9 – .

Q. 4- On suppose que les modules suivant sont importé :

from numpy import *
from matplotlib.pyplot import *

Écrire le code du programme Python qui permet de tracer la courbe de la fonction g, dans l’intervalle [0 , a].
Le nombre de points générés dans la courbe est : 500

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Exemple :
Pour a=2.0 et n=7, on obtient la courbe suivante :

Représentation graphique de la fonction : g(x) = x7 - 2

Q. 5- Écrire le code du programme Python qui utilise la fonction newton (), et qui affiche la valeur
approximative de la racine n-ème positive de a : √ , avec la précision : 10-12 et h= 0.00001.

Exemple :
Pour n=7 et a=2.0, le programme affiche la racine 7ème positive de 2 : 1.1040895136738123

~~~~~~ FIN ~~~~~~

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