Haplotype, (1. led af gr. haploos 'enkel'), en af flere mulige udgaver af et gen eller flere sammenhørende nabogener på det ene af kromosomerne i et kromosompar. Det ene kromosom med sin haplotype er arvet fra moderen, og det andet med sin haplotype fra faderen. Betegnelsen bruges især i forbindelse med karakterisering af vævstyper. De fire vævstypegener, der sammen sidder på det ene af kromosomerne i kromosompar nr. 6, betegnes haplotypen. Se også allel og genetik.