GIFアニメはパラパラ漫画のようなものです。 背景のある画像は紙に書かれていて、透過画像は透明なシートに書かれているとお考えください。 紙は不透明ですから、めくるたびに一枚一枚別の絵が現れますが、 透明なシートの場合下にある絵が透けて見えるので、重なって見えてしまいます。 何も処理しない状態だとこれと同じ事がGIFアニメーションで起こってしまいます。 Gimpを使用したやり方には詳しくないので、 Giamを使用した方法を紹介致します。 http://homepage3.nifty.com/furumizo/giamd.htm Giamを起動し、透過する画像を読み込みます。（ドラッグ＆ドロップでOK） 読み込まれた画像の分だけコマができます。 全てのコマを選択したら、 画面右下に消去手段を選択する項目があるので、背景色でつぶすを選んでください。（最初は何もしないになっています） そのすぐ上にウェイトを設定する項目があるので、お好みのタイミングに設定してください。（コマ毎にも設定出来ます） 画面右上の再生ボタンを押せばプレビューが見れますので、 うまく出来たかご確認ください。 うまく出来ない場合は透過色の設定などを調整すると良いかもしれません。 操作は非常にシンプルで感覚的に使用できると思いますのでお試しください。