Beattie eindigde als derde op de topscorerslijst van de Premier League in het seizoen 2002/03. Hij maakte dat jaar 23 competitiegoals voor Southampton, één minder dan Thierry Henry voor Arsenal en twee minder dan Ruud van Nistelrooij voor Manchester United. Datzelfde jaar haalde hij met Southamtpon de finale van de FA Cup, waarin Arsenal met 1–0 te sterk was.