Siegel werd geboren in Silver Spring, Maryland en groeide op in Potomac. Op de laatste ging ze eerst naar St. Andrew's Episcopal School, waar ze haar eerste acteerervaring opdeed in de theatercursus. Daarna schreef ze zich in aan de Universiteit van Syracuse in New York. Daar zette ze haar acteerwerk voort in een theaterprogramma totdat ze in 2004 afstudeerde met een bachelor in acteren.
In een interview uit 2008 kwam Siegel publiekelijk uit de kast als biseksueel. Begin 2016 trouwde ze met regisseur Mike Flanagan, met wie ze twee kinderen heeft. Tijdens het filmen van het eerste seizoen van The Haunting of Hill House, merkte Siegel haar tweede zwangerschap op omdat ze last had van symptomen zoals ochtendmisselijkheid. Siegel en Flanagan noemden hun dochter, die eind 2018 werd geboren, naar hun personage Theodora.