Unité d’enseignement 3 : Microbiologie

ECUE 1 : Bactériologie générale

Dr MILLOGO Anselme, PhD Biologie Santé,

spécialité Microbiologie

CM : 18 H TD: 6 H TP: 12 H VHE : 24H VHT : 60H

 Objectifs spécifiques
I. Décrire la morphologie et la structure bactérienne

II. Expliquer la physiologie bactérienne

III. Expliquer la génétique bactérienne

IV.Appliquer les techniques de stérilisation ((Technologie labo)

V. Décrire les familles d’antibiotiques

VI.Réaliser les colorations en bactériologie (Technologie labo)

VII.Réaliser les ensemencements bactériologiques

2
 PLAN
Chapitre1: Introduction à la microbiologie

Chapitre 2: Mesures de sécurité

Chapitre 3: Morphologie des bactéries

Chapitre 4 Spore bactérienne

Chapitre 5: Physiologie bactérienne

Chapitre 6: Génétique bactérienne

Chapitre 7: Classification des bactéries

3
 PLAN

Chapitre 8 : Relation hôte-bactéries

Chapitre 9: Antibiotiques

Chapitre 10: Vaccins antibactériens

Travaux dirigés

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 Chapitre 1: Introduction à la microbiologie
1. Définition

• La microbiologie est la discipline qui s’intéresse à l’étude

des microbes appelés également: micro-organismes (du
grec : mikrós " petit "; et organismós, " organisme ")

• Le terme de microbe peut être défini comme l'ensemble

des êtres vivants dont la taille est invisible à l'œil nu

5
 Chapitre 1: Introduction à la microbiologie

1. Définition

• Ces microbes comprennent les bactéries, les archéobactéries,

les champignons microscopiques (levures et moisissures), les
algues unicellulaires et les protozoaires. Les virus, quant à
eux, sont considérés comme des êtres non vivants, acellulaires
qui dépendent entièrement de leurs cellules hôtes.

6
 Chapitre 1: Introduction à la microbiologie

1. Définition

Procaryotes (absence de membrane Eucaryotes (présence

nucléaire) d’une membrane nucléaire)
– Bactéries – Protistes

Plasmodium falciparum
Escherichia coli
– Champignons (terme obsolète)
Acaryotes (organismes acellulaires) = Mycota ou Fungi
– Virus

Virus de la dengue:
Bactériophage T https://www.flickr.com/photos/ajc1/1437
microbiologie-medicale.fr Candida albicans
910835

http://www.e-bug.eu/senior_pack.7aspx?cc=fr&ss=3&t=Coll%C3%A8ges-Introduction%20aux%20Microbes
7
 Chapitre 1: Introduction à la microbiologie

2. Historique

• Premiers organismes vivants

• Durée sur la terre : 3,5 x 109 années

• Homme : 4 x 106 années

• Omniprésents

• Adaptables : peuvent se diviser toutes les 20 minutes

• Essentiels

• Mais parfois pathogènes

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2. Historique

Identification
van Leeuwenhoek 1677

Pasteur 1867
Diabolisation Fermentation

Réhabilitation Fleming 1928

Pénicilline

Valorisation Préservation

Beijerinck 1901
Fixation de l’azote par les
bactéries
9
 2. Historique

Identification
• En 1665: A travers un microscope relativement simple, Robert Hooke, a rapporté au
monde que les organes sont composés d'unités structurales très petites qu'il a appelé
"petites boîtes". En utilisant sa version améliorée d'un microscope, Hooke a été en
mesure de voir les cellules individuelles et développe la théorie cellulaire. Bien que le
microscope de Hooke fût capable de montrer de grandes cellules, il lui manquait la
résolution qui lui aurait permis de voir clairement les microbes

10
 2. Historique
Identification

• Par l’inventeur du microscope Anton van Leeuwenhoek en 1677

• Notion d’animalcules
• Hypothèse de la génération spontanée
• Théorie microbienne:
– Origine et rôles reconnus par Pasteur en 1859

11
 2. Historique
Diabolisation

• Responsabilité pour les maladies infectieuses identifiée par Pasteur.

• La notion d’ennemi à combattre a conduit à l’utilisation croissante et indiscriminée de

désinfectants, savons antibactériens, le tout encouragé par l’industrie….

• Les maladies infectieuses restent la 1ère cause de mortalité dans les pays à faible revenu.

• Amalgame microbes utiles –microbes pathogènes persistant de nos jours.

• Aspect culturel : assimilation hygiène = pureté.

12
 2. Historique
Réhabilitation

• Pasteur 1850 :
– levures et fermentation
• Beijerinck 1901
– Fixation de l’azote et fertilité des sols
• Fleming 1928
– Découverte de la pénicilline
• Rôles bénéfiques de la flore intestinale
– digestion
– synthèse de vitamines
– immunité….
Image Wikimedia commons
13
 2. Historique
Valorisation

• Utilisation dans l’industrie : (exemples)

– Produits alimentaires:
• pain,
• laitages,
• bière,
• vin,
– etc..
– Base pour la synthèse d’antibiotiques:
– Pénicilline, streptomycine…
– Synthèse, à partir de bactéries transformées, de :
• Insuline, vitamines….
• Bio-éthanol…
• Enzymes (détergents)…
14
 2. Historique
Préservation
• Prise de conscience
– Du rôle essentiel des microorganismes dans la biosphère
– De la menace pesant sur la diversité microbienne du fait
• du mode de vie, du régime alimentaire;
• de la dégradation des écosystèmes;
• de l’utilisation large des antimicrobiens : antibiotiques, désinfectants…
• Notion d’écosystème microbien à protéger
– À l’échelle planétaire : métabolisme des végétaux, océans….
– A l’échelle de l’organisme humain et animal : protection de l’organisme-hôte : microbiote

Microbiologie 15
 2. Historique
Domaines de la Microbiologie

• Grâce à la microbiologie fondamentale, beaucoup de sciences ont vu le jour, à l’instar de

la bactériologie (l'étude des bactéries), la virologie (l'étude des virus), mycologie (l'étude
des mycètes : levures et moisissures), parasitologie (étude des parasites)...etc.

Microbiologie 16
 2. Historique
Faits historiques

Quelques évènements importants dans le développement de la microbiologie (Madigane &

Martinko, 2007; Cano & Borucki, 1995; Heidelberg et al., 2000; Prescott et al., 2003, 2013;
Schulz et al., 1999; Tortora et al., 2012)

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 2. Historique
Faits historiques: les années 1800
Quelques évènements importants dans le développement de la microbiologie (Madigane & Martinko,
2007; Cano & Borucki, 1995; Heidelberg et al., 2000; Prescott et al., 2003, 2013; Schulz et al., 1999;
Tortora et al., 2012)

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 2. Historique
Faits historiques: les années 1800 (suite et fin)

Quelques évènements importants dans le développement de la microbiologie (Madigane &

Martinko, 2007; Cano & Borucki, 1995; Heidelberg et al., 2000; Prescott et al., 2003, 2013;
Schulz et al., 1999; Tortora et al., 2012)

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 2. Historique
Faits historiques: les années 1900

Quelques évènements importants dans le développement de la microbiologie (Madigane &

Martinko, 2007; Cano & Borucki, 1995; Heidelberg et al., 2000; Prescott et al., 2003, 2013;
Schulz et al., 1999; Tortora et al., 2012)

20
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
1. Introduction
Laboratoires d’analyse biomédicale = secteurs professionnels très exposé au risque
infectieux

•Sécurité : état d’esprit confiant et tranquille, absence réelle de danger, c’est être en sûreté.

•Biosécurité ou sécurité biologique = ensemble des mesures visant à prévenir et à contrer

les dangers liés à la manipulation et à l'utilisation de matériel biologique
(microorganismes, organismes génétiquement modifiés), dans les laboratoires de
recherche, les hôpitaux et les industries.

21
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
1. Introduction
• Evaluation du risque, pour ensuite être en mesure d'appliquer les bonnes règles de
sécurité

• Qu’appelle t’on risque biologique?

✓ Exposition à un agent biologique pathogène avec deux corollaires: la présence de

l’agent (le danger) et l’infection (le dommage)

✓ Exemple : manipuler des champignons de groupe de risque peu élevé (Danger)

chaque jour (Exposition)

22
Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
2. Evaluation des risques

23
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
3. Classes de risque

• Microorganismes présentent 4 types de risque : risque infectieux, risque

immunoallergique, risque toxinique et risque cancérigène.

• Pour les besoins d’harmonisation, la classification s’est basée essentiellement sur

le risque infectieux que représentent les microorganismes.

• Critères essentiels utilisés par la plupart des instances de réglementation (OMS)

sont au nombre de 4 en fonction de l’importance du niveau de risque.

24
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Classes 1

✓ Classe 1 : pas ou peu de risque pour l'individu et la communauté

✓ microorganismes provoquant rarement des infections chez l'homme et l'animal

25
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Classes 2

✓ Classe 2: risque individuel modéré, risque très bas pour la communauté

✓ pathogène pouvant provoquer des maladies humaines et animales mais ne

représentant pas de risque pour le personnel de laboratoire, la communauté,
l'environnement.

✓ Des accidents de laboratoires peuvent provoquer des infections sévères mais il

existe des mesures préventives et des traitements efficaces et le risque de
dissémination est limité

26
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Classes 3

✓ Classe 3 : risque individuel élevé, risque bas pour la communauté

✓ pathogène provoquant des infections humaines et animales sévères, mais

habituellement non transmissibles d'un individu infecté à un autre.

✓ Des traitements efficaces et des mesures préventives existent

27
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Classes 4
•Cette classe comprend tout pathogène qui provoque généralement une maladie très
grave pour les humains et qui se transmet facilement d’un individu à l’autre
directement ou indirectement ou par contact.
•Habituellement, on ne dispose pas de moyens prophylactiques et aucun traitement
efficace n’est connu.
•Cette classe est constituée uniquement de virus.
•Niveau de risque considéré comme élevé aussi bien pour l’individu et que pour la
collectivité. Exemples : Virus de la variole, virus Lassa, virus Ebola

28
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Classification simplifiée
Tableau de classification règlementaire simplifié des microorganismes en fonction du risque infectieux

29
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Répartition des risques en fonction des zones du laboratoire
Tableau de répartition des risques/zones du laboratoire

30
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité

La maîtrise du risque de transmission d’agents infectieux impose le respect par le

personnel de précautions « standards » ou générales lors de tout risque de contact :

✓ avec le sang,

✓ les liquides biologiques,

✓ ou tout autre produit d’origine humaine.

31
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

Les règles universelles: elles concernent :

- Le prélèvement: prélèvements, transport et réception d’échantillons;
- Le laboratoire: secteur exposé/non exposé/limitation d’accès;
- La protection rapprochée: la tenue, hygiène des mains/gants, précautions de manipulation
(aérosols, piqûres, coupures);
- La protection « élargie »

32
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

a. Prélèvement, le transport et la réception d’échantillons

-Risque inhérent à cette activité est très lié à ce qui se pratique en amont de l’arrivée
des prélèvements : choix des récipients, modalités de leur remplissage et de leur
transport.

-Laboratoire doit participer au choix du matériel et échanger régulièrement avec les

correspondants qui lui adressent et lui acheminent les prélèvements.

33
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

a. Prélèvement, le transport et la réception d’échantillons

-Accueil et manipulations initiales des prélèvements doivent bénéficier d’une zone

spécifiquement aménagée.

-Personne en charge de ces tâches, doit se protéger des souillures et des incidents
éventuels au déballage des tubes et pots par le port des gants

34
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

a. Prélèvement, le transport et la réception d’échantillons

-Avant tout prélèvement, étiqueter le contenant du produit biologique, se laver
soigneusement les mains au savon et porter des gants pour éviter le contact avec des
échantillons présumés infectieux.
-Après tout prélèvement, éviter le débordement et autant que possible les transvasements de
produits biologiques potentiellement infectieux ;

35
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

a. Prélèvement, le transport et la réception d’échantillons

- Après tout prélèvement, ne pas plier ni récapuchonner les aiguilles après usage, mais les
faire tomber dans un récipient, de volume suffisant, rempli à moitié d’une solution d’eau
de javel
-Tout accident doit être déclaré à l’administration dans les 24 heures.

36
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

b. Le laboratoire: secteur exposé/non exposé/limitation d’accès

Ensemble des locaux et des installations du laboratoire sont concernés : postes de

travail, vestiaires, sanitaires, locaux de pause et de restauration…

✓ Ne pas laisser traîner le matériel, les chiffons, les emballages,

✓ Utiliser les poubelles prévues pour éliminer tout déchet,

37
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

c. Port de la tenue de travail

▪ Tenue de travail = ensemble des pièces vestimentaires nécessaires à

l’exercice professionnel.

▪ Elle est associée à l’aspect physique général : cheveux propres, attachés si

besoin (cheveux longs), absence de bijoux aux mains et aux poignets

▪ Tenue est revêtue au début du travail, quittée pour les pauses, la prise des
repas et à la fin de la journée de travail.

38
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

c. Port de la tenue de travail

▪ Les vêtements de travail doivent couvrir totalement les effets personnels ou,
mieux, remplacer ceux-ci (tunique - pantalon)

▪ Les personnes qui y travaillent et celles qui y sont transitoirement admises

(stagiaires…) doivent y porter une tenue spécifique .

39
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

c. Port de la tenue de travail

40
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

d. Hygiène des mains

Base de la prévention de la transmission croisée d’agents infectieux, permettant de

protéger le professionnel de santé et son environnement de travail.
Protection de toute plaie par un pansement étanche ;
Respect des règles préliminaires d’hygiène des mains : ongles courts et sans vernis,
absence de bijoux ;

41
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

d. Hygiène des mains

42
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

e. Port des gants

Il est recommandé l'utilisation des gants à usage unique en cas de contact avec :
-muqueuses,
-sang ou tout autre produits pathologiques;
-plaies,
-lésions cutanées du malade ou des mains du soignant,
-bactérie multirésistante chez un patient porteur documenté

43
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

e. Port des gants

Port de gants préconisé pour les manipulations septiques, il est impératif en cas de
lésion des mains (plaie, excoriation, eczéma,…..) ;
-En revanche, les gants doivent être ôtés pour tout acte « propre » (téléphone,…) et
pour tout contact cutané (visage, lèvres,…..) ;
-Port de gants ne doit pas dépasser au maximum 1h. Il sera limité à la
manipulation des prélèvements et matériels souillés (Echantillon, Automate, Plan
de travail)
44
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

f. Port de Masque facial

Le choix du masque dépend des soins et des risques :

Masque de soins ou chirurgical :
en cas de risque de projection de liquides biologiques, de gestes à haut niveau d'asepsie,
de kinésithérapie respiratoire, aspiration bronchique et pose de sonde nasogastrique chez
un nourrisson atteint de bronchiolite.
45
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

f. Port de Masque facial

Masque FFP 1 : en cas de tuberculose

bacillifère

46
 Chapitre 2: Mesures de sécurité dans un laboratoire de
microbiologie
Règles ou mesures de sécurité universelles

f. Port de Masque facial

Masque FFP 2 : en cas de tuberculose

multirésistante, lors d'une expectoration
induite, de syndrome respiratoire aigu sévère,
de grippe aviaire

47
Chapitre 3: Morphologie des bactéries

48
 1. Morphologie des bactéries

a. Caractéristiques des cellules bactériennes

Les cellules bactériennes sont

caractérisées par leur taille, leur poids,
leur morphologie et leur type de
regroupement spécifique. Ce sont des
caractères communs au sein d'une
espèce voire même du genre bactérien

49
 1. Morphologie des bactéries
a. Caractéristiques des cellules bactériennes

✓La taille
La taille approximative de la plupart des bactéries varie entre 0.2µm (ex : Mycoplasma pneumoniae,
chlamydia...) et 18µm (ex : Thiovulum majus).
certaines espèces peuvent dépasser largement cet intervalle, à l'instar des certaines cellules de Spirochaeta
✓La forme
-les formes coques (sphériques),
-les formes bacilles (bâtonnets allongées),
- les formes coccobacilles (formes intermédiaires entre coques et bacilles, ovoïdes),
-les formes incurvées (vibrions),
-les formes spiralées dont certaines sont rigides (spirilles) et d'autres sont flexibles (spirochètes)
50
 1. Morphologie des bactéries
a. Caractéristiques des cellules bactériennes
✓ Tableau récapitulatif: coques ou cocci

51
 1. Morphologie des bactéries
a. Caractéristiques des cellules bactériennes
✓ Tableau récapitulatif: bacilles

52
 2. Structure d'une cellule bactérienne

a. Les éléments constants d’une cellule bactérienne

• Une cellule bactérienne est composée d'éléments constants qu'on retrouve chez la
quasimajorité des bactéries. Ces éléments au nombre de cinq (5), sont vers
l'intérieure à l'extérieure ; un chromosome circulaire et des ribosomes qui
baignent dans le cytoplasme, l'ensemble est entouré par une membrane
cytoplasmique, elle même, entourée par une paroi bactérienne.

53
 2. Structure d'une cellule bactérienne
Les structures
b. Schéma d’une cellule bactérienne soulignées
représentent les
éléments
constants

54
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne

✓La paroi bactérienne

La paroi bactérienne est un élément constant présent chez la plupart des bactéries.
C'est un élément de structure rigide situé à l’extérieur de la membrane
plasmique. Elle est simple de conception et à la fois sophistiquée et complexe dans
son assemblage. Cette structure est si indispensable qu'elle est historiquement une
cible privilégiée des thérapies antibactériennes (Betalactamines, fosfomycine,
vanvomycine, bacitracine...etc.)

55
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne

✓Composition chimique
Selon la nature chimiques, les composants suivants sont fréquemment retrouvés:
peptidoglycane, acides téichoïques et acides lipotéichoïques, lipopolysaccharides,
protéines, lipides et lipoprotéines. La composition de la paroi n'est pas constante chez
toutes les bactéries. En effet, dans le domaine des Bacteria, il existe deux types de parois
que l'on rencontre chez les bactéries dites "à Gram positif" et les bactéries dites "à Gram
négatif". Ces différences de structure bien visibles en microscopie électronique à
transmission sont à la base de la coloration de Gram.

56
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne
✓Les parois des bactéries Gram-positives

57
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne ✓Coloration de Gram

✓Exemples de bactéries Gram à positif

Beaucoup de bactéries forment le groupe des bactéries

à Gram positif à l'instar des genres:
Staphylococcus
Micrococcus
Enterococcus
Streptococcus
Lactococcus
Lactobacillus
Bacillus
Clostridium
Listeria....ect
58
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne
✓Les parois des bactéries à Gram negatif ou bactéries Gram-négatives

59
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne Coloration de Gram

✓Exemples de bactéries à Gram négatif

ou bactérie Gram-négative

Escherichia, Proteus, Klebsiella,

Pseudomonas, Aeromonas, Salmonella,
Yersinia, Vibrio, Neisseria, Rhizobium,
Bordetella....etc

60
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne

La coloration de Gram

61
 2. Structure d'une cellule bactérienne
c. La paroi bactérienne ✓Cas des parois particulières

▪Certaines bactéries présentes des parois particulières voire même absentes. Chez les
Mycoplasmes, la paroi bactérienne est absence. De ce fait, ils sont insensibles aux
antibiotiques ciblant la paroi bactérienne. Vu l'absence de paroi, les mycoplasmes ont
tendance à être pléomorphes
▪Le genre Mycobacterium dont l'espèce Mycobacterium tuberculosis fait partie de ce
groupe de bactérie Gram+, cependant en plus de peptidoglycane, leur paroi est très riche en
acides mycoliques (lipide de la classe des cirides) qui résulte d'une estérification entre un
acide gras long avec un alcool long). Ces bactéries sont dites "acido-alcoolo-résistantes"
et elles sont mises en évidence par la coloration de Ziehl Neelsen.
62
 2. Structure d'une cellule bactérienne

d. La membrane plasmique

▪La membrane plasmique (ou cytoplasmique) est un élément de structure fluide qui
entoure le cytoplasme et se situe sous la paroi bactérienne. Généralement, c'est une couche
fine de 7.5 à 8 nm d'épaisseur, organisée, asymétrique, flexible et dynamique. Plusieurs
antibiotiques ciblent la membrane cytoplasmique de bactéries telles que les polymyxines et
polypeptides

63
 2. Structure d'une cellule bactérienne
d. La membrane plasmique

▪Au microscope électronique, les membranes cytoplasmiques des bactéries apparaissent en

triple feuillet; deux feuillets denses limitant une couche claire. De point de vu moléculaire,
la membrane cytoplasmique bactérienne (Figure 15) est principalement constituée de lipides
(de 30 à 40%) et de protéines (de 60 à 70%). Les glucides sont quantitativement des
constituants mineurs et souvent associés aux lipides (glycolipides) ou aux protéines
(glycoprotéines).

64
 2. Structure d'une cellule bactérienne
d. La membrane plasmique

65
 2. Structure d'une cellule bactérienne

e. Le cytoplasme

▪Le cytoplasme ou le cytosol est un élément constant présent chez toutes les bactéries. Il
constitue un hydrogel fluide et aqueux caractérisé généralement d'un pH neutre (7,2). La
membrane plasmique délimite ce cytoplasme dans lequel baignent les différents éléments
cellulaires (ADN, ribosomes, inclusions, protéines, ions…etc.).

66
 2. Structure d'une cellule bactérienne
f. Les ribosomes

▪Les ribosomes sont de petites granulations sphériques de 10 à 30 nm de diamètre. Ils

sont très abondants dans le cytoplasme des bactéries en croissance (plus de 15000
ribosomes/bactérie). De point de vue composition, les ribosomes sont constitués
d'ARN (63%) et de protéines (37%) et la cohésion est maintenue en présence d'ions
Mg++ et d'autres liaisons telles que les liaisons hydrogène, ioniques et hydrophobes
(Singleton & Dusart, 1999). Vu la charge négative des ARN et de certaines protéines,
les ribosomes fixent les colorants basiques tel que bleu de Méthylène.

67
 2. Structure d'une cellule bactérienne
f. Les ribosomes

68
 2. Structure d'une cellule bactérienne
g. Le chromosome

▪Le chromosome bactérien est un ADN diffus dans le cytoplasme (non entouré par
une membrane nucléaire). Il forme un filament unique d’ADN: circulaire, surenroulé,
bicaténaire ayant une taille parfois 1000 fois plus long que la bactérie (ex E. coli : 1360
µm = 1,36 mm) et un poids moléculaire d'environ PM= 3x109 Daltons pour les
bactéries à tailles standards. La condensation et le dépliement de l'ADN bactérien se fait
par des protéines spécifiques appelées les topoisomérases I et II respectivement

69
 2. Structure d'une cellule bactérienne
g. Le chromosome

•Mise en évidence de l’ADN:

L'ADN bactérien peut être mis en évidence par
des méthodes cytochimiques (réactif de
Schiff) ou à l’aide de colorants basiques tels
que le bleu de méthylène, la fuchsine
basique...etc
•Schéma du changement de conformation de
l'ADN bactérien

70
 2. Structure d'une cellule bactérienne
✓ Composition du chromosome

L'ADN= Acide Désoxyribo Nucléique est composé de deux chaines complémentaires antiparallèles formée
chacune d’un ensemble de nucléotides liés par des liaisons diester. Un Nucléotide est composé d'un phosphate,
d'un sucre pentose (désoxyribose) et d'une base purique (A ou G) ou pyrimidique (C, T). La structure des
chaines de nucléotides est stabilisée grâce à des liaisons d'hydrogènes (A avec T et G avec C) pour engendrer
une structure en double hélice

Schéma de la structure en double hélice de l'ADN 71

 2. Structure d'une cellule bactérienne
✓ Composition du chromosome Le rapport GC%

Le rapport de A+T/ C+G = GC% appelé le coefficient de Chargea. Ce rapport GC% varie
selon les espèces mais reste constant chez les souches d’une même espèce (ex: 50% chez
Escherichia coli, 30 à 40 % chez Protes, 25 à 45 % chez les Clostridie, 60 à 70% chez les
Pseudomonas)

h. Les plasmides
Le plasmide bactérien est une molécule d'ADN bicaténaire et circulaire et de petite taille (5
à 4000 fois plus petit que le chromosome). Il adopte un enroulement serré (torsadé) afin de
préserver l'espace cellulaire. Grace à son origine de réplication, le plasmide se réplique
d'une manière autonome.
72
 2. Structure d'une cellule bactérienne
h. Les plasmides
A noter qu'une bactérie peut
posséder plusieurs plasmides
différents (s'ils sont
compatibles) ou également
plusieurs copies d'un même
plasmide. Les plasmides
bactériens peuvent porter des
gènes de résistances aux
antibiotiques, de
métabolismes Plasmide vu au microscope électronique 73
 2. Structure d'une cellule bactérienne
h. Les plasmides
En 1959, le caractère multirésistant de Shigella dysenteriae isolées
au cours d’une épidémie, au Japon, est associée aux plasmides

La présence des plasmides l’acquisition par la bactérie de

caractères phénotypiques majeurs
Résistance acquise aux antibiotiques
Production de substances pathogènes
exemple : E.coli entéropathogènes, entérotoxiques,entéroinvasifs
exemple : Vibrio cholerae: entérotoxines
74
 2. Structure d'une cellule bactérienne
h. Les plasmides

Acquisition de caractères métaboliques : hémolysine, fibrinolysine

des staphylocoques

75
 2. Structure d'une cellule bactérienne
i. Les Pilis

Les Pilis ou fimbriae sont de courts

appendices protéiques fins et plus minces que
les flagelles qui mesurent de 3 à 10 nm de
diamètre et plusieurs μm de long. On les
retrouve plus fréquemment chez les bactéries
à Gram négatif que celles à Gram positif.
Contrairement aux flagelles, les pilis ne sont
Pili communs ou fimbriae
pas impliqués dans le mouvement

76
 2. Structure d'une cellule bactérienne

i. Les Pilis

Il existe deux types de pili à savoir ; les pilis communs et les pilis sexuels. Les deux
types sont composés des protéines appelées pilines (adhésine). Les sous unités de la
piline sont séparées par chauffage ou traitement acide et reformées à froid ou à pH
neutre
✓Rôle des pilis communs
-Adhésion des bactéries aux surfaces
-Protège la bactérie contre la phagocytose
-Pathogénicité des bactéries

77
 2. Structure d'une cellule bactérienne

i. Les Pilis

✓Rôle des pilis sexuels

-Contact entre deux bactéries
-Accouplement entre deux bactéries

78
 2. Structure d'une cellule bactérienne

j. La capsule
✓La capsule est une structure inconstante organisée qui forme une couche visqueuse,
localisée à l’extérieur de la paroi cellulaire. Cette couche ne peut pas être facilement enlevée
de la cellule. Au laboratoire plusieurs méthodes permettent sa mise en évidence telles que la
méthode à l’encre de Chine, la technique au cristal violet et au sulfate de cuivre, la
technique de BORREL (bleu de Borrel) ou la technique immunochimique (phénomène
de Neufeld) utilisant des anticorps anti-capsulaires qui induisent un gonflement
capsulaire (Ex : pneumocoques).
✓NB : Une capsule peut entourer un ou plusieurs corps bactériens

79
 2. Structure d'une cellule bactérienne
j. La capsule
✓ Les constituants capsulaires sont le plus souvent de nature polysaccharidiques (Ex : Streptococcus
pneumoniae) ou parfois polypeptidiques (Ex : Bacillus anthracis)
✓ La capsule protège la bactérie contre les agents physiques et chimiques, la dessication, les UV et la fixation
des bactériophages.
✓De plus, elle joue un rôle dans le pouvoir pathogène car elle exerce un chimiotactisme négatif sur les
leucocytes, elle s’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion des bactéries aux macrophages et elle
empêche la pénétration des antibiotiques.
✓ La capsule est considéré comme un facteur de virulence donc sa présence dans certaines bactéries les
rendent virulentes (Streptococcus pneumoniae).
✓ Les capsules jouent également un rôle antigénique et les antigènes capsulaires (Antigène K : Kapsel) sont
responsables de la spécificité sérologique (Ex : l’antigène Vi chez Salmonella Typhi).
80
 j. La capsule: composition

-Elle est formée par des substances organiques

visqueuses élaborées par la bactérie
-couche plus ou moins compacte qui entoure la paroi
-Toutes les bactéries ne produisent pas de capsule
-Au sein d'une espèce, certaines souches en
produisent, d'autres non
-L'élaboration de la capsule est influencée par
certaines conditions du milieu
-Nature polysaccharidique ou polypeptidique

81
j. La capsule: Acinetobacter sp.

Aspect des cellules

d'Acinetobacter sp.
La coloration à l'encre de
chine révèle la capsule très
épaisse qui entoure ces
bactéries, ici sous forme de
cocci isolés ou en chaine 82
 j. La capsule : rôles
-rôle important dans la défense des bactéries contre:

•la dessiccation,
Pneumocoque
•les prédateurs (protozoaires) ou

•les parasites (les bactériophages sont incapables Streptococcus

pneumoniae
de se fixer sur une bactérie capsulée)
-Support de pouvoir infectueux: empêche la
phagocytose des bactéries dans l'organisme,
-Support de propriétés physiopathologiques et
immunologiques
Ainsi, les pneumocoques capsulés se révèlent
pathogènes, alors que les pneumocoques non
capsulés ne le sont pas
83
 2. Structure d'une cellule bactérienne
k. Les flagelles
✓ les flagelles sont des appendices locomoteurs rigides et fins de nature protéique (composés de flagelline)
avec une structure hélicoïdale qui s’étendent de la membrane plasmique jusqu'à l’extérieur en traversant la
paroi bactérienne. Ces structures qui caractérisent les bactéries mobiles dont le diamètre est d'environ 10 à
25 nm (ex: 12 nm chez Proteus et de 20 -25 chez Pseudomonas)
✓Les cils et les flagelles sont des structures très fines pour être visibles au microscope optique. Au
laboratoire, ils sont mis en évidence par la méthode de Rhodes qui consiste à appliquer le mordant de
Rhodes pour 3mn sur un frottis de bactéries flagellées auquel les nitrates d’argent ammoniacal sont
rajoutées. Après chauffage jusqu'à ébullition le frottis est laissé 3 à 5 minutes en contact avec le mélange.
Cette méthode très délicate permet de rendre la structure des flagelles plus épaisse et donc visible au
microscope.

84
 2. Structure d'une cellule bactérienne
k. Les flagelles

Tableau de rangement des flagelles chez les

bactéries

85
 k. Les flagelles

Les bactéries mobiles se déplacent soit par

-glissement (cyanobactéries),
-rotation autour d'un axe central (spirochètes),
-au moyen de cils ou de flagelles
Les cils et les flagelles sont des filaments extrêmement ténus, invisibles au
microscope optique sur les bactéries vivantes et plus longs que la bactérie
elle même.
Le point d'insertion des cils et des flagelles se situe dans le cytoplasme au
contact de la membrane plasmique

86
 k. Les flagelles
Chez les bactéries mobiles, il existe différents types flagellaires
induisant des déplacements variables qu'on appelle ciliature
un seul flagelle polaire = ciliature
monotriche
plusieurs flagelles polaires= ciliature
lophotriche
un flagelle à chaque pôle =ciliature
amphitriche NB: Le type de ciliature peut être utilisé dans un but
taxonomique
des flagelles entourant la bactérie=
87
ciliature péritriche
Rôle des flagelles

1-Mobilité Milieu semi-solide

Les flagelles confèrent une certaine mobilité

aux bactéries qui peuvent se déplacer dans les
milieux liquides ou à la surface des géloses
Certaines espèces peuvent même envahir les
milieux de culture, masquant les autres
colonies.
C'est le cas des Proteus ou des Pseudomonas Immobile mobile

88
 Rôle des flagelles
2-Chimiotactisme
Certaines bactéries capables de se mouvoir, sont attirées par les nutriments
(acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou nuisibles

3-propriétés antigéniques

Les flagelles confèrent à la bactérie de nouvelles propriétés

antigéniques

89
 k. Les flagelles

proteus

Spirillum undula
Legionella

Vibrio cholerae 90
Conclusion

91
Conclusion

92
Chapitre 4: Spore bactérienne

93
 I. Généralités

➢ Sporulation : transformation de la structure de la forme végétative

en une structure métaboliquement inactive, forme de survie appelée
spore, incapable de se diviser
➢Bactérie du genre Clostridium, Bacillus et Sporosarcina peuvent
se différencier en une spore
➢Conditions : déclenchée par des conditions défavorables:
épuisement des nutriments, conditions thermiques défavorables ou
conditions chimiques défavorables
94
II. La structure d'une endospore bactérienne

95
 II. La structure d'une endospore bactérienne

-La spore bactérienne présente une structure complexe

-La paroi sporale (peptidoglycane) donnera la paroi de la
cellule végétative
-Le cortex: couche épaisse (peptidoglycane),sensible Au
lysozyme
-Tuniques (interne et externe):composées de protéine
(kératine),imperméables, résistantes aux agents chimiques
-Exosporium: couche plus externe (lipoproteique),non
essentiel à la survie de la spore

96
II. La structure d'une endospore bactérienne

97
III. Le cycle sporal

98
III. Le cycle sporal: principales étapes de la sporulation

99
➢Etapes de la Germination
Le processus de germination qui permet la transformation d'une spore
en une cellule végétative (retour de la dormance à la vie active) se fait
en trois stades:
a. Activation: Pour pouvoir germer, la spore doit être activée par un
agent capable de léser les multiples enveloppes sporales
– mécanique : choc, phénomène d'abrasion...
– physique : chaleur (Cf procédé de tyndallisation)
– chimique : acidité

100
La germination d'une endospore (Prescott et al., 2013)
b. Germination (ou initiation)

L'initiation n'intervient qu'en conditions favorables :

– forte teneur en eau,
– milieu riche contenant des métabolites effecteurs
(adénine, adénosine, Mg2+)
–Ces éléments pénètrent a travers les enveloppes
endommagées et déclenchent un processus autolytique

101
La germination d'une endospore (Prescott et al., 2013)
 b. Germination (ou initiation)

– Dégradation du peptidoglycane du cortex

– Libération de l'acide dipicolinique
– Acide dipicolinique permet aux endospores de résister à la
chaleur
– La spore se gonfle d'eau et perd ses caractéristiques

102
La germination d'une endospore (Prescott et al., 2013)
c. Emergence ou éclosion ou excroissance

– Après sa réhydratation, la spore donne une nouvelle cellule

végétative qui entre en phase active de biosynthèses
– La synthèse de l'ADN reprend
– La cellule double son volume,
– Elle devient a nouveau capable de se multiplier

103
 IV. Résistance des spores
➢Résistance aux techniques ordinaires
❑Stérilisation par ébullition
❑Désinfectants habituels
❑Chaleur
➢Résistance due aux fortes concentrations en
❑Calcium
❑Acide dipicolinique
➢Destruction par autoclavage à 121°C pendant 15 mn
104
V. Microscopie optique
•Endospores bactériennes
apparaissent comme des
corps réfringents
•Imperméables à la plupart
des colorants
•Endospores= zones
incolores

105
 V. Microscopie optique

•Techniques spécifiques : méthode de Benito-Trujillo

•Sur un frottis préparé: le vert de malachite est utilisé en
premier lieu en chauffant jusqu’à émission de vapeur et en
laissant pendant 3 à 6 min
• Puis la safranine (ou la fuchsine) est utilisée en deuxième lieu
•A l'observation, les endospores apparaissent en vert et le
corps bactérien apparait en rose

106
V. Microscopie optique

107
 VI. Intérêt des spores en médecine
● conserves familiales (Botulisme) (Clostridium botulinum)
● plaies souillées par de la terre (Tétanos) (Clostridium tetani)
● chez l'animal : ingestion des spores dans le sol (Anthrax ou
Charbon) (Bacillus anthracis), MOT=microorganisme et toxines
hautement pathogènes, arme biologique/ bioterrorisme (attaque
d’anthrax en 2001 aux USA via des lettres contenant des spores)

108
 VI. Intérêt des spores en médecine
● Vérifier le processus de la stérilisation : autoclavage, Four
● Vérifier l’ activité d’un désinfectant

109
Anthrax

110
Etude d’un cas : cycle de Bacillus anthracis

111
 Physiopathologie de l’anthrax
➢B. anthracis = deux plasmides: pXO1 et pXO2
pXO1 code 2 toxines: LF (lethal Factor) et EF (Edema
Factor) et leur transporteur PA (Protective Antigen)
➢ PA se fixe à son récepteur eucaryote forme un pore dans
la cellule qui permet le passage des toxines dans le cytosol
➢ Les toxines agissent à la phase initiale de l’infection en
inhibant la réponse immunitaire innée au site d’inoculation
112
 Physiopathologie de l’anthrax
➢ Les toxines ont également une action systémique à
l’origine d’un choc vasculaire et d’hémorragies multiples
➢ L’action des toxines persistent même après l’initiation
de l’antibiothérapie

113
 Physiopathologie de l’anthrax
➢pXO2 code l’opéron nécessaire à la germination des spores
➢code une capsule qui permet à B. anthracis de résister à la
phagocytose et au complément ce qui facilite la dissémination
sanguine des formes végétatives
➢La bactériémie est élevée ≥ 109 CFU/ml

114
Caractéristiques morphologiques et culturaux

Figure 2 : coloration de Gram et caractéristiques de culture , 37°C en aérobiose ou

anaérobiose sur gélose au sang, colonies larges grisâtres, le plus souvent non hémolytique 115
 Bacillus anthracis: points forts
•Pathogène strict responsable d’une anthropozoonose
•L’Homme est contaminé accidentellement
• Forme pulmonaire rare mais grave (90 % de mortalité)
• Très grande résistance des spores dans l’environnement
•utilisables comme arme biologique par voie aérienne
• Micro-organismes et toxines hautement pathogène (MOT)
Manipulation soumise à une autorisation dans un laboratoire de sécurité de
niveau 3
• Traitement de 1ère intention : fluoroquinolones

116
 Conclusion
Au cours de la sporulation, la cellule végétative
bactérienne passe d'une forme active, douée d'un
métabolisme riche, à une forme latente, sans activité
métabolique décelable, mais capable de résister aux
conditions défavorables du milieu

117
 Chapitre 5: Physiologie bactérienne

I. Nutrition bactérienne
✓Les bactéries expriment continuellement un besoin de multiplication
et de division permettant la continuité de l'espèce
✓Une cellule d‘ Escherichia coli se devise au bout de 20 à 30 mn
pour donner naissance à deux cellules filles semblables
✓Pendant cette période relativement courte, la bactérie doit se nourrir
afin de s'offrir les éléments et l'énergie, nécessaires à la division
cellulaire
118
 I. Nutrition bactérienne

• Eau
• Carbone
• Azote
• Sels minéraux: régulation des échanges osmotiques
• Facteurs de croissance
• Energie

119
I. Nutrition bactérienne
1. Besoins élémentaires

➢ Les macro-éléments (macro-nutriments) et les Oligo-éléments

(micronutriments)
11 macro-éléments: C, O, H, N, S, P, K, Mg, Ca, Fe, Na sont
nécessaires en quantités importantes
➢Les Oligo-éléments: manganèse, zinc, cobalt, Nikel et le cuivre, sont
nécessaires en très faibles quantités

120
➢sources des macro-éléments
Le carbone
• CO2 moléculaire comme seule source de carbone (C): bactéries
autotrophes
• composés organiques: bactéries hétérotrophes

Energie
• la lumière solaire : bactéries phototrophes ou photosynthétiques
• Oxydation de composés chimiques: bactéries chimiotrophes

121
 ➢sources des macro-éléments
Azote (N)
• Second élément chimique le plus important du matériel cellulaire

• Azote inorganique : ammoniaque (NH3), nitrate (NO3-), azote

moléculaire (N2), sels d’ammonium (NH4+)

• N2 atmosphérique : bactéries du genre Rhizobium , Azotobacter ou

Klebsiella pneumoniae ou algues vertes

122
Source de soufre (S)
Le soufre cellulaire est d’origine inorganique:
sulfate SO4- , sulfure métallique( FeS, CuS, ZnS)

Deux acides aminés soufrés :méthionine /

cystéine

Le soufre intervient dans les structures complexes

des protéines
123
Le phosphore (P)
Elément constitutif: acides nucléiques /
Phospholipides

Apporté sous forme de phosphate

organique et inorganique

124
Le potassium (K)
Nécessaire à l’activité enzymatique et à la
biosynthèse des protéines
Le magnésium (Mg)
Nécessaire à l’activité enzymatique
participe à la stabilisation des ribosomes/ des
acides nucléiques /des membranes cellulaires 125
Le calcium (Ca)
Joue un rôle dans la stabilité des parois
bactériennes et dans la thermorésistance des
endospores

126
 2. Facteurs de croissance
➢Certaines bactéries, en plus des besoins
élémentaires (macro et micro-éléments)
dépendent de certains nutriments spéciaux pour
assurer leur croissance = Facteurs de
croissance
127
2. Facteurs de croissance
•composés organiques dont la bactérie est
incapable de synthétiser
▪acides aminés
▪ acides gras
▪Vitamines (vitamine B12), Biotine, Thiamine
▪bases azotés: purines/ pyrimidines 128
II. Croissance bactérienne
1. Conditions nutritionnelles et étapes
•Conditions nutritionnelles favorables
•Augmentation du nombre
•Division par scissiparité= deux cellules filles
•séparées par un septum de division formé par la
paroi cellulaire
129
II. Croissance bactérienne
1. Conditions nutritionnelles et étapes
•Le septum (point de division) qui va former le
cloison de séparation des deux cellules filles
•Chaque cellule recevra une copie du
chromosome et la moitié des composants
cellulaires
130
1. Conditions nutritionnelles et étapes

131
2. Mise en évidence de la croissance

Cette croissance est révélée par: l’apparition de

colonie dite Unité Formant Colonie (UFC) sur
milieu solide, et par l’apparition de trouble sur
milieu liquide

132
2. Mise en évidence de la croissance

133
II. Paramètres physico-chimiques
•La nutrition/croissance dépend de plusieurs
paramètres physicochimiques
•Ces derniers influent directement la physiologie
et donc la croissance des microorganismes
•Ces paramètres peuvent inhiber ou favoriser la
nutrition des bactéries 134
II. Paramètres physico-chimiques

Paramètres: température, la quantité

d'oxygène (O2), l'activité de l'eau et la
pression
Concentration en nutriments

135
II. Paramètres physico-chimiques

Chaque bactérie possède des valeurs

optimales pour chaque paramètre et par
conséquent, selon les valeurs optimales, on
définit différentes catégories de bactéries

136
1. La température

Températures cardinales
•Température minimale
•Température optimale
•Température maximale

137
1. La température
Température minimale = température la plus
basse qui permet une croissance
Température optimale = la plus favorable pour
une meilleure croissance
Température maximale est la limite supérieure
de toute croissance possible
138
1. La température

139
 1. La température
Bactéries psychrophiles: -5°C /15°C /20 °C
Bactéries psychrotropes: 0°C /25°C /30 °C
Mésophiles: 15°C /37°C /40 °C
Thermophiles: 40°C /65°C /80 °C
Hyperthermophiles: 65°C /95°C /105°C
(Thermus aquaticus)
140
1. La température

141
a. Bactéries psychrophiles
caractéristiques
➢Adaptation au froid
➢Capacité de croissance =températures
basses
➢Température optimale de croissance se
situe aux alentours de 15°C 142
a. Bactéries psychrophiles
Habitat
➢Mers polaires
➢Abysses: Fosses sous-marines très
profondes
➢les sols gelés
➢Glaciers 143
a. Bactéries psychrophiles
Exemples
➢ Pseudomonas antarctica
➢Psychrobacter immobilis: eau de mer
➢Psychrobacter fozii: sédiments marins

144
Pseudomonas bacteria

145
a. Bactéries psychrophiles

146
a. Bactéries psychrophiles

147
 b. Bactéries psychrotrophes
ou Psychrotolérantes
Caractéristiques
Résistent au froid
Adaptées aux changements annuels de température
En saison chaude, elles montrent une croissance rapide,
mais elles sont capables de se développer dans des conditions froides
lorsque d'autres organismes sont inactifs tels que les mésophiles

148
 b. Bactéries psychrotrophes
Exemple
Par exemple, Listeria monocytogenes pousse
dans les entrailles du bétail, peut contaminer le
boeuf, le lait mais contrairement aux agents
pathogènes humains mésophiles typiques, la
listéria pousse à des températures réfrigérées
149
b. Bactéries psychrotrophes
Listeria monocytogenes est un agent infectant, une bactérie provoquant la
maladie appelée la listériose

Bacille Gram positif,

mobile, ciliature
péritriche

150
 b. Bactéries psychrotrophes

FIG. 3. Effects of high-hydrostatic-pressure treatment on L. monocytogenes cells. Scanning electron micrographs show
untreated (a) and pressure-treated (400 MPa, 10 min) (b) cells in citrate buffer (pH 5.6). Bars, 1 mm. Magnification,
330,000 151
c. Bactéries mésophiles: effet température

Cinq géloses nutritives inoculées avec une bactérie mésophile et incubée à différentes températures. L'effet
de la température sur la croissance et la pigmentation de l'isolat est clairement visible. À 45 °C, le point de
mort thermique est atteint
152
 c. Bactéries mésophiles
Les mésophiles se multiplient à des températures
allant de 15 à 40°C avec un optimum à 37°C ±
2°C
On les retrouve sur les aliments conservés à
température ambiante ou dans les aliments
réfrigérés lorsque la chaine de froid est rompue
153
 c. Bactéries mésophiles
Espèces pathogènes pour l’homme et l’animal
Exemples de mésophiles : Escherichia coli
enteropathogènes, Salmonelles (Salmonella
typhi), Staphylocoques (Staphylococcus
aureus), Campylobactéries (Campylobacter
jejuni, C. coli, C. fetus= campylobactériose)
154
https://www.healthlinkbc.ca/sites/default/files/documents/healthfiles/hfile58-f.pdf
 Campylobacter spp.

Figure 1 : Campylobacter observés en microscopie à fond noir. (photo CNRCH) 155

 d. Bactéries thermophiles
Thermophiles se développent dans des températures allant
de 40 à 80°C avec un optimum à 65°C
Se retrouve dans le sol, l’eau et dans les sources thermales
En milieux alimentaires, ils sont représentés surtout dans les
genres bactériens Bacillus et Clostridium
Les thermophiles sont souvent sporulants

156
 e. Bactéries hyperthermophiles

Milieu volcanique
Geysers: Source d'eau chaude qui jaillit
violemment, par intermittence
Fumérolles: Gaz et vapeurs émis par les
volcans
157
 e. Bactéries hyperthermophiles

Figure 1: Sources chaudes dans le Parc national de Yellowstone – USA.

Crédit photo : J.-L. Garcia
158
e. Bactéries hyperthermophiles
Fig. 5: Small subunit
rRNA–based universal
phylogenetic
tree. The red bulky
lineages represent
hyperthermophile

159
160
pH

161
pH

162
 pH
La nutrition bactérienne est directement
influencée par le pH du milieu
Selon le pH optimal de croissance, on distingue
les bactéries acidophiles vivant dans des pH
très acides

163
 pH
les bactéries neutrophiles retrouvées dans des pH
plus ou moins neutres (ex: Les bactéries de la flore
intestinale de l'homme sont généralement des
neutrophiles)
les bactéries alcalophiles ou alcalinophiles pouvant
croitre dans des pH très alcalins (ex : Bacillus
alcalophilus) 164
pH

165
pH

166
 L’oxygène
La quantité de l'oxygène dans l'environnement bactérien
affecte la nutrition et la croissance bactérienne.
On distingue les aérobies strictes (Bacillus Subtilis), les
bactéries microaérophiles, les bactéries aéro-anaérobies
facultatives (Enterococcus faecalis) et les bactéries
anaérobies strictes (Clostridium perfringens)

167
L’oxygène

168
Où pouvons-nous trouver des bactéries
psychrophiles?
Habitat des bactéries psychrophiles?

169
 Réponses
• Fonds marins glacials
• Glaciers : pôle Nord/ pôle Sud; océans
glacial arctique et antarctique
• Pergélisol: sol gelé en permanence

170
Articles à lire

171
Figure 1 : Coupe transversale idéalisée, représentative de la croûte terrestre montrant la diversité des
environnements extrêmes et leur emplacement approximatif

172
Chapitre 6: Génétique bactérienne

173
 Chapitre 6: Génétique bactérienne
ADN chromosomique
Le chromosome bactérien est un ADN diffus dans le cytoplasme (non entouré par une
membrane nucléaire). Il forme un filament unique d’ADN: circulaire, surenroulé,
bicaténaire

Les Plasmides
Le plasmide bactérien est une molécule d'ADN bicaténaire et circulaire et de petite taille
(5 à 4000 fois plus petit que le chromosome). Il adopte un enroulement serré (torsadé) afin
de préserver l'espace cellulaire. Grace à son origine de réplication, le plasmide se réplique
d'une manière autonome.

174
 Chapitre 6: Génétique bactérienne
Le transfert horizontal de gènes entre bactéries.

– facteurs principaux de l'augmentation de la résistance des bactéries aux antibiotiques.

– Une fois la résistance acquise par une cellule, elle peut être transmise entre des

bactéries d'espèces différentes et parfois même de genres différents.

– Il y a trois systèmes principaux d'échange de matériels génétiques chez les

procaryotes: La conjugaison (transmission de plasmides ), La transformation, La

transduction :transfert d'ADN bactérien partiel, par l'intermédiaire de bactériophages

(toxine érythrogène par le streptocoque A )

175
 Chapitre 6: Génétique bactérienne
Figure : Modes de transfert plasmidique (conjugaison, transduction et transformation)

176
 Chapitre 7: classification des Bactéries
I. Définition
• Il existe des millions d’espèce de bactéries

• L'homme a senti le besoin de classer les espèces afin de mettre de l'ordre.

• Il était nécessaire de créer des méthodes d'étude de la diversité du monde

vivant d'où la naissance de la taxonomie.

• La taxonomie (taxis : disposition; nomos : loi) a pour objet de décrire

les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons
(familles, genres, espèces, etc.) afin de pouvoir les identifier, les nommer et
enfin les classer. 177
 Chapitre 7: classification des Bactéries
I. Définition

• C'est aussi la science des lois et des règles qui déterminent l'établissement
des méthodes et systèmes de classement (systématique) permettant de
comprendre la biodiversité.

• La taxonomie en microbiologie est très importante. Elle permet de répartir

les micro-organismes en groupes significatifs, utiles, avec des noms
précis, de sorte que les microbiologistes peuvent les étudier et
communiquer efficacement avec un langage universel.
178
 Chapitre 7: classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-1- Classification phénétique

• La classification phénétique consiste à regrouper les micro-organismes

suivant la similitude de leurs caractères phénotypiques.

• C'est l'une des classifications anciennes utilisées pendant longtemps par les
taxonomistes microbiens. Cette classification a réussi à mettre de l'ordre
dans la diversité microbienne et a permet de relier certaines fonctions à
des structures morphologiques (Ex : l'association des cils et flagelles
avec la mobilité).
179
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-1- Classification phénétique

• Cette classification reste limitée et moins précise. Néanmoins, plus le

nombre d'attributs comparés est élevé, plus la classification phénétique est
meilleure. Ainsi, les micro-organismes qui partagent le plus de caractères
sont groupés dans un même taxon (ou groupe phénétique).

180
 Chapitre 7: classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-2- Classification phylogénique

• La classification phylogénétique (ou phylétique) consiste à comparer les espèces sur la

base des relations évolutives.

• Depuis l'apparition de la théorie de Darwin sur l'évolution des espèces en 1859, Carl
Woese et George Fox furent les premiers à avoir proposer d'utiliser les séquences de
l'ARN ribosomique de la petite sous-unité du ribosome (ARN 16S chez les
procaryotes et l'ARN 18S chez les eucaryotes), pour étudier la relation évolutive entres
les espèces en 1977 (Woese & Fox, 1977). Depuis, ils proposèrent une réorganisation de
la classification du monde vivant en trois domaines à savoir; Eucarya, Bacteria et
Archaea.
181
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-3- Classification génotypique

• La classification génotypique vise à comparer la similitude génétique entre les

microorganismes.

• Cette comparaison peut se faire entre des gènes individuels ou entre des génomes entiers.
Actuellement, avec l'avancée des approches moléculaires, plusieurs techniques permettent
de réaliser efficacement la comparaison génotypique alors qu'avant, un seuil de similitude
de 70% était suffisant pour classer des micro-organismes dans le même taxon.

• Par conséquent, les archées et les bactéries étaient regroupées faussement dans le même
taxon vue l'homologie des génomes supérieures à 70%

182
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-4- Classification de Bergey

• Actuellement, plusieurs classifications des micro-organismes existent. On

cite ; la classification selon Cavalier-Smith, l'arbre simplifié de Gupta, l'arbre
résumé d'après Skophammer et al., la classification de Wu et al. et la
classification de Bergey's.

• Cette dernière est largement acceptée par les microbiologistes. La première

publication de David Bergeys " Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology" fut en 1923.
183
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
II-Types de classification bactérienne
II-4- Classification de Bergey

• Depuis plusieurs éditions sont publiées. Cette classification qui sert de guide
de référence pour l'identification des bactéries est basée sur les
caractéristiques à la fois physiologiques, morphologiques, écologiques et
notamment phylogénétiques. Chaque volume de ce manuel couvre un
groupe spécifique de bactérie et il est écrit par des experts dans le domaine
(Bergey & Holt, 2000).

184
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
III- Les rangs taxonomiques

• Les rangs taxonomiques sont une organisation hiérarchisée non

chevauchante.

• Le rang le plus élevé représente le domaine (chez les bactéries, le domaine

Bacteria), qui comprend des phylums qui groupent de classes semblables.
Chaque classe regroupe des ordres semblables regroupant à leurs tours des
familles de micro-organismes. Les familles sont formées de genres, eux
mêmes formés d'espèces
185
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
III- Les rangs taxonomiques

• Une espèce bactérienne est définit comme un ensemble de souches qui

partagent de nombreuses propriétés stables et diffèrent de façon significative
d'une autre espèce.

• Plusieurs souches peuvent exister à l'intérieure d'une même espèce. Elles

se diffèrent par quelques caractéristiques soient biochimiques ou
physiologiques (dites biovars), morphologiques (dites morphovars) ou
par leurs propriétés antigéniques (dites sérovars).

186
 Chapitre 7: la classification des Bactéries
III- Les rangs taxonomiques

• Afin de nommer un micro-organisme, les microbiologistes utilisent le

système binominal de Charles Linné.

• Dans ce système, chaque espèce est désignée par le nom des deux derniers
taxons à savoir le genre et l'espèce. Le nom complet s'écrit en italique
(ou souligné) dont le genre s'écrit avec une première lettre en majuscule et
l'espèce complètement en minuscule (ex : Escherichia coli ou Escherichia
coli).

187
Chapitre 7: la classification des Bactéries
III- Les rangs taxonomiques
Figure : Structure
hiérarchique en
taxonomie (Prescott et
al., 2013)

188
 Chapitre 8. Relation hôte-bactéries

• Bactéries saprophytes :une bactérie est saprophyte lorsqu’elle vit

et se nourrit dans l’environnement (sol ,eaux , surfaces)
• Bactéries commensales : une bactérie est commensale lorsqu’elle
vit au contact du revêtement cutanéo –muqueux d’un hôte sans
entraîner de désordres. L’exposition de tout individu aux
bactéries est inévitable.

189
 Chapitre 8. Relation hôte-bactéries
• Bactéries pathogènes : bactéries capables de provoquer une maladie chez un sujet
sain ( ex : Tuberculose, choléra) .Les bactéries pathogènes peuvent (pneumocoque
, staphylococcus aureus) ou non (Salmonella typhi ,Vibrio cholerae) appartenir à
la flore humaine commensale.
Virulence : capacité de la bactérie à déclencher une maladie infectieuse. Elle est
définie par la dose infectante. Parfois pour un même pouvoir pathogène, il peut y
avoir des souches plus ou moins virulentes (ex : Shigella dysenteriae est beaucoup
plus virulente que Shigella flexneri , donnant une maladie plus sévère pour des
doses infectantes très faibles).

190
 Chapitre 8 : Relation hôte-bactéries

• Bactéries opportunistes certaines bactéries peuvent devenir pathogènes

lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies mais ne donnent pas
habituellement de maladie chez le sujet sain. Ces bactéries sont
souvent des bactéries commensales (ex : Enterocoque , Escherichia
coli) , ou bien des bactéries saprophytes de l’environnement (ex :
Pseudomonas aeruginosa)

191
 Chapitre 9: Antibiotiques
• On appelle « Antibiotique »toute substance naturelle d’origine biologique
élaborée par un organisme vivant, substance chimique produite par
synthèse ou substance semi synthétique obtenue par modification
chimique d’une molécule de base naturelle ayant les propriétés suivantes :
- Activité antibactérienne
- Activité en milieu organique
- Une bonne absorption et bonne diffusion dans l’organisme Les
antibiotiques ont la propriété d’interférer directement avec la prolifération
des micro-organismes à des concentrations tolérées par l’hôte.

192
 Chapitre 9: Antibiotiques

• Mode d'action Les antibiotiques agissent à l’échelon moléculaire

au niveau d’une ou de plusieurs étapes métaboliques
indispensables à la vie de la bactérie. Ils agissent par :

a. Toxicité sélective au niveau de la Synthèse de la paroi

bactérienne , Membrane cytoplasmique ,Synthèse des protéines ,
Acides nucléiques

193
 Chapitre 9: Antibiotiques

b. Inhibition compétitive : dans ce cas l’antibiotique est un analogue

structural, il interfère avec une fonction essentielle à la bactérie
Les antibiotiques :
Inhibiteurs de la synthèse du peptidoglycane -β lactamines, glycopeptides et
fosfomycine
Inhibiteurs de la synthèse des protéines : Aminosides, Macrolides-
Lincosamides- Streptogramines (MLS), Tétracyclines, Phénicolés

194
 Chapitre 9: Antibiotiques

Inhibiteurs des acides nucléiques : Quinolones et Fluoroquinolones,

Rifamycines, Nitrofuranes, Novobiocine et Nitro-imidazoles

Inhibiteurs de la synthèse des folates : Sulfamides, Trimethoprime et

association

195
 Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens
• Rôle des vaccins : préventif : L’OMS estime que la vaccination prévient
chaque année 25 millions de décès.
• une des mesures préventives les plus efficaces pour lutter contre les
maladies infectieuses .
• Vaccination= administration de préparation à base d’antigènes (vaccin)
provenant du microorganisme contre lequel on lutte.
- antigène= bactérie ( atténuée ou tuée) ou fragments de la bactérie ou
anatoxine
- administré à un sujet réceptif = Réponse immunitaire artificielle (immunité
active)
- Adjonction d’un adjuvant : substance qui a pour rôle de stimuler la réponse
immunitaire ex. Hydroxyde ou Phosphate d’aluminium 196
Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens

197
 Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens
Les différents types de vaccins bactériens
A- Vaccins vivants atténués (affaiblis)
• Obtenus par culture de la bactérie
• Pendant une période prolongée
• Bactéries sélectionnées ont perdu leur virulence mais gardé leur
capacité à se multiplier
• Elles provoquent une infection inapparente en stimulant de façon
prolongée l’immunité spécifique surtout cellulaire
• Pas besoin d’adjuvant
• Exemple : le BCG : obtenu après une très longue période de culture de
Mycobacterium bovis
198
 Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens
Les différents types de vaccins bactériens :
B- Vaccins inactivés (tués)
• obtenus en soumettant la culture de la bactérie ou la toxine bactérienne
à la chaleur et/ou formol
On distingue : a) les vaccins à agents complets
- structure bactérienne complète
- a- 1) Vaccin anticoquelucheux inactivé
- préparation à partir d’une culture de Bordetella pertussis , inactivé par
la chaleur- mélange de plusieurs souches différant par leurs
agglutinogènes

199
 Chapitre 9:Vaccins anti-bactériens
Les différents types de vaccins bactériens :

a-2) Vaccin anticoquelucheux acellulaire : - caractéristiques du vaccin :

préparation faite d’antigènes purifiés - Antigènes : toxine pertussique (
PT) + Fimbriae (FIM2 et FIM 3 ) + Pertactine - Adjuvant : Sels
d’Aluminium

les vaccins à Anatoxine

b- 1) Vaccin antidiphtérique : - prévention contre la diphtérie
préparation antigénique d’anatoxine diphtérique traitée par le formol -
Adjonction d’un adjuvant : Hydroxyde d’Aluminium

200
 Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens
Les différents types de vaccins bactériens :

b- 2) Vaccin antitétanique :
préparation antigénique d’anatoxine tétanique traitée par le formol-
Adjonction d’un adjuvant : Hydroxyde d’Aluminium

c) les vaccins Polysaccharidiques : les antigènes proviennent de la

capsule polysaccharidique:
c- 1) Vaccins non conjugués : composé de polyosides purifiés de la
capsule de Neisseria meningitidis

201
 Chapitre 10:Vaccins anti-bactériens
Les différents types de vaccins bactériens :

c-2) Vaccins conjugués :Ils sont liés à une protéine , ce qui permet une
immunisation plus durable et une vaccination précoce.
c-2-1- Vaccin méningococcique A ou C et tétravalents (A+C+Y+W)
c-2-2- Vaccin anti-Haemophilus influenzae b
c-3-1- vaccin polyosidique non conjugué 23 valents- composé de
polyosides capsulaires
c-3-2- vaccins polyosidiques conjugués : il en existe plusieurs selon le
nombre de sérotypes inclus dans le vaccin: 5, 7 , 9, 10,13 valences

202
Merci

203
TRAVAUX DIRIGES

204
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

1. Définir un micro-organisme

205
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

Un micro-organisme est un organisme

vivant, invisible à l’oeil nu
Il est capable de se nourrir, de respirer
et de se reproduire
206
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

2. Présenter dans un tableau les

principales différences entre les
cellules eucaryotes et procaryotes

207
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

208
 TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN
ADN Plasmides

3. Préciser s’il s’agit d’une cellule eucaryote ou d’une cellule

procaryote 209
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

4. Indiquer si une cellule bactérienne est

une cellule eucaryote ou procaryote

210
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

Cellule procaryote

211
TD 2 – Structure et ultrastructures des bactéries

1. Donner les principales caractéristiques

des bactéries

212
 Réponse
❑Micro-organismes procaryotes, unicellulaires, ayant
une forme invariable, mobiles ou immobiles
❑Certains genres peuvent former des spores
❑Leur structure cellulaire comprend des éléments
constants

213
Réponse
❑Certaines possèdent des éléments dits inconstants
❑Elles vivent sous tous les climats dans tous les
habitats
❑Certaines sont pathogènes des animaux et des
humains
❑Flore humaine ou animale
214
2. Légender le schéma de la bactérie

215
Schéma
5
1A B C

4 6

3 E
7
D 8 F 216
3. Donner le rôle des éléments bactériens
proposés dans le tableau suivant et
indiquer s’ils sont permanents ou non

217
Éléments Rôle Éléments
permanents
ou non
Membrane
plasmique
Nucléoïde
Capsule
Flagelle
Pili
Paroi
218
Réponse

219
4. Indiquer la forme, le nom et le mode de
regroupement des bactéries

220
1
221
2
222
TD 1 – DIVERSITÉ DU MONDE MICROBIEN

3
223
4
224
5
225
À l’aide du cours et de vos connaissances,
donner la forme et le groupement des
bactéries

226
1.

2.
227
3. 4.
228
5. 6.
229
7.

230
 La coloration de Gram

Indiquer le rôle de la paroi bactérienne

231
La paroi bactérienne joue un rôle
particulièrement important dans le maintien de
la morphologie et de la rigidité de la cellule, mais
aussi dans la toxicité de certaines bactéries.
Elle est, en outre, le site d’action de plusieurs
antibiotiques
232
233
En vous aidant des figures 1 et 2 , compléter le
tableau qui suit

234
 235
Figure 1
 236
Figure 2
 Nature Épaisseur (en Rôle dans la Présence Présence
biochimique nm) coloration de dans dans
Gram les bactéries les bactéries
Gram + Gram -
Enveloppe Lipidique 7 à 8 nm Permet la NON OUI
externe pénétration
de l'alcool

Peptidoglycane Peptidique et 20 à 80 nm Sont colorés OUI OUI

glucidique dans par
les bactéries le violet de
Gram+ Gentiane
2 nm dans les ou la fuchsine.
bactéries Empêche
Gram - l'alcool
de pénétrer
dans la cellule.

237
Résultats de la
coloration de Gram
Expliquez le fait que les
bactéries Gram- ne
restent pas colorées
après la décoloration à
l’alcool comme les
Gram+. 238
Décrire les étapes de la coloration de Gram pour
Escherichia coli, une bactérie Gram négatif et indiquer
la couleur obtenue à chaque étape, en complétant le
tableau suivant

Expliquer à quel élément de la structure

bactérienne est liée la coloration de la
bactérie. Justifier votre réponse.

239
Étapes Caractéristiques Coloration de la bactérie E. coli
1 Coloration par le violet de gentiane. Violet
Le cytoplasme de toutes les cellules est coloré en
violet.
2 Fixation par le réactif de Lugol. Violet
La coloration violette est fixée.
3 Décoloration par l’alcool à 90°pendant 10 secondes Incolore
environ.
Puis rinçage à l’eau distillée.
L’alcool pénètre dans les bactéries Gram– qui se
décolorent.
4 Coloration par la fuschine qui colore les bactéries Rose
Gram – en rose.

240
La coloration est liée à la différence de composition chimique
de la paroi bactérienne
Le peptidoglycane est responsable de l’imperméabilité de la
paroi à l’alcool, or cette membrane est plus épaisse dans les
bactéries Gram positives
D’autre part, l’enveloppe externe des bactéries Gram
négatives est riche en lipides, ce qui permet la décoloration
par l’alcool
241
Sporulation

242
Citer au moins trois conditions
favorables à la sporulation

243
 Conditions favorables à la sporulation :

–déficit en nutriments ;
– températures défavorables ;
– taux d'humidité défavorable

244
Indiquer si toutes les bactéries peuvent sporuler.
Donner un exemple de bactérie
sporulante

245
• Seules quelques espèces bactériennes
peuvent sporuler
• Exemples : bactéries du genre Bacillus ou
Clostridium; Sporosarcina

246
 Croissance bactérienne
• Définir un facteur de croissance
• Définir un oligo-élément et en donner un exemple
• Définir un nutriment
• Citer quatre macro-éléments majeurs nécessaires à la
croissance bactérienne

247
• Un facteur de croissance est une molécule essentielle a la
croissance bactérienne
• Les oligo-éléments sont des éléments essentiels a la
croissance. Ils sont présents a l’état de trace.
• Les nutriments sont les matériaux de base de l'organisme.
• Macro éléments majeurs : carbone, oxygène, hydrogène,
azote

248