Bioénergétique & Biochimie Métabolique Chap 1
Bioénergétique & Biochimie Métabolique Chap 1
Bioénergétique & Biochimie Métabolique Chap 1
1- Généralités :
Les aliments sont constitués de molécules riches en énergie :
les glucides, les lipides et les protides
Cette énergie n’apparait pas immédiatement dans la cellule mais après dégradations
au cours d’étapes oxydatives successives (réactions de catabolisme) où elles cèdent
leurs électrons.
L’énergie libérée est récupérée ainsi par étapes successives et finalement transférée à
des composés riches en énergie dont les plus importants est l’ATP (= stockée).
L’ATP constitue « la monnaie d’échange de l’énergie cellulaire » car cette molécule
riche en énergie (issue de la transformation des métabolites des aliments) permet à la
cellule d’utiliser cette énergie pour ses différents besoins et pour effectuer différents
travaux : transport membranaire, contraction musculaire, chaleur et maintien de la
température du corps, conduction nerveuse, synthèse de biomolécules….etc.
- Les systèmes biologiques sont essentiellement isothermes (Tpre=cte), l’énergie
libérée au cours des réactions de dégradations (catabolisme) est transférée aux
réactions de synthèse (anabolisme) par couplage (= aux réactions d’oxydation).
-Les réactions de dégradations sont exergoniques, celles de synthèse endergoniques.
-Toute réaction de synthèse (anabolisme) est couplée à une autre de dégradation.
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• Définitions :
- Le métabolisme = ensemble des transformations chimiques que subissent les
molécules biochimiques et qui se déroulent dans la cellule vivante pour ses besoins.
4000 enzymes environ intervenant dans le métabolisme sont connues.
Ces réactions sont enchevêtrées (= très ramifiées), forment un réseau de voies au cours
desquelles les métabolites sont transformés biochimiquement. Le but est de :
- 1- Produire l’énergie nécessaire aux fonctions vitales de la cellule ;
- 2- Synthèse de Macromolécules (Protéines, lipides complexes et acides nucléiques) ;
- On distingue 2 types de processus (ou de transformations) :
- Le catabolisme : les molécules apportées par l’alimentation ou en provenance des
réserves cellulaires et qui sont riches en énergie sont décomposées et oxydées en
composants élémentaires plus simples qui finissent par l’oxydation complète en CO2 +
H2O. Il en résulte parallèlement la libération d’énergie stockée sous forme d’ATP.
- L’anabolisme : c’est l’ensemble des séquences métaboliques qui permettent la
synthèse de molécules plus complexes ou macromolécules à partir de précurseurs
simples (constituant élémentaire ou intermédiaire métabolique). Pour réaliser cette
Synthèse, la cellule a besoin d’énergie qui provient des réactions du catabolisme.
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• La bioénergétique étudie l’approvisionnement, l’utilisation, les transformations et les
transferts d’énergie associées aux réactions biochimiques dans la cellule. On applique les
lois de la thermodynamique aux réactions biochimiques pour comprendre ces transferts.
Aliments ou
réserves cellulaires
Réactions de catabolisme :
Ex. - Cycle de Krebs;
- Glycolyse;
- β-oxydation
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• L’énergie libérée au cours du catabolisme est captée sous forme de composés riches
en énergie dont les plus importants est l’ATP.
• La présence d’ATP est un critère important de vie cellulaire
• Le système ATP/ADP fonctionne comme un transporteur d’énergie cellulaire entre
les réactions du catabolisme et celles d’anabolisme :
• Au cours des réactions du catabolisme, l’énergie fournie par les réactions successives
d’oxydation (par exemple les réactions du cycle de Krebs) est utilisée pour former l’ATP
partir de l’ADP qui peut accepter un groupement phosphate :
Energie du catabolisme
Produits riches en
énergie chimique
• A signaler que l’ATP ne fournit pas uniquement l’énergie simple par hydrolyse
mais également par transfert de groupements Pi (phosphate inorganique) ou Pii
(pyrophosphate) pour créer des composés phosphorylés. Ainsi :
ATP → ADP + Pi ∆G°’= -7,3 Kcal/mole
ADP → AMP + Pi ∆G°’= -7,3 Kcal/mole
AMP → Adénosine + Pi ∆G°’= -3,4 Kcal/mole
1 Calorie = 4,1868 Joule
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
Exergonique
D
Energie chimique
Endergonique
C B
D
E
∼E
B C
• Cette substance E agit en tant que transporteur d’énergie libre de la réaction
exergonique vers celle endergonique
• Contrairement au métabolite intermédiaire (I), E peut servir de transporteur
d’énergie d’un vaste champ de réactions exergoniques vers un champs également vaste
de réactions endergoniques (synthèse, contraction, excitation nerveuse, etc…).
• Dans la cellule, ce transporteur commun hautement énergétique (∼E ) est l’ATP qui
assure le transfert d’énergie libre depuis les R. exergoniques vers les R. endergoniques.
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• Le rôle de l’ATP dans les transferts d’énergie fût découvert par F. Lipmann, 1941
après des expériences montrant que l’ATP et la créatine phosphate sont dégradés
lors de la contraction musculaire.
• En 1941, F. Lipmann introduit le concept de « phosphate à haute énergie » et «
liaison phosphate à haute énergie » ( ∼P) que l’on symbolise par le signe (∼).
• Ce symbole (∼P) indique que le groupement phosphate est attaché par une liaison
riche en énergie et que son transfert vers un accepteur approprié entraine le
transfert d’une plus grande quantité d’énergie libre.
• Pour cette raison, certains auteurs préfèrent le terme « potentiel de transfert de
groupe » au terme de « liaison à haute énergie »;
• L’ ATP possède 2 groupes P à haute énergie tandis que l’ADP n’en contient que 1.
• La liaison P dans l’AMP est faiblement énergétique car c’est une liaison ester
normale. Ainsi on peut écrire :
ATP = A – P – O ∼P – O ∼P ; l’ADP = A – P – O ∼P Et l’AMP = A - P
• Dans les organismes aérobies, la meilleure source quantitative de ∼P nous est
fournie par les réactions catalysées par l’ATP synthétase. L’énergie libre nécessaire à
ce processus provient de l’oxydation de donneurs d’électrons au niveau de la chaine
respiratoire dans la mitochondrie.
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
L’ATP est la molécule la plus importante, mais d’autres possèdent également des
énergies libres d’hydrolyse importantes comme les thioesters, le
phosphoénolpyruvate et la phosphocréatine. Ci-dessous quelques valeurs de ∆G’°
d’hydrolyse de plusieurs molécules phosphorylées biochimiquement importantes :
L°. Riches
en énergie
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• Voie métabolique :
Le métabolisme est un ensemble complexe de voies métaboliques.
Une voie métabolique est un ensemble de réactions enzymatiques qui forment une
séquence qui commence par une molécule « le précurseur » et se termine par un
produit final en passant par un ensemble d’intermédiaires appelés métabolites.
Précurseur → B → C → D → E → F → ……….. → X = Produit final
E1 E2 E3 E4 E5 Ex
-/+ -
Dans une voie métabolique, la régulation et le contrôle se font à différents niveaux:
1- Par les facteurs physico-chimiques et les produits du métabolisme: ils agissent
sur les enzymes par des modifications conformationnelles ou covalentes;
2- Enzymes régulatrices : la 1ère enzyme d’une voie est l’enzyme clé car elle contrôle
la vitesse de la réaction par son activation ou inhibition; la dernière enzyme
Contrôle la voie par rétroinhibition car le produit terminal de la voie en
s’accumulant inhibe la 1ère enzyme;
3- Ce contrôle peut se faire aussi par voie génétique ou par l’intermédiaire de «
messagers »
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
Digestion
Schéma général des voies du catabolisme
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• On peut exprimer par une constante d’équilibre la tendance d’un agent réducteur à
perdre un électron. Cette propriété est traduite par le potentiel standard de réduction
défini comme la force électromotrice (fem) exprimée en volts fournie par une demi
cellule dans laquelle le réducteur et l’oxydant sont à la [C] 1M; 25°C et pH = 7 en équilibre
avec une Électrode qui peut recevoir les e- du réducteur : Oxydant + e- ↔ Réducteur
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
Electrode en
(II) Electrode
de référence
Force du
réducteur ↗+
BIOENERGETIQUE :
Chapitre 1 : Energétique des réactions Biochimiques
• Equation de Nernst :
Elle exprime la relation qui existe entre le potentiel standard de réduction d’un couple
redox donné, son potentiel mesuré et le rapport des concentrations du donneur et de
l’accepteur d’électrons : Soit la ½ réaction suivante : x Ox + n e- ↔ y Red
ΔG = - nF ΔE ou ΔG0’ = - nF ΔE0’
Transfert de 2 e- :
NAD + + H2 + 2e- ---- NADH + H+
BIOENERGETIQUE :
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