農地を雑種地に転用後の売却税金について教えて下さい。 ３年前に太陽光発電用地として農地を200万円で

見当違いの回答だったらすいません。

いろいろな譲渡所得の申告経験がありますが、所得税の申告において地目は関係なかったはずです。

それよりも取得費の控除等を行わかなったのでしょうか？
相続等で取得した土地であれば、被相続人の取得時の費用を取得費として差し引けるはずです。昔から所有などですと資料が残っていない場合もあるかと思いますが、その場合が遺産の取得費として５％は差し引けたかと思います。

また売買の違法性まではわかりませんが、ごくまれにそういった土地があることは聞いたことはあります。売買成立・売買代金支払だが、名義変更できないことがあるという場合です。

農地の所在地にもよると思いますが、転用そのものを農業委員会で了承を得ていれば、農地ではなく雑種地として売買が成立すると思います。
また、購入者が農業従事者であり、農地の売買などを農業委員会の了承を得れば、農地のまま売買を行い、その後購入者が利用目的が変わったとして転用することも可能でしょう。

ちなみに登記名義が売買で変わっているようでしたら、法的に有効な売買契約の成立の書面がそろって登記申請を行っているのではとも推測できます。

気になる点としては、あなた側の名で転用を行ったのであれば、農地の売却ではなく、雑種地の売却であり、農地の相場での売買ではなく、雑種地としての相場での売買であるべきことでしょう。

ただ課税上は、売買の書面が農地として記載されていようが、雑種地であろうが、売った金額と取得した金額などで計算することでしょう。

＞200万円で売却…

＞所得税15%＋住民税5%として40万円を納税…

ん？
取得費は引き算しなかったの？

先祖代々の土地で取得費など 0 だとしても、売値の 5% (10万円) を取得費と認められますので、190万に対して所得税 15.315%＋住民税 5% で 386,000円ほどですけど。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

＞地目変更（雑種地）後の売買成立であるはずなので、課税は半分の20万円くらい…

「農地保有の合理化等のために農地等を譲渡した場合の特別控除」が適用されたはずだとお考えですか。
該当するのなら、納税額は 20万でなく 0 円ですけど。
https://www.maff.go.jp/j/keiei/koukai/nouchi_sei …

地目変更だけが事由で特別控除額が増えたり、税率が下がったりすることはありません。

「低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」なら、確かに半分の20万円くらいですけど、これは関係なさそうです。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

＞私のこの納税過払いの考えは間違って…

「取得費」の計上漏れで 14,000円ほどの還付申告は可能です。
修正申告ではなく、「更正の請求」をどうぞ。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

税金について詳しくは国税庁の「タックスアンサー」をどうぞ。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …