In december 2006 werd Zaugg, bijgenaamd Bidu, aangesteld als bondscoach van Liechtenstein als opvolger van Martin Andermatt. Hij bleef zes jaar aan bij de ministaat en zat in totaal 47 wedstrijden op de bank bij Liechtenstein. In zijn eerste wedstrijd als technisch eindverantwoordelijke, op 24 maart2007, verloor hij in Vaduz met 4–1 van Noord-Ierland, vier dagen later gevolgd door een 1–0 overwinning op Letland in de EK-kwalificatiereeks door een treffer van Mario Frick.