Vinícius speelde in de jeugd van Grêmio Barueri en Mogi Mirim, alvorens hij in 2017 in de opleiding van Ponte Preta werd opgenomen. Hier maakte hij in maart 2019 zijn debuut in het eerste elftal. In de zomer van 2019 verkaste de verdediger naar Athlético Paranaense, waar hij voor vijf jaar tekende.[1] Zijn debuut op het hoogste niveau maakte Vinícius op 28 juli 2019, op bezoek bij Cruzeiro. Door doelpunten van Jonathan en Bruno Guimarães werd met 0–2 gewonnen. Vinícius moest van coach Tiago Nunes op de reservebank beginnen en hij mocht zestien minuten voor het einde van het duel invallen voor Márcio Azevedo.[2] Zijn eerste doelpunt in de Série A volgde ruim een jaar later, op 17 augustus 2020 tegen Santos. Die club had een ruime voorsprong door doelpunten van Yeferson Soteldo, Felipe Jonathan en Marinho, voor Vinícius met de laatste treffer van de wedstrijd twee minuten voor tijd wat terugdeed: 3–1.[3]
In januari 2023 maakte Vinícius voor een bedrag van circa vijf miljoen euro de overstap naar Real Betis, waar hij zijn handtekening zette onder een verbintenis voor de duur van zesenhalf jaar.[4] Hij werd gekocht als een vervanger voor de naar Aston Villa vertrokken Àlex Moreno.[5] Abner kwam in anderhalf jaar tot zesendertig competitieduels voor Betis, voor hij ter waarde van circa acht miljoen euro de overstap maakte naar Olympique Lyon. Bij de Franse club tekende hij voor vijf seizoenen.[6]