Kelompok 5

ISOLASI DNA DAN RNA
DARI MIKROBA
Anggota Kelompok 5:
Chintami Aji Ningrum (E0018009)
Fiji Indah Gunawan (E0018016)
Fitri Lestari (E0018017)
Pathatun Khasanah (E0018032)
Reza Audrya Ashary (E0018034)
Zakiyah Aenurochmah (E0018050)
Pengertian DNA dan RNA
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus,
mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA
nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan
protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Asam ribonukleat atau RNA adalah asam nukleat beruntai yang

tersusun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula ribose.
RNA merupakan polimer yang disebut polinukleotida. Setiap
nukleotida tersusun atas tiga bagian yaitu basa nitrogen, gula
pentose dan gugus fosfat. Basa nitrogen pada RNA terdiri dari
adenine,guanine,sitosin,dan urasil. Urutan basa-basa nitrogen Struktur DNA & RNA
tersebut dapat mengkode infromasi genetic (Campbell,
dkk,2010:93).
ISOLASI DNA & RNA
Isolasi merupakan prosedur untuk memisahkan suatu bagian dari bagian lan
dengan tujuan tertentu (Singleton & Sainsbury, 2006). Isolasi DNA/RNA
merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam rekayasa genetika
sebelum melangkah ke proses selanjutnya.
Isolasi DNA merupakan salah satu teknik yang paling dasar dan penting dalam
studi DNA. Isolasi/ekstraksi DNA diperoleh dengan cara merusak atau
memecahkan dinding sel sehingga DNA keluar dari dalam sel. Isolasi RNA
memiliki tujuan untuk memisahkan RNA dari zat lain sehingga dihasilkan
RNA murni. Prinsip isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu, melisiskan membran
sel untuk mengekspos RNA, Ekstraksi RNA, Pemurnian RNA, dan Presipitasi
RNA.
TAHAPAN ISOLASI DNA
1. Pemecahan dinding sel atau jaringan yang akan diisolasi 5. Pemurnian DNA dari ekstrak sel dengan menggunakan
DNA dari bakteri disentrifugasi dengan kecepatan 8.000- salah satu bahan kimia. untuk pemurnian DNA dari
10.000 rpm selama 10 menit. kontaminan protein digunakan enzim protease
6. Pemisahan DNA dari molekul RNA dan protein

2. Debris sel dipisahkan dari dapat dilakukan dengan menggunakan densitas
larutan DNA. gradien sentrifugasi Cesium Chlorida (CsCl)
7. Presipitasi akhir DNA dapat dilakukan dengan

3. Presipitasi RNA dan protein agar diperoleh DNA menggunakan etanol dingin di bawah kondisi ionik yang
yang murni. kuat. Dan dicuci dengan EtOH (etanol) 70%.
4. Presipitasi DNA dengan etanol dingin 8. Pelet DNA dilarutkan dengan buffer TE atau
ddH2O steril.
METODE ISOLASI DNA
01
Metode dengan menggunakan kit ekstraksi DNA (Wizard
02
Metode CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium
Bromide) dengan Phenol (Suharsono 2000 dalam Yustiati
Genomic DNA Purification, Promega). Metode ini
2006). Metode ini memiliki waktu pengerjaan cukup singkat
merupakan metode yang dikeluarkan oleh Promega
dimana pada proses presipitasinya digunakan penambahan
Corporation dan telah teruji hasilnya, namun disisi lain
P : C : I untuk memisahkan DNA dengan materi ikutan
biaya yang dibutuhkan cukup besar.
lainnya.
03
Metode modifikasi CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium
04
Metode ekstraksi DNA dengan thermal lysis (Buwono
Bromide) (Rogers dkk. 1997 dalam Mulyani 2003). Metode ini dan Rosidah 2010). Metode ini memiliki waktu
memaksimalkan presipitasi DNA dengan menggunakan C : IAA secara pengerjaan yang sangat singkat. Namun dalam
berulang yakni dua kali untuk mendapatkan DNA yang bebas dari pengerjaannya tidak melibatkan proses presipitasi dan
pengotor. Nilai konsentrasi DNA yang didapat relatif tinggi namun di pencucian DNA melainkan hanya melakukan proses
dalam pengerjaannya dibutuhkan waktu yang relatif lebih lama. ekstraksi DNA saja.
ISOLASI DNA DENGAN SPESIMEN
BAKTERI
Isolasi DNA genom (kromosom) Isolasi DNA genom (kromosom) bakteri

bakteri Metode Boiling menggunakan Metode Reagen KIT
Metode ini paling banyak digunakan, karena relatif Secara umum tahapan yang dilakukan ialah persiapan sampel,
mudah, sederhana dan keberhasilan untuk memperoleh lisis, pengikatan DNA, pencucian DNA, dan elusi DNA. teknik
isolat DNA cukup tinggi. Metode boiling merupakan Kit (Quick Extract Plant DNA Extraction). Kelebihan dari Metode
salah satu metode ekstraksi DNA sederhana dengan Kit ini adalah prosedur kerja yang simpel, proses pengerjaan yang
memberikan gangguan fisik terhadap sel bakeri berupa cepat, dan tidak menggunakan bahan kimia berbahaya seperti
pemanasan dengan suhu tinggi (95-100˚C). kloroform dan memerlukan penanganan yang mudah. Metode Kit
tersebut hanya memerlukan satu jenis reagen dan dua kali inkubasi
tanpa proses penggerusan dan sentrifugasi.
ISOLASI DNA PLASMID BAKTERI
Langkah pertama untuk mendapatkan DNA plasmid adalah dengan

menumbuhkan sel-sel bakteri yang mengandung plasmid rekombinan.
Setelah itu sel dipanen, dinding serta membran sel dipecah sehingga isi sel
(ekstrak sel) keluar. Ekstrak sel ini kemudian dipurifikasi dengan
serangkaian perlakuan sehingga diperoleh DNA plasmid yang murni.
METODE ISOLASI RNA
2. Metode Modifikasi Guanidine Tiosianat

Isolasi RNA menggunakan prosedur ini
membutuhkan waktu selama 4 jam dan memberikan
hasil dengan tingkat kemurnian yang tinggi.
Prosedur ini direkomendasikan untuk sintesis cDNA
full-length dan reaksi RT-PCR. Metode ini juga bisa
dilakukan untuk mengetahui RNA total dari jaringan
1. Metode atau kultur sel yang jumlahnya sedikit.
Prinsip kerja dariGuanidin Tiosianat
metode guanidine tiosianat
adalah melisiskan membran sel dan membuat
RNA larut di dalam larutan yang mengandung
guanidin tiosianat. Penambahan larutan fenol/ 3. Metode Kromatografi Selulosa Oligo-
kloroform pada larutan guanidin tiosianat deoxytymine (DT)
dapat membuat pH larutan menjadi asam (pH Metode ini RNA Poli (A)+ dapat diisolasi dari RNA total
4). (Ausubel dkk, 2003). menggunakan seleksi selulosa oligo (dT) atau langsung dari
sampel jaringan dan kultur sel. Purifikasi mRNA dari RNA total
direkomendasikan untuk jaringan dan sel yang bersumber dari
bagian yang kaya RNase, sebagai upaya untuk meminimalisir
kemungkinkan degradasi RNA selama proses ekstraksi.
CARA ISOLASI
RNA
Isolasi RNA bertujuan untuk memisahkan RNA dari zat lain sehingga dihasilkan
RNA murni. Prinsip isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu: ekstraksi, pemurnian,
dan presipitasi. Secara umum terdapat tiga dasar persyaratan isolasi RNA, yaitu:
melisiskan membran sel untuk mengekspos RNA; pemisahan RNA dari zat-zat
dan molekul lainnya seperti DNA, lipid, protein, dan karbohidrat; dan pemulihan
RNA dalam bentuk murni. Terdapat beberapa metode isolasi RNA yaitu metode
guanidine tiosianat, metode modifikasi guanidine tiosianat, metode kromatografi
selulosa oligo-deoxythymine (dT), metode trizol, dan metode langsung
menggunakan reagen kit.
ANALISIS KUALITAS & KUANTITAS
DNA & RNA
1. Analisis Elektroforesis 2. Penyimpanan

Larutan DNA atau RNA dapat disimpan dalam bentuk aliquot
Analisis dengan menggunakan elektroforesis dilakukan dalam suhu -200C atau -700C untuk menghindari kerusakan
pemisahan DNA dan RNA berdasarkan ukuran menggunakan karena pengulangan freeze-thawing. Atau jika memungkinkan
agar agarose 1 %. Gel direndam dalam campuran larutan mengunakan nitrogen cair (-1960C). Untuk pemakaian sehari-
Tris-Borat-EDTA buffer dan etidium bromida. Visualisasi hari DNA dapat disimpan pada suhu 40C untuk beberapa bulan.
Hanya saja, jika DNA dilarutkan dalam air, kualitas DNA
dilakukan dengan sinar UV pada UV-transiluminator. Pita
tersebut dapat memburuk jika disimpan dalam suhu 40C (DNA
DNA hasil elektroforesis yang semakin tebal belum tentu bersifat asam lemah dalam air).
berbanding lurus dengan tingginya konsentrasi DNA
(Sambrook, 1989).
TERIMA KASIH

Kelompok 5

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Kelompok 5

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Kelompok 5

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

ISOLASI DNA DAN RNA

Asam ribonukleat atau RNA adalah asam nukleat beruntai yang

6. Pemisahan DNA dari molekul RNA dan protein

7. Presipitasi akhir DNA dapat dilakukan dengan

Isolasi DNA genom (kromosom) Isolasi DNA genom (kromosom) bakteri

Langkah pertama untuk mendapatkan DNA plasmid adalah dengan

2. Metode Modifikasi Guanidine Tiosianat

1. Analisis Elektroforesis 2. Penyimpanan

Anda mungkin juga menyukai