DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. ... more DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. However, there has been no agreement on which region(s) should be used for barcoding land plants. To provide a community recommendation on a standard plant barcode, we have compared the performance of 7 leading candidate plastid DNA regions (atpF-atpH spacer, matK gene, rbcL gene, rpoB gene, rpoC1 gene, psbK-psbI spacer, and trnH-psbA spacer). Based on assessments of recoverability, sequence quality, and levels of species discrimination, we recommend the 2-locus combination of rbcL؉matK as the plant barcode. This core 2-locus barcode will provide a universal framework for the routine use of DNA sequence data to identify specimens and contribute toward the discovery of overlooked species of land plants.
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009
DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. ... more DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. However, there has been no agreement on which region(s) should be used for barcoding land plants. To provide a community recommendation on a standard plant barcode, we have compared the performance of 7 leading candidate plastid DNA regions (atpF-atpH spacer, matK gene, rbcL gene, rpoB gene, rpoC1 gene, psbK-psbI spacer, and trnH-psbA spacer). Based on assessments of recoverability, sequence quality, and levels of species discrimination, we recommend the 2-locus combination of rbcL؉matK as the plant barcode. This core 2-locus barcode will provide a universal framework for the routine use of DNA sequence data to identify specimens and contribute toward the discovery of overlooked species of land plants.
Cet article a pour principal objectif de répondre aux questions qui peuvent se poser au moment de... more Cet article a pour principal objectif de répondre aux questions qui peuvent se poser au moment de la mise en place d’un dispositif de correction différentielle : pourquoi les réseaux de correction différentielle ? Quels sont-ils et où sont-ils ? Quel réseau couvre mon domaine expérimental ? Comment l’utiliser et avec quel matériel adapté ? Les systèmes satellitaires de navigation globaux (GNSS -global navigation satellite system-) présentent des sources d’erreur induisant de l’imprécision sur les calculs de géopositionnement. Ces erreurs de calcul peuvent être particulièrement problématiques pour des dispositifs expérimentaux reposant sur le géopositionnement d’un mobile en temps réel (mode RTK -real time kinematic-) appliqué par exemple à l’agriculture de précision. La solution pour améliorer significativement la précision du calcul consiste à utiliser des algorithmes correcteurs diffusés par des stations de mesure fixes ou faisant partie d’un réseau. Pour utiliser ces informations le mobile doit être capable de se connecter à la station (radio, Internet, téléphone, etc.), de charger et recalculer rapidement la géolocalisation pratiquement en temps réel. Parmi les réseaux de stations disponibles, il en existe des publics (RGP–réseau GNSS permanent-) et des privés (Teria, Sat-info, Orphéon) qui seront détaillés et comparés. Un premier tableau récapitulant les sites expérimentaux de l’INRA équipés et les couvertures des réseaux est présenté dans cet article pour partager les informations avec les Unités expérimentales.
Dans le domaine de la géomatique on assiste actuellement à une véritable révolution au niveau de ... more Dans le domaine de la géomatique on assiste actuellement à une véritable révolution au niveau de la production des données avec l’apparition de nombreuses « Big Data ». Cette révolution est directement liée aux évolutions matérielles et technologiques qui permettent d’embarquer un logiciel SIG (système d’information géographique) sur un smartphone ou une tablette, de saisir une multitude d’informations géolocalisées qui seront directement stockées dans des serveurs via une connexion Internet. Théoriquement un chercheur peut maintenant voir en temps réel les données relevées sur un domaine expérimental. Du côté de l’utilisateur sur le terrain il peut visualiser plusieurs couches géographiques sur sa tablette et saisir des informations descriptives ou vectorielles avec les options de navigation sur les données d’un SIG couplées aux fonctionnalités du géonavigateur qui facilitent sa prise de relevés. Ces SIG nomades sont avant tout des SIG qui doivent répondre aux contraintes liées à la mobilité. Les concepts clés déterminant la fonctionnalité de votre SIG nomade sont principalement l’accessibilité (communication entre les appareils mobiles, à la base de données depuis le mobile ou depuis le bureau), la synchronisation (mise à jour des mêmes données par plusieurs personnes sur le terrain, sauvegardes) et l’interopérabilité (communication / exploitation entre différents SIG). Ces concepts seront illustrés à partir de deux exemples : un exemple simple où une personne fait ses propres relevés et un exemple plus complexe où plusieurs personnes travaillent sur la même donnée (un agent sur le terrain avec QGIS en mode mobile, données stockées dans PostgreSQL avec l’extension PostGIS et hébergées dans alwaysdata.com, et un utilisateur dans son bureau observant l’avancée des relevés en direct sur ArcMap).
Les GNSS (global navigation satellite system) parmi lesquels le système américain GPS (global pos... more Les GNSS (global navigation satellite system) parmi lesquels le système américain GPS (global positioning system) ont tous pour principal objectif de donner la position et la vitesse d’un mobile à tout instant, en tout lieu et dans un référentiel global. Comme tout système basé sur des satellites, il est structuré en trois composantes qui seront détaillées afin de mieux appréhender les principes de la géolocalisation : le segment spatial (les satellites), le segment de contrôle (les stations au sol) et le segment utilisateur (le récepteur mobile). Le calcul du géopositionnement peut être basé sur deux mesures : (1) soit la mesure du temps qu’ont mis les signaux émis par au moins quatre satellites pour parcourir la distance les séparant du mobile, (2) soit le décalage de phase des signaux auquel cas un appareillage très sophistiqué doit lever des ambiguïtés (nombre des oscillations entre l’émission du signal par le satellite et la réception par le mobile). Théoriquement (1) doit donner une précision décimétrique et (2) millimétrique mais des sources d’erreur viennent la parasiter. Pour améliorer la qualité du géopositionnement il existe d’autres systèmes satellitaires (SBAS - satellite based augmentation system) et également des réseaux de stations au sol (GBAS - ground based augmentation system) pour transmettre des corrections de positionnement. les algorithmes de repositionnement peuvent être utilisés en direct (correction différentielle en temps réel « DGPS ») ou en différé (post-traitement) pour atteindre une précision centimétrique à condition d’avoir le matériel approprié. Sur la base des principes de la géolocalisation il sera présenté les bonnes pratiques à adopter sur le terrain : bien choisir son matériel, préparer ses levées et bien mesurer les géopositionnements.
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed using DNA sequences fro... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals using the cox1 gene (COI), but there is not yet any proposed universal barcode for plants that has received a broad consensus. We undertook intensive field collections in the renowned Kruger National Park (South Africa), which has its most southern part included in the Maputaland Biodiversity hotspot. Using a selection of trees and shrubs, we compared height potential barcodes: six advised by the plant working group and two from Kress et al. (2007). We applied a battery of metrics to measure intra-and inter-specific genetic divergences, statistical tests, phylogenetic and coalescence analyses. Compared to previous plant studies, we assessed to which extend a 'DNA barcoding gap' is present between intra-and inter-specific variations using multiple accessions per species. We identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcodes for flowering plants, which can be used singly or in combination with the trnH-psbA inter-gene for a slight increase in performance. Furthermore, we assessed the accuracy of combining to the previous barcode one of the two newly proposed loci by Ki-Joong Kim (University of Seoul). We further discuss the role that DNA barcoding can play in biodiversity inventories for conservation.
Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shr... more Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shrub-like taxa are rare within this subfamily but occur in Malagasy genera such as Secamone, Secamonopsis, and Pervillaea. We explored the evolutionary appearance of shrub-like growth forms in Malagasy Secamonoideae through a molecular phylogeny using chloroplastic sequences. The phylogeny revealed several independent appearances of shrub-like growth forms within the Secamonoideae. Biomechanics and development of the shrub-like growth form were detailed in one species, Secamone sparsiflora, which has upright and self-supporting young stems that become procumbent in older stages of development. Biomechanical investigations revealed characteristics atypical of both lianas and self-supporting shrubs. Anatomical development in S. sparsiflora is initially similar to lianas in the same clade but shows potentially neotenic retention of juvenile wood development for most of the growth trajectory. The results suggest that evolution of lianescence can carry a high degree of specialization and developmental burden that might limit evolution back to self-supporting growth forms. Under certain geographic and ecological conditions, such as geographic isolation, xeric conditions and/or reduced biotic competition, escapes from lianescence to other growth forms can occur in some angiosperm groups via relatively simple heterochronic shifts of mechanically significant growth processes.
Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shr... more Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shrub-like taxa are rare within this subfamily but occur in Malagasy genera such as Secamone, Secamonopsis, and Pervillaea. We explored the evolutionary appearance of shrub-like growth forms in Malagasy Secamonoideae through a molecular phylogeny using chloroplastic sequences. The phylogeny revealed several independent appearances of shrub-like growth forms within the Secamonoideae. Biomechanics and development of the shrub-like growth form were detailed in one species, Secamone sparsiflora, which has upright and self-supporting young stems that become procumbent in older stages of development. Biomechanical investigations revealed characteristics atypical of both lianas and self-supporting shrubs. Anatomical development in S. sparsiflora is initially similar to lianas in the same clade but shows potentially neotenic retention of juvenile wood development for most of the growth trajectory. The results suggest that evolution of lianescence can carry a high degree of specialization and developmental burden that might limit evolution back to self-supporting growth forms. Under certain geographic and ecological conditions, such as geographic isolation, xeric conditions and/or reduced biotic competition, escapes from lianescence to other growth forms can occur in some angiosperm groups via relatively simple heterochronic shifts of mechanically significant growth processes.
Proceedings of The National Academy of Sciences, 2008
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
Proceedings of The National Academy of Sciences, 2008
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. ... more DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. However, there has been no agreement on which region(s) should be used for barcoding land plants. To provide a community recommendation on a standard plant barcode, we have compared the performance of 7 leading candidate plastid DNA regions (atpF-atpH spacer, matK gene, rbcL gene, rpoB gene, rpoC1 gene, psbK-psbI spacer, and trnH-psbA spacer). Based on assessments of recoverability, sequence quality, and levels of species discrimination, we recommend the 2-locus combination of rbcL؉matK as the plant barcode. This core 2-locus barcode will provide a universal framework for the routine use of DNA sequence data to identify specimens and contribute toward the discovery of overlooked species of land plants.
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009
DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. ... more DNA barcoding involves sequencing a standard region of DNA as a tool for species identification. However, there has been no agreement on which region(s) should be used for barcoding land plants. To provide a community recommendation on a standard plant barcode, we have compared the performance of 7 leading candidate plastid DNA regions (atpF-atpH spacer, matK gene, rbcL gene, rpoB gene, rpoC1 gene, psbK-psbI spacer, and trnH-psbA spacer). Based on assessments of recoverability, sequence quality, and levels of species discrimination, we recommend the 2-locus combination of rbcL؉matK as the plant barcode. This core 2-locus barcode will provide a universal framework for the routine use of DNA sequence data to identify specimens and contribute toward the discovery of overlooked species of land plants.
Cet article a pour principal objectif de répondre aux questions qui peuvent se poser au moment de... more Cet article a pour principal objectif de répondre aux questions qui peuvent se poser au moment de la mise en place d’un dispositif de correction différentielle : pourquoi les réseaux de correction différentielle ? Quels sont-ils et où sont-ils ? Quel réseau couvre mon domaine expérimental ? Comment l’utiliser et avec quel matériel adapté ? Les systèmes satellitaires de navigation globaux (GNSS -global navigation satellite system-) présentent des sources d’erreur induisant de l’imprécision sur les calculs de géopositionnement. Ces erreurs de calcul peuvent être particulièrement problématiques pour des dispositifs expérimentaux reposant sur le géopositionnement d’un mobile en temps réel (mode RTK -real time kinematic-) appliqué par exemple à l’agriculture de précision. La solution pour améliorer significativement la précision du calcul consiste à utiliser des algorithmes correcteurs diffusés par des stations de mesure fixes ou faisant partie d’un réseau. Pour utiliser ces informations le mobile doit être capable de se connecter à la station (radio, Internet, téléphone, etc.), de charger et recalculer rapidement la géolocalisation pratiquement en temps réel. Parmi les réseaux de stations disponibles, il en existe des publics (RGP–réseau GNSS permanent-) et des privés (Teria, Sat-info, Orphéon) qui seront détaillés et comparés. Un premier tableau récapitulant les sites expérimentaux de l’INRA équipés et les couvertures des réseaux est présenté dans cet article pour partager les informations avec les Unités expérimentales.
Dans le domaine de la géomatique on assiste actuellement à une véritable révolution au niveau de ... more Dans le domaine de la géomatique on assiste actuellement à une véritable révolution au niveau de la production des données avec l’apparition de nombreuses « Big Data ». Cette révolution est directement liée aux évolutions matérielles et technologiques qui permettent d’embarquer un logiciel SIG (système d’information géographique) sur un smartphone ou une tablette, de saisir une multitude d’informations géolocalisées qui seront directement stockées dans des serveurs via une connexion Internet. Théoriquement un chercheur peut maintenant voir en temps réel les données relevées sur un domaine expérimental. Du côté de l’utilisateur sur le terrain il peut visualiser plusieurs couches géographiques sur sa tablette et saisir des informations descriptives ou vectorielles avec les options de navigation sur les données d’un SIG couplées aux fonctionnalités du géonavigateur qui facilitent sa prise de relevés. Ces SIG nomades sont avant tout des SIG qui doivent répondre aux contraintes liées à la mobilité. Les concepts clés déterminant la fonctionnalité de votre SIG nomade sont principalement l’accessibilité (communication entre les appareils mobiles, à la base de données depuis le mobile ou depuis le bureau), la synchronisation (mise à jour des mêmes données par plusieurs personnes sur le terrain, sauvegardes) et l’interopérabilité (communication / exploitation entre différents SIG). Ces concepts seront illustrés à partir de deux exemples : un exemple simple où une personne fait ses propres relevés et un exemple plus complexe où plusieurs personnes travaillent sur la même donnée (un agent sur le terrain avec QGIS en mode mobile, données stockées dans PostgreSQL avec l’extension PostGIS et hébergées dans alwaysdata.com, et un utilisateur dans son bureau observant l’avancée des relevés en direct sur ArcMap).
Les GNSS (global navigation satellite system) parmi lesquels le système américain GPS (global pos... more Les GNSS (global navigation satellite system) parmi lesquels le système américain GPS (global positioning system) ont tous pour principal objectif de donner la position et la vitesse d’un mobile à tout instant, en tout lieu et dans un référentiel global. Comme tout système basé sur des satellites, il est structuré en trois composantes qui seront détaillées afin de mieux appréhender les principes de la géolocalisation : le segment spatial (les satellites), le segment de contrôle (les stations au sol) et le segment utilisateur (le récepteur mobile). Le calcul du géopositionnement peut être basé sur deux mesures : (1) soit la mesure du temps qu’ont mis les signaux émis par au moins quatre satellites pour parcourir la distance les séparant du mobile, (2) soit le décalage de phase des signaux auquel cas un appareillage très sophistiqué doit lever des ambiguïtés (nombre des oscillations entre l’émission du signal par le satellite et la réception par le mobile). Théoriquement (1) doit donner une précision décimétrique et (2) millimétrique mais des sources d’erreur viennent la parasiter. Pour améliorer la qualité du géopositionnement il existe d’autres systèmes satellitaires (SBAS - satellite based augmentation system) et également des réseaux de stations au sol (GBAS - ground based augmentation system) pour transmettre des corrections de positionnement. les algorithmes de repositionnement peuvent être utilisés en direct (correction différentielle en temps réel « DGPS ») ou en différé (post-traitement) pour atteindre une précision centimétrique à condition d’avoir le matériel approprié. Sur la base des principes de la géolocalisation il sera présenté les bonnes pratiques à adopter sur le terrain : bien choisir son matériel, préparer ses levées et bien mesurer les géopositionnements.
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed using DNA sequences fro... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals using the cox1 gene (COI), but there is not yet any proposed universal barcode for plants that has received a broad consensus. We undertook intensive field collections in the renowned Kruger National Park (South Africa), which has its most southern part included in the Maputaland Biodiversity hotspot. Using a selection of trees and shrubs, we compared height potential barcodes: six advised by the plant working group and two from Kress et al. (2007). We applied a battery of metrics to measure intra-and inter-specific genetic divergences, statistical tests, phylogenetic and coalescence analyses. Compared to previous plant studies, we assessed to which extend a 'DNA barcoding gap' is present between intra-and inter-specific variations using multiple accessions per species. We identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcodes for flowering plants, which can be used singly or in combination with the trnH-psbA inter-gene for a slight increase in performance. Furthermore, we assessed the accuracy of combining to the previous barcode one of the two newly proposed loci by Ki-Joong Kim (University of Seoul). We further discuss the role that DNA barcoding can play in biodiversity inventories for conservation.
Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shr... more Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shrub-like taxa are rare within this subfamily but occur in Malagasy genera such as Secamone, Secamonopsis, and Pervillaea. We explored the evolutionary appearance of shrub-like growth forms in Malagasy Secamonoideae through a molecular phylogeny using chloroplastic sequences. The phylogeny revealed several independent appearances of shrub-like growth forms within the Secamonoideae. Biomechanics and development of the shrub-like growth form were detailed in one species, Secamone sparsiflora, which has upright and self-supporting young stems that become procumbent in older stages of development. Biomechanical investigations revealed characteristics atypical of both lianas and self-supporting shrubs. Anatomical development in S. sparsiflora is initially similar to lianas in the same clade but shows potentially neotenic retention of juvenile wood development for most of the growth trajectory. The results suggest that evolution of lianescence can carry a high degree of specialization and developmental burden that might limit evolution back to self-supporting growth forms. Under certain geographic and ecological conditions, such as geographic isolation, xeric conditions and/or reduced biotic competition, escapes from lianescence to other growth forms can occur in some angiosperm groups via relatively simple heterochronic shifts of mechanically significant growth processes.
Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shr... more Lianas are common in the Apocynaceae s.l. and are predominant in the subfamily Secamonoideae. Shrub-like taxa are rare within this subfamily but occur in Malagasy genera such as Secamone, Secamonopsis, and Pervillaea. We explored the evolutionary appearance of shrub-like growth forms in Malagasy Secamonoideae through a molecular phylogeny using chloroplastic sequences. The phylogeny revealed several independent appearances of shrub-like growth forms within the Secamonoideae. Biomechanics and development of the shrub-like growth form were detailed in one species, Secamone sparsiflora, which has upright and self-supporting young stems that become procumbent in older stages of development. Biomechanical investigations revealed characteristics atypical of both lianas and self-supporting shrubs. Anatomical development in S. sparsiflora is initially similar to lianas in the same clade but shows potentially neotenic retention of juvenile wood development for most of the growth trajectory. The results suggest that evolution of lianescence can carry a high degree of specialization and developmental burden that might limit evolution back to self-supporting growth forms. Under certain geographic and ecological conditions, such as geographic isolation, xeric conditions and/or reduced biotic competition, escapes from lianescence to other growth forms can occur in some angiosperm groups via relatively simple heterochronic shifts of mechanically significant growth processes.
Proceedings of The National Academy of Sciences, 2008
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
Proceedings of The National Academy of Sciences, 2008
DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences ... more DNA barcoding is a technique in which species identification is performed by using DNA sequences from a small fragment of the genome, with the aim of contributing to a wide range of ecological and conservation studies in which traditional taxonomic identification is not practical. DNA barcoding is well established in animals, but there is not yet any universally accepted barcode for plants. Here, we undertook intensive field collections in two biodiversity hotspots (Mesoamerica and southern Africa). Using >1,600 samples, we compared eight potential barcodes. Going beyond previous plant studies, we assessed to what extent a ''DNA barcoding gap'' is present between intra-and interspecific variations, using multiple accessions per species. Given its adequate rate of variation, easy amplification, and alignment, we identified a portion of the plastid matK gene as a universal DNA barcode for flowering plants. Critically, we further demonstrate the applicability of DNA barcoding for biodiversity inventories. In addition, analyzing >1,000 species of Mesoamerican orchids, DNA barcoding with matK alone reveals cryptic species and proves useful in identifying species listed in Convention on International Trade of Endangered Species (CITES) appendixes.
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Papers by Renaud Lahaye
être particulièrement problématiques pour des dispositifs expérimentaux reposant sur le géopositionnement d’un
mobile en temps réel (mode RTK -real time kinematic-) appliqué par exemple à l’agriculture de précision. La solution
pour améliorer significativement la précision du calcul consiste à utiliser des algorithmes correcteurs diffusés par des stations de mesure fixes ou faisant partie d’un réseau. Pour utiliser ces informations le mobile doit être capable de se connecter à la station (radio, Internet, téléphone, etc.), de charger et recalculer rapidement la géolocalisation pratiquement en temps réel. Parmi les réseaux de stations disponibles, il en existe des publics (RGP–réseau GNSS permanent-) et des privés (Teria, Sat-info, Orphéon) qui seront détaillés et comparés. Un premier tableau récapitulant les sites expérimentaux de l’INRA équipés et les couvertures des réseaux est présenté dans cet article pour partager les informations avec les Unités expérimentales.
synchronisation (mise à jour des mêmes données par plusieurs personnes sur le terrain, sauvegardes) et l’interopérabilité (communication / exploitation entre différents SIG). Ces concepts seront illustrés à partir de deux exemples : un exemple simple où une personne fait ses propres relevés et un exemple plus complexe où plusieurs personnes travaillent sur la même donnée (un agent sur le terrain avec QGIS en mode mobile, données stockées dans PostgreSQL avec l’extension PostGIS et hébergées dans alwaysdata.com, et un utilisateur dans son bureau observant l’avancée des relevés en direct sur ArcMap).
spatial (les satellites), le segment de contrôle (les stations au sol) et le segment utilisateur (le récepteur mobile).
Le calcul du géopositionnement peut être basé sur deux mesures : (1) soit la mesure du temps qu’ont mis les
signaux émis par au moins quatre satellites pour parcourir la distance les séparant du mobile, (2) soit le décalage
de phase des signaux auquel cas un appareillage très sophistiqué doit lever des ambiguïtés (nombre des oscillations
entre l’émission du signal par le satellite et la réception par le mobile). Théoriquement (1) doit donner une précision
décimétrique et (2) millimétrique mais des sources d’erreur viennent la parasiter. Pour améliorer la qualité du
géopositionnement il existe d’autres systèmes satellitaires (SBAS - satellite based augmentation system) et
également des réseaux de stations au sol (GBAS - ground based augmentation system) pour transmettre des
corrections de positionnement. les algorithmes de repositionnement peuvent être utilisés en direct (correction
différentielle en temps réel « DGPS ») ou en différé (post-traitement) pour atteindre une précision centimétrique à
condition d’avoir le matériel approprié. Sur la base des principes de la géolocalisation il sera présenté les bonnes
pratiques à adopter sur le terrain : bien choisir son matériel, préparer ses levées et bien mesurer les géopositionnements.
être particulièrement problématiques pour des dispositifs expérimentaux reposant sur le géopositionnement d’un
mobile en temps réel (mode RTK -real time kinematic-) appliqué par exemple à l’agriculture de précision. La solution
pour améliorer significativement la précision du calcul consiste à utiliser des algorithmes correcteurs diffusés par des stations de mesure fixes ou faisant partie d’un réseau. Pour utiliser ces informations le mobile doit être capable de se connecter à la station (radio, Internet, téléphone, etc.), de charger et recalculer rapidement la géolocalisation pratiquement en temps réel. Parmi les réseaux de stations disponibles, il en existe des publics (RGP–réseau GNSS permanent-) et des privés (Teria, Sat-info, Orphéon) qui seront détaillés et comparés. Un premier tableau récapitulant les sites expérimentaux de l’INRA équipés et les couvertures des réseaux est présenté dans cet article pour partager les informations avec les Unités expérimentales.
synchronisation (mise à jour des mêmes données par plusieurs personnes sur le terrain, sauvegardes) et l’interopérabilité (communication / exploitation entre différents SIG). Ces concepts seront illustrés à partir de deux exemples : un exemple simple où une personne fait ses propres relevés et un exemple plus complexe où plusieurs personnes travaillent sur la même donnée (un agent sur le terrain avec QGIS en mode mobile, données stockées dans PostgreSQL avec l’extension PostGIS et hébergées dans alwaysdata.com, et un utilisateur dans son bureau observant l’avancée des relevés en direct sur ArcMap).
spatial (les satellites), le segment de contrôle (les stations au sol) et le segment utilisateur (le récepteur mobile).
Le calcul du géopositionnement peut être basé sur deux mesures : (1) soit la mesure du temps qu’ont mis les
signaux émis par au moins quatre satellites pour parcourir la distance les séparant du mobile, (2) soit le décalage
de phase des signaux auquel cas un appareillage très sophistiqué doit lever des ambiguïtés (nombre des oscillations
entre l’émission du signal par le satellite et la réception par le mobile). Théoriquement (1) doit donner une précision
décimétrique et (2) millimétrique mais des sources d’erreur viennent la parasiter. Pour améliorer la qualité du
géopositionnement il existe d’autres systèmes satellitaires (SBAS - satellite based augmentation system) et
également des réseaux de stations au sol (GBAS - ground based augmentation system) pour transmettre des
corrections de positionnement. les algorithmes de repositionnement peuvent être utilisés en direct (correction
différentielle en temps réel « DGPS ») ou en différé (post-traitement) pour atteindre une précision centimétrique à
condition d’avoir le matériel approprié. Sur la base des principes de la géolocalisation il sera présenté les bonnes
pratiques à adopter sur le terrain : bien choisir son matériel, préparer ses levées et bien mesurer les géopositionnements.