De profloopbaan van Eggimann begon in het seizoen 1998/99 bij FC Aarau. Daarmee begaf hij zich vier seizoenen in de onderste regionen van de Axpo Super League, waarna Karlsruher SC hem naar Duitsland haalde. Na vijf jaar in de 2. Bundesliga promoveerde Eggimann met Karlsruhe naar de Bundesliga. Daarin behielden zijn teamgenoten en hij zich in het seizoen 2007/08. Hijzelf wekte de interesse van Hannover 96, dat hem nog voor het einde van het seizoen 2007/08 voor € 1.000.000,- kocht.
Eggimann debuteerde op 7 september2007 tegen Chili in het Zwitsers voetbalelftal onder bondscoach Jakob Kuhn. Die nam hem niet op in zijn selectie voor het EK 2008. Twee jaar later nam Kuhns opvolger Ottmar Hitzfeld hem wel mee naar het WK 2010. Daar maakte hij zijn eerste en laatste speelminuten in de eerste groepswedstrijd tegen Spanje (0-1 winst), waarin hij in de 92e minuut inviel voor Tranquillo Barnetta.
.svg){kind=small}
Zwitserland
2. Bundesliga
Karlsruher SC