システムデフラグの最適化はシステムの復元で戻されますでしょか？

過程は下記１、２、３の順番です。 １．システムの復元機能の中に「11月11日　21：34システムチェックポイント」があります。 ２．11月11日　24時頃　システムデフラグ最適化完了しました(2時間位掛かってやっと終わりました)。システムの復元機能の中にチェックポイントを作り忘れたから、残されていません。 ３．11月12日　1時頃　あるアプリケーションをダウンロードしてしまいました。それからパソコン状態が悪くなりました。 今、パソコンを２の完了状態まで復元しておきたいですが、しかしその時点のシステムチェックポイントが残されていないので、戻せません。 もし、１のチェックポイントにシステムの復元をすると、せっかくした２の最適化は無くなりますでしょうか？ よろしくお願いいたします。