印刷業者に渡すデータを作っているのでしたら、通常は、Photoshopで切り抜きたい形にパスを引き、そのパスをクリッピングパスにする必要があります。 裏技的には、印刷業者の方が対応している必要がありますが、PhotoshopのPSDファイルをリンクで配置してしまえば、Photoshop側の透明情報がそのまま受け継がれます。ただし、印刷業者に必ず確認しましょう。 もし、家庭用のインクジェット当で出力するだけというのだったら、EPSにすると、プレビューの荒い画像しか印刷されませんので（リンクではなく埋め込んでしまえばそれなりにキレイですが）、PSDをリンクで配置するのをおすすめします。 もしかして、配置の時に、「リンク」で配置していないのであれば（埋め込んでいる）、リンクで配置したほうが、後の修正とかも、Illustratorの動作も軽くなると思いますよ。