相続の不動産、遺産相続で司法書士に頼もうと思いますが、何人も司法書士、事務員がいる大きい事務所と個人

基本的に、差はないはずです。

現行制度ではないかもしれませんが、報酬規程というものが依然存在し、自由報酬となってもその制度を参考に踏襲しているところがほとんどでしょう。
また、相場というものがあるので、高い事務所は依頼が減るなどともなってしまうでしょうしね。

ただ、案件をどのようにとらえるのか次第でも、報酬は変わってくるものです。難しい事案、面倒な事案としてとらえれば加算などもされることでしょう。事務所ごとに料金（報酬）設定が自由ということもありますので、営業エリアによっても変わってくるものですので、同じ地域の司法書士でも、都会案件を受けることの多いところは割高かもしれません。

事務所の大きさも、多少の影響はあるとは思います。
当然固定費も大きく変わりますし、補助者の数によっても変わってくるかもしれません。ただ、それはあくまでも事務所方針でしかありません。

私のつながりのある司法書士事務所には、司法書士法人になっており、さらには土地家屋調査士法人と行政書士法人、社労士法人、弁護士法人、税理士法人を合わせた総合事務所というところがあります。
この事務所では基本昔の報酬規程を中心に地域と時代の相場へ修正しているだけで、事務所規模等での加算はありません。
ですので高いわけではありません。
しかし、そこの事務所から独立した司法書士とも仲良くしていますが、個人事務所で相手を見て仕事をするため、依頼者自身ができそうなところを提案し、依頼者自身ができるところは報酬を取らないで良いような流れで受任するほか、固定費などがかからない形で事務所運営することで、特に安価で受任しています。大きければ事務所内のルールがありますが、個人事務所であれば一人の経営判断で柔軟な報酬設定ができます。
私が依頼するときには、事前に必要書類などを用意してから持ち込みますし、基本的な法手続き理解をしているところから、説明も短時間で済むため、超安価で受けてくれています。

どの事務所も同じ料金とは言いません。しかし、事務所規模で直接代わるものでもないというところです。

最後になりますが、司法書士などに依頼した場合の報酬例を挙げる方もいますが、不動産登記では登録免許税というものがかかり、扱った物件の評価により登録免許税という実費が大きく変わります。請求書内訳などには書かれますが、依頼者のイメージはいくら払ったかしか見ないこととが多く、参考にならないこともあります。ご注意ください。

一概には申し上げられませんが、規模にかかわらず、

中にはボッタクリの業者もいるので、手数料についてよく確認した方がいいですよ。

ちなみに、わたくしの経験ですが、

実家を売却したときには、住所変更と所有権移転登記の関係で約60,000円しか取られなかったのに、
大手不動産会社から新築分譲マンションを購入した際には、所有権移転登記だけなのに約22万円も取られた記憶がありますので。
いま考えれば、高すぎますよね。

手数料に差はあります。

不動産の価値によります。例えば、1００億円の不動産と1000万円の
不動産とでは、その差が異なります。