Morato was 18 jaar toen hij in 2019 de jeugdopleiding van de Braziliaanse club São Paulo FC inruilde voor die van de Portugese club SL Benfica. De transfersom bedraagde 6 miljoen euro en São Paulo behield 15% van de rechten op de volgende transfer. Na enkele matchen in de B-ploeg van Benfica te hebben gespeeld maakte hij op 21 september 2019 zijn debuut voor het eerste team in de wedstrijd tegen Vitória FC voor de Taça da Liga. De nieuwe trainer voor het seizoen 2022/23 Roger Schmidt verkoos Morato boven Jan Vertonghen bij de start van het nieuwe seizoen. Na een sterke reeks in het begin van het seizoen werd hij uitgeroepen voor verdediger van de maand augustus in de Primeira Liga.