Eklund begint zijn carrière bij Mönsterås GIF in zijn geboorteplaats. In 1987 vertrekt hij naar Östers IF. In het jaar 1992 wordt hij topscorer van de Allsvenskan met zestien doelpunten. Eklund speelt tot 1997 voor Östers. Daarna zoekt hij zijn geluk buiten de landsgrenzen, waar hij uitkomt voor het ZwitserseServette FC, het ChineseDalian Wanda en het DeenseViborg FF. Eklund helpt Viborg aan haar eerste grote prijs, door in 2000 tijdens de bekerfinale tegen Aalborg BK het enige doelpunt te maken. Na zijn periode bij Viborg, keert Eklund terug naar Zweden om te gaan spelen voor Helsingborgs IF. In 2003 zet de aanvaller een punt achter zijn actieve carrière.
Na het beëindigen van zijn loopbaan als voetballer ging Eklund aan de slag als jeugdtrainer van Helsingborgs IF. Enige jaren later werd hij aangesteld als assistent-trainer van het eerste elftal. In november 2007 werd Eklund aangesteld als trainer van Viborg FF, de club die hij tevens als speler had gediend. Vanwege tegenvallende resultaten kreeg hij in april 2009 zijn ontslag. Eklund keerde terug naar Zweden, waar hij bij Landskrona BoIS fungeerde als assistent van Henrik Larsson. In 2013 besloot Eklund weer op eigen benen te gaan staan: hij ging aan de slag als trainer van Falkenbergs FF. In zijn eerste jaar leidde hij de club naar het kampioenschap in de Superettan. Direct daarna vertrok hij naar Kalmar FF.