通常のHTMLの機能では、他のアプリケーションの起動は不可能かと思います。
というのも、ホームページの閲覧中にリンクをクリックしただけでアプリケーションが起動したのでは、悪意のある者によって悪さをされかねないからです。
ですが、以下の２つの方法でなら可能です。
１．スクリプト内でwshのRunメソッドを実行する。
（ただし、クリックするたびにセキュリティ確認のダイアログが表示されます）
２．HTMLではなくHTAで記述し、上記１を行う。
（ダイアログが表示されません。HTAの詳細は参考URLをご覧下さい）
今回は１．でのサンプルを載せますので参考にして下さい。
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<html>
<head>
<script Language="JavaScript">
function Disp(arg) {
var wshShell = new ActiveXObject("WScript.Shell");
if(arg == 0){
wshShell.Run("winword.exe C:\\word.doc");//ワードファイルのフルパス
} else {
wshShell.Run("excel.exe C:\\excel.xls");//エクセルファイルのフルパス
}
}
</script>
</head>
<body>
<a href="#" onClick="Disp('0')">Word文書</a>
<a href="#" onClick="Disp('1')">Excel文書</a>
</body>
</html>
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