LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

Dosen pengampu:
Dr. Aini Habibah, S. Si, M. Si.
Dr. Yustinus Ulung Anggraito, M. Si.

Disusun oleh :
1. Rizka Ayu Atik Saputri (4401417064)
2. Aidah Wuryaningtyas (4401417089)

Kelompok 9
Rombel 3 Pendidikan Biologi

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
2019
 ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

Jumat, 1 November 2019

A. TUJUAN PRAKTIKUM
1. Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation.
2. Mengetahui wujud/profil DAN.

B. LANDASAN TEORI
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk
hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA
terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada
nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan
DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo,
2012).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian
DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi.
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan
dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan
dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan
bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam
air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak
terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut
meraka akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA
terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan
karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. (Agus dkk, 2013)
 Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari
pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol
yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat
kurang sempurna. DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul
(molekul utama) yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses
metabolisme dalam setiap organisme (Aristya, 2015).
DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan
kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap
yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk
hidup dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan
penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein
dan proses metabolisme lain (Aristya, 2015).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga
bisa diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Aristya (2015) menyatakan bahwa isolasi
DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA
dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar
air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda
pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit (Aristya, 2015).
 Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak
membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen (Burns, 2014).

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena

deterjen dapat menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Hapsari, 2015).

Gen atau sering dikenal dengan istilah DNA merupakan materi genetik yang
bertanggungjawab terhadap semua sifat yang dimiliki oleh makhluk hidup.
Genetika merupakan ilmu yang mempelajari bagaimana sifat-sifat suatu makhluk
hidup ini diturunkan dari induk kepada keturunannya. Sebagian besar dari sifat
yang dimiliki oleh suatu makhluk hidup dikendalikan oleh gen-gen yang berada di
dalam inti sel (nukleus), dan pola penurunannya dipelajari dalam Genetika
Mendel (Mendelian Genetics). Adapun sifat-sifat makhluk hidup yang
dikendalikan oleh DNA yang berada di luar Inti (mitokondria, kloroplast) yang
pola penurunannya tidak mengikuti pola Mendel, sehingga sering disebut sebagai
Genetika non-Mendel (Non-Mendelian Genetics) (Sutarno, 2016).
DNA menjadi salah satu kajian materi dalam biologi molekuler. DNA
mengandung materi genetik yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan
untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. Suatu molekul DNA tersusun
atas basa nitrogen, gula, dan fosfat. Salah satu rangkaian teknik rekayasa genetika
adalah isolasi DNA, yang melibatkan suatu proses memindahkan DNA dari suatu
organisme ke organisme lain dengan tujuan tertentu. Melalui isolasi DNA kita
dapat memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein maupun RNA dari suatu sel
dalam jaringan. DNA murni yang sudah diperoleh dapat digunakan sebagai bahan
pengayaan pokok bahasan sel yaitu DNA berada di sel tumbuhan maupun hewan,
sebagai kajian genetika bahwa gen merupakan bagian dari DNA (terdapat sebagai
lokus-lokus) yang berfungsi untuk mengontrol perkembangan fisik maupun
perilaku dari setiap makhluk hidup, sebagai kajian bioteknologi yang jika kita kaji
lebih lanjut salah satu kemanfaatannya yaitu sebagai tanaman transgenic. Tahapan
dalam isolasi DNA ini yaitu ekstraksi dan pelisisan sel, pencernaan protein,
pengendapan atau presipitasi, dan pemanenan DNA (Hapsari, 2015).
Strawberry (Fragaria spp.) merupakan tanaman komoditas buah anggota
Famili Rosaceae yang telah banyak dibudidayakan di dunia termasuk Indonesia.
Di Indonesia, strawberry telah didomestikasi dan dikembangkan di Jawa Timur,
Jawa Tengah, dan Jawa Barat terutama di daerah-daerah dengan ketinggian lebih
dari 1000 mdpl. Para ahli di Indonesia, Balai Penelitian Jeruk dan Buah
Subtropika (Balitjestro) melakukan usaha perbaikan kualitas buah strawberry
dengan mengoleksi dan mengevaluasi jenis strawberry di Indonesia, khususnya di
Jawa dan Bali untuk mendapatkan varietas terbaik untuk dikembangkan. Selain
itu, para ahli lainnya bertujuan untuk melakukan perbaikan genetik, salah satunya
melalui manipulasi kromosom dengan poliploidisasi dengan menggunakan
mutagen tertentu, misalnya kolkisin. Poliploidisasi merupakan spesies yang secara
natural terdapat sebagai organisme poliploid, mulai dari diploid hingga dekaploid
(Khoiroh et al, 2015).
Menurut Aristya (2015), Poliploidi adalah suatu individu yang memiliki lebih
dari dua genom. Tanaman poliploid umumnya mempunyai jumlah kromosom
lebih banyak dari pada tanaman diploid sehingga umumnya tanaman kelihatan
lebih kekar dan bagian-bagian tanaman menjadi lebih besar. Poliploidi buatan
dapat dilakukan dengan meniru yang terjadi di alam atau dengan menggunakan
mutagen. Sifat umum dari tanaman poliploid adalah menjadi lebih kekar, bagian
tanaman lebih besar (akar, batang, daun, bunga, dan buah), sehingga sifat-sifat
yang kurang baik akan menjadi lebih baik tanpa mengubah potensi hasilnya.
 Kolkisin merupakan salah satu reagen untuk mutasi yang menyebabkan terjadinya
poliploid. (Hartati, 2009)

C. ALAT DAN BAHAN

1. Buah strawberry
2. Detergen cair
3. Garam dapur
4. Etanol
5. Aquades
6. Mortar dan alu
7. Beaker gelas
8. Plastik
9. Tabung reaksi
10. Corong
11. Timbangan digital
12. Saringan
13. Buah pepaya, buah pisang, dll
D. CARA KERJA

Menimbang strawberry seberat 33 gram

Menggerus strawberry 33 gram di dalam plastik menggunakan alu hingga halus

Menyaring strawberry yang sudah halus menggunakan saringan

Memasukkan strawberry ke dalam tabung reaksi dengan perantara corong

Menambah larutan garam detergen 10% sebanyak 5 ml.

Mengocok dengan cara digoyangkan membentuk angka 8 selama 5 menit

Menambahkan larutan garam sebanyak 1 ml, kemudian digoyangkan membentuk

angka 8 selama 5 menit

Menambahkan ethanol 96% dingin, secukupnya, dan mengamati munculnya benang-

benang DNA
H. DAFTAR PUSTAKA
Agus, Rosana dan Sjafraenan, 2013. Penuntun Praktikum Genetika Dasar.
Universitas Hasanuddin. Makassar.

Aristya, Ganies Riza. 2015. Optimalisasi Induksi Poliploid pada Tanaman

Strawberry (Fragaria spp. “Festival” dan “Californica”). Jurnal
Penelitian dan Pengembangan. Volume 6, Nomor 10.

Burns, G.W. 2014. The science of Genetics. MacMillan Publishing: New York

Champbell, A. 2011. Biologi. Erlangga: Jakarta

Hapsari, Ari Indriana. 2015. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan
Ikan Lele (Clarias sp.) sebagai Kajian dalam Biologi Molekuler. Didaktik,
Vol. 13, No. 2, halaman 23-30.

Hartati. 2009. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar: Universitas Negeri

Makassar.

Khoiroh, Rosyidatul, et al. 2015. Karakterisasi Kromosom Strawberry (Fragaria

vesca L. subsp. californica Cham. & Schktdl. cv. Californica) Hasil
Poliploidisasi. Biogenesis Jurnal Ilmiah Biologi. Volume 3, No. 2,
halaman 87-95.

Suryo, 2012. Genetika Manusia. UGM Press: Yogyakarta

Sutarno. 2016. Rekayasa Genetik dan Perkembangan Bioteknologi di Bidang

Peternakan. Proceeding Biology Education Conference, Vol. 13(1): 23-27.

Widianti, T., Aini H.N. 2019. Petunjuk Praktikum Genetika. Semarang : Jurusan
Biologi FMIPA Unnes.
I.DOKUMENTASI