Pilsētas autohtonie iedzīvotāji bija subaneni. Vēlāk šeit apmetās iranuni un magindanaji, kas pilsētā ieviesa islāmu. Kristiešu ieceļotāji pilsētā sāka apmesties 20. gadsimta sākumā galvenokārt no Visajām un Lusonas. Sākotnēji Pagadiana bija viens no Margosatubigas sitio (teritoriāla vienība), bet 1927. gadā kļuva par Labanganas vienu no barrio (priekšpilsētām). 1934. gadā uz Pagadianu tika pārcelta Labanganas municipalitātes administrācija, bet 1937. gadā Pagadiana kļuva par patstāvīgu municipalitāti, apvienojot Labanganas un Diasas municipālos distriktus. 1952. gadā, sadalot Zamboangas provinci, Pagadiana kļuva par tās galvaspilsētu. 1969. gadā Pagadianai piešķīra pilsētas statusu. 1976. gadā pilsēta ievērojami cieta Moro līča zemestrīcē un tai sekojošajam cunami, kas tiek vērtēts kā postošākais cunami Filipīnās zināmajā vēsturē. 2004. gadā Pagadiana ar prezidenta rīkojumu tika nozīmēta par Zamboangas Pussalas reģiona centru Zamboangas vietā.