Maria Kaponi

Fig mosaic disease (FMD) is commonly observed in fig trees (Ficus carica L.) throughout Greece. In order to detect possible viral agents of FMD, 54 symptomatic and asymptomatic fig trees, from Thessaly and Euboea island, have been examined by RT-PCR and PCR.. So far, Fig mosaic virus (FMV) and Fig badnavirus 1 (FBV-1) have been detected, as well as other viruses and Hop stunt viroid (HpSVd). Total RNA and DNA extracts were subjected to RT-PCR and PCR amplification using virus and viroid specific primers. The test resulted in amplicons of the expected size, e.g. 302 bp for FMV and 474 bp for FBV-1. Nucleotide and deduced amino acid sequences of the FMV fragment showed identities up to 92% with respective fragments of known FMV isolates from Spain, whereas FBV-1 fragment shares 100% identity with respective FBV-1 sequences from USA and Iran.  Molecular hybridization analysis is under way in order to confirm the presence of these pathogens in Hellenic fig. To our knowledge, our investigation reports for the first time the occurrence of FBV-1 and FMV sequences in fig trees in Greece, emphasizing the need for a certification program for the prevention of spreading fig tree viruses in this country. We are working towards the identification of other putative agents of FMD, in order to ameliorate the reinforcement of current phytosanitary controls.

Apple scar skin viroid (ASSVd) is a serious pathogen of pome fruits. Recently, it has been reported in Chinese apricot and Chinese peach. In the context of our research on fruit tree viroids in Greece, ASSVd was initially detected in a sweet cherry tree cv ‘Tragana Edessis’ from Florina (Macedonia) by RT-PCR and this finding was confirmed by direct sequencing. This tree is located at the edge of a newly established apple orchard, along with other sweet cherry and wild cherry ( Prunus avium ) trees. In order to verify this interesting finding, we examined for ASSVd four sweet cherry trees, two wild cherry trees and their neighboring apple trees in the same orchard. The examination was done by imprint hybridization using an ASSVd-specific DIG-labelled probe at stringent hybridization conditions and by RT-PCR using two different ASSVd specific primer pairs. We obtained ASSVdpositive results for all 6 cherry trees. No ASSVd was detected in the apple trees of the orchard. Purified ASSVdp...

<jats:p>Αντικείμενο της παρούσης έρευνας αποτελεί η αναλυτική έρευνα των ιοειδών που προσβάλλουν τα μηλοειδή και τα πυρηνόκαρπα στην Ελλάδα (παρουσία, ταυτοποίηση, γεωγραφική εξάπλωση, μοριακός χαρακτηρισμός και φυλογενετικές σχέσεις). Επιβεβαιώθηκαν προηγούμενες αναφορές για την παρουσία στην Ελλάδα των ιοειδών της εσχαρώσεως του φλοιού του μήλου (Apple scar skin viroid, ASSVd) και του εξανθηματικού έλκους της απιδιάς (Pear blister canker viroid, PBCVd) σε μηλοειδή και του νανισμού του λυκίσκου (Hop stunt viroid, HSVd) σε βερυκοκκιά με μοριακό υβριδισμό, RT-PCR, κλωνοποίηση και αλληλούχηση. Η παρούσα εργασία περιλαμβάνει την πρώτη διεθνή καταγραφή του ASSVd σε κερασιά, του HSVd σε μηλιά, άγρια μηλιά και κορομηλιά και του PBCVd σε μηλιά και άγρια μηλιά. Η συχνότητα εμφανίσεως των ASSVd, PBCVd και HSVd, σύμφωνα με τα δεδομένα του μοριακού υβριδισμού σε 1178 δείγματα μηλοειδών και πυρηνοκάρπων, είναι υψηλή (άνω του 30%) σε μηλοειδή (απιδιές, κυδωνιές, μηλιές, αγριομηλιές [Malus sylvestris] και αγριαπιδιές [Pyrus amygdaliformis]) και πυρηνόκαρπα (αμυγδαλιές, αυτοφυείς αμυγδαλιές [Prunus communis], βερυκοκκιές, δαμασκηνιές, κερασιές, κορομηλιές, ροδακινιές) στην Πελοπόννησο (Αργολίδα, Αρκαδία, Αχαΐα και Κορινθία) και την Κεντροδυτική Μακεδονία (Πέλλα, Φλώρινα) και πιο χαμηλή σε Αττική, Ημαθία και Μαγνησία. Επίσης, διαπιστώθηκαν μικτές μολύνσεις 2 ή 3 ιοειδών από τα παραπάνω στις περιπτώσεις 63 δένδρων. Αποκτήθηκαν συνολικά 86 ελληνικές αλληλουχίες ιοειδών: 44 ASSVd, από μηλιά, άγρια μηλιά, απιδιά, αγριαπιδιά και κερασιά, 21 PBCVd, από μηλιά, άγρια μηλιά, απιδιά, αγριαπιδιά και κυδωνιά, και 21 HSVd από μηλιά, άγρια μηλιά, κερασιά, ροδακινιά, βερυκοκκιά, ιαπωνική δαμασκηνιά και κορομηλιά. Σε 2 δένδρα (μηλιά και άγρια μηλιά), αλληλουχήθηκαν πλήρως και τα 3 ιοειδή (ASSVd, PBCVd, HSVd), ενώ σε άλλα 6 (2 μηλιές, 3 απιδιές και 1 άγρια μηλιά) τα ASSVd και PBCVd. Σε 70 πλήρεις αλληλουχίες (42 ASSVd, 16 PBCVd και 12 HSVd) έγινε μοριακός χαρακτηρισμός και φυλογενετική ανάλυση. Οι 42 πλήρεις ελληνικές αλληλουχίες του ASSVd έχουν μεγάλη ομοιότητα (99-100%) με ασιατικές αλληλουχίες από μηλιά και σημαντική παραλλακτικότητα (έως 16%) μεταξύ τους, εφάμιλλη αυτής εντός των κινεζικών. Τρεις ελληνικές παραλλαγές από μηλιά (Πέλλα), άγρια μηλιά (Πέλλα) και απιδιά (Αχαΐα) βρέθηκαν πανομοιότυπες, τόσο μεταξύ τους, όσο και με 3 κινεζικές παραλλαγές από μηλιά. Οι ελληνικές αλληλουχίες εντάσσονται σε 2 ή 3 φυλογενετικά αθροίσματα. Οι περισσότερες ελληνικές αλληλουχίες έχουν ευθύγραμμη δευτεροταγή δομή. Οι 14 από τις 16 πλήρεις ελληνικές αλληλουχίες του PBCVd έχουν μικρή ομοιότητα με αυστραλιανές αλληλουχίες από απιδιά, ασιατική απιδιά και κυδωνιά, και άλλες 2 μεγάλη ομοιότητα (97-98%) με διεθνείς αλληλουχίες από απιδιά. Ταυτόχρονα οι ελληνικές αλληλουχίες έχουν σημαντική παραλλακτικότητα (έως 16%) μεταξύ τους, διπλάσια όλων των υπολοίπων μη ελληνικών αλληλουχιών. Το εγχώριο εύρος ξενιστών του PBCVd περιλαμβάνει 5 είδη μηλοειδών (2 αυτοφυή). Οι ελληνικές αλληλουχίες εντάσσονται σε 2 φυλογενετικά αθροίσματα. Οι περισσότερες ελληνικές αλληλουχίες έχουν διακλαδισμένη δευτεροταγή δομή. Οι 12 πλήρεις ελληνικές αλληλουχίες του HSVd έχουν σημαντική ετερογένεια (έως 17%) μεταξύ τους, ενώ 10 από αυτές φέρουν μια αναδιπλασιασμένη περιοχή 4-10 νουκλεοτιδίων, η οποία δεν έχει βρεθεί σε αλληλουχίες του εξωτερικού. Οι 8 από τις πλήρεις ελληνικές αλληλουχίες ανήκουν στην ομάδα HSVd-P (dapple plum and peach fruit) και έχουν διακλαδισμένη δευτεροταγή δομή. Οι υπόλοιπες 4 ελληνικές αλληλουχίες εντάσσονται στην ομάδα HSVd-H (hop stunt). Η δευτεροταγής δομή των 4 αλληλουχιών είναι ευθύγραμμη, με στοιχεία που παραπέμπουν στην ομάδα HSVd-P. Άλλες 3 ελληνικές αλληλουχίες από βερυκοκκιά, οι οποίες χαρακτηρίστηκαν παλαιότερα, εντάσσονται στην ομάδα HSVdP-H/C3, η οποία προέρχεται από ανασυνδυασμό των προηγούμενων 2 ομάδων, ενώ αλληλουχίες των ομάδων HSVd-P και HSVd-H βρέθηκαν να συνυπάρχουν σε ένα δένδρο άγριας μηλιάς, καθώς και σε 2 γειτονικά δένδρα μηλιάς σε οπωρώνα των Σαρακηνών (Ν. Πέλλας). Αυτά αποτελούν ένδειξη πιθανού τέτοιου ανασυνδυασμού στην Ελλάδα. Η συμπτωματολογία ορισμένων φυτών που φιλοξενούν τις ελληνικές παραλλαγές περιλαμβάνει συμπτώματα σε καρπούς μηλιάς, κορομηλιάς και ροδακινιάς, τα οποία μοιάζουν με εκείνα της ασθένειας dapple plum and peach fruit στην Ιταλία και την Ιαπωνία. Από τη μελέτη αυτή, φαίνεται πως τα ASSVd, PBCVd και HSVd είναι αρκετά διαδεδομένα στην Ελλάδα, στα μηλοειδή και πυρηνόκαρπα και σε άγρια συγγενικά τους είδη. Αυτό το γεγονός, σε συνδυασμό με τη μεγάλη παραλλακτικότητα που βρέθηκε στις ελληνικές αλληλουχίες, αλλά και τις μικτές μολύνσεις, αποτελεί ισχυρή ένδειξη ότι τα ιοειδή αυτά συνυπάρχουν με τα εντόπια άγρια και καλλιεργούμενα είδη φυτών για πολύ μεγάλο χρονικό διάστημα και είναι πιθανώς ιθαγενή στη χώρα μας.</jats:p>

Simplifying sample preparation by transferring plant sap (from plant sections) directly onto a membrane is advantageous for any routine viroid detection technique, such as tissue printing. After fixing the samples on the membrane, hybridization steps similar to Northern or dot blot can be successfully implemented as long as factors like stringency and low viroid titer are properly adjusted to enable enhancement of the detection limit. The protocol described allows for indexing hundreds of field samples as a phytosanitary control measure.

Apple scar skin viroid (ASSVd) is a fruit-damaging pathogen that causes significant economic losses to pome fruit trees. In the context of a survey on fruit tree viroids in Greece, ASSVd was initially detected by RT-PCR in two sweet cherry trees of cv. Tragana Edessis in an apple orchard in Florina (Macedonia, Greece). This finding was confirmed by direct viroid sequencing of the amplified RT-PCR products. In order to verify this finding, we further examined four sweet cherry trees cvs Tragana Edessis and Biggareau Burlat, two sweet cherry trees of undetermined cultivar, and fifteen neighboring apple trees in the same orchard for possible infection with ASSVd. The viroid assay was done by tissue print hybridization using an ASSVd-specific DIG-labeled probe at stringent hybridization conditions and by RT-PCR using two different ASSVd-specific primer pairs. ASSVd was detected in the six sweet cherry trees, including symptomatic samples, but not in any of the 15 apple trees. Purified A...

RNA plant viruses, which may cause human diseases include tobacco mosaic virus (TMV) and pepper mild mottle virus (PMMV). Anti-TMV antibodies cross-reacted with the human TOMM40L protein which contains a strong identity to six contiguous amino acids of the TMV coat protein. Anti-TMV immunoglobulin G (IgG) antibodies were higher in smokers than in nonsmokers. Anti-PMMV IgM antibodies were detected in some individuals and a good relationship existed between PMMV detection and clinical symptoms in these individuals, such as fever, abdominal pains, and pruritus. Several green microalgae DNA viruses were found associated with human diseases. A relationship between Acanthocystis turfacea chlorella virus 1 and decrease in individuals cognitive functioning was demonstrated and confirmed in a mouse model. The DNA viruses of the green microalgae Tetraselmis viridis, Phaeodactylum tricornutum and Dunaliella viridis caused the development of vaginitis in Ukrainian women who swam in the Black Se...

Dapple plum and peach fruit is a widely distributed disorder of plum and peach resulting in significant economic losses (4). During a survey for the presence of Hop stunt viroid (HSVd) on stone fruit trees in Greece, samples from 30 European plums (Prunus domestica L., cvs. President, Tuleu Grass), 45 Japanese plums (Prunus salicina Lindl., cvs. Angeleno, Diamond, Santa Rosa), 12 cherry plums (Prunus domestica L. var. insititia (L.) Fiori & Paoletti of unknown cultivar), and 107 peaches (Prunus persica (L.) Batsch, cvs. Red Haven, Elberta, June Gold, Spring Crest, Lemonato) were collected in several orchards around Greece. Their fruit skin symptomatology indicated viroid infection (reddish dappling blotches and cracks in European and Japanese plum, green dappling in cherry plum, and light colored blotches and lines in peach). Samples were screened with tissue-print hybridization (TPH) for HSVd using a full length DIG-labelled riboprobe deriving from in vitro transcription of the pos...

Since 1997, research on the host range of peach latent mosaic viroid has been gradually extended outside peach and peach hybrids, to include: other stone fruits such as almond, apricot, cherry, Japanese apricot (mume), Japanese plum, European plum (prune); the pome fruits, apple, pear, quince, and wild pear; and a few nonrosaceous species. Geographically, it has been found in 20 countries in Europe, Africa, Asia, and North and South America. No clear data are available on the symptomatology and economic significance of peach latent mosaic viroid in these species.

Viroid research on pome and stone fruit trees in Greece is important, as it seems that such viroids are widespread in the country and may cause serious diseases. Our research dealt with three Pospiviroidae species infecting pome and stone fruit trees, namely Apple scar skin viroid (ASSVd), Pear blister canker viroid (PBCVd) and Hop stunt viroid (HSVd). Tissue-print hybridization, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), cloning and sequencing techniques were successfully used for the detection and identification of these viroids in a large number of pome and stone fruit tree samples from various areas of Greece (Peloponnesus, Macedonia, Thessaly, Attica and Crete). The 58 complete viroid sequences obtained (30 ASSVd, 16 PBCVd and 12 HSVd) were submitted to the GenBank. Our results showed the presence of ASSVd in apple, pear, wild apple (Malus sylvestris), wild pear (Pyrus amygdaliformis) and sweet cherry; HSVd in apricot, peach, plum, sweet cherry, bullace plum (Pru...